genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24494144--24494210	6	11.8	6	76	9	61	77	1	4	16	1.00
24494156--24494206	21	2.4	21	90	3	75	78	1	3	15	0.99
24499564--24499596	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
24503074--24503207	40	3.4	40	87	1	171	49	5	20	23	1.71
24525379--24525409	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
24525376--24525415	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
24529068--24529128	25	2.4	26	83	8	72	42	11	8	37	1.71
24533475--24533580	49	2.2	49	80	11	119	33	26	11	28	1.91
24536435--24536618	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
24536435--24536618	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
24536487--24536651	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
24537958--24538118	48	3.4	47	81	5	171	27	21	26	24	1.99
24538025--24538316	42	6.8	42	72	13	191	26	17	25	29	1.98
24538123--24538316	85	2.3	85	82	5	223	27	15	24	31	1.96
24546995--24547038	17	2.3	20	74	25	58	31	0	20	47	1.50
24546999--24547037	17	2.3	17	100	0	78	30	0	17	51	1.46
24556151--24556368	40	5.5	40	89	2	316	25	27	22	24	2.00
24559480--24559530	21	2.5	21	81	12	61	64	0	7	27	1.21
24561759--24561803	23	2.0	23	86	8	65	73	6	8	11	1.25
24562801--24562853	17	3.2	16	78	7	61	45	0	1	52	1.11
24567490--24567531	20	2.2	18	87	8	57	7	14	2	76	1.10
24568539--24568567	11	2.7	11	94	5	51	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24574822--24574861	21	1.9	21	89	0	62	57	2	5	35	1.34
24576161--24576206	23	2.0	23	91	0	74	50	13	2	34	1.53
24583640--24583782	48	3.0	48	100	0	286	39	27	14	18	1.90
24584988--24585027	16	2.5	16	100	0	80	25	27	17	30	1.97
24589439--24589493	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
24589631--24589725	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
24589706--24589757	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
24596570--24596618	19	2.6	19	93	0	80	30	14	6	48	1.67
24604335--24604412	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
24604383--24604443	24	2.5	23	76	12	61	54	4	13	27	1.59
24604563--24604618	21	2.7	21	83	8	71	57	7	5	30	1.48
24604561--24604676	23	5.2	23	76	9	98	60	4	2	32	1.30
24604611--24604679	10	6.8	10	74	19	54	63	2	0	33	1.09
24604593--24604676	22	3.8	21	78	13	89	61	3	1	33	1.20
24604878--24604909	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
24604917--24605074	3	52.7	3	64	18	53	58	3	6	30	1.42
24610802--24610949	73	2.0	73	93	0	251	21	36	12	29	1.90
24613656--24613700	20	2.3	20	88	3	65	28	17	26	26	1.98
24620992--24621615	317	2.0	315	92	1	1054	34	24	11	29	1.91
24624565--24624886	63	5.1	63	99	0	635	36	4	20	37	1.75
24628937--24628974	18	2.1	18	100	0	76	55	10	5	28	1.56
24635642--24635715	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24647993--24648039	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
24648437--24648719	50	5.7	50	79	5	302	27	16	25	30	1.96
24648441--24648728	101	2.9	98	82	4	373	27	16	25	30	1.97
24649273--24649610	180	1.9	180	88	2	509	38	8	19	34	1.82
24660505--24660680	46	3.8	46	77	7	185	22	19	27	30	1.98
24663594--24663671	15	5.2	15	72	6	68	11	17	15	55	1.69
24666069--24666244	46	3.8	46	78	4	183	23	21	27	28	1.99
24666066--24666236	93	1.8	93	89	0	270	23	21	27	27	1.99
24675342--24675382	22	1.9	21	85	5	55	24	26	39	9	1.86
24676830--24676879	15	3.3	15	88	2	73	20	26	16	38	1.92
24678442--24678537	42	2.3	42	81	5	104	31	27	18	22	1.97
24688703--24688843	53	2.6	55	80	2	169	20	24	17	37	1.93
24692469--24692629	54	3.0	54	79	10	202	36	19	19	24	1.95
24692461--24692628	27	6.2	27	80	5	178	36	19	18	25	1.94
24699955--24700127	27	6.4	26	86	5	211	38	20	17	23	1.93
24699955--24700127	54	3.2	54	87	1	249	38	20	17	23	1.93
24699956--24700128	81	2.1	81	90	0	265	38	20	17	23	1.93
24700622--24700680	27	2.2	27	84	3	75	22	23	18	35	1.96
24703143--24703326	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
24703143--24703326	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
24703195--24703359	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
24705517--24706743	408	3.0	408	99	0	2420	30	22	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24707536--24707560	10	2.5	10	100	0	50	44	40	0	16	1.47
24710585--24710673	45	2.0	45	95	0	160	28	21	34	15	1.94
24711661--24711748	43	2.0	43	97	0	167	46	5	18	29	1.72
24725741--24725876	40	3.4	40	88	1	191	17	17	27	36	1.93
24725942--24726036	43	2.2	43	88	0	154	11	25	30	32	1.91
24728642--24728750	54	2.0	54	98	0	209	48	11	26	12	1.76
24755894--24756359	46	10.1	46	86	5	656	17	23	15	43	1.87
24755894--24756359	92	5.1	92	95	1	785	17	23	15	43	1.87
24755894--24756359	138	3.4	138	91	1	738	17	23	15	43	1.87
24758486--24758510	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
24758509--24758546	19	2.0	20	89	5	60	47	7	0	44	1.32
24763179--24763218	20	2.0	20	85	0	53	42	22	25	10	1.84
24763194--24763358	41	4.1	40	85	6	215	36	18	25	18	1.94
24763275--24763337	20	3.1	20	65	13	56	41	20	23	14	1.89
24766480--24766524	22	2.0	22	95	0	81	44	22	20	13	1.85
24769012--24769239	40	5.7	40	90	3	361	25	28	21	24	1.99
24768979--24769235	80	3.2	79	89	3	367	25	28	21	24	1.99
24771215--24771255	21	2.0	21	85	0	55	48	14	4	31	1.65
24772059--24772166	43	2.5	43	90	1	173	37	25	12	24	1.90
24776805--24776923	62	1.9	62	85	0	166	31	15	20	31	1.94
24780033--24780072	18	2.2	18	100	0	80	22	15	15	47	1.82
24784471--24784504	17	1.9	18	94	5	61	17	35	2	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24787850--24787902	22	2.6	19	77	14	52	35	1	16	45	1.59
24788285--24788425	57	2.5	57	92	2	248	29	17	22	30	1.97
24797753--24797791	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
24801626--24801682	26	2.2	26	80	3	60	26	17	21	35	1.95
24807845--24807894	26	1.9	26	83	0	64	38	24	20	18	1.93
24812563--24812602	16	2.3	18	84	16	50	35	0	27	37	1.57
24816142--24816167	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
24816328--24816382	26	2.1	26	80	16	69	45	0	0	54	0.99
24820529--24820595	33	2.0	33	100	0	134	35	16	14	32	1.90
24827995--24828050	24	2.4	23	85	8	78	53	12	0	33	1.39
24832393--24832471	25	3.2	25	78	1	79	21	22	24	31	1.98
24834650--24834680	15	2.1	15	100	0	62	61	6	6	25	1.45
24853588--24853612	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
24856197--24856226	9	3.3	9	90	0	51	10	73	0	16	1.09
24862931--24862969	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
24863403--24863441	21	1.9	21	89	5	62	15	38	25	20	1.92
24863484--24863564	38	2.1	38	97	0	153	49	11	13	25	1.75
24863504--24863564	20	3.2	20	68	17	65	50	11	13	24	1.74
24863486--24863548	18	3.4	18	69	16	56	46	11	15	26	1.80
24863819--24863960	43	3.3	42	77	8	135	32	23	16	27	1.96
24870941--24871107	43	3.9	43	72	8	135	32	24	14	27	1.95
24873355--24873480	46	2.7	46	91	0	189	30	26	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24873902--24873962	30	2.0	30	87	0	86	34	24	4	36	1.77
24880947--24881097	43	3.5	43	81	5	164	35	23	13	27	1.92
24885187--24885364	40	4.5	40	89	3	245	24	29	23	22	1.99
24892240--24892391	77	2.0	77	94	2	270	35	16	16	31	1.91
24895449--24895473	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
24907117--24907151	18	1.9	18	100	0	70	34	11	14	40	1.82
24915246--24915321	39	1.9	39	97	0	143	40	10	10	38	1.74
24918308--24918351	22	2.0	22	100	0	88	36	22	9	31	1.86
24921808--24921846	20	2.0	20	89	0	60	30	17	23	28	1.97
24923039--24923110	34	2.1	35	84	7	94	43	11	25	20	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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