genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8005859--8005933	6	12.5	6	100	0	150	84	0	16	0	0.63
8007529--8007574	23	2.0	23	87	8	67	78	2	4	15	1.01
8011235--8011261	14	1.9	14	100	0	54	74	0	11	14	1.08
8017159--8017189	16	1.9	16	93	0	53	32	25	3	38	1.72
8025334--8025412	30	2.8	29	76	14	83	45	6	5	43	1.51
8032665--8032753	42	2.1	42	95	0	160	51	14	5	28	1.65
8032666--8032775	42	2.6	42	85	7	107	51	13	5	29	1.63
8045383--8045469	43	2.0	43	82	12	108	24	19	28	27	1.98
8046891--8047132	50	4.8	50	83	4	292	29	26	18	24	1.98
8046894--8047132	101	2.4	99	86	5	304	29	26	18	24	1.98
8061988--8062018	14	2.2	14	100	0	62	41	22	0	35	1.54
8065202--8065248	16	2.9	16	75	12	51	12	25	23	38	1.90
8065923--8066054	66	2.0	66	85	5	178	15	25	16	43	1.87
8069943--8070024	22	3.7	21	72	18	60	31	19	24	24	1.98
8076900--8076924	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
8083993--8084063	35	2.0	35	97	0	133	22	26	12	38	1.90
8084196--8084251	28	2.0	28	100	0	112	25	14	7	53	1.66
8086052--8086226	49	3.5	49	81	6	235	30	25	17	26	1.97
8086045--8086233	100	1.9	100	95	0	342	29	25	18	25	1.98
8086829--8086887	30	2.0	30	89	0	91	32	18	10	38	1.84
8091940--8092128	49	3.8	48	79	6	216	30	23	17	28	1.97
8091939--8092133	100	2.0	100	90	4	313	29	23	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8092731--8092789	30	2.0	30	89	0	91	32	18	8	40	1.81
8116604--8116649	19	2.3	20	92	3	76	26	10	15	47	1.78
8117170--8117216	21	2.2	22	92	3	78	31	8	12	46	1.72
8117554--8117589	17	2.1	18	89	5	56	27	16	16	38	1.90
8117575--8117624	18	2.8	17	76	8	55	40	10	18	32	1.83
8118181--8118233	20	2.7	20	96	0	97	45	22	7	24	1.78
8120954--8121819	435	2.0	433	94	1	1538	31	15	12	41	1.84
8128909--8128935	12	2.2	12	100	0	54	0	62	0	37	0.95
8128997--8129057	25	2.4	27	76	18	67	4	36	3	55	1.38
8129196--8129227	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
8129550--8129575	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
8132960--8133012	21	2.5	21	87	0	70	32	37	5	24	1.79
8152670--8152723	27	2.0	27	96	0	99	37	14	27	20	1.92
8153448--8153501	23	2.5	20	78	18	63	31	3	20	44	1.69
8155222--8155437	81	2.7	79	81	7	249	27	29	17	25	1.97
8158835--8158869	4	9.2	4	87	12	56	0	25	0	74	0.82
8162833--8162892	27	2.2	27	96	0	111	36	23	1	38	1.65
8163621--8163666	24	1.9	24	83	16	60	34	0	10	54	1.36
8163754--8163790	18	2.0	20	89	10	60	37	0	13	48	1.43
8165053--8165140	23	3.8	23	78	4	79	29	11	19	39	1.86
8165149--8165207	27	2.2	27	81	0	64	61	11	5	22	1.50
8166528--8166562	10	3.4	10	88	4	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166523--8166569	20	2.3	20	86	10	69	55	0	0	44	0.99
8166583--8166641	17	3.5	17	77	13	59	71	3	16	8	1.25
8166583--8166654	34	2.2	33	80	7	83	72	2	18	6	1.20
8167485--8167625	40	3.6	40	69	10	103	29	14	23	32	1.94
8176568--8176601	11	3.1	11	95	0	59	64	14	8	11	1.49
8180812--8181043	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
8197950--8197975	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
8199111--8199136	10	2.6	10	100	0	52	46	7	15	30	1.74
8199288--8199431	50	2.9	50	81	2	173	31	18	26	23	1.98
8209614--8210023	94	4.4	94	99	0	811	60	4	3	31	1.32
8209672--8210006	47	7.1	47	66	22	220	61	4	2	31	1.30
8222795--8222844	24	2.1	24	100	0	100	62	4	4	30	1.32
8230337--8230383	24	2.0	24	87	4	69	48	34	4	12	1.61
8230854--8231262	46	8.9	46	87	1	439	21	24	14	39	1.91
8231271--8231426	33	4.7	33	71	12	113	22	26	21	29	1.99
8231304--8231428	66	1.9	66	81	3	153	21	28	21	28	1.99
8234424--8234492	30	2.3	30	80	5	77	30	18	4	46	1.69
8237343--8237406	32	2.0	33	90	3	103	43	3	6	46	1.44
8237864--8237888	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
8247668--8247846	47	3.7	47	77	9	164	24	30	20	25	1.98
8247870--8247966	46	2.3	40	76	19	106	26	31	16	24	1.96
8247892--8248057	46	3.6	47	80	8	180	24	30	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8247905--8248075	94	1.8	92	85	7	238	23	29	18	28	1.98
8249500--8249657	68	2.3	69	81	7	178	36	16	27	20	1.94
8255134--8255471	48	7.0	48	87	2	428	27	29	16	26	1.97
8262462--8262678	48	4.5	47	85	3	247	28	28	16	26	1.97
8262498--8262689	48	4.0	48	88	0	258	29	28	16	26	1.97
8270301--8270382	44	1.9	42	85	5	110	36	23	2	37	1.68
8271878--8271920	13	3.1	14	83	10	52	46	4	0	48	1.22
8272213--8272267	3	18.0	3	96	3	101	0	32	0	67	0.91
8273504--8273569	32	2.1	32	94	0	114	63	9	18	9	1.49
8273557--8273624	13	5.3	13	75	8	59	75	0	19	5	1.01
8273516--8273588	32	2.5	30	85	14	93	71	5	17	5	1.25
8273823--8273895	31	2.4	32	78	19	93	45	2	1	50	1.24
8276294--8276344	27	1.9	26	96	4	93	39	3	23	33	1.73
8278527--8278584	28	2.0	28	83	12	73	48	8	0	43	1.34
8281355--8281428	30	2.5	30	80	8	87	28	18	21	31	1.97
8281366--8281544	66	2.7	65	81	5	207	27	15	26	30	1.96
8293172--8293531	47	7.7	46	73	15	249	23	28	19	28	1.98
8293172--8293528	94	3.8	94	78	10	340	23	28	19	29	1.98
8296828--8296935	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
8300814--8300864	19	2.6	19	73	17	50	45	15	1	37	1.58
8305178--8305213	16	2.2	17	90	5	56	47	0	36	16	1.47
8317707--8317776	16	4.4	16	88	0	104	41	4	25	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317763--8317849	44	2.0	45	86	6	124	34	5	22	36	1.78
8318228--8318262	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
8318330--8318385	8	7.0	8	93	0	67	35	0	0	64	0.94
8318348--8318385	4	9.5	4	94	0	67	28	0	0	71	0.87
8318330--8318385	12	4.7	12	90	0	67	35	0	0	64	0.94
8325592--8325632	14	3.0	14	89	3	57	43	39	0	17	1.49
8325692--8325742	25	2.0	25	84	7	66	25	3	29	41	1.73
8329617--8329716	52	1.9	52	93	0	173	29	29	9	33	1.88
8332832--8333114	70	4.0	70	79	3	264	31	21	22	25	1.98
8338597--8338641	18	2.4	19	81	3	56	57	11	2	28	1.45
8338775--8339234	78	5.8	78	82	8	515	38	13	15	32	1.87
8338775--8339151	152	2.4	152	86	4	508	37	12	16	32	1.86
8341220--8341262	21	2.0	21	90	0	68	30	0	4	65	1.13
8341252--8341321	20	3.3	20	71	20	54	35	0	5	58	1.22
8341267--8341316	20	2.5	20	81	12	59	34	0	8	58	1.28
8344411--8344442	4	8.0	4	92	0	55	78	0	21	0	0.76
8349058--8349101	15	2.8	16	86	3	63	50	2	11	36	1.51
8349336--8349364	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
8354292--8354352	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
8358965--8359014	6	8.2	6	84	2	55	62	0	20	18	1.34
8360094--8361152	352	3.0	352	98	0	2028	33	13	21	31	1.93
8363428--8363715	40	7.2	40	95	1	454	28	28	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8365936--8365968	15	2.2	15	100	0	66	39	27	15	18	1.90
8367195--8367233	18	2.1	19	85	4	53	51	2	7	38	1.44
8386708--8386819	61	1.9	58	83	5	143	39	2	7	50	1.44
8392508--8392540	15	2.1	16	88	5	50	33	18	12	36	1.88
8398247--8398287	21	2.0	21	85	0	55	70	7	21	0	1.11
8401045--8401239	35	5.6	35	84	2	250	30	14	25	30	1.95
8405896--8406004	42	2.6	42	85	0	155	32	27	11	28	1.92
8409852--8409882	15	2.1	15	100	0	62	38	6	19	35	1.77
8417099--8417209	42	2.6	42	79	0	123	31	26	12	29	1.93
8420573--8420602	12	2.5	12	100	0	60	26	46	20	6	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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