genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16599850--16599893	14	3.3	13	84	12	54	81	0	15	2	0.78
16599850--16599895	21	2.2	22	88	7	69	82	0	15	2	0.76
16600746--16600977	119	1.9	119	92	1	394	34	16	18	30	1.93
16600905--16601060	83	1.9	83	83	0	204	33	16	19	30	1.94
16600803--16601173	202	1.8	202	90	0	598	34	17	18	29	1.94
16600988--16601298	119	2.6	119	87	1	426	32	17	19	30	1.95
16600745--16601363	321	1.9	321	93	0	1078	34	16	19	29	1.94
16601250--16601490	83	2.9	83	86	3	326	36	17	20	25	1.94
16603304--16603341	20	1.9	19	85	15	51	34	0	2	63	1.09
16606231--16606300	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
16606231--16606328	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16613277--16613346	35	2.0	35	100	0	140	25	31	11	31	1.91
16617187--16617337	28	5.4	28	89	1	205	26	12	27	33	1.93
16623826--16623866	19	2.1	19	86	9	55	29	26	4	39	1.77
16630393--16630444	15	3.5	15	81	2	61	46	0	3	50	1.20
16630678--16630708	14	2.2	14	100	0	62	6	19	16	58	1.59
16633407--16633551	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
16634738--16634813	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
16639556--16639733	46	3.8	46	70	16	134	22	30	19	27	1.98
16639615--16639732	47	2.5	45	83	15	143	24	33	17	24	1.97
16642774--16642842	35	2.0	35	94	0	120	17	18	23	40	1.91
16642783--16642927	75	1.9	74	84	4	193	22	20	19	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16651564--16651658	34	2.8	35	79	10	99	22	25	24	28	1.99
16652746--16652814	35	2.0	35	85	5	95	47	2	37	11	1.55
16654023--16654149	63	2.0	64	81	7	152	29	25	23	21	1.99
16655679--16655862	79	2.3	81	80	7	207	25	22	27	25	2.00
16655678--16655869	40	4.8	40	81	6	194	26	21	27	25	2.00
16659184--16659286	52	2.0	52	96	0	188	19	14	31	34	1.92
16659620--16659725	53	2.0	53	96	0	194	20	24	22	32	1.98
16662859--16663036	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
16662859--16663036	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
16663273--16663372	50	2.0	50	100	0	200	18	24	22	36	1.95
16664424--16664578	78	2.0	78	94	0	274	28	23	24	23	2.00
16670991--16671165	27	6.4	27	83	3	190	30	28	14	26	1.95
16675342--16676184	65	13.0	65	100	0	1686	27	24	19	27	1.99
16676149--16676301	68	2.2	68	100	0	306	26	26	16	30	1.97
16681681--16681778	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
16689800--16689979	90	2.0	90	98	0	351	33	10	19	37	1.85
16696033--16696216	40	4.6	40	84	7	178	25	20	27	26	1.99
16695994--16696218	80	2.8	79	81	7	233	24	20	28	27	1.99
16696069--16696237	79	2.1	80	81	1	196	24	20	28	26	1.99
16695994--16696251	119	2.2	120	80	4	272	25	20	27	25	1.99
16699617--16699686	36	1.9	36	97	0	131	38	18	7	35	1.78
16709371--16709417	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16709468--16709540	23	3.1	23	90	3	119	30	20	19	30	1.97
16709467--16709561	24	4.0	24	86	6	131	29	21	21	28	1.98
16709755--16709818	31	2.1	31	96	0	119	35	15	23	25	1.94
16720764--16720874	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
16720787--16720931	40	3.6	40	84	4	184	24	26	24	25	2.00
16724360--16724492	50	2.7	50	88	1	187	30	27	15	27	1.96
16729045--16729256	27	7.9	27	81	3	131	37	24	7	31	1.82
16729077--16729220	54	2.7	54	81	2	173	35	24	7	32	1.84
16729153--16729283	54	2.4	54	80	2	129	41	21	5	31	1.75
16729185--16729366	27	6.8	28	77	6	117	42	17	8	31	1.80
16729185--16729288	54	1.9	54	86	0	145	45	20	5	28	1.74
16729185--16729335	54	2.8	54	77	4	135	43	16	8	31	1.78
16729355--16729535	27	6.7	27	83	6	206	33	18	22	25	1.96
16729351--16729535	54	3.4	54	84	4	230	33	18	21	26	1.96
16729819--16729902	25	3.4	25	91	3	125	23	27	21	27	1.99
16736357--16736420	31	2.1	31	87	0	92	25	21	17	35	1.95
16736613--16736732	24	5.0	24	82	10	147	28	21	19	30	1.97
16736634--16736731	23	4.1	23	84	7	126	29	20	18	31	1.96
16736634--16736731	47	2.1	47	88	5	144	29	20	18	31	1.96
16736786--16736888	20	5.2	20	97	0	188	32	19	12	35	1.89
16744490--16744553	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
16744766--16744863	23	4.1	23	84	7	126	30	21	17	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16744745--16744864	24	5.0	24	82	10	147	30	22	17	30	1.97
16744766--16744863	47	2.1	47	88	5	144	30	21	17	30	1.96
16744922--16744998	9	7.9	9	72	16	64	35	20	9	35	1.85
16744919--16745000	20	4.1	20	96	0	155	32	19	12	35	1.89
16744919--16744989	11	7.0	11	71	16	64	32	19	12	35	1.90
16747260--16747401	72	2.0	72	95	0	257	29	12	26	30	1.93
16748850--16748983	33	4.1	33	93	0	214	41	32	9	16	1.81
16752348--16752508	40	4.0	41	92	3	263	24	21	23	30	1.99
16759518--16759704	82	2.3	82	86	5	265	22	21	24	31	1.99
16759514--16759680	40	4.1	40	89	3	253	23	20	23	32	1.98
16761361--16761457	35	2.8	35	88	3	142	38	28	11	21	1.88
16763162--16763192	12	2.5	12	94	5	53	29	29	0	41	1.56
16763627--16763704	26	3.0	26	90	0	129	32	26	10	30	1.90
16766243--16766552	47	6.6	47	88	1	449	32	8	30	29	1.86
16766242--16766552	143	2.2	141	89	2	471	32	8	30	29	1.86
16770482--16770516	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
16770631--16770690	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
16770668--16770738	25	3.0	23	78	9	81	57	5	5	30	1.45
16770751--16770805	14	3.8	14	77	18	51	54	1	7	36	1.39
16770751--16770792	14	2.9	15	80	16	52	54	2	7	35	1.41
16770768--16770886	25	5.0	25	67	19	65	54	3	6	35	1.43
16770837--16770888	24	2.2	23	83	10	61	59	0	3	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16771370--16771468	30	3.3	30	91	0	162	18	5	49	27	1.68
16771401--16771458	18	3.6	17	68	27	54	18	5	50	25	1.68
16772184--16772689	92	5.6	89	84	7	530	37	17	16	28	1.92
16772148--16772689	179	3.0	177	78	11	505	37	17	17	27	1.92
16772496--16772525	14	2.1	14	93	0	51	63	6	10	20	1.47
16772628--16773147	75	6.9	75	82	10	599	33	19	15	31	1.93
16772890--16772924	14	2.5	14	90	0	52	60	5	20	14	1.54
16772839--16773232	87	4.8	87	75	15	292	35	19	16	29	1.93
16772669--16773231	233	2.4	233	90	2	876	35	18	15	30	1.93
16772908--16773147	73	3.3	73	81	6	270	35	18	15	29	1.92
16772549--16773759	308	3.9	307	81	11	1334	34	19	16	29	1.94
16773222--16773251	15	1.9	16	93	6	53	80	3	3	13	0.97
16773282--16773760	75	6.5	74	87	5	573	31	21	16	30	1.96
16773949--16773993	13	3.4	13	84	6	63	68	4	11	15	1.34
16773777--16774065	100	2.9	101	87	5	408	39	18	17	23	1.92
16773973--16774140	73	2.3	74	87	1	239	34	21	17	26	1.95
16785528--16785750	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
16785603--16785785	79	2.3	80	80	1	208	26	20	27	26	1.99
16789187--16789221	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
16789338--16789397	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
16789351--16789524	25	7.0	25	72	10	115	55	4	6	32	1.47
16789353--16789523	48	3.4	49	76	10	150	56	4	6	32	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16789429--16789495	29	2.3	29	82	5	73	56	4	5	32	1.43
16789544--16789589	25	1.9	25	86	8	69	60	0	4	34	1.16
16790069--16790133	30	2.2	30	88	5	96	16	4	47	30	1.67
16792997--16793067	23	3.1	23	91	0	115	19	25	21	33	1.97
16793772--16793833	26	2.3	27	88	2	90	30	22	6	40	1.79
16793772--16793834	27	2.4	27	89	2	92	30	22	6	41	1.78
16793772--16793845	27	2.8	26	82	8	87	31	18	8	41	1.80
16796624--16796664	18	2.3	18	87	4	57	4	29	2	63	1.28
16797528--16797607	31	2.6	31	92	3	128	15	28	36	20	1.92
16799458--16799682	40	5.6	40	85	6	294	24	22	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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