genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88290610--88290716	53	2.0	53	98	0	205	21	9	15	53	1.70
88292511--88292775	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
88292478--88292775	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
88292707--88292784	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
88297708--88297762	29	1.9	29	82	10	69	49	16	16	18	1.81
88299111--88299431	27	11.9	27	76	6	148	36	18	9	34	1.84
88299316--88299458	27	5.3	26	79	8	135	41	21	8	27	1.82
88299302--88299457	81	1.9	81	83	5	199	41	19	9	30	1.83
88299335--88299513	54	3.3	54	81	4	173	43	19	7	30	1.78
88299436--88299513	29	2.8	28	75	19	81	44	16	6	32	1.73
88299436--88299521	27	3.1	27	73	17	77	40	15	8	36	1.77
88299562--88299639	27	2.9	27	75	11	70	38	19	20	21	1.94
88300263--88300310	25	1.9	25	86	0	69	31	18	16	33	1.94
88300338--88300371	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
88300353--88300408	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
88300353--88300408	20	2.8	20	94	0	94	37	12	19	30	1.89
88300458--88300555	26	3.8	26	83	1	135	29	20	21	28	1.98
88300702--88300791	42	2.1	42	95	0	162	25	12	22	40	1.88
88303399--88303764	27	13.6	27	77	5	188	36	21	9	32	1.85
88303613--88303762	81	1.9	81	86	8	216	42	22	8	28	1.81
88303719--88303826	27	3.9	27	74	13	94	42	18	7	31	1.78
88304568--88304615	25	1.9	25	91	0	78	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88304643--88304676	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
88304658--88304713	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
88304658--88304713	20	2.8	20	94	0	94	37	12	19	30	1.89
88304763--88304911	26	5.8	26	91	0	230	26	22	23	27	2.00
88305062--88305147	42	2.0	42	91	4	138	26	12	20	39	1.89
88307470--88307582	27	4.1	27	77	4	102	38	21	7	32	1.80
88307463--88307574	55	2.0	55	84	0	143	38	25	6	29	1.80
88307571--88307662	27	3.4	27	84	0	103	27	20	8	43	1.81
88307694--88307831	27	5.1	27	76	4	118	39	19	8	31	1.82
88307694--88307900	54	3.8	54	77	8	168	39	19	9	31	1.83
88307795--88307872	29	2.8	29	77	16	83	44	15	6	33	1.72
88307747--88307876	27	4.7	27	78	8	120	43	18	6	31	1.77
88308621--88308668	25	1.9	25	95	0	87	27	18	20	33	1.96
88308696--88308729	16	2.3	15	90	10	52	38	8	17	35	1.81
88308711--88308766	11	5.5	11	75	16	66	37	12	19	30	1.89
88308711--88308766	20	2.8	20	94	0	94	37	12	19	30	1.89
88308816--88308938	52	2.4	51	95	2	221	26	22	23	27	2.00
88308816--88308938	26	4.8	26	91	1	187	26	22	23	27	2.00
88309085--88309174	42	2.1	42	93	0	153	26	12	22	38	1.89
88311761--88311823	31	2.0	31	96	0	117	26	15	23	33	1.95
88333622--88333871	51	4.9	51	91	1	367	31	22	14	31	1.94
88333895--88333965	28	2.5	28	90	0	115	29	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88336520--88336663	48	3.0	48	79	6	166	21	14	29	34	1.93
88341862--88341917	26	2.2	26	90	6	87	30	8	25	35	1.86
88343540--88343644	27	3.9	27	86	9	135	19	24	21	34	1.96
88345393--88345428	18	1.9	19	88	5	56	66	8	2	22	1.31
88347791--88348068	43	6.5	43	79	2	218	31	28	14	25	1.95
88347793--88348054	86	3.1	85	81	7	273	30	29	14	25	1.95
88349746--88349785	20	1.9	22	85	10	57	57	7	22	12	1.60
88352083--88352197	41	2.8	41	83	0	140	28	21	11	38	1.88
88352298--88352370	7	10.0	7	85	5	83	42	0	1	56	1.08
88352832--88352877	21	2.2	21	88	0	65	43	32	4	19	1.71
88353063--88353104	21	2.0	21	90	0	66	47	33	0	19	1.49
88353381--88353496	40	2.9	40	85	2	162	27	20	23	28	1.99
88365328--88365505	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88365349--88365504	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88372462--88372500	17	2.3	17	100	0	78	15	43	25	15	1.86
88378205--88378550	27	12.9	27	82	6	312	39	19	10	29	1.86
88378460--88378623	54	3.0	53	83	3	202	39	19	17	23	1.92
88378460--88378593	27	5.0	27	87	3	189	40	19	17	23	1.91
88378462--88378621	27	6.0	26	83	3	113	38	18	18	24	1.93
88380769--88380859	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
88380967--88381030	28	2.3	28	91	0	101	31	7	28	32	1.85
88385951--88386061	43	2.6	43	77	5	125	33	26	14	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88386018--88386239	50	4.6	49	79	11	183	24	29	17	28	1.97
88395283--88395364	32	2.5	31	82	7	92	15	35	28	20	1.94
88398103--88398265	42	3.9	42	85	4	206	34	25	19	20	1.96
88398081--88398266	83	2.2	83	84	5	243	35	23	19	21	1.96
88401870--88401922	26	2.1	25	85	3	70	41	22	15	20	1.89
88401929--88402005	27	2.9	26	77	7	75	35	18	23	23	1.96
88402141--88402221	27	3.0	27	77	0	90	28	20	17	33	1.95
88402942--88402993	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
88402997--88403166	85	2.0	85	94	0	295	34	28	15	21	1.94
88403676--88403729	27	2.0	27	86	10	76	35	18	24	22	1.96
88403676--88403729	26	2.0	26	86	10	74	35	18	24	22	1.96
88403736--88403792	27	2.1	27	90	0	87	26	24	17	31	1.97
88404619--88404746	27	4.7	27	89	3	186	25	20	17	36	1.94
88408677--88408818	27	5.3	27	80	3	160	37	19	18	24	1.94
88408673--88408814	54	2.6	53	85	3	185	37	18	19	24	1.94
88409490--88409549	27	2.3	27	82	2	68	21	23	18	36	1.95
88417115--88417184	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
88417115--88417212	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
88420358--88420510	43	3.6	43	80	7	184	25	16	27	30	1.97
88443439--88443594	54	2.9	54	83	7	185	42	21	8	26	1.82
88443439--88443593	27	5.7	27	79	8	165	43	21	9	26	1.82
88443442--88443592	81	1.9	80	83	10	200	43	21	8	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88443440--88443652	54	3.9	55	77	11	156	42	19	8	29	1.82
88443549--88443656	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
88443697--88443770	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
88443710--88443774	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
88444482--88444548	20	3.3	20	85	4	91	40	11	17	29	1.86
88444598--88444733	26	5.3	26	85	3	181	28	22	22	25	1.99
88444598--88444733	52	2.7	50	92	5	213	28	22	22	25	1.99
88455064--88455111	15	3.2	16	85	14	75	72	0	0	27	0.84
88455065--88455117	25	2.1	25	85	0	70	73	1	0	24	0.93
88455065--88455107	5	8.6	5	82	10	52	74	0	0	25	0.82
88455069--88455117	10	4.9	10	80	7	55	73	2	0	24	0.94
88473725--88473805	38	2.1	38	84	4	101	37	7	9	45	1.66
88490212--88490325	43	2.7	43	78	5	106	27	17	21	33	1.96
88491045--88491087	12	3.8	11	77	17	52	13	0	27	58	1.37
88491044--88491087	24	1.9	22	90	9	70	13	0	27	59	1.35
88495738--88495767	14	2.1	15	93	6	53	53	6	33	6	1.53
88495790--88495814	13	1.9	13	100	0	50	48	8	32	12	1.69
88497060--88497093	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
88497061--88497097	18	2.1	18	89	0	56	48	8	2	40	1.47
88497545--88497836	28	10.5	28	84	4	308	27	14	26	31	1.95
88497545--88497836	84	3.5	84	83	4	342	27	14	26	31	1.95
88507828--88507998	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88507820--88507995	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
88510386--88510474	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
88510386--88510465	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
88510397--88510474	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
88513442--88513612	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
88513434--88513609	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
88516046--88516086	22	1.9	21	85	5	55	14	46	12	26	1.80
88517403--88517445	14	3.0	14	86	10	52	72	2	20	4	1.14
88518718--88518761	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
88518760--88518796	19	2.0	19	89	5	58	51	8	5	35	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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