genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29216766--29216916	54	2.8	54	84	0	176	27	7	23	41	1.82
29216948--29217039	27	3.4	27	83	5	114	42	7	21	28	1.80
29217019--29217242	27	8.2	27	75	8	105	33	8	21	36	1.83
29217019--29217135	28	4.3	27	83	4	126	32	9	17	40	1.82
29217019--29217149	55	2.4	54	77	8	138	32	8	19	38	1.82
29223889--29223994	25	4.3	25	78	5	101	20	24	19	34	1.96
29225240--29225312	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
29225593--29225618	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
29228593--29228764	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
29228595--29228817	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
29228593--29228817	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
29228749--29228826	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
29234393--29234422	14	2.1	14	100	0	60	36	6	13	43	1.70
29234971--29235221	61	4.1	61	99	0	493	44	18	6	30	1.76
29235571--29235624	26	2.1	26	96	0	99	42	12	7	37	1.72
29236156--29236290	56	2.4	56	89	0	216	35	23	14	25	1.94
29236156--29236435	145	1.9	145	91	1	454	35	23	13	27	1.93
29236202--29236378	89	2.0	89	94	0	309	36	23	13	26	1.92
29236294--29236444	56	2.7	56	91	0	248	35	22	13	29	1.92
29238302--29238354	23	2.3	23	90	3	81	33	16	22	26	1.96
29238340--29238377	19	2.0	19	94	0	67	23	21	26	28	1.99
29239825--29240020	53	3.6	53	75	2	149	20	23	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29250100--29250512	212	1.9	212	95	0	745	36	12	12	38	1.81
29252823--29253000	61	3.0	60	89	0	257	44	2	3	49	1.33
29256373--29256415	22	2.0	22	86	9	61	37	25	13	23	1.92
29258335--29258875	269	2.0	269	99	0	1073	32	10	24	32	1.89
29260524--29260641	41	2.9	41	81	7	123	40	16	22	21	1.91
29260709--29260848	15	9.6	15	70	10	76	18	0	29	52	1.46
29260709--29260787	7	11.0	7	69	10	52	15	0	27	56	1.39
29260747--29260846	29	3.4	29	79	6	85	19	0	31	50	1.48
29260771--29260818	22	2.2	21	79	13	53	18	0	29	52	1.46
29260816--29260858	22	1.9	22	90	4	68	27	0	37	34	1.57
29260988--29261066	7	11.3	7	77	0	68	21	3	31	43	1.70
29260999--29261058	21	2.9	21	87	0	84	23	1	28	46	1.62
29269073--29269160	37	2.4	37	96	0	158	23	11	38	26	1.89
29274417--29274502	40	2.2	39	85	2	109	25	17	27	29	1.97
29277239--29277373	50	2.7	50	80	4	148	30	18	30	20	1.97
29277346--29277489	43	3.3	43	75	11	132	27	15	26	31	1.96
29281367--29281445	40	2.0	39	85	2	104	30	16	26	26	1.97
29281472--29281551	40	2.0	40	97	0	151	22	21	27	28	1.99
29283131--29283228	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
29291029--29291126	40	2.5	40	90	5	146	24	24	29	21	1.99
29294275--29294339	32	2.0	32	100	0	130	27	15	12	44	1.82
29294560--29294608	25	2.0	25	95	0	89	10	0	20	69	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29294750--29295020	86	3.2	86	81	0	290	25	16	26	31	1.96
29294748--29294963	43	5.0	43	80	2	211	24	18	25	31	1.97
29294776--29295018	43	5.7	42	80	2	243	24	16	27	31	1.97
29294748--29295006	129	2.0	129	80	4	290	25	16	25	31	1.97
29298120--29298290	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
29298115--29298287	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
29298709--29298768	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
29300872--29300910	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
29300872--29300918	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
29306944--29307002	27	2.2	27	84	6	75	33	18	22	25	1.96
29308510--29308687	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
29308531--29308686	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
29318268--29318444	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
29320906--29320933	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
29321193--29321371	48	3.9	48	75	10	183	23	20	25	30	1.99
29322995--29323607	27	22.8	27	79	9	442	40	19	9	30	1.83
29322978--29323607	54	11.7	54	80	7	586	40	20	9	30	1.83
29322992--29323610	81	7.7	82	78	8	549	40	19	9	30	1.83
29323976--29324023	22	2.2	22	100	0	96	27	25	18	29	1.98
29324113--29324185	32	2.3	32	80	0	92	21	20	24	32	1.97
29324417--29324472	28	2.0	28	89	0	85	23	25	21	30	1.99
29325770--29325859	42	2.1	42	91	2	144	50	15	5	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29330510--29330590	42	1.9	42	94	0	144	49	14	6	29	1.68
29335866--29336093	48	4.9	48	73	7	189	27	21	22	28	1.99
29336611--29336907	154	1.9	153	92	2	497	24	20	26	27	1.99
29336911--29336953	20	2.2	20	95	0	77	20	32	25	20	1.97
29349092--29349142	20	2.7	19	79	8	59	54	3	9	31	1.51
29349765--29349801	13	2.7	14	84	16	51	37	2	21	37	1.68
29351957--29352420	232	2.0	232	99	0	910	38	17	18	25	1.93
29352664--29352929	46	5.7	47	76	8	190	22	28	20	28	1.98
29352664--29352929	47	5.7	47	75	9	199	22	28	20	28	1.98
29359958--29360001	21	2.1	21	95	0	79	36	29	9	25	1.86
29360448--29360489	21	2.0	21	81	9	50	33	21	14	30	1.93
29377781--29377812	14	2.3	14	94	0	55	3	12	0	84	0.74
29377909--29377941	15	2.3	15	89	5	50	39	0	6	54	1.25
29378378--29378417	11	3.5	11	83	6	53	42	0	0	57	0.98
29380980--29381070	45	2.0	45	86	0	128	36	12	20	30	1.89
29385215--29385323	55	2.0	55	98	0	209	30	10	22	36	1.87
29386100--29386258	40	4.0	40	84	8	207	22	23	26	28	1.99
29393904--29394062	40	4.0	40	83	4	196	20	21	27	30	1.98
29395389--29395419	13	2.3	14	94	5	55	70	0	29	0	0.87
29396803--29396960	43	3.7	43	77	12	164	24	17	27	30	1.97
29404005--29404061	30	1.9	30	82	13	73	28	24	5	42	1.76
29423357--29423466	47	2.3	47	85	0	139	24	15	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29424734--29424950	27	8.0	27	91	0	272	41	20	6	31	1.79
29424743--29424975	81	2.9	81	88	1	324	41	19	7	31	1.80
29424743--29425035	27	10.9	27	84	4	267	39	20	8	31	1.82
29424743--29425035	81	3.6	80	83	5	295	39	20	8	31	1.82
29424904--29425152	81	3.1	79	79	4	194	35	20	9	34	1.85
29425025--29425217	27	7.2	27	85	0	244	29	20	8	40	1.83
29425025--29425217	81	2.4	80	87	0	269	29	20	8	40	1.83
29425544--29425603	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
29425778--29425818	6	6.8	6	88	0	64	17	17	12	53	1.72
29430612--29430690	38	2.1	38	97	0	149	40	26	3	29	1.73
29432491--29432740	48	5.2	48	89	2	387	26	27	20	26	1.99
29439104--29439175	35	2.1	35	89	0	108	26	23	12	37	1.90
29446025--29446310	48	6.0	48	90	1	391	28	29	17	25	1.97
29454260--29454319	24	2.6	24	82	15	81	56	6	1	35	1.35
29459879--29459985	44	2.4	44	88	0	160	27	27	16	28	1.97
29464075--29464121	22	2.1	22	96	0	85	48	4	8	38	1.53
29464549--29464591	20	2.0	20	86	8	59	67	6	4	20	1.33
29464560--29464603	20	2.2	20	84	8	54	70	6	2	20	1.21
29467558--29467670	43	2.7	43	81	12	135	31	23	15	29	1.95
29468974--29469020	25	2.0	25	87	8	71	48	27	6	17	1.71
29471491--29471556	32	2.0	32	82	11	80	48	18	3	30	1.63
29472082--29472211	56	2.3	56	100	0	260	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29477299--29477391	42	2.2	41	92	1	150	16	31	9	41	1.80
29479083--29479148	32	2.0	32	82	11	80	48	18	3	30	1.63
29479676--29479805	56	2.3	56	100	0	260	30	28	15	26	1.96
29480131--29480199	23	3.3	23	69	23	78	49	10	4	36	1.57
29480119--29480199	40	2.0	40	100	0	162	46	9	4	38	1.59
29481022--29481047	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
29483555--29483714	80	2.0	79	84	6	207	21	23	28	25	1.99
29483555--29483696	40	3.6	40	92	2	216	21	23	29	25	1.99
29491294--29491465	31	5.6	31	78	4	154	40	18	14	26	1.89
29493096--29493227	57	2.3	57	88	6	187	27	18	5	49	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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