genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64835335--64835431	45	2.2	45	78	0	104	35	22	15	26	1.94
64836258--64836399	27	5.3	27	84	6	171	39	21	9	29	1.84
64836258--64836399	54	2.6	54	87	0	203	39	21	9	29	1.84
64836258--64836437	54	3.3	54	83	1	173	38	22	8	31	1.84
64836428--64836560	27	4.9	27	85	1	160	35	18	21	24	1.96
64837075--64837139	22	3.0	22	75	8	69	21	26	21	30	1.98
64836912--64837307	216	1.8	217	83	3	530	22	19	22	34	1.97
64837298--64837398	27	3.7	27	85	5	114	21	22	17	37	1.94
64837530--64837658	25	5.5	24	68	20	58	20	19	13	45	1.84
64837577--64837630	6	8.8	6	76	11	56	20	14	14	50	1.78
64839762--64839813	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
64849171--64849231	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
64850599--64850740	67	2.1	68	85	5	187	19	27	22	30	1.98
64853581--64854452	48	18.1	48	99	0	1690	33	6	29	31	1.82
64854578--64854680	37	2.8	37	92	0	170	24	20	30	25	1.99
64855728--64855877	27	5.6	27	80	3	140	40	19	8	31	1.82
64855752--64855896	54	2.7	54	79	2	130	41	19	8	30	1.82
64855923--64856057	27	5.0	27	88	1	182	33	19	22	24	1.97
64855923--64856053	54	2.4	54	91	3	203	33	18	23	24	1.97
64856570--64856634	22	3.0	22	75	8	69	21	26	21	30	1.98
64856406--64856802	216	1.8	217	84	3	541	23	19	23	34	1.97
64856793--64856899	27	4.0	26	83	6	79	20	23	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64857018--64857140	37	3.3	37	86	0	165	18	17	15	48	1.81
64857089--64857176	6	14.3	6	75	13	81	18	19	13	48	1.80
64857095--64857164	25	2.8	25	88	0	104	18	20	14	47	1.83
64857059--64857164	31	3.4	30	77	10	97	18	17	15	48	1.82
64866635--64866670	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
64866622--64866662	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
64866824--64866908	21	4.0	21	87	3	98	35	25	22	16	1.95
64869103--64869172	34	2.1	33	89	7	106	24	24	24	27	2.00
64870972--64871060	24	3.7	24	82	11	119	19	30	22	28	1.98
64882517--64882683	50	3.4	50	81	4	203	29	10	17	41	1.84
64896049--64896303	50	5.1	50	80	1	269	30	11	18	40	1.85
64904084--64904322	50	4.8	50	86	3	345	24	17	29	28	1.97
64904082--64904322	101	2.4	100	89	2	349	24	17	29	28	1.97
64908718--64908844	39	3.2	39	88	2	173	25	25	22	26	2.00
64908731--64908862	40	3.3	40	89	1	167	25	24	22	28	2.00
64917060--64917119	30	2.0	30	86	0	84	31	25	6	36	1.82
64921891--64922019	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
64924629--64924667	20	2.0	20	84	0	51	33	0	10	56	1.33
64924877--64925141	46	5.7	46	74	12	247	23	19	26	30	1.98
64924926--64925084	47	3.4	47	76	11	191	24	18	27	29	1.98
64924874--64925136	93	2.8	93	93	0	438	23	19	27	29	1.98
64927724--64928156	188	2.3	188	92	3	729	30	11	19	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64927772--64928156	94	4.1	94	97	0	725	28	11	20	38	1.88
64928191--64928254	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
64933296--64933323	13	2.2	13	100	0	56	28	32	21	17	1.96
64946057--64946282	50	4.5	50	82	8	262	24	18	26	29	1.98
64946053--64946294	101	2.4	98	85	5	299	24	19	26	29	1.98
64949696--64949791	45	2.2	45	86	3	133	32	27	15	25	1.96
64949725--64949816	45	2.0	45	89	0	139	34	26	14	25	1.93
64950286--64950345	30	2.0	30	81	15	72	28	15	3	53	1.57
64950964--64951012	23	2.1	23	100	0	98	18	8	22	51	1.72
64958652--64958837	50	3.8	49	81	8	180	26	16	25	31	1.96
64958649--64958827	99	1.8	99	88	0	277	26	16	25	30	1.97
64962354--64962413	31	1.9	31	100	0	120	40	20	15	25	1.90
64962353--64962403	16	3.2	16	68	15	52	39	23	13	23	1.91
64963052--64963081	15	2.1	14	93	6	51	43	26	6	23	1.78
64963109--64963155	25	1.9	25	91	4	78	46	21	4	27	1.69
64963350--64963404	25	2.2	26	78	15	62	41	9	0	49	1.34
64966506--64966573	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
64966395--64966722	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	30	1.95
64966675--64966753	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
64971798--64971907	55	2.0	55	98	0	211	22	7	23	46	1.77
64975557--64975596	20	2.0	20	85	0	53	35	17	2	45	1.62
64975681--64975752	36	2.0	36	97	0	135	31	19	15	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64987504--64987644	44	3.3	43	80	9	135	34	24	17	24	1.96
64987503--64987643	42	3.3	43	81	8	162	33	24	17	24	1.96
64990786--64991030	29	8.4	29	71	9	142	37	12	25	24	1.91
64990787--64990897	58	1.9	58	92	0	186	33	13	29	23	1.93
64990786--64990916	58	2.2	57	85	5	181	35	12	27	23	1.92
64990785--64991008	87	2.6	86	80	11	258	37	12	26	24	1.91
64990934--64991023	30	3.1	30	75	4	94	40	13	24	22	1.90
64992068--64992564	47	10.6	47	97	0	922	29	30	8	32	1.87
64996319--64996579	40	6.5	40	82	4	269	24	27	22	24	2.00
64996304--64996579	120	2.3	121	82	3	308	25	27	22	25	2.00
64996887--64996965	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
64996947--64997049	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
64998969--64999077	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
64999286--65000651	47	29.1	47	97	0	2516	25	28	12	33	1.92
64999423--64999544	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
65014156--65014219	32	2.0	32	100	0	128	31	6	21	40	1.78
65015772--65015830	24	2.5	24	86	5	75	22	15	28	33	1.94
65021774--65022120	174	2.0	174	99	0	685	34	8	17	39	1.80
65025285--65025453	27	6.3	27	77	8	130	42	17	18	21	1.89
65025279--65025428	80	1.9	80	84	5	205	42	18	19	20	1.89
65025279--65025440	54	3.0	53	80	7	177	41	19	18	20	1.91
65025458--65025557	27	3.7	27	78	2	85	27	15	19	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65025513--65025580	27	2.6	27	85	2	84	22	16	19	42	1.89
65025904--65025958	18	3.1	18	81	0	74	23	21	14	40	1.90
65028759--65028932	27	6.4	27	85	1	179	35	19	22	22	1.96
65028753--65028932	81	2.2	81	80	4	204	35	20	22	21	1.96
65028885--65029048	27	6.1	27	80	9	156	26	15	20	37	1.93
65028871--65029025	81	1.9	80	80	6	179	29	14	18	36	1.91
65028921--65029053	53	2.5	55	84	10	177	25	15	20	39	1.91
65028921--65029055	27	5.0	27	84	8	177	25	14	20	39	1.91
65031937--65031992	18	3.1	18	86	0	85	21	17	19	41	1.91
65033809--65033863	20	2.8	20	97	0	101	43	30	12	12	1.80
65035668--65035879	39	5.4	39	95	0	343	32	29	19	18	1.96
65042257--65042574	39	8.2	39	88	0	474	29	28	21	20	1.98
65042257--65042574	117	2.7	117	97	0	582	29	28	21	20	1.98
65045316--65045578	27	9.7	27	83	1	262	39	19	8	31	1.82
65045405--65045632	27	8.4	27	79	5	79	40	20	7	31	1.81
65045623--65045845	27	8.3	27	83	0	232	37	19	18	24	1.94
65046271--65046335	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
65046494--65046555	26	2.3	27	86	2	81	14	22	24	38	1.91
65046704--65046837	31	4.3	31	95	0	232	18	14	14	51	1.76
65046727--65046879	6	24.8	6	68	19	84	18	15	16	49	1.81
65046745--65046865	31	4.3	26	85	8	93	19	15	16	48	1.81
65046745--65046834	19	5.5	19	62	32	64	18	15	16	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65046704--65046868	62	2.6	61	85	6	172	18	15	15	50	1.77
65047272--65047312	20	2.0	20	95	0	73	36	17	14	31	1.90
65048479--65048625	27	5.5	26	74	10	120	36	21	10	30	1.88
65048500--65048625	54	2.3	54	80	8	148	36	22	10	30	1.87
65048929--65049023	27	3.6	27	84	1	120	32	17	24	25	1.97
65049673--65049745	27	2.7	27	83	6	78	19	23	19	38	1.93
65049695--65049746	27	1.9	27	88	7	79	19	23	21	36	1.95
65049913--65050033	6	19.7	6	73	17	97	19	15	15	49	1.80
65049891--65050024	31	4.3	31	92	0	196	18	15	14	50	1.78
65049894--65050049	31	5.1	31	85	2	190	19	15	15	50	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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