genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88917192--88917328	47	3.0	46	72	20	124	29	28	18	22	1.98
88923762--88923839	39	2.0	39	97	0	147	41	14	12	32	1.83
88927860--88927958	28	3.4	28	71	15	83	25	28	20	26	1.99
88927860--88927981	60	2.0	59	83	9	149	27	24	20	27	1.99
88936977--88937023	20	2.3	20	96	0	85	23	36	27	12	1.91
88944536--88944569	16	2.1	16	100	0	68	61	5	5	26	1.42
88948066--88948137	23	3.2	23	72	18	62	36	16	26	20	1.94
88948442--88948476	17	2.1	17	100	0	70	48	11	0	40	1.39
88949318--88949344	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
88950944--88950973	15	2.0	15	93	0	51	53	16	16	13	1.73
88951814--88951857	12	3.7	12	78	0	52	31	38	22	6	1.81
88951811--88951856	24	1.9	24	90	0	74	32	39	19	8	1.82
88952977--88953010	13	2.6	13	95	0	59	14	20	5	58	1.57
88955791--88955870	38	2.1	38	95	0	142	35	6	42	16	1.73
88975589--88975766	46	3.8	46	77	5	198	29	26	20	22	1.99
88975597--88975767	93	1.8	93	91	2	281	29	27	21	22	1.99
88983172--88983506	46	7.2	46	71	9	277	29	27	19	23	1.98
88983226--88983484	47	5.6	47	75	15	286	30	28	18	23	1.97
88983180--88983506	93	3.5	93	98	0	618	29	27	19	23	1.98
88985160--88985214	25	2.2	25	96	0	101	29	0	21	49	1.50
88987722--88987798	24	3.3	24	69	10	61	20	7	14	57	1.62
88992952--88992990	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88993429--88993516	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
89000792--89000830	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
89001294--89001359	28	2.3	28	87	7	89	34	24	19	21	1.96
89001466--89001526	28	2.2	28	90	0	95	32	8	26	32	1.86
89004564--89004727	42	3.9	42	74	12	160	31	25	14	29	1.94
89012105--89012269	42	3.9	40	79	9	159	29	24	15	29	1.96
89012103--89012269	84	2.0	84	83	4	212	29	25	15	29	1.96
89014071--89014134	30	2.1	30	97	0	119	18	7	18	54	1.67
89015916--89016140	49	4.5	49	88	2	297	25	18	27	28	1.98
89015909--89016151	99	2.4	100	84	2	310	25	18	27	27	1.98
89021195--89021255	30	2.0	30	96	0	113	44	9	21	24	1.82
89031207--89031892	47	14.5	47	91	2	1086	32	9	29	28	1.88
89032011--89032089	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
89036139--89036210	20	3.6	19	72	20	51	44	20	20	13	1.86
89036223--89036360	40	3.5	40	75	5	127	39	16	23	21	1.92
89046569--89046862	55	5.4	55	66	12	192	33	19	19	27	1.96
89046498--89046909	108	3.7	108	87	5	551	31	19	19	29	1.96
89048919--89048945	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
89048954--89049020	18	3.8	18	84	2	82	68	1	5	23	1.20
89048950--89049020	36	2.0	35	88	2	106	66	1	5	26	1.22
89049141--89049196	6	9.5	6	94	3	87	66	0	3	30	1.09
89049217--89049247	11	2.8	11	90	0	53	19	25	22	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89049282--89049389	54	2.0	54	100	0	216	18	25	1	53	1.54
89055390--89055698	107	2.9	107	82	5	383	31	19	17	30	1.95
89060503--89060528	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
89062312--89062364	22	2.3	23	81	12	65	30	18	18	32	1.96
89062256--89062366	46	2.4	46	75	11	113	27	20	18	32	1.97
89070337--89070454	35	3.3	36	70	18	111	38	26	4	30	1.75
89070319--89070462	72	2.0	72	97	0	270	35	27	4	31	1.78
89072182--89072288	54	2.0	54	98	0	205	38	22	16	22	1.93
89077685--89077807	28	4.4	28	86	2	149	33	27	12	26	1.92
89077769--89077969	101	2.0	101	100	0	402	31	29	13	24	1.94
89078140--89078261	61	2.0	61	100	0	244	11	31	21	36	1.89
89089197--89089221	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
89090511--89090631	46	2.6	46	81	5	136	28	19	26	24	1.99
89095839--89095906	29	2.3	29	82	5	84	26	30	14	27	1.95
89095728--89096056	175	1.9	174	95	0	595	30	24	15	30	1.95
89096009--89096087	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
89102884--89102913	15	2.0	15	93	0	51	20	26	23	30	1.98
89108477--89108929	153	3.0	153	89	0	685	38	9	11	39	1.76
89111372--89111469	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
89111400--89111482	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
89111372--89111483	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
89121727--89121814	44	2.0	44	100	0	176	31	6	36	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89121750--89121820	21	3.3	20	67	19	54	30	5	35	28	1.80
89127833--89127887	26	2.1	26	89	0	83	20	10	30	38	1.87
89128074--89128104	2	15.5	2	93	0	53	51	45	0	3	1.17
89131416--89131448	14	2.4	14	100	0	66	45	0	0	54	0.99
89133898--89133939	20	2.1	20	95	0	75	54	0	4	40	1.21
89137248--89137320	36	2.0	36	100	0	146	10	28	16	43	1.82
89140778--89140844	33	2.0	33	94	0	116	41	7	8	41	1.64
89153071--89153173	46	2.1	49	82	8	131	35	29	13	21	1.92
89157375--89157411	18	2.0	19	89	5	58	67	0	5	27	1.12
89158010--89158091	40	2.0	40	97	0	155	46	14	24	14	1.82
89165684--89165732	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
89167553--89167597	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
89171306--89171436	43	2.9	45	70	16	128	29	22	24	23	1.99
89171261--89171661	89	4.5	90	86	6	512	31	18	24	25	1.97
89171263--89171659	45	9.0	43	69	10	264	31	18	24	25	1.98
89171609--89172176	264	2.1	264	94	0	1010	28	19	25	27	1.99
89173705--89173759	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
89173893--89173918	13	2.0	13	100	0	52	0	7	7	84	0.77
89178543--89178585	22	2.0	22	85	0	59	18	37	16	27	1.92
89179345--89179389	20	2.3	20	88	7	67	40	4	0	55	1.20
89179345--89179396	20	2.8	18	80	11	59	38	3	0	57	1.17
89179475--89179549	28	2.7	27	73	10	71	33	8	2	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89183512--89183562	19	2.9	17	75	13	50	72	1	17	7	1.18
89184807--89185143	50	6.7	50	72	2	239	33	21	19	25	1.97
89184807--89185147	100	3.4	99	88	1	466	33	21	19	25	1.97
89185306--89185427	44	2.8	43	80	7	131	31	17	21	29	1.96
89185588--89185708	45	2.7	43	77	8	127	31	23	20	24	1.98
89185731--89185762	16	2.0	16	93	0	55	28	37	15	18	1.92
89186156--89186198	22	2.0	22	90	0	68	18	41	13	25	1.88
89187264--89187308	20	2.3	20	88	7	67	40	4	0	55	1.20
89187264--89187315	20	2.8	18	80	11	59	38	3	0	57	1.17
89191878--89192127	123	2.0	123	100	0	500	33	16	16	33	1.92
89199198--89199269	28	2.6	28	90	0	108	30	26	12	30	1.93
89207599--89207721	55	2.2	56	88	2	176	26	12	28	33	1.92
89207599--89207721	28	4.4	28	90	2	176	26	12	28	33	1.92
89207624--89207734	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
89210019--89210090	28	2.6	28	90	0	108	30	26	12	30	1.93
89215360--89215417	9	6.6	9	75	23	52	22	3	0	74	0.97
89215360--89215411	5	10.4	5	78	15	54	21	3	0	75	0.97
89217444--89217478	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
89220291--89220360	35	2.0	35	100	0	140	34	11	11	42	1.77
89221236--89221304	33	2.1	33	94	0	120	43	8	5	42	1.59
89222219--89222324	42	2.5	44	84	9	137	18	18	16	46	1.85
89228521--89228573	18	2.8	18	75	16	54	58	0	1	39	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89235177--89235269	18	5.2	18	86	0	123	31	12	24	31	1.93
89235177--89235269	36	2.6	36	91	0	150	31	12	24	31	1.93
89238752--89238804	19	2.8	19	91	2	81	66	0	1	32	1.03
89238793--89238817	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
89246314--89246355	19	2.2	20	82	4	50	28	7	14	50	1.69
89246314--89246441	65	2.0	65	96	1	240	27	13	10	48	1.75
89246599--89246756	79	2.0	79	100	0	316	39	11	15	34	1.83
89250050--89250095	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
89257917--89258038	45	2.7	45	83	13	171	28	20	26	24	1.99
89257919--89258250	89	3.8	88	72	9	286	28	19	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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