genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59346693--59346776	25	3.4	26	79	8	68	23	20	23	32	1.98
59346706--59346775	25	2.8	24	82	6	86	24	21	27	27	1.99
59346834--59346890	9	5.9	9	76	15	60	36	21	7	35	1.80
59346826--59346892	20	3.3	20	100	0	134	34	19	10	35	1.86
59346826--59346881	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
59346944--59347003	25	2.4	25	97	0	111	30	21	18	30	1.97
59354530--59354592	31	2.0	31	84	6	83	23	22	15	38	1.93
59354802--59354884	25	3.4	24	86	8	105	25	22	22	28	1.99
59354943--59354999	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
59354935--59355001	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
59354935--59355005	11	7.0	11	74	18	73	33	19	11	35	1.88
59362779--59362915	24	5.7	24	83	0	157	34	29	13	22	1.92
59362779--59362915	72	1.9	72	87	0	202	34	29	13	22	1.92
59364159--59364194	15	2.5	14	86	8	54	25	8	0	66	1.19
59367300--59367336	16	2.3	16	95	0	65	21	16	5	56	1.59
59367666--59367711	21	2.2	21	88	0	65	26	30	32	10	1.90
59369414--59369597	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
59369414--59369597	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
59372101--59372298	48	4.1	48	78	3	202	24	27	19	28	1.99
59372112--59372291	95	1.9	97	88	2	274	25	27	18	28	1.98
59374300--59374428	50	2.5	51	88	5	190	34	16	22	26	1.95
59374404--59374552	31	4.8	31	85	3	210	28	18	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59374551--59374586	7	5.1	7	100	0	72	44	13	27	13	1.82
59374590--59374755	47	3.7	47	80	7	157	28	15	25	30	1.95
59374685--59374798	42	2.7	42	87	2	158	30	14	25	29	1.94
59379314--59379369	28	2.0	28	96	0	103	42	23	7	26	1.79
59383261--59383285	13	1.9	13	100	0	50	4	32	40	24	1.73
59384291--59384409	54	2.2	52	89	2	175	22	25	17	34	1.96
59384312--59384427	54	2.2	53	87	4	162	24	25	13	36	1.92
59386448--59386560	56	2.0	56	96	0	208	42	11	22	23	1.86
59392508--59393012	40	12.6	40	89	0	751	27	21	27	23	1.99
59392512--59393012	160	3.1	160	94	0	833	26	21	27	23	1.99
59393234--59393533	150	2.0	150	98	0	582	33	11	19	36	1.88
59398701--59398737	17	2.1	17	90	5	56	2	37	2	56	1.28
59399949--59400014	34	1.9	34	84	6	89	24	22	24	28	1.99
59405882--59405950	22	3.1	22	82	0	75	43	15	20	20	1.88
59412547--59412764	109	2.0	109	98	0	418	32	14	30	22	1.94
59414674--59414995	28	11.5	28	98	0	610	25	11	28	34	1.90
59416242--59416478	119	2.0	119	97	0	447	34	17	19	28	1.95
59418799--59419085	144	2.0	144	96	0	529	33	18	23	24	1.97
59419608--59419736	65	2.0	65	95	0	231	37	15	23	24	1.93
59420322--59420467	72	2.0	72	97	0	274	28	15	23	32	1.95
59421852--59421975	61	2.0	62	90	4	198	29	4	21	44	1.71
59422167--59422208	21	2.0	21	85	0	57	69	2	14	14	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59423652--59423801	27	5.4	28	91	3	205	25	12	29	33	1.92
59423677--59423801	55	2.3	55	94	0	214	25	12	29	32	1.92
59424934--59425019	43	2.0	42	88	2	127	36	12	19	30	1.89
59431950--59432159	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
59431897--59432159	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
59431950--59432194	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
59437343--59437395	26	2.0	26	96	0	97	24	7	20	47	1.76
59440741--59440805	24	2.6	25	87	4	105	23	20	29	27	1.98
59441011--59441197	27	6.9	27	88	0	257	27	21	16	34	1.95
59448592--59448776	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
59448573--59448776	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
59456456--59456525	32	2.2	32	89	0	104	24	35	24	15	1.94
59457907--59457931	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
59459091--59459143	11	5.0	11	81	6	65	37	13	16	32	1.88
59459091--59459141	21	2.4	21	90	0	75	39	11	15	33	1.84
59459103--59459151	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
59459199--59459269	25	2.8	24	89	4	97	25	21	25	28	1.99
59463934--59463975	22	1.9	22	100	0	84	50	14	0	35	1.43
59469218--59469393	50	3.5	48	82	3	190	26	18	25	30	1.98
59469211--59469402	49	3.9	48	75	12	190	26	19	25	29	1.98
59469895--59469931	15	2.5	15	95	0	65	35	13	2	48	1.57
59472136--59472185	15	3.3	15	86	8	66	14	12	18	56	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59474957--59475139	50	3.7	49	79	4	190	26	18	25	29	1.98
59474964--59475151	99	1.9	100	83	6	247	27	18	25	29	1.98
59483013--59483064	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59485062--59485187	47	2.7	47	80	2	155	26	25	19	28	1.99
59489504--59489538	16	2.2	16	100	0	70	51	8	28	11	1.67
59489654--59489678	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
59492485--59492594	47	2.3	47	95	0	193	25	20	25	29	1.99
59497500--59497553	22	2.5	22	90	0	81	14	3	53	27	1.58
59499663--59499699	16	2.3	16	100	0	74	24	0	13	62	1.31
59502779--59502817	21	2.0	21	90	10	64	25	12	43	17	1.85
59510476--59510611	54	2.5	55	73	13	136	20	27	25	26	1.99
59524246--59524498	68	3.9	64	77	10	210	29	16	29	24	1.97
59524315--59524498	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
59537450--59537616	43	3.9	42	78	9	169	28	16	23	31	1.96
59543879--59544024	43	3.4	41	79	10	143	30	28	17	22	1.97
59550991--59551023	17	1.9	17	93	0	57	45	3	9	42	1.51
59559938--59560280	40	8.6	40	91	2	485	27	27	20	24	1.99
59567967--59568284	40	8.0	40	96	0	548	27	27	20	24	1.99
59571767--59571880	43	2.7	42	80	4	122	31	26	17	24	1.97
59573631--59573701	36	1.9	37	94	2	126	39	15	19	25	1.91
59580838--59580916	37	2.1	37	92	0	131	26	17	12	43	1.85
59581561--59581606	19	2.4	20	82	17	62	13	10	30	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59592542--59592575	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
59592542--59592575	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
59602745--59602813	34	2.0	34	91	0	111	26	5	28	39	1.79
59607248--59607298	26	2.0	26	92	0	84	25	25	11	37	1.90
59610841--59611110	134	2.0	133	98	0	522	41	9	15	34	1.79
59611142--59611201	29	2.0	30	81	9	70	50	8	15	26	1.72
59615722--59615795	3	24.7	3	100	0	148	67	0	32	0	0.91
59619309--59619403	44	2.2	42	81	7	102	23	20	24	32	1.98
59629091--59629188	28	3.5	28	95	1	171	32	28	12	26	1.92
59631497--59631577	29	2.8	29	90	0	117	24	32	17	25	1.97
59631649--59631695	18	2.6	18	83	6	60	19	34	21	25	1.96
59631802--59631844	16	2.7	16	77	0	50	11	18	16	53	1.72
59638234--59638427	47	4.1	47	87	0	262	32	11	29	25	1.92
59638269--59638564	94	3.1	94	80	9	248	34	10	28	27	1.90
59638398--59638580	98	1.9	95	88	5	278	36	6	26	30	1.82
59638397--59638580	48	3.8	48	87	6	273	36	6	26	30	1.82
59638726--59638834	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
59644824--59644943	43	2.8	43	92	0	204	30	32	24	13	1.93
59645076--59645176	38	2.7	38	82	0	121	29	26	19	23	1.98
59649990--59650114	40	3.1	40	88	6	191	26	27	20	25	1.99
59656379--59656506	49	2.6	49	85	3	168	25	31	17	25	1.97
59656525--59656739	46	4.7	44	75	11	150	22	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59656334--59656742	48	8.7	47	72	12	213	24	29	18	27	1.98
59659426--59659589	42	3.9	42	79	6	179	31	14	24	29	1.95
59663739--59664046	40	7.7	40	87	0	420	27	27	21	24	1.99
59664100--59664174	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
59666308--59666814	49	10.6	49	95	3	860	29	29	8	32	1.86
59666308--59666814	145	3.5	143	95	3	862	29	29	8	32	1.86
59690752--59690957	40	5.2	40	87	5	267	26	25	20	27	1.99
59690778--59691007	40	5.8	40	89	4	279	25	26	20	26	1.99
59690752--59691003	80	3.2	79	82	8	271	26	25	20	27	1.99
59693366--59693426	24	2.7	22	83	11	70	68	13	8	9	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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