genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.197.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67888733--67888802	29	2.4	29	88	4	106	22	28	12	35	1.91
67892825--67892887	28	2.2	28	97	0	117	42	9	3	44	1.52
67895966--67896499	138	3.9	138	92	1	822	40	8	5	45	1.58
67896126--67896338	67	3.1	67	63	21	170	40	8	7	43	1.63
67897495--67897726	56	4.1	56	98	0	446	45	9	21	22	1.81
67916901--67917161	128	2.0	129	94	1	461	32	17	17	32	1.93
67924277--67924374	34	2.9	34	75	13	96	27	18	22	31	1.97
67927951--67928038	45	1.9	47	86	4	126	23	21	17	37	1.94
67927950--67928064	23	4.9	23	81	9	126	26	21	15	35	1.94
67927952--67928064	45	2.4	46	81	10	122	26	22	15	36	1.93
67930726--67930949	48	4.8	47	71	12	167	30	24	18	26	1.98
67932801--67932889	41	2.2	40	93	2	151	13	42	24	19	1.87
67934228--67934483	55	4.9	52	77	12	231	35	17	25	21	1.95
67934236--67934436	108	1.8	110	89	4	318	34	17	25	22	1.96
67934552--67934596	23	1.9	24	95	4	83	44	11	22	22	1.84
67935206--67935305	51	2.0	49	96	3	182	40	6	14	40	1.70
67940655--67940696	19	2.2	19	91	0	66	38	4	11	45	1.62
67941729--67941983	55	4.8	52	78	10	225	36	17	25	21	1.94
67941736--67941936	108	1.8	110	86	6	293	33	17	25	22	1.96
67941850--67941983	49	2.6	50	83	6	155	36	17	25	20	1.94
67942052--67942096	23	1.9	24	95	4	83	44	11	22	22	1.84
67942175--67942205	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67946145--67946315	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
67946137--67946312	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
67946735--67946794	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
67949607--67949871	46	5.7	46	71	15	231	21	21	27	29	1.99
67949653--67949821	47	3.6	47	75	13	195	22	20	27	28	1.99
67949604--67949867	93	2.8	93	97	0	483	21	21	28	28	1.99
67969998--67970049	21	2.4	21	90	3	86	26	23	0	50	1.50
67975929--67975971	14	3.0	15	86	10	63	0	9	2	88	0.60
67975929--67975965	10	3.7	10	92	7	58	0	8	0	91	0.41
67976501--67976541	17	2.4	17	91	4	64	58	0	31	9	1.31
67980024--67980089	9	7.7	9	75	20	61	33	0	1	65	1.02
67980001--67980094	36	2.5	37	81	15	104	35	0	3	61	1.12
67984968--67985135	41	4.1	40	81	7	160	21	17	25	35	1.95
67984995--67985203	82	2.6	81	78	9	201	19	17	26	36	1.94
67988406--67988453	18	2.7	18	76	0	51	41	16	12	29	1.85
67988636--67988676	20	2.0	20	86	9	57	36	21	14	26	1.93
67996522--67996567	20	2.3	21	74	11	51	41	17	2	39	1.62
67996796--67996832	15	2.6	14	88	12	58	48	16	0	35	1.46
68006394--68006430	19	1.9	19	100	0	74	40	10	16	32	1.83
68010606--68010654	24	2.0	24	92	0	80	38	28	16	16	1.90
68015256--68015433	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
68015277--68015432	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68020523--68020567	20	2.2	20	84	7	56	35	11	4	48	1.59
68026189--68026231	22	2.0	22	86	9	61	30	34	2	32	1.71
68027128--68027203	40	1.9	40	100	0	152	36	21	7	34	1.82
68039608--68039674	20	3.3	20	89	2	98	10	32	20	35	1.87
68047857--68048212	47	7.5	44	69	18	154	29	19	27	23	1.98
68050609--68050743	43	3.1	43	77	6	128	42	21	15	20	1.89
68051405--68051454	18	2.7	19	84	6	68	34	14	22	30	1.93
68055119--68055177	11	5.5	11	74	11	52	67	3	0	28	1.06
68055411--68055469	31	1.9	30	83	10	75	30	20	1	47	1.60
68056172--68056214	20	2.2	20	95	0	77	51	2	25	20	1.60
68058296--68058354	24	2.5	24	91	0	91	28	18	15	37	1.91
68060824--68060875	15	3.2	15	73	19	50	44	0	3	51	1.19
68060908--68060948	14	3.0	14	82	10	50	46	0	0	53	1.00
68062623--68062664	21	2.0	20	86	13	59	73	2	19	4	1.12
68063702--68063733	6	5.3	6	92	0	55	18	21	15	43	1.87
68068708--68068962	127	2.0	127	98	0	492	24	22	12	40	1.89
68072388--68072659	97	2.8	97	98	0	517	22	18	9	48	1.78
68073567--68073648	29	2.7	29	79	9	94	41	10	12	35	1.78
68076296--68076507	106	2.0	106	92	0	352	21	21	17	39	1.92
68077595--68077631	18	2.0	19	89	5	58	70	2	0	27	1.01
68093437--68093554	43	2.8	42	78	11	150	30	23	18	27	1.98
68114925--68114962	20	2.0	19	90	10	60	18	18	0	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68127993--68128170	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
68127994--68128149	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
68127990--68128170	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
68130682--68130717	17	2.1	17	100	0	72	27	16	22	33	1.95
68159668--68159736	28	2.4	28	90	2	111	34	5	28	30	1.81
68160210--68160250	22	1.9	21	85	5	55	43	9	14	31	1.78
68162843--68162871	8	3.8	8	90	9	51	48	27	0	24	1.51
68162838--68162874	15	2.5	15	90	0	65	45	32	0	21	1.52
68166630--68166654	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
68166629--68166664	18	1.9	19	94	5	65	5	16	0	77	0.94
68166676--68166925	137	1.8	135	81	8	308	42	9	4	43	1.58
68170714--68170797	12	6.6	12	70	27	50	63	1	4	30	1.23
68170754--68170796	17	2.5	18	75	24	56	67	0	6	25	1.15
68172096--68172154	25	2.4	25	94	5	102	8	5	37	49	1.55
68172719--68173457	132	5.6	132	92	1	1205	27	24	17	30	1.97
68172850--68173457	88	6.9	87	71	14	324	27	25	17	29	1.97
68174356--68174388	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
68174356--68174394	18	2.2	18	90	0	60	12	5	0	82	0.83
68178175--68178227	14	3.7	14	79	20	65	43	11	22	22	1.85
68178233--68178332	50	2.0	50	100	0	200	42	16	8	34	1.77
68193084--68193338	40	6.4	40	90	5	378	23	23	28	23	2.00
68201334--68201589	40	6.5	40	89	5	362	24	24	28	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68205131--68205189	25	2.4	25	91	5	93	10	5	35	49	1.59
68210261--68210346	43	2.0	43	88	0	127	23	23	2	51	1.60
68210795--68211624	3	276.7	3	100	0	1660	33	0	0	66	0.92
68213333--68213392	29	2.1	29	83	0	75	40	5	23	31	1.76
68213729--68213983	55	4.8	53	80	6	241	35	16	26	21	1.95
68213739--68213935	108	1.8	110	87	2	299	34	16	26	23	1.95
68214052--68214099	23	2.0	24	84	4	62	41	10	25	22	1.85
68214175--68214205	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
68221266--68221520	55	4.8	53	77	9	202	37	16	24	21	1.93
68221273--68221473	108	1.8	110	85	4	282	36	16	24	22	1.94
68226702--68226848	40	3.6	40	88	3	206	33	27	15	23	1.95
68227333--68227372	21	2.0	20	85	5	53	50	25	0	25	1.50
68229108--68229227	59	2.0	59	96	0	222	52	5	18	23	1.67
68229916--68229999	43	2.0	43	84	6	111	26	23	2	47	1.64
68232031--68232100	30	2.3	30	97	0	131	18	38	20	22	1.93
68256616--68256645	15	2.1	14	93	6	51	0	13	3	83	0.77
68257328--68257407	21	3.8	21	81	3	79	17	31	27	23	1.97
68260372--68260465	30	3.2	30	96	1	172	24	17	23	35	1.95
68265607--68265914	153	2.0	154	94	0	537	31	19	12	37	1.88
68266659--68266699	20	2.0	20	90	0	64	56	14	19	9	1.66
68267012--68267065	24	2.2	24	86	0	72	18	9	37	35	1.83
68269198--68269254	5	11.0	5	87	10	62	73	0	26	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68269459--68269483	12	2.1	12	100	0	50	8	16	32	44	1.76
68269538--68269797	41	6.4	41	85	2	328	35	23	20	20	1.96
68274234--68274264	11	2.8	11	95	0	53	3	0	32	64	1.09
68275344--68275446	43	2.4	43	90	0	152	22	17	28	32	1.96
68276522--68276607	43	2.0	43	93	0	145	52	0	23	24	1.47
68276522--68276583	15	4.3	15	66	22	51	54	0	20	24	1.44
68281487--68281764	138	2.0	138	93	0	475	44	17	11	25	1.83
68291247--68291348	38	2.7	38	86	3	143	20	23	24	31	1.98
68293147--68293257	57	1.9	57	81	5	134	25	17	27	30	1.97
68293179--68293275	28	3.4	28	72	9	81	22	17	31	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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