genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86763580--86763620	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
86763352--86763676	161	2.0	161	98	0	632	33	18	24	23	1.97
86767659--86767710	19	2.7	19	77	14	61	78	1	13	5	1.01
86770242--86770302	21	3.0	21	90	2	88	21	27	39	11	1.88
86771592--86771806	46	4.6	46	80	4	216	24	27	19	28	1.98
86771592--86771806	94	2.3	94	83	4	256	24	27	19	28	1.98
86779102--86779126	10	2.5	10	100	0	50	32	28	16	24	1.96
86779160--86779279	49	2.4	49	88	4	170	20	27	22	29	1.99
86779345--86779469	46	2.7	46	85	6	164	21	27	20	30	1.98
86781698--86781738	22	1.9	22	90	5	66	17	26	43	12	1.84
86782860--86782986	49	2.6	50	82	6	163	22	29	19	27	1.98
86783091--86783220	47	2.8	45	77	12	129	23	29	18	29	1.98
86788801--86788845	23	2.0	23	81	0	54	62	28	2	6	1.33
86803914--86804086	43	4.0	43	74	12	167	31	27	18	23	1.97
86811472--86811529	30	2.0	30	82	3	73	43	12	8	36	1.73
86816935--86816995	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
86817706--86817877	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
86817730--86817913	67	2.8	64	76	10	187	29	16	30	22	1.96
86826592--86826767	50	3.5	49	85	4	192	27	17	27	27	1.97
86826592--86826783	99	1.9	101	81	2	235	27	17	27	28	1.97
86833976--86834039	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
86834017--86834041	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86841251--86841402	75	2.0	75	100	0	304	35	15	19	29	1.92
86843418--86843590	83	2.1	83	94	0	301	36	20	12	31	1.89
86851811--86851861	26	2.0	24	82	17	59	39	13	7	39	1.74
86855191--86855217	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
86856504--86856543	20	2.0	20	95	0	71	57	5	7	30	1.48
86868327--86868502	48	3.7	48	88	0	262	26	30	16	26	1.97
86870332--86870376	17	2.6	17	89	0	54	35	15	20	28	1.93
86871873--86871965	19	4.9	19	70	19	70	39	2	2	55	1.24
86871873--86871965	36	2.5	36	80	13	91	39	2	2	55	1.24
86873858--86873893	12	3.0	12	100	0	72	41	8	8	41	1.65
86876291--86876326	17	2.1	18	90	10	58	38	0	11	50	1.38
86881326--86881380	27	2.0	27	100	0	110	32	14	14	38	1.87
86883286--86883323	18	2.1	18	85	9	51	2	15	7	73	1.17
86887499--86887649	24	6.2	24	73	12	87	31	5	2	60	1.35
86887625--86887690	27	2.4	28	80	10	73	30	3	6	60	1.36
86887804--86887898	48	2.0	48	83	6	120	28	7	2	62	1.34
86887794--86887905	25	4.7	23	72	14	77	26	6	3	63	1.35
86888420--86888459	20	2.0	20	100	0	80	35	20	25	20	1.96
86890060--86890129	25	2.8	25	91	2	115	22	24	11	41	1.87
86891877--86891941	32	2.0	32	93	0	112	30	10	32	26	1.90
86894242--86894443	45	4.6	43	71	10	131	27	20	24	27	1.99
86894655--86894841	44	4.3	44	67	11	114	29	20	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86895027--86895180	44	3.5	44	81	1	166	26	20	24	28	1.99
86894132--86895053	392	2.3	393	88	1	1382	28	20	23	27	1.99
86894109--86895053	131	7.2	131	89	1	1358	28	21	23	27	1.99
86895026--86895230	88	2.3	88	80	5	227	27	19	25	28	1.98
86895083--86895240	44	3.6	43	75	10	158	29	18	26	25	1.98
86896688--86896921	24	9.4	25	71	9	156	32	4	3	59	1.36
86896706--86896769	27	2.3	27	84	7	76	32	3	1	62	1.20
86897138--86897207	36	1.9	36	91	0	113	28	1	2	67	1.14
86897191--86897242	28	2.0	26	85	11	70	30	3	1	63	1.23
86897239--86897298	24	2.5	24	81	8	68	30	1	6	61	1.31
86897540--86897564	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
86899862--86899902	21	2.0	21	85	9	57	36	2	17	43	1.62
86902232--86902263	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
86906688--86906719	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
86906688--86906718	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
86909123--86909171	19	2.6	19	100	0	98	40	16	30	12	1.85
86909408--86909548	54	2.6	53	91	4	221	19	25	20	34	1.96
86909411--86909569	27	5.9	27	81	10	173	20	25	20	33	1.97
86915664--86915832	46	3.7	46	76	10	173	23	18	27	30	1.98
86915657--86915827	93	1.8	93	91	0	279	22	19	27	29	1.98
86926288--86926330	22	2.0	22	95	0	77	48	9	9	32	1.67
86926971--86927086	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86927205--86928181	47	20.7	47	97	0	1821	29	29	8	32	1.87
86939862--86939895	16	2.0	18	88	11	54	14	5	20	58	1.57
86941940--86942086	46	3.2	45	76	11	129	23	17	31	27	1.96
86949091--86949149	30	2.0	30	89	0	91	32	13	25	28	1.94
86949537--86949620	45	1.9	44	85	9	118	32	20	23	23	1.98
86951402--86951531	64	2.0	64	93	0	224	26	8	24	40	1.83
86954698--86954743	13	3.5	13	78	3	56	2	43	0	54	1.12
86955700--86955739	18	2.2	19	86	8	57	10	25	45	20	1.81
86961238--86961294	28	2.0	28	96	0	105	22	14	19	43	1.86
86966368--86966467	39	2.6	39	87	1	139	37	5	8	50	1.54
86969121--86969256	41	3.3	41	86	0	191	22	28	15	33	1.94
86969118--86969276	82	1.9	82	86	5	223	21	30	15	33	1.94
86978366--86978409	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
86983726--86983829	32	3.0	32	84	9	109	25	23	15	36	1.93
86983708--86983812	39	2.7	39	97	1	194	25	22	14	37	1.92
86984038--86984124	26	3.4	25	84	9	104	24	21	22	31	1.99
86984051--86984123	26	2.8	26	93	0	128	24	21	24	28	1.99
86987806--86987911	25	4.2	25	80	9	117	33	18	21	26	1.97
86987806--86987909	50	2.1	50	83	3	129	32	19	21	26	1.97
86988772--86988804	10	3.2	10	95	4	57	18	0	12	69	1.18
86993677--86993824	43	3.4	43	77	7	149	27	15	27	30	1.96
86993672--86993832	86	1.9	85	82	6	200	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86998564--86998673	57	1.9	56	98	0	202	22	30	29	17	1.96
86999063--86999100	19	2.0	20	84	5	51	15	7	5	71	1.28
87000553--87000592	21	1.9	21	84	0	53	25	15	30	30	1.95
87010999--87011144	43	3.4	42	77	7	152	32	13	20	33	1.92
87011003--87011160	86	1.8	85	85	6	221	31	13	22	32	1.93
87016566--87016608	20	2.2	20	100	0	86	34	13	18	32	1.90
87016910--87016958	23	2.1	23	82	14	57	32	0	4	63	1.13
87020894--87020950	30	1.9	30	85	0	78	38	5	3	52	1.41
87021313--87021346	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
87027308--87027388	40	2.0	40	88	4	119	23	18	28	29	1.98
87041121--87042887	47	37.6	47	99	0	3417	32	8	29	29	1.87
87043006--87043084	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
87044877--87045059	79	2.3	82	83	7	225	24	22	28	25	1.99
87044877--87045061	40	4.7	40	84	6	225	23	22	28	25	1.99
87044930--87045094	79	2.1	79	83	6	201	25	20	28	25	1.99
87051021--87051080	30	2.0	30	81	12	70	41	26	1	30	1.65
87060457--87060570	38	3.0	38	88	0	174	30	14	26	28	1.95
87069439--87069487	21	2.3	21	93	6	82	44	12	2	40	1.53
87075085--87075125	20	2.2	20	86	8	59	17	24	0	58	1.38
87081647--87081746	47	2.1	47	96	0	182	26	31	8	35	1.85
87087004--87087057	24	2.3	22	75	12	54	40	5	22	31	1.77
87096131--87096182	26	2.0	26	96	0	95	48	17	7	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87101477--87101531	18	3.1	18	83	0	65	16	25	20	38	1.92
87101525--87101600	29	2.7	29	81	2	82	14	23	21	40	1.90
87105261--87105360	48	2.1	48	94	0	173	44	15	19	22	1.87
87108898--87108947	25	2.0	25	88	7	75	26	18	6	50	1.69
87122988--87123258	40	6.8	40	88	4	388	25	28	21	24	1.99
87122992--87123258	79	3.4	80	91	3	407	25	28	21	24	1.99
87122979--87123258	119	2.4	119	87	6	406	26	27	21	24	1.99
87127950--87127996	24	2.0	24	95	0	85	19	23	17	40	1.91
87129335--87129368	18	1.9	17	88	5	50	70	14	8	5	1.31
87130722--87130899	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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