genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26204508--26204606	43	2.3	43	77	5	103	31	18	20	30	1.96
26204955--26205046	47	2.0	47	93	0	157	26	14	13	46	1.80
26221022--26221197	46	3.8	45	74	12	169	22	19	28	29	1.98
26224042--26224103	23	2.6	24	87	2	81	40	4	0	54	1.22
26224060--26224107	20	2.4	19	76	13	51	41	2	0	56	1.11
26226103--26226143	20	2.0	20	95	0	73	31	12	9	46	1.74
26226977--26227001	6	4.2	6	100	0	50	0	32	0	68	0.90
26242658--26242732	33	2.3	33	82	11	84	42	18	20	18	1.89
26246376--26246503	39	3.3	39	87	0	193	32	21	25	21	1.98
26246375--26246529	78	2.0	76	83	5	195	30	22	25	20	1.98
26254319--26254446	39	3.3	39	84	0	184	32	21	25	21	1.98
26254322--26254472	78	1.9	77	82	4	187	30	21	25	22	1.99
26257027--26257064	20	1.9	20	84	10	51	39	7	10	42	1.69
26267563--26267740	74	2.4	74	100	0	356	46	3	6	43	1.47
26267829--26267854	13	2.0	13	100	0	52	46	0	23	30	1.53
26273468--26273579	56	2.0	56	96	0	206	31	6	25	36	1.81
26273680--26273839	40	4.0	40	95	1	286	19	21	30	28	1.98
26275215--26275408	40	4.9	40	80	9	220	25	27	22	24	2.00
26275215--26275401	78	2.4	79	81	6	218	26	28	21	23	1.99
26292443--26292523	42	1.9	42	87	5	119	38	13	18	29	1.89
26292446--26292540	42	2.3	42	83	3	111	40	16	14	28	1.88
26293948--26293988	18	2.3	18	87	8	57	21	48	21	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26296668--26296699	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
26309209--26309245	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
26311955--26312146	43	4.5	43	88	1	262	30	32	23	13	1.93
26324256--26324310	28	2.0	28	88	0	83	23	34	25	16	1.95
26324261--26324326	28	2.4	28	82	10	73	27	34	19	18	1.95
26328049--26328196	74	2.0	74	94	0	260	35	24	12	28	1.91
26332788--26332871	38	2.2	38	93	0	141	32	23	20	23	1.98
26334225--26334329	37	2.8	37	97	0	192	25	31	18	24	1.97
26334470--26334566	48	2.0	50	85	4	135	29	30	7	31	1.84
26334769--26334843	22	3.3	22	68	23	64	26	29	12	32	1.92
26334746--26334868	24	5.2	25	61	31	63	28	28	10	32	1.90
26334535--26334932	47	8.5	47	97	0	724	26	28	12	32	1.93
26336364--26336832	234	2.0	234	99	0	929	38	21	7	32	1.81
26339249--26339679	40	10.8	40	92	1	668	25	28	22	24	2.00
26339599--26339665	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
26339783--26339876	47	2.0	47	97	0	179	38	25	5	30	1.78
26340992--26341104	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
26341307--26341667	47	7.7	47	98	0	668	27	27	12	32	1.93
26348924--26348959	13	2.8	13	95	0	63	5	44	25	25	1.75
26349962--26350174	46	4.6	46	74	10	150	23	29	18	28	1.98
26361247--26361292	22	2.1	22	84	8	58	47	15	13	23	1.80
26362323--26362358	18	1.9	19	88	5	56	11	44	30	13	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26365890--26365915	9	2.9	9	100	0	52	53	0	23	23	1.46
26368131--26368201	29	2.4	29	83	0	88	28	12	28	30	1.93
26368160--26368661	174	2.9	174	97	0	941	29	13	24	31	1.94
26370694--26370881	40	4.7	40	96	0	340	22	28	20	29	1.98
26379206--26379313	40	2.7	40	97	0	198	21	27	20	30	1.98
26389760--26389867	40	2.7	40	97	0	198	21	27	20	30	1.98
26396631--26396818	40	4.7	40	96	0	340	22	28	20	29	1.98
26405207--26405362	40	3.9	40	93	0	258	21	28	19	30	1.98
26405285--26405643	178	2.0	178	96	2	659	30	25	12	31	1.92
26411248--26411442	89	2.2	89	100	0	390	30	17	17	34	1.94
26417285--26417326	22	2.0	21	90	4	66	28	35	4	30	1.78
26417693--26417730	19	2.0	19	100	0	76	21	21	21	36	1.95
26420077--26420116	18	2.2	18	86	4	53	12	27	0	60	1.33
26420189--26420249	18	3.4	17	80	11	59	8	19	3	68	1.29
26421177--26421233	15	3.8	15	88	9	89	19	12	3	64	1.40
26421276--26421317	12	3.8	11	84	9	50	16	0	11	71	1.14
26421275--26421315	11	3.6	11	93	3	64	14	0	9	75	1.04
26421606--26421703	49	2.0	49	95	0	178	30	15	23	30	1.95
26423752--26423789	20	1.9	19	85	15	51	39	28	18	13	1.88
26437656--26437709	20	2.7	20	82	0	63	24	20	18	37	1.94
26437656--26437729	30	2.5	30	86	8	98	21	20	18	39	1.93
26437656--26437720	20	3.2	20	71	16	53	23	21	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26438918--26438948	14	2.3	13	94	5	53	22	16	0	61	1.34
26442150--26442184	13	2.6	13	90	4	52	80	2	5	11	1.00
26442203--26442241	15	2.5	16	87	4	53	82	2	12	2	0.89
26443288--26443393	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
26448534--26448593	27	2.2	28	85	11	81	10	13	8	68	1.39
26449919--26449962	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
26452620--26452726	29	3.5	29	73	25	103	61	10	16	11	1.55
26452592--26452724	65	2.0	65	97	0	248	58	11	17	12	1.62
26454504--26454556	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
26454549--26454588	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
26456457--26456492	12	3.0	12	100	0	72	66	16	8	8	1.42
26456556--26456596	13	3.1	13	92	3	64	63	0	9	26	1.25
26456553--26456610	14	4.0	15	82	13	68	62	1	12	24	1.39
26456553--26456608	15	3.9	14	86	9	78	60	1	12	25	1.42
26459149--26459287	70	2.0	70	94	0	242	25	27	23	23	2.00
26459732--26459852	61	2.0	61	96	0	224	33	7	14	44	1.74
26465465--26465522	20	2.9	19	78	12	55	24	27	12	36	1.91
26468769--26468819	22	2.3	21	80	9	57	19	3	1	74	1.07
26474533--26474592	20	3.1	19	77	13	68	25	28	11	35	1.91
26477312--26477427	55	2.1	54	82	6	146	25	25	14	34	1.94
26477688--26477751	23	2.8	22	86	6	92	45	18	10	25	1.82
26480839--26480912	35	2.1	35	94	0	130	32	9	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26480893--26480931	19	2.1	19	95	0	69	28	10	10	51	1.68
26481034--26481069	19	1.9	18	94	5	63	19	0	22	58	1.40
26481034--26481069	9	3.9	9	92	7	63	19	0	22	58	1.40
26481038--26481176	74	1.9	73	92	1	233	23	5	21	49	1.69
26481528--26481574	24	1.9	25	82	4	60	42	4	25	27	1.73
26488574--26488751	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26488575--26488730	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26488571--26488751	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26488656--26488762	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
26490496--26490527	14	2.3	14	100	0	64	84	0	0	15	0.63
26491994--26492021	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
26501684--26501758	30	2.5	30	91	0	114	38	25	25	10	1.88
26505581--26505620	21	2.0	20	85	5	53	42	25	0	32	1.55
26505585--26505627	21	2.0	21	81	0	50	44	25	0	30	1.55
26505667--26506079	208	2.0	212	92	1	690	34	15	15	34	1.89
26506799--26506833	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
26518156--26518199	22	2.0	23	86	13	65	54	9	9	27	1.62
26520596--26520653	30	2.0	29	89	3	89	12	15	13	58	1.63
26520603--26520654	15	3.6	14	74	7	50	9	15	15	59	1.60
26523016--26523888	47	18.6	47	99	0	1712	23	19	29	27	1.98
26526323--26526352	6	4.8	6	95	4	51	16	0	0	83	0.65
26528789--26528837	24	2.0	24	100	0	98	40	4	24	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26529111--26529148	18	2.1	18	85	9	51	44	13	2	39	1.57
26536401--26536750	132	2.7	132	84	4	411	35	19	17	27	1.95
26537916--26537971	18	3.1	18	82	5	60	67	3	1	26	1.16
26539281--26539387	44	2.4	45	84	10	132	24	26	20	28	1.99
26539281--26539399	45	2.7	45	83	8	129	26	23	21	27	1.99
26540749--26540866	59	2.0	59	98	0	227	24	31	10	33	1.89
26545886--26546000	57	2.0	57	89	0	176	20	21	15	42	1.89
26549476--26549609	67	2.0	67	94	0	232	32	23	17	25	1.97
26549835--26550184	132	2.7	132	83	4	402	34	19	18	27	1.95
26551020--26551062	22	2.0	22	86	8	63	46	0	6	46	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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