genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85384344--85384384	18	2.3	17	84	12	55	0	29	0	70	0.87
85384345--85384413	25	2.9	23	76	18	70	1	28	0	69	0.97
85395929--85395953	11	2.3	11	100	0	50	76	8	0	16	1.02
85395949--85395990	20	2.2	20	82	4	50	57	4	0	38	1.20
85399170--85399201	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
85407714--85407760	19	2.3	21	85	7	62	36	0	4	59	1.17
85416361--85416390	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
85417253--85417286	16	2.1	17	88	5	52	82	2	0	14	0.79
85429856--85430613	145	5.2	145	96	1	1310	28	16	21	33	1.95
85430585--85430720	54	2.6	54	82	8	172	29	15	17	37	1.91
85430686--85430896	75	2.9	73	81	8	250	32	15	18	34	1.92
85431278--85431896	90	7.1	87	77	12	433	30	18	18	32	1.95
85431204--85431896	250	2.7	249	86	6	924	29	18	18	33	1.95
85431524--85431896	90	4.1	90	98	0	719	31	19	17	31	1.95
85431999--85432153	42	3.7	42	75	8	174	32	25	18	22	1.97
85443402--85443467	33	2.0	33	88	2	98	40	22	3	33	1.69
85443404--85443467	32	2.0	33	87	3	85	40	21	3	34	1.69
85447777--85447842	33	2.0	33	97	2	125	42	21	3	33	1.68
85448323--85448485	81	2.0	81	98	0	317	47	17	6	28	1.73
85452084--85452146	27	2.3	27	100	0	126	38	9	11	41	1.73
85454270--85454303	17	2.1	17	88	5	52	41	32	5	20	1.76
85454763--85454905	77	1.9	73	83	8	180	46	9	12	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85454893--85455126	112	2.1	112	89	0	351	39	8	5	46	1.58
85456083--85456122	20	2.0	20	100	0	80	60	5	15	20	1.53
85456322--85456365	3	14.3	3	80	4	52	38	0	0	61	0.96
85457002--85457060	31	1.9	31	100	0	118	33	10	10	45	1.72
85466811--85466937	48	2.5	54	78	17	169	27	16	22	33	1.95
85472534--85472641	52	2.1	52	96	0	198	30	25	27	16	1.97
85472548--85472628	25	3.2	25	65	25	69	27	25	27	19	1.99
85472931--85473046	57	2.0	57	94	0	205	39	22	22	15	1.91
85473294--85473406	55	2.1	55	86	3	156	29	25	28	16	1.97
85476184--85476510	141	2.3	141	87	1	413	34	11	28	25	1.90
85476138--85476476	47	7.2	47	89	0	480	35	10	28	25	1.90
85476490--85476580	46	2.0	46	86	0	128	34	6	31	27	1.83
85482557--85482590	16	2.1	16	89	10	52	55	26	0	17	1.42
85488570--85488614	19	2.3	20	85	7	58	44	13	20	22	1.85
85492843--85492994	39	3.9	39	89	2	216	28	15	24	32	1.95
85494575--85494625	22	2.2	22	80	16	59	56	3	0	39	1.18
85508680--85508817	69	2.0	69	100	0	276	33	11	5	49	1.63
85511824--85511879	20	2.8	19	81	7	67	57	8	14	19	1.63
85513435--85513542	26	4.2	26	86	0	162	33	6	22	37	1.80
85515162--85515248	27	3.2	27	87	6	115	16	22	25	35	1.94
85516230--85516260	16	1.9	16	93	0	53	58	9	3	29	1.46
85526502--85526529	12	2.3	12	100	0	56	35	7	32	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85528985--85529092	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
85530713--85530817	27	3.9	27	85	9	126	18	24	22	34	1.96
85531192--85531250	28	2.1	28	96	0	109	20	13	32	33	1.91
85531596--85531660	5	12.4	5	75	14	51	18	3	0	78	0.88
85531594--85531677	10	6.9	12	70	26	54	20	3	0	76	0.94
85531625--85531673	25	2.0	25	95	0	89	24	6	0	69	1.11
85531630--85531675	7	5.8	8	80	16	51	23	6	0	69	1.11
85531625--85531691	25	2.7	25	86	4	73	22	4	4	68	1.26
85546195--85546243	20	2.5	20	93	0	80	12	30	24	32	1.92
85555132--85555160	10	3.0	10	95	5	51	10	0	0	89	0.48
85556343--85556432	46	2.0	46	95	0	162	33	15	14	36	1.88
85561330--85561418	39	2.3	38	86	5	117	38	38	10	13	1.78
85569776--85569851	38	2.0	38	100	0	152	36	26	7	28	1.84
85573434--85573520	30	2.8	30	79	6	86	47	6	6	39	1.57
85579986--85580015	13	2.3	13	100	0	60	40	0	0	60	0.97
85592821--85592929	46	2.3	46	93	1	182	36	12	15	34	1.86
85596084--85596123	21	1.9	21	85	10	55	55	32	2	10	1.47
85597635--85597668	5	6.6	5	93	6	59	17	0	0	82	0.67
85612781--85612823	19	2.3	19	84	8	52	23	20	13	41	1.88
85617191--85617327	44	3.2	44	63	10	102	27	21	24	27	1.99
85617143--85617350	88	2.4	86	92	1	335	28	21	23	25	1.99
85622230--85623169	86	10.9	86	98	0	1731	30	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85623438--85623621	41	4.4	41	67	13	113	28	20	21	29	1.98
85623350--85623619	127	2.1	128	88	2	400	30	20	20	29	1.97
85630064--85630250	52	3.6	52	91	0	275	26	16	27	28	1.97
85644139--85644270	45	2.9	45	84	4	169	40	11	22	25	1.87
85649210--85649347	27	5.1	28	88	6	171	34	22	23	18	1.96
85650968--85651067	26	3.8	26	92	2	157	38	23	5	34	1.76
85656119--85656178	22	2.7	22	84	7	77	18	23	15	43	1.87
85656119--85656185	22	3.0	21	80	10	73	19	22	14	43	1.87
85656860--85656931	33	2.1	34	92	5	128	51	9	13	25	1.72
85668296--85668320	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
85681561--85681651	44	2.1	44	85	4	121	37	7	5	49	1.55
85682519--85682551	11	3.0	11	95	0	57	39	0	6	54	1.25
85682916--85682945	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
85684848--85684880	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
85685166--85685286	46	2.6	46	88	2	163	19	22	15	42	1.89
85687737--85687815	25	3.0	26	76	14	65	53	1	6	39	1.35
85687843--85687933	5	18.8	5	71	18	68	58	1	2	38	1.18
85687868--85688126	12	20.8	12	65	23	67	57	1	4	35	1.30
85687860--85687939	34	2.2	36	85	14	112	61	0	2	36	1.10
85689640--85689962	173	1.9	173	100	0	646	25	19	21	33	1.97
85689652--85689958	86	3.6	86	73	14	317	25	19	22	33	1.97
85701945--85702035	5	18.8	5	71	18	68	58	1	2	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85701962--85702041	34	2.2	36	85	14	112	61	0	2	36	1.10
85709370--85709429	31	2.0	31	90	3	95	55	0	0	45	0.99
85709384--85709445	21	3.0	21	77	13	56	61	0	1	37	1.06
85709353--85709436	10	8.6	10	78	10	59	63	0	0	36	0.95
85714584--85714612	5	5.8	5	100	0	58	20	0	79	0	0.74
85721010--85721054	20	2.2	20	84	4	54	53	2	2	42	1.25
85721042--85721103	31	2.0	31	96	0	115	46	8	6	38	1.59
85721402--85721435	14	2.3	14	90	10	50	41	0	2	55	1.15
85723414--85723641	103	2.2	103	96	1	422	35	16	23	24	1.94
85723601--85723696	43	2.2	43	83	7	122	32	15	22	29	1.95
85723545--85723941	176	2.3	174	84	3	521	30	17	23	28	1.97
85725640--85725712	32	2.3	32	81	6	87	34	8	4	53	1.50
85729787--85729833	21	2.2	21	85	7	60	36	6	6	51	1.53
85733756--85733981	124	1.8	125	90	2	366	34	7	6	51	1.55
85740505--85740535	9	3.3	9	91	8	53	32	0	0	67	0.91
85740505--85740534	10	3.1	10	95	4	53	30	0	0	70	0.88
85744283--85744315	10	3.3	10	91	8	50	42	0	0	57	0.98
85754245--85754361	45	2.6	45	88	5	159	27	29	21	22	1.99
85764328--85764418	9	10.0	10	70	21	67	74	1	1	23	0.95
85764328--85764426	5	18.2	5	73	19	58	74	1	1	23	0.94
85764345--85764382	6	6.5	6	87	6	60	84	0	0	15	0.63
85764328--85764384	17	3.4	17	90	9	82	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85764337--85764383	23	2.1	22	92	4	76	82	0	0	17	0.66
85764333--85764426	23	4.5	22	75	16	69	74	1	1	23	0.95
85776285--85776334	20	2.4	21	90	3	75	8	20	20	52	1.71
85779671--85779695	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
85780058--85780216	26	6.1	26	97	0	291	32	8	25	33	1.85
85802085--85803874	894	2.0	894	100	0	3580	32	22	12	32	1.90
85808548--85808584	3	12.3	3	100	0	74	0	32	0	67	0.91
85810213--85810237	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
85814790--85814829	15	2.7	15	84	0	53	52	2	10	35	1.48
85815893--85815941	23	2.1	23	85	7	64	71	12	4	12	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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