genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98432368--98432410	3	14.3	3	90	9	70	65	2	0	32	1.06
98435291--98435341	27	2.0	26	84	7	68	33	3	3	58	1.35
98435292--98435347	25	2.1	27	80	6	62	33	3	3	58	1.32
98435288--98435349	26	2.3	28	78	10	76	35	3	3	58	1.31
98437841--98437881	18	2.2	18	86	4	55	63	4	2	29	1.28
98449717--98449968	125	2.0	125	100	0	504	34	11	22	31	1.90
98454906--98454951	21	2.1	22	88	12	76	47	13	4	34	1.62
98454911--98454953	21	2.0	21	100	0	86	41	13	4	39	1.66
98457800--98458129	177	1.9	178	84	6	456	31	17	14	36	1.90
98462686--98462723	17	2.1	19	90	9	62	55	5	13	26	1.59
98463450--98463493	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
98463488--98463517	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
98491059--98491242	72	2.6	72	99	0	359	41	23	6	27	1.79
98491243--98491286	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
98495505--98495760	72	3.6	72	99	0	503	42	24	6	27	1.78
98495761--98495789	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
98497866--98497993	66	1.9	66	90	0	202	32	13	12	42	1.81
98504957--98505211	55	4.8	54	80	9	269	36	17	24	21	1.94
98504964--98505164	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
98505403--98505433	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
98510262--98510297	17	2.1	17	94	0	63	58	22	8	11	1.59
98512625--98512677	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98514445--98514474	15	2.0	15	93	0	51	16	13	10	60	1.59
98515252--98515297	24	1.9	24	81	0	56	63	8	2	26	1.35
98518445--98518503	30	2.0	30	96	0	109	28	16	28	25	1.97
98518834--98518962	47	2.8	45	83	12	154	25	17	31	25	1.97
98518837--98519050	46	4.6	46	76	12	172	27	18	28	24	1.98
98536218--98536428	46	4.5	46	75	13	146	27	18	29	24	1.98
98540311--98540368	26	2.2	26	90	0	89	12	24	20	43	1.86
98550543--98550662	50	2.6	43	78	17	134	21	20	25	31	1.98
98550575--98550674	50	2.0	50	100	0	200	22	20	26	32	1.98
98550530--98550704	92	1.9	94	80	9	207	24	20	25	30	1.98
98552170--98552339	40	4.3	40	85	0	207	24	30	21	23	1.99
98558210--98558445	43	5.6	43	77	11	247	30	25	17	25	1.97
98558210--98558445	84	2.8	84	79	7	241	30	25	17	25	1.97
98558191--98558445	127	2.0	127	93	3	433	30	26	17	25	1.97
98586662--98586850	50	3.8	50	82	2	200	30	10	19	39	1.86
98586635--98586850	100	2.2	100	85	2	290	29	11	19	39	1.87
98605440--98605605	50	3.3	50	79	5	201	31	11	16	40	1.84
98621562--98621606	20	2.3	21	77	14	51	48	15	28	6	1.70
98629127--98629204	37	2.1	37	95	0	138	28	11	16	43	1.83
98633838--98633923	39	2.2	38	81	6	93	34	39	11	13	1.82
98638331--98638435	26	4.0	26	81	6	104	38	20	11	30	1.87
98638334--98638435	53	1.9	53	82	4	125	38	19	10	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98638738--98638783	22	2.1	22	88	8	67	15	19	19	45	1.85
98638849--98638888	21	1.9	21	100	0	80	7	5	47	40	1.54
98649964--98649996	14	2.4	14	90	5	50	15	3	3	78	0.99
98656535--98656577	6	7.3	6	89	10	63	65	0	2	32	1.06
98662002--98662269	47	5.7	47	91	3	448	33	10	29	27	1.89
98662002--98662269	96	2.8	94	92	3	448	33	10	29	27	1.89
98662002--98662263	143	1.8	143	97	0	497	33	10	29	27	1.90
98664081--98664263	40	4.6	39	78	10	167	25	21	27	25	2.00
98665647--98665815	47	3.6	47	90	0	275	33	8	30	27	1.86
98667777--98667889	38	3.0	38	89	0	163	29	16	29	24	1.97
98667947--98668137	40	4.8	40	92	0	310	21	24	28	25	1.99
98668306--98668383	25	3.1	25	90	3	122	29	12	30	26	1.93
98668368--98668466	28	3.5	28	73	10	103	19	19	34	27	1.95
98670203--98670602	200	2.0	200	98	0	764	31	8	21	38	1.84
98671730--98672068	47	7.2	47	93	0	561	33	8	29	28	1.87
98671780--98671855	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
98674024--98674131	38	2.8	38	85	0	126	30	14	28	25	1.95
98674194--98674523	40	8.2	40	93	0	561	20	23	29	27	1.98
98674704--98674856	28	5.5	28	68	12	116	19	19	32	28	1.96
98674678--98674856	56	3.2	56	97	0	340	19	19	31	29	1.97
98678984--98679025	7	6.0	7	97	0	75	42	40	0	16	1.48
98678958--98679025	21	3.2	21	81	4	75	42	35	4	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98678984--98679038	21	2.6	21	85	5	58	49	38	0	12	1.41
98679619--98679670	18	2.6	19	79	14	52	50	21	0	28	1.49
98680581--98680692	54	2.1	54	81	0	125	29	22	30	17	1.97
98687128--98687208	24	3.4	24	86	8	87	28	22	20	28	1.99
98687136--98687205	23	3.0	24	87	8	99	31	21	22	24	1.98
98691525--98691652	27	4.7	27	92	1	177	30	24	6	39	1.80
98691688--98691839	54	2.8	53	82	2	187	41	20	7	30	1.81
98691688--98691814	27	4.7	27	83	3	166	40	21	8	29	1.83
98691768--98691866	27	3.6	28	77	13	80	44	19	6	30	1.74
98691816--98691901	27	3.1	27	80	14	104	38	15	10	36	1.81
98692827--98692910	25	3.4	24	82	8	98	28	22	22	26	1.99
98692865--98692924	25	2.4	24	83	10	68	26	23	21	28	1.99
98692923--98693085	42	3.9	42	96	0	292	31	15	18	34	1.92
98692991--98693061	24	3.2	24	62	22	64	32	16	18	32	1.94
98693109--98694060	31	30.7	31	98	0	1789	31	16	25	26	1.96
98700919--98701160	50	4.8	50	79	7	233	30	25	18	25	1.98
98703826--98704012	27	6.9	27	75	6	173	32	12	16	38	1.86
98703826--98704012	54	3.5	54	96	0	329	32	12	16	38	1.86
98703993--98704344	27	13.1	26	78	11	313	31	9	20	38	1.85
98703832--98704269	108	4.1	108	82	6	344	32	10	18	38	1.84
98703993--98704359	80	4.6	80	81	9	390	31	9	20	38	1.84
98703993--98704322	107	3.1	107	82	8	343	31	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98703993--98704344	54	6.6	54	83	6	357	31	9	20	38	1.85
98704677--98704731	28	2.0	28	88	0	83	21	38	18	21	1.94
98704678--98704739	28	2.2	28	85	0	79	25	38	16	19	1.92
98713429--98714245	72	11.3	72	100	0	1634	36	15	29	19	1.92
98714803--98714868	33	2.0	33	96	0	123	33	7	18	40	1.79
98736935--98737009	20	3.8	20	87	6	102	38	9	17	34	1.82
98737059--98737207	26	5.8	26	86	2	196	26	22	22	28	1.99
98737059--98737220	52	3.2	52	88	6	235	28	20	22	27	1.99
98744639--98744715	26	3.1	26	62	24	65	24	14	28	32	1.94
98744632--98744815	49	3.7	49	83	5	244	26	17	26	29	1.98
98744634--98744820	100	1.9	99	90	1	302	26	19	25	29	1.98
98756806--98756983	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
98756827--98756982	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
98758278--98758322	18	2.5	18	79	10	56	4	13	2	80	0.97
98761040--98761951	40	22.8	40	97	0	1677	29	25	19	25	1.99
98763165--98763243	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
98763362--98763772	47	8.7	47	97	0	750	29	30	8	32	1.86
98769407--98769584	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
98769428--98769583	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
98772404--98772453	24	2.1	24	88	0	73	30	12	18	40	1.86
98776039--98776214	46	3.8	46	75	15	173	30	29	19	20	1.97
98782031--98782083	26	2.0	27	85	3	72	30	15	18	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98786173--98786206	14	2.4	14	90	0	50	38	32	8	20	1.84
98786286--98786381	27	3.7	27	86	5	128	27	23	15	33	1.95
98786914--98786953	20	2.0	20	100	0	80	20	25	25	30	1.99
98802437--98802485	22	2.2	22	100	0	98	46	16	6	30	1.71
98804795--98804834	21	1.9	21	85	10	55	52	7	0	40	1.30
98804856--98804946	43	2.1	43	85	0	119	27	14	27	30	1.95
98804870--98804961	43	2.1	43	87	0	130	25	17	27	30	1.97
98810374--98810613	48	5.1	48	76	7	204	26	24	19	30	1.98
98814435--98814499	33	2.0	33	90	0	103	24	41	4	29	1.75
98818665--98819108	50	8.8	50	81	5	459	30	26	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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