genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22765084--22765115	16	2.0	16	100	0	64	31	18	18	31	1.95
22766537--22766848	144	2.2	139	85	7	407	57	5	6	30	1.46
22769394--22769478	40	2.1	40	86	4	118	24	28	17	29	1.97
22772735--22772912	27	6.6	27	81	5	162	29	28	15	26	1.96
22773396--22773422	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
22784857--22784901	11	3.9	11	80	11	54	35	0	2	62	1.08
22787453--22787904	47	9.6	47	96	0	805	32	8	30	29	1.86
22787453--22787904	190	2.4	188	94	1	805	32	8	30	29	1.86
22788023--22788101	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
22789957--22790265	40	7.7	39	84	6	196	24	22	27	25	2.00
22789957--22790140	40	4.6	40	81	8	198	25	22	27	25	2.00
22790037--22790351	40	7.9	40	87	1	348	24	22	28	25	1.99
22797267--22797345	37	2.1	37	86	4	106	25	15	30	29	1.96
22799520--22799885	46	8.0	46	87	0	435	40	13	24	21	1.89
22799534--22799885	138	2.6	138	87	0	499	40	14	24	20	1.89
22803701--22803796	27	3.6	27	81	2	95	20	20	20	37	1.95
22807776--22807862	27	3.2	27	81	3	86	19	18	22	39	1.93
22813338--22813364	9	3.0	9	100	0	54	33	11	0	55	1.35
22815102--22815286	62	3.0	62	99	0	361	38	23	6	31	1.80
22817281--22817364	43	2.0	43	83	4	107	35	25	14	25	1.93
22824985--22825119	43	3.2	43	76	9	125	33	25	15	25	1.95
22828276--22828412	50	2.8	50	82	1	168	24	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22828610--22828639	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
22831400--22831593	53	3.6	54	78	4	212	20	25	17	37	1.94
22838900--22839004	53	2.0	53	82	0	129	18	22	20	38	1.94
22848385--22848430	14	3.4	14	76	11	51	73	0	26	0	0.83
22850670--22850982	40	7.8	40	89	5	425	24	22	29	23	1.99
22850670--22850982	162	1.9	160	87	2	448	24	22	29	23	1.99
22856509--22856575	33	2.0	33	100	0	134	43	11	8	35	1.73
22861304--22861422	59	2.0	59	96	0	220	34	12	16	36	1.87
22874495--22874706	103	2.1	99	80	3	226	31	17	25	25	1.97
22878499--22878568	34	2.1	34	94	0	122	27	25	30	17	1.97
22882120--22882161	17	2.4	17	84	11	50	50	9	2	38	1.48
22891791--22892245	47	9.6	47	89	2	676	33	8	29	29	1.86
22891791--22892245	96	4.8	96	94	1	756	33	8	29	29	1.86
22906241--22906330	23	3.8	22	72	12	65	24	23	17	34	1.96
22906766--22907071	85	3.6	85	99	0	603	37	8	26	26	1.86
22909033--22909186	47	3.3	47	90	0	236	31	9	31	27	1.88
22909305--22909383	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
22913213--22913316	53	2.0	53	96	0	190	27	9	15	47	1.77
22920378--22920418	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
22920919--22921033	46	2.4	46	84	5	140	29	13	20	35	1.92
22924835--22924890	21	2.7	21	82	0	67	25	30	23	21	1.99
22925747--22925821	18	4.1	19	79	10	84	42	16	6	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22925754--22925836	18	4.6	18	80	0	76	38	16	9	34	1.82
22925755--22925836	36	2.3	36	82	0	101	37	17	9	35	1.82
22925900--22926000	47	2.1	47	81	3	114	30	23	22	22	1.99
22926751--22926784	11	3.0	11	91	4	50	26	17	0	55	1.42
22927132--22927177	17	2.7	16	83	12	56	0	28	0	71	0.86
22931425--22931465	21	2.0	20	90	4	64	29	0	21	48	1.50
22931952--22932050	44	2.3	44	89	3	148	29	15	20	35	1.93
22937424--22937596	46	3.7	46	80	6	156	23	32	17	26	1.97
22937424--22937593	93	1.8	92	83	13	224	22	32	17	26	1.96
22948748--22948791	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
22950687--22950886	100	2.0	100	96	0	364	38	11	21	29	1.88
22951293--22952103	46	17.6	46	100	0	1622	21	19	28	30	1.98
22955103--22955146	15	2.9	15	80	12	54	11	15	15	56	1.66
22957257--22957343	44	2.0	44	93	0	147	26	29	29	13	1.94
22957645--22957739	48	2.0	48	95	0	172	38	4	20	36	1.72
22964724--22964760	18	2.1	18	94	0	65	40	13	5	40	1.67
22970804--22970925	45	2.7	44	82	8	156	27	20	27	23	1.99
22970756--22970967	91	2.3	91	77	8	207	27	20	29	23	1.99
22970942--22971118	49	3.6	49	83	8	186	28	19	27	24	1.99
22970942--22971121	47	3.7	47	81	10	168	28	20	27	23	1.99
22978124--22978229	40	2.7	40	80	5	117	24	26	25	23	2.00
22988715--22988766	26	2.0	26	96	0	95	23	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22994044--22994149	40	2.7	39	85	8	142	21	28	24	25	1.99
22998410--22998465	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
23001395--23001707	46	6.8	46	96	0	563	30	27	20	21	1.98
23004465--23004844	39	9.9	39	81	6	445	29	3	23	43	1.72
23004465--23004844	78	4.9	78	94	3	614	29	3	23	43	1.72
23009108--23009220	41	2.8	41	81	4	113	27	17	26	28	1.98
23009151--23009290	41	3.4	41	84	3	165	29	15	26	29	1.96
23024009--23024114	38	2.8	38	85	0	131	20	21	27	30	1.98
23025146--23025234	44	2.0	44	100	0	178	26	13	22	37	1.91
23035218--23035292	38	2.0	38	86	5	107	30	17	26	25	1.97
23035346--23035967	40	15.6	40	97	0	1120	23	20	29	27	1.99
23035981--23036056	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23035872--23036831	96	10.0	96	99	0	1893	25	21	25	26	2.00
23036077--23036152	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036173--23036248	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036269--23036344	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036365--23036440	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036461--23036536	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036557--23036632	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036653--23036728	40	1.9	40	91	0	125	26	21	26	26	1.99
23036751--23036863	40	2.8	40	87	0	163	25	20	26	27	1.99
23036749--23036877	40	3.2	39	83	4	159	25	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23045925--23045985	30	2.1	29	93	3	104	36	21	16	26	1.94
23050352--23050528	46	3.9	44	77	11	176	22	20	27	29	1.98
23050349--23050520	93	1.8	93	89	0	272	21	20	28	29	1.98
23050634--23050677	21	2.1	21	100	0	88	40	9	36	13	1.76
23054296--23054493	23	8.7	22	68	19	111	34	20	19	25	1.96
23054325--23054502	46	3.9	46	85	0	241	33	20	20	25	1.97
23054317--23054502	23	8.1	23	70	2	133	33	20	20	24	1.97
23056694--23056874	46	3.9	46	78	8	163	20	28	22	28	1.98
23056507--23056825	95	3.4	96	72	10	262	22	28	20	28	1.98
23059178--23059285	25	4.4	25	84	5	123	28	21	21	28	1.98
23059710--23059751	20	2.0	21	86	4	59	16	40	21	21	1.91
23061591--23061762	40	4.3	40	87	2	213	25	28	21	24	1.99
23061591--23061815	80	2.8	79	80	7	231	25	28	21	24	1.99
23061747--23061824	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
23070152--23070215	31	2.1	31	87	0	92	26	21	14	37	1.92
23070424--23070531	25	4.4	25	86	5	132	29	21	21	27	1.98
23070579--23070625	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
23085011--23085199	40	4.7	40	73	6	148	26	15	25	32	1.95
23087673--23087852	99	1.8	99	92	2	308	26	16	27	29	1.97
23087679--23087852	49	3.5	49	86	3	251	27	16	27	29	1.97
23091640--23091735	34	2.9	33	77	10	97	28	23	21	26	1.99
23097156--23097254	49	2.0	49	100	0	198	24	26	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23102188--23102618	49	8.7	49	80	4	488	27	20	24	27	1.99
23102190--23102618	100	4.3	100	95	1	720	27	20	24	27	1.99
23121012--23121086	27	2.8	27	85	0	78	32	14	14	38	1.87
23121077--23121381	27	11.4	27	83	4	379	30	10	19	39	1.85
23121071--23121381	53	5.8	53	90	2	437	30	10	19	39	1.86
23121077--23121381	106	2.9	106	91	2	495	30	10	19	39	1.85
23125077--23125173	49	2.0	48	92	4	160	34	9	29	26	1.88
23126769--23126843	27	2.8	27	85	0	78	32	14	14	38	1.87
23126825--23127241	27	15.6	27	80	7	404	30	8	19	41	1.81
23126825--23127242	80	5.2	80	85	3	493	30	8	19	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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