genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27276908--27276960	21	2.5	20	85	14	72	41	0	0	58	0.98
27276954--27276992	13	2.9	14	88	7	62	46	0	2	51	1.14
27287115--27287172	29	2.0	29	93	0	98	41	3	20	34	1.69
27290402--27290434	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
27290896--27290929	15	2.3	15	89	0	50	35	2	23	38	1.70
27291930--27291973	19	2.3	19	92	0	70	34	13	2	50	1.55
27294981--27295014	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
27295816--27296456	320	2.0	320	98	0	1228	26	16	24	32	1.96
27296869--27297086	120	1.8	120	100	0	436	26	23	10	39	1.87
27305286--27305469	40	4.7	40	81	11	195	25	26	22	26	2.00
27305286--27305469	79	2.3	82	81	11	215	25	26	22	26	2.00
27323564--27323592	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
27327758--27327826	21	3.3	21	87	2	95	11	24	8	55	1.64
27330191--27330266	18	4.4	18	90	4	104	28	9	25	36	1.87
27338507--27338534	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
27338531--27338574	6	8.2	6	85	14	53	34	0	18	47	1.49
27338532--27338578	11	4.5	11	87	12	73	34	0	19	46	1.50
27338533--27338578	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
27338539--27338568	15	2.1	14	93	6	51	33	0	20	46	1.51
27342384--27342431	21	2.3	21	78	7	53	31	4	20	43	1.71
27343044--27343125	25	3.3	25	75	10	69	26	24	19	29	1.98
27343019--27343131	50	2.3	49	80	4	120	27	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27343075--27343134	25	2.4	25	78	10	68	30	21	20	28	1.98
27347367--27347420	26	2.1	26	100	0	108	29	31	3	35	1.75
27355142--27355177	15	2.4	15	90	0	54	55	8	0	36	1.30
27365443--27365485	18	2.4	18	84	0	50	18	4	18	58	1.56
27367282--27367313	16	2.0	16	93	0	55	40	12	18	28	1.87
27368683--27368728	23	2.0	23	83	8	58	67	2	28	2	1.14
27377740--27377816	39	2.0	38	97	0	136	31	18	27	22	1.96
27384649--27384684	15	2.4	15	90	9	56	16	19	0	63	1.30
27394986--27395012	13	2.1	13	100	0	54	29	0	7	62	1.22
27395112--27396154	50	20.8	50	96	0	1854	24	20	31	23	1.98
27427069--27427122	20	2.8	20	85	2	65	14	29	12	42	1.83
27428652--27428888	39	6.2	38	83	3	253	15	29	18	36	1.92
27428652--27428888	77	3.1	77	85	1	307	15	29	18	36	1.92
27428823--27428874	20	2.8	18	80	11	61	15	30	15	38	1.88
27434783--27434829	20	2.3	20	92	3	76	53	10	14	21	1.71
27435699--27435907	39	5.4	39	82	2	226	16	31	16	36	1.91
27435702--27435850	77	1.9	77	87	2	219	14	31	18	35	1.91
27451482--27451721	50	4.7	49	77	6	169	23	26	21	28	1.99
27451487--27451674	100	1.9	99	82	1	232	21	27	22	29	1.99
27453934--27454028	42	2.3	42	96	0	172	29	1	25	44	1.61
27456761--27456812	26	1.9	26	88	7	77	40	1	0	57	1.10
27457695--27457732	16	2.2	18	86	9	53	50	10	0	39	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27461968--27462000	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
27470051--27470133	33	2.5	33	76	9	80	26	2	7	63	1.32
27470066--27470134	14	4.5	14	70	29	52	26	1	7	65	1.27
27472814--27472868	25	2.3	25	75	6	60	45	1	1	50	1.22
27474543--27474599	12	4.9	11	77	8	51	12	8	1	77	1.07
27474555--27474653	50	1.9	50	84	15	130	19	6	5	69	1.28
27474548--27474599	24	2.2	24	86	10	72	13	7	1	76	1.07
27474808--27474875	16	4.4	16	78	10	70	1	63	0	35	1.04
27474853--27474913	2	32.0	2	74	9	56	6	52	0	40	1.27
27474834--27474867	17	2.1	16	88	5	50	0	70	0	29	0.87
27488682--27488719	20	1.9	20	88	0	58	18	26	0	55	1.43
27505324--27505380	30	1.9	30	88	0	87	31	26	5	36	1.79
27508014--27508238	119	1.9	120	82	8	289	25	27	21	24	1.99
27508014--27508238	40	5.6	41	85	7	286	25	27	21	24	1.99
27516563--27516637	25	3.0	25	71	7	71	26	22	22	28	1.99
27528546--27528652	53	2.0	53	100	0	214	28	15	28	28	1.96
27531857--27532119	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
27531857--27532119	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
27532051--27532128	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27539803--27540065	40	6.6	40	88	3	334	26	27	20	25	1.99
27551484--27551853	40	9.3	40	77	5	336	24	30	21	24	1.99
27551484--27551853	79	4.6	80	75	5	336	24	30	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27551436--27551835	200	2.0	200	99	0	791	24	29	20	25	1.99
27559595--27559764	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
27567765--27567934	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
27569356--27569521	83	2.0	83	92	0	278	33	20	12	33	1.90
27575472--27575622	27	5.6	27	81	5	135	27	30	15	27	1.96
27575472--27575622	55	2.8	54	80	9	164	27	30	15	27	1.96
27582271--27582322	27	1.9	27	84	7	70	51	0	7	40	1.30
27583231--27583451	56	3.9	56	89	0	316	29	12	22	35	1.91
27595054--27595133	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
27595105--27595237	43	3.1	42	90	4	196	12	24	33	30	1.91
27597760--27597970	105	2.0	106	90	0	334	30	17	25	27	1.97
27605544--27605729	93	2.0	93	87	2	266	40	13	24	21	1.90
27608031--27608132	40	2.6	40	87	4	136	28	22	26	22	1.99
27611033--27611089	19	3.1	18	71	19	55	38	19	14	28	1.90
27611033--27611105	36	2.2	33	81	13	80	35	21	13	28	1.92
27616673--27616734	33	1.9	32	83	3	79	22	20	20	35	1.96
27617160--27617213	27	2.0	27	96	0	99	20	7	25	46	1.77
27617585--27617807	117	1.9	117	84	0	302	35	18	30	14	1.91
27617578--27617807	39	5.9	39	81	0	244	35	19	30	14	1.91
27619730--27620160	154	2.9	146	84	4	528	44	5	10	39	1.62
27620023--27620083	27	2.2	28	82	8	72	54	1	8	36	1.40
27620149--27620192	21	2.1	21	87	8	63	34	0	13	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27619881--27620159	145	1.9	144	86	1	362	45	6	9	38	1.62
27623077--27623155	42	1.9	42	84	2	106	30	30	16	22	1.96
27626058--27626136	42	1.9	42	84	2	106	30	30	16	22	1.96
27633607--27633671	24	2.7	24	72	9	60	33	3	33	29	1.73
27635431--27635515	27	3.2	26	77	3	71	22	18	17	41	1.91
27639340--27639450	55	2.0	55	92	0	186	36	16	18	29	1.92
27640685--27640741	16	3.6	16	69	9	53	57	21	0	21	1.40
27641599--27641684	45	2.0	44	86	8	124	50	18	10	20	1.76
27641759--27641836	39	2.1	39	85	4	106	52	0	11	35	1.38
27651563--27651638	37	2.1	37	100	0	152	27	23	17	31	1.97
27655140--27655349	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
27655087--27655349	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
27655088--27655384	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
27663090--27663299	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
27663037--27663299	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
27663038--27663334	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
27666068--27666183	39	3.0	39	87	0	169	29	27	18	24	1.98
27669487--27669574	45	2.0	45	88	0	131	38	22	12	26	1.90
27670892--27670949	27	2.1	27	96	0	107	37	10	8	43	1.70
27671203--27671232	15	2.1	14	93	6	51	36	0	6	56	1.26
27673744--27673808	32	2.0	32	100	0	130	32	15	18	33	1.92
27677124--27678101	518	1.9	518	100	0	1956	32	15	22	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27678186--27678268	24	3.5	24	96	0	157	31	20	19	28	1.97
27679755--27679927	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
27679752--27679922	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
27687978--27688047	34	2.1	34	100	0	140	48	31	5	14	1.67
27698569--27698612	22	2.0	22	100	0	88	18	22	18	40	1.91
27701287--27702057	386	2.0	386	91	1	1258	30	18	20	31	1.96
27703794--27703957	42	3.9	42	80	7	181	31	17	23	28	1.97
27703794--27703951	85	1.9	84	83	9	205	31	17	23	27	1.96
27707393--27707479	42	2.0	42	84	6	113	37	24	11	26	1.89
27714783--27714943	42	3.8	42	79	11	168	32	15	23	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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