Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  83  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
(0-2)
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1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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5.0
50
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13
25
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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(0-2)
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1.96
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36
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27901422--27901497
27
2.9
27
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2
73
42
21
0
36
1.53
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2.9
97
98
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29
9
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2.3
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26
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2.3
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83
7
227
24
22
27
24
2.00
27926231--27926414
40
4.6
40
82
9
207
25
22
27
24
2.00
27926283--27926447
79
2.1
79
83
6
201
26
21
27
24
1.99
27937126--27937173
24
2.0
23
84
8
60
35
6
0
58
1.23
27950591--27950715
46
2.7
46
96
0
223
22
19
27
31
1.98
27953335--27953414
15
5.4
15
73
18
69
11
15
12
61
1.57
27953326--27953403
30
2.6
30
80
11
79
12
14
14
58
1.63
27955792--27955955
46
3.5
46
75
14
183
21
16
29
32
1.95
27955743--27955983
47
5.2
47
69
17
162
24
17
28
29
1.97
27955743--27955983
93
2.6
93
89
1
367
24
17
28
29
1.97
27957726--27957803
39
2.0
39
94
0
138
26
20
14
38
1.91
27962373--27962414
22
2.0
22
90
4
68
21
26
40
11
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
27967218--27967255
14
2.7
14
84
11
51
44
5
10
39
1.61
27967239--27967280
19
2.2
20
91
4
68
28
9
11
50
1.70
27969133--27969227
40
2.4
39
87
3
127
23
18
28
29
1.98
27969214--27969313
28
3.6
28
87
0
155
27
13
31
29
1.93
27978031--27978109
41
1.9
41
84
5
106
11
22
34
31
1.90
27978303--27978378
35
2.2
35
85
0
98
28
7
18
44
1.78
27984398--27984490
29
3.2
29
76
11
93
22
0
36
40
1.54
27984388--27984471
36
2.4
36
84
6
100
21
0
38
40
1.53
27984385--27984491
7
15.0
7
76
10
74
21
0
38
40
1.54
27984634--27984683
22
2.3
21
79
3
55
22
0
32
46
1.52
27984649--27984711
21
3.0
20
81
11
63
19
1
39
39
1.61
27984654--27984711
7
8.3
7
81
7
55
17
1
43
37
1.59
27984682--27984715
7
4.9
7
88
0
50
14
2
50
32
1.58
27985269--27985376
7
14.7
7
81
7
126
66
1
0
31
1.02
27985269--27985377
30
3.7
30
93
2
168
66
1
0
31
1.02
27985268--27985376
37
2.9
37
82
6
148
66
1
0
31
1.02
27995951--27996328
199
1.9
196
86
2
533
38
12
15
33
1.86
28000057--28000198
24
5.9
24
66
15
96
37
21
23
18
1.94
28001661--28001710
23
2.1
23
96
3
91
54
8
14
24
1.66
28002938--28003101
43
3.8
43
76
13
176
31
25
18
25
1.98
28002930--28003088
44
3.7
44
76
9
166
30
26
18
24
1.98
28002938--28003098
86
1.9
85
83
6
209
31
25
18
24
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
28006858--28007014
43
3.7
42
75
9
131
29
24
22
24
1.99
28006877--28006970
42
2.2
43
83
5
111
29
23
21
25
1.99
28014941--28015070
49
2.6
50
86
1
172
30
25
17
26
1.97
28017782--28017873
45
2.0
45
97
0
175
17
29
21
31
1.96
28018212--28018311
49
2.0
49
96
0
182
33
20
21
26
1.97
28022023--28022259
50
4.8
49
81
8
264
31
26
16
25
1.96
28022024--28022259
101
2.4
99
84
5
289
31
25
16
25
1.96
28022795--28022909
60
1.9
60
87
0
167
36
17
9
36
1.82
28023434--28023987
277
2.0
278
92
0
921
39
18
11
29
1.86
28024116--28024272
43
3.7
42
75
9
131
30
24
21
23
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290