genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18969909--18970092	40	4.6	40	80	6	212	25	23	25	25	2.00
18969909--18970128	80	2.8	80	83	5	261	25	23	25	25	2.00
18973187--18973398	106	2.0	106	97	0	397	31	8	16	43	1.78
18973502--18973677	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
18973499--18973670	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
18981080--18981483	46	8.8	46	92	4	672	21	20	28	29	1.98
18981708--18981745	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18992036--18992191	43	3.7	42	80	6	181	25	18	24	31	1.98
18996601--18996655	27	2.0	27	100	0	110	32	14	18	34	1.91
19003143--19003430	27	10.7	26	77	10	242	40	21	8	29	1.83
19003140--19003457	161	2.0	161	85	6	430	39	20	9	30	1.85
19003414--19003716	27	11.2	27	84	1	356	37	18	18	25	1.93
19003859--19003889	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
19004281--19004386	27	4.0	26	79	6	113	19	22	19	37	1.94
19004508--19004706	6	32.3	6	68	15	86	23	16	13	47	1.81
19004508--19004671	31	5.3	31	86	0	211	22	16	13	47	1.81
19004654--19004721	24	2.8	25	82	4	68	25	14	10	50	1.74
19006654--19006952	27	11.2	27	77	6	234	40	19	8	31	1.82
19006675--19006964	81	3.6	79	80	5	307	39	20	8	32	1.82
19006948--19007252	27	11.3	27	86	0	376	36	18	19	25	1.94
19006951--19007252	81	3.7	81	86	0	415	36	18	19	25	1.94
19007598--19007656	22	2.7	22	78	0	55	22	25	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19007815--19007921	27	4.0	26	80	6	97	19	20	20	39	1.93
19008041--19008243	31	6.5	31	88	0	262	21	13	14	50	1.77
19008070--19008258	6	30.7	6	68	17	75	20	14	14	50	1.78
19016031--19016101	35	2.0	35	91	0	115	43	21	18	16	1.88
19022351--19022481	38	3.2	38	73	17	136	30	23	15	30	1.95
19022396--19022517	48	2.6	48	86	1	165	31	22	15	31	1.95
19028462--19028488	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
19037110--19037319	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
19037057--19037319	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
19037058--19037354	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
19042905--19042964	30	2.0	30	86	0	84	40	8	21	30	1.83
19062783--19062821	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
19063440--19063554	58	2.0	57	89	5	178	15	22	7	53	1.67
19064157--19064201	16	2.9	15	81	12	54	51	20	17	11	1.75
19066881--19066990	29	3.9	28	81	2	112	28	15	29	27	1.96
19080058--19080099	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
19080058--19080096	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
19080789--19080837	25	1.9	25	87	4	71	40	4	2	53	1.32
19081739--19081766	14	2.0	14	100	0	56	71	0	28	0	0.86
19086409--19086445	20	1.9	18	89	10	56	35	2	8	54	1.44
19087458--19087530	20	3.6	21	71	15	64	36	1	12	49	1.49
19087460--19087537	40	2.0	40	97	0	147	35	1	11	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19102444--19102515	37	2.0	35	92	7	119	43	15	4	37	1.66
19103543--19103643	27	3.7	27	77	7	98	38	18	18	23	1.93
19103582--19103660	27	2.9	27	84	0	95	36	16	20	26	1.93
19104313--19104364	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
19104452--19104601	75	2.0	75	98	0	291	14	26	30	28	1.95
19114659--19114744	44	2.0	44	88	0	127	36	12	25	25	1.92
19114748--19114954	47	4.4	48	77	9	135	37	19	22	20	1.94
19114882--19114998	47	2.5	47	91	0	180	38	12	23	25	1.90
19115010--19115178	55	3.1	54	84	7	227	34	18	24	22	1.96
19114991--19115178	55	3.5	54	82	7	222	35	18	23	22	1.96
19122857--19122887	15	2.1	15	100	0	62	12	32	0	54	1.38
19123082--19123177	47	2.0	47	97	0	183	40	26	15	17	1.89
19128593--19128656	32	2.0	32	100	0	128	31	15	18	34	1.93
19131501--19131646	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
19131501--19131679	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	25	2.00
19135494--19135537	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
19144312--19144526	46	4.7	46	100	0	430	20	21	30	26	1.98
19146302--19146391	43	2.1	43	91	4	146	23	18	34	23	1.96
19150899--19151013	46	2.5	46	91	2	178	21	21	27	28	1.99
19155990--19156133	40	3.5	40	84	9	186	25	27	23	23	2.00
19163806--19163989	40	4.6	40	80	8	203	25	25	24	25	2.00
19163806--19163989	83	2.3	79	84	5	242	25	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19167569--19167620	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
19167669--19167720	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
19167553--19167820	100	2.7	100	94	1	475	30	22	25	22	1.99
19175703--19175779	29	2.6	30	79	6	86	27	18	29	24	1.98
19182282--19182546	40	6.7	40	84	6	297	23	20	27	27	1.99
19188811--19188980	85	2.0	85	96	0	313	31	6	20	41	1.78
19189741--19189910	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
19189763--19189945	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
19193967--19194157	56	3.4	56	88	0	238	33	21	13	30	1.92
19200046--19200283	27	8.8	27	90	0	323	30	21	7	40	1.81
19200235--19200373	27	5.2	27	75	6	95	36	21	7	33	1.83
19200134--19200312	54	3.3	54	82	3	137	32	20	7	39	1.81
19200277--19200402	53	2.4	54	77	9	132	38	19	10	31	1.85
19200365--19200671	27	11.4	27	81	5	343	36	18	19	25	1.94
19200358--19200671	54	5.8	54	85	3	380	37	18	19	25	1.94
19200365--19200670	81	3.8	81	84	3	393	36	18	19	24	1.94
19200888--19200957	25	2.8	25	95	0	122	27	27	22	22	1.99
19203414--19203651	27	8.8	27	85	0	296	29	21	7	41	1.81
19203414--19203651	81	2.9	81	85	0	332	29	21	7	41	1.81
19203607--19203704	27	3.6	28	78	8	80	40	20	5	33	1.74
19203389--19203662	81	3.4	80	82	2	305	31	21	7	39	1.81
19203630--19203701	27	2.6	27	82	6	83	44	20	4	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19203734--19204272	27	20.0	27	86	3	717	36	18	20	24	1.95
19203734--19204254	108	4.8	108	95	0	891	37	19	19	23	1.94
19204475--19204544	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
19204474--19204569	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
19204475--19204569	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
19212964--19213887	40	23.1	40	98	0	1753	22	22	27	27	1.99
19215324--19215546	122	1.8	120	93	1	383	39	11	19	29	1.87
19218086--19218141	28	2.0	28	100	0	112	32	3	7	57	1.43
19218095--19218157	28	2.2	28	83	5	74	31	7	4	55	1.50
19218162--19218376	3	71.7	3	100	0	430	33	0	0	66	0.92
19218718--19218857	70	2.0	70	98	0	271	29	17	4	48	1.66
19231052--19231202	44	3.5	43	76	8	144	32	23	22	21	1.98
19231351--19231514	43	3.8	42	68	15	100	37	21	21	19	1.95
19231269--19231515	88	2.8	87	80	7	248	36	22	21	19	1.95
19231311--19231443	45	3.0	43	71	15	119	37	20	20	21	1.94
19232279--19232324	24	2.0	23	86	4	65	45	41	2	10	1.51
19233768--19233940	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	19	1.97
19233761--19233936	46	3.8	46	79	10	205	28	30	21	19	1.97
19233812--19233955	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.97
19235770--19235811	21	2.0	21	90	0	66	16	11	16	54	1.70
19236147--19236180	3	11.0	3	93	6	59	35	0	0	64	0.94
19236901--19237587	343	2.0	343	98	0	1320	26	18	9	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19237663--19237936	137	2.0	137	97	0	512	28	20	17	32	1.96
19242747--19242792	21	2.2	21	88	0	65	17	8	2	71	1.21
19242755--19242786	15	2.1	15	94	0	55	15	6	3	75	1.14
19254805--19255098	88	3.4	88	89	2	443	34	20	21	23	1.97
19254868--19255135	44	6.1	44	70	16	207	34	20	21	23	1.97
19254958--19255230	130	2.1	131	87	6	385	34	20	21	23	1.96
19255086--19255416	88	3.8	88	83	2	423	35	19	22	22	1.96
19254868--19255306	218	2.0	220	87	2	634	34	20	21	23	1.97
19255086--19255420	176	1.9	176	88	1	501	35	19	22	22	1.96
19255989--19256019	16	1.9	16	93	0	53	3	3	9	83	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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