genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11488030--11488206	40	4.4	40	81	7	155	25	22	27	24	1.99
11490549--11490616	34	2.0	34	97	0	127	51	17	10	20	1.74
11492030--11492102	34	2.2	32	81	11	85	15	5	5	73	1.19
11492284--11492343	30	2.0	30	96	0	111	21	20	15	43	1.88
11492720--11492749	15	2.0	15	93	0	51	23	26	20	30	1.98
11493975--11494060	30	2.9	30	75	0	91	18	31	29	20	1.97
11499008--11499064	6	9.3	6	75	17	55	49	15	15	19	1.80
11499207--11499271	27	2.4	27	82	5	78	35	24	21	18	1.96
11499395--11499446	27	1.9	27	84	7	70	36	17	23	23	1.95
11499836--11500652	27	30.3	27	80	5	812	23	20	20	35	1.96
11500057--11500159	37	2.8	37	93	0	188	19	22	19	38	1.93
11500692--11500977	27	10.6	26	80	7	198	30	9	20	39	1.84
11500697--11500968	81	3.4	81	82	3	235	30	9	20	39	1.84
11500744--11500977	27	8.7	27	83	3	292	30	8	20	39	1.83
11502420--11502472	24	2.2	24	96	0	97	47	18	16	16	1.83
11509782--11509834	18	3.1	17	78	7	54	28	1	22	47	1.62
11509795--11509834	18	2.3	18	86	4	55	27	2	25	45	1.66
11523458--11523635	27	6.6	26	79	8	162	25	16	28	29	1.97
11523458--11523635	54	3.3	54	80	10	184	25	16	28	29	1.97
11523455--11523635	82	2.2	81	81	4	213	25	16	28	29	1.97
11525975--11526003	8	3.6	8	100	0	58	27	0	37	34	1.57
11528560--11528752	71	2.8	70	80	6	230	26	11	18	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11537553--11537581	7	4.1	7	100	0	58	17	55	0	27	1.42
11539423--11539486	26	2.5	26	79	5	76	25	15	21	37	1.93
11544247--11544503	46	5.5	46	75	14	215	23	29	17	29	1.97
11544246--11544505	92	2.8	91	80	13	241	23	29	17	29	1.97
11549099--11549211	55	2.1	55	80	6	122	23	28	19	29	1.98
11549861--11549910	26	1.9	26	100	0	100	50	12	8	30	1.68
11552440--11552709	46	5.8	45	72	11	131	23	26	20	29	1.99
11559459--11559772	46	6.7	46	73	12	221	24	29	17	27	1.98
11560536--11560661	29	4.4	28	74	10	94	30	26	7	36	1.83
11562600--11562771	47	3.7	47	79	16	221	27	19	29	22	1.98
11562596--11562910	46	6.7	45	74	15	239	26	17	30	24	1.97
11562597--11562910	94	3.3	94	90	3	447	26	17	30	24	1.97
11571853--11571912	26	2.3	26	82	0	75	38	21	21	18	1.94
11572951--11572978	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
11574963--11575039	40	1.9	41	83	2	102	25	19	14	40	1.89
11586848--11587436	70	8.4	70	79	2	513	29	24	19	26	1.98
11586848--11587439	140	4.2	140	79	4	586	29	24	18	26	1.98
11586826--11587439	210	2.9	209	80	2	631	29	25	18	26	1.98
11590976--11591349	39	9.6	39	83	2	448	44	18	5	32	1.72
11591074--11591168	8	12.1	8	73	12	63	44	16	3	35	1.64
11601416--11601770	47	7.6	47	79	10	304	23	29	19	27	1.98
11611859--11611974	28	4.2	28	76	7	103	24	23	13	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11611868--11611972	56	1.9	55	84	5	140	24	22	12	40	1.89
11617176--11617360	79	2.3	81	81	8	218	25	28	22	23	1.99
11617157--11617360	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
11620460--11620522	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
11625788--11625850	28	2.2	28	88	0	90	31	28	6	33	1.82
11626412--11626502	30	3.0	30	79	9	85	48	7	13	30	1.70
11628433--11628462	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
11628478--11628547	35	2.0	35	97	0	131	38	21	11	28	1.88
11634324--11634414	39	2.3	39	94	0	155	28	27	24	19	1.99
11638100--11638124	11	2.3	11	100	0	50	16	28	0	56	1.41
11640849--11641066	39	5.5	39	87	1	292	30	28	20	20	1.98
11647921--11647972	26	2.0	26	96	0	95	26	21	15	36	1.93
11649831--11649861	15	2.1	15	100	0	62	32	45	0	22	1.53
11650355--11650398	24	2.0	23	86	13	65	9	40	2	47	1.48
11651705--11651820	44	2.6	44	93	0	196	29	12	25	32	1.93
11656146--11656206	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
11659174--11659207	12	2.8	12	81	0	50	29	0	17	52	1.45
11660173--11660206	14	2.4	14	100	0	68	20	0	17	61	1.34
11660750--11661057	161	1.9	159	84	2	402	30	16	16	36	1.91
11661965--11662025	31	2.0	31	93	0	104	47	11	13	27	1.77
11662797--11662975	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
11665186--11665518	47	7.0	47	95	2	549	33	6	29	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11665299--11665374	22	3.3	22	66	16	64	32	7	32	26	1.85
11668138--11668172	9	3.9	9	100	0	70	22	42	0	34	1.54
11671742--11672670	142	6.6	142	98	0	1787	22	31	17	28	1.97
11673848--11673985	42	3.2	43	73	9	120	29	24	18	26	1.98
11675902--11675964	30	2.1	30	90	0	99	30	31	12	25	1.93
11681257--11681364	44	2.5	43	86	11	143	30	27	17	24	1.97
11681215--11681364	42	3.5	43	79	13	157	28	27	18	26	1.98
11688567--11688834	96	2.8	93	77	11	264	27	19	30	23	1.98
11688567--11688833	46	5.7	47	74	13	187	27	19	29	23	1.98
11695280--11695309	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
11696801--11697848	46	22.8	46	97	0	1920	28	28	21	21	1.98
11702147--11702247	38	2.7	38	90	0	148	18	21	27	31	1.97
11705990--11706016	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
11707975--11708032	22	2.6	22	80	0	71	36	17	24	22	1.95
11708298--11708466	85	2.0	86	87	3	243	27	18	21	31	1.97
11711506--11711663	43	3.7	42	80	11	160	32	25	17	24	1.96
11719078--11719236	43	3.7	42	81	10	180	30	28	17	22	1.97
11719078--11719237	86	1.9	85	83	11	211	31	28	17	22	1.97
11721064--11721113	26	1.9	26	84	8	66	66	6	2	26	1.26
11722837--11722873	18	2.1	18	100	0	74	35	16	16	32	1.91
11725632--11725728	40	2.4	40	92	0	167	30	25	17	25	1.97
11726384--11726424	18	2.3	18	100	0	82	46	26	0	26	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11727140--11727175	16	2.2	16	90	0	54	38	27	2	30	1.71
11728168--11728231	33	1.9	33	87	0	92	25	0	50	25	1.50
11728171--11728242	33	2.2	33	82	0	81	26	0	47	26	1.53
11728415--11728567	51	3.0	51	90	0	234	30	10	25	33	1.89
11731343--11731385	22	2.0	21	95	4	77	41	9	9	39	1.69
11739261--11739357	40	2.4	40	89	0	149	32	23	16	26	1.96
11746481--11746579	48	2.1	48	82	3	119	40	7	15	37	1.74
11774192--11774431	120	2.0	120	96	0	444	42	2	4	51	1.33
11774346--11774404	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
11774359--11774414	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
11774631--11774683	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
11774850--11774895	24	1.9	24	95	0	83	32	10	15	41	1.82
11779230--11779420	76	2.5	76	80	5	199	28	15	23	31	1.95
11779294--11779396	25	4.1	24	74	12	82	29	13	24	33	1.93
11782095--11782132	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
11797298--11797354	15	3.7	15	71	19	55	10	14	12	63	1.53
11799504--11799690	50	3.8	49	83	7	216	25	18	28	27	1.98
11800555--11800697	58	2.4	59	75	4	146	20	21	18	39	1.93
11800705--11800928	89	2.5	88	81	6	236	36	18	20	25	1.94
11804132--11804218	43	2.0	43	93	0	147	48	2	12	36	1.54
11804394--11804440	20	2.3	20	85	0	58	29	25	8	36	1.86
11807748--11807829	24	3.4	24	88	5	112	34	14	24	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11808243--11808467	105	2.1	105	100	0	450	45	21	4	28	1.71
11816605--11816720	43	2.7	41	81	12	135	34	28	15	21	1.94
11816693--11816809	44	2.7	44	98	0	225	33	26	18	21	1.97
11825233--11825514	140	2.0	140	93	0	483	24	15	31	28	1.95
11830196--11830620	70	6.1	70	83	3	428	24	20	24	30	1.99
11830614--11830920	70	4.4	70	75	3	242	28	21	19	30	1.98
11835811--11835867	27	2.1	27	93	0	96	33	19	21	26	1.97
11840827--11840929	36	2.9	36	94	0	179	33	15	15	34	1.89
11848266--11848477	35	6.1	35	87	2	273	30	11	20	36	1.89
11849964--11850002	21	1.9	20	89	5	60	23	25	33	17	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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