genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7232217--7232388	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
7239795--7240063	46	5.8	46	75	14	266	21	20	28	29	1.98
7239841--7240009	47	3.6	47	79	13	222	23	20	27	28	1.98
7239792--7240056	93	2.8	93	96	0	476	21	20	29	28	1.98
7244744--7244796	25	2.1	25	85	0	70	28	11	15	45	1.80
7274044--7274532	40	12.2	40	99	0	951	24	17	27	29	1.98
7274686--7274741	27	2.1	27	100	0	112	30	21	16	32	1.95
7280329--7280372	20	2.2	20	83	0	52	36	13	4	45	1.64
7282792--7282833	21	2.0	21	95	0	75	30	16	14	38	1.89
7286333--7286452	47	2.6	46	82	11	138	24	29	16	30	1.97
7291769--7291816	24	2.1	22	88	7	69	22	33	25	14	1.92
7293420--7293546	47	2.7	48	84	6	152	26	32	17	23	1.97
7335148--7335412	46	5.6	46	76	9	207	22	29	20	27	1.98
7335142--7335419	94	3.0	92	79	10	298	23	29	20	27	1.98
7335724--7335791	34	2.0	34	100	0	136	41	11	11	35	1.78
7340193--7340361	47	3.6	47	85	5	214	33	8	28	28	1.86
7340193--7340361	49	3.6	49	85	8	226	33	8	28	28	1.86
7340480--7340558	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
7345348--7345471	24	4.8	28	80	16	167	34	16	24	25	1.95
7345348--7345468	52	2.4	51	95	1	215	34	16	23	24	1.95
7361220--7361338	39	3.1	39	93	0	202	26	24	28	21	1.99
7364385--7364475	44	2.1	44	95	0	164	20	12	25	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7368316--7368435	45	2.7	42	81	12	125	25	21	20	31	1.98
7368316--7368424	22	4.9	22	86	7	148	24	22	19	33	1.97
7375917--7375990	22	3.4	22	84	3	96	28	21	18	31	1.97
7375979--7376034	24	2.3	24	90	0	94	37	21	25	16	1.93
7378645--7378722	39	2.0	39	94	0	138	38	20	17	23	1.93
7379556--7379587	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
7395129--7395239	56	2.0	57	83	5	145	30	31	11	26	1.92
7395126--7395237	28	4.0	28	84	2	127	31	31	11	25	1.91
7409092--7409140	24	2.0	24	100	0	98	44	0	8	46	1.33
7409837--7409925	23	4.0	23	80	10	96	20	21	23	34	1.96
7410098--7410136	18	2.1	19	85	4	53	46	0	23	30	1.53
7411658--7411768	55	2.0	55	85	0	150	23	19	17	39	1.92
7417786--7417907	27	4.5	27	90	0	181	28	18	9	42	1.82
7417767--7417880	54	2.1	54	81	0	138	30	19	9	40	1.83
7417886--7418132	27	9.2	27	79	6	232	40	21	7	29	1.81
7417805--7417934	54	2.4	55	83	2	156	30	20	9	40	1.83
7417886--7418214	54	6.1	54	75	8	222	41	20	7	30	1.81
7417764--7418042	81	3.5	81	76	2	213	36	20	8	34	1.83
7417900--7418134	81	2.9	80	87	3	319	41	21	7	29	1.80
7418276--7418363	27	3.3	27	83	3	106	34	19	28	18	1.95
7418263--7418367	27	3.9	27	77	12	99	34	20	24	20	1.96
7419168--7419320	56	2.9	52	79	12	186	27	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7419168--7419320	26	5.8	26	82	9	177	27	22	22	28	1.99
7421087--7421277	40	4.8	40	81	7	194	26	21	26	25	1.99
7421140--7421304	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
7428328--7428457	65	2.0	65	98	0	251	30	11	27	30	1.92
7428985--7429068	40	2.1	40	88	4	125	22	19	27	30	1.98
7436802--7437026	40	5.7	40	87	5	296	24	22	27	25	2.00
7436802--7437059	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	2.00
7441103--7441327	40	5.7	40	84	5	269	25	21	27	25	2.00
7441110--7441360	119	2.1	119	79	7	260	27	20	26	25	1.99
7446704--7446994	27	10.8	27	91	0	413	29	24	8	38	1.84
7446665--7447301	27	23.6	27	83	3	359	36	21	8	33	1.83
7446946--7447331	54	7.1	54	82	3	411	39	20	8	31	1.82
7447014--7447317	27	11.3	27	85	0	367	41	19	8	30	1.81
7446987--7447327	81	4.2	81	83	3	409	41	19	8	31	1.81
7447311--7447368	27	2.1	28	90	3	91	37	13	22	25	1.91
7447578--7447640	25	2.5	25	97	0	117	26	22	23	26	2.00
7449828--7450467	27	23.7	27	83	2	345	36	21	7	34	1.82
7449842--7450160	54	5.9	54	88	0	458	31	22	7	38	1.81
7449842--7450189	81	4.3	81	86	1	464	32	22	6	38	1.81
7450155--7450484	27	12.2	27	83	1	365	40	20	8	31	1.81
7450155--7450484	54	6.1	54	87	2	448	40	20	8	31	1.81
7453562--7454039	27	17.7	27	78	8	211	38	20	8	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7453709--7453985	81	3.4	80	80	7	292	40	21	8	29	1.83
7453723--7454068	27	12.8	27	76	6	243	40	19	9	30	1.84
7454090--7454186	27	3.6	27	83	2	88	34	21	21	22	1.97
7454991--7455136	26	5.7	26	89	2	208	26	22	23	26	2.00
7454991--7455136	51	2.9	52	89	4	226	26	22	23	26	2.00
7455283--7455374	42	2.2	42	88	0	130	31	13	19	35	1.90
7455398--7455476	31	2.5	31	89	4	115	29	17	25	27	1.98
7456554--7456719	43	3.9	43	84	2	192	27	15	25	31	1.95
7462281--7462346	32	2.1	32	97	0	123	45	12	27	15	1.81
7470931--7471023	43	2.2	43	90	0	141	29	11	21	37	1.89
7470933--7471041	43	2.5	43	86	2	139	28	14	21	35	1.93
7471958--7473715	585	3.0	585	99	0	3471	39	19	12	28	1.88
7477394--7477557	47	3.5	46	76	6	188	29	31	18	20	1.96
7477340--7477604	46	5.7	46	72	16	206	29	29	18	21	1.97
7477348--7477604	93	2.8	93	90	0	406	29	29	19	21	1.97
7479994--7480082	30	3.0	30	79	11	94	56	15	16	11	1.67
7480005--7480082	15	5.2	15	71	11	70	55	15	16	12	1.70
7480877--7480968	45	2.0	45	95	0	166	23	18	29	28	1.98
7483040--7483311	46	5.7	47	74	11	234	29	29	19	21	1.97
7483048--7483316	93	2.8	93	90	3	405	29	29	19	21	1.98
7483094--7483253	47	3.4	47	79	8	191	30	30	18	21	1.97
7487785--7487850	32	2.1	32	100	0	132	42	16	18	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7492579--7492641	31	2.0	31	100	0	126	55	12	22	9	1.65
7499398--7499637	120	2.0	120	98	0	462	30	13	24	32	1.93
7499642--7499813	79	2.2	79	79	3	193	24	21	27	26	1.99
7499589--7499811	40	5.6	39	80	7	189	25	21	27	26	1.99
7499669--7499846	79	2.2	80	80	2	189	25	21	28	24	1.99
7504753--7504869	59	2.0	59	98	0	225	20	20	30	28	1.98
7507012--7507221	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
7506959--7507221	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
7506960--7507256	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
7519075--7519100	12	2.2	12	100	0	52	30	15	19	34	1.93
7519329--7519381	25	2.2	24	86	3	70	39	20	22	16	1.92
7519858--7519902	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
7522030--7522071	21	1.9	23	85	9	61	30	16	7	45	1.74
7526822--7527132	157	2.0	158	94	0	543	19	25	33	21	1.97
7536405--7536493	42	2.1	42	87	0	124	25	35	21	16	1.94
7541345--7541474	47	2.8	47	86	2	172	22	16	28	33	1.95
7560344--7560388	21	2.2	20	84	4	54	42	17	0	40	1.50
7560793--7560836	20	2.3	18	84	7	52	22	34	20	22	1.97
7564082--7564191	29	3.9	29	78	4	109	25	31	14	28	1.95
7565680--7565712	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
7577016--7577054	21	1.9	20	84	5	51	23	20	38	17	1.93
7578159--7578471	46	6.6	48	70	15	167	22	27	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7582057--7582146	35	2.6	35	83	1	119	43	32	11	13	1.79
7582796--7582886	46	2.0	46	86	0	128	27	30	7	34	1.85
7582904--7583615	47	15.1	47	99	0	1397	23	25	16	34	1.95
7588531--7588763	49	4.7	50	79	4	247	25	17	27	29	1.97
7588534--7588763	101	2.3	98	82	5	248	25	17	26	30	1.98
7593770--7593992	49	4.5	49	78	5	223	24	17	27	30	1.98
7602925--7603018	47	2.0	47	81	8	111	31	12	23	31	1.92
7606602--7606679	39	2.0	39	94	0	138	19	26	17	35	1.94
7616508--7616537	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
7617260--7617294	18	2.0	18	88	5	54	28	8	20	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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