genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.241.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83295887--83296083	81	2.4	81	91	1	306	27	24	8	39	1.85
83296075--83296216	27	5.3	26	69	12	90	37	20	11	30	1.88
83296115--83296295	54	3.3	54	84	2	202	43	18	6	32	1.76
83296115--83296238	27	4.7	26	79	7	124	41	20	7	30	1.79
83297420--83297553	42	3.2	42	96	0	250	30	14	20	33	1.93
83297577--83297659	31	2.7	31	86	1	123	28	15	25	30	1.96
83302615--83302683	34	2.0	34	100	0	138	34	11	21	31	1.89
83306014--83306104	45	2.0	45	86	0	128	27	13	24	35	1.92
83309202--83309406	79	2.6	80	82	10	235	25	26	20	27	1.99
83309235--83309459	40	5.6	39	85	6	249	25	26	21	25	2.00
83309235--83309459	119	1.9	120	82	8	289	25	26	21	25	2.00
83311608--83311749	71	2.1	67	82	5	167	19	25	21	33	1.97
83311717--83311776	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
83320253--83320322	34	2.1	34	81	5	79	20	2	31	45	1.65
83322943--83323134	73	2.6	72	87	6	262	27	20	20	31	1.98
83322943--83323134	24	7.9	24	86	2	251	27	20	20	31	1.98
83323184--83323235	16	3.3	16	86	10	72	30	19	13	36	1.90
83323180--83323239	20	3.3	18	82	17	88	33	20	11	35	1.88
83330383--83330607	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
83330383--83330643	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
83330383--83330643	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
83338412--83338634	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83338412--83338634	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
83338412--83338667	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
83346523--83346747	40	5.6	40	79	10	228	25	23	26	24	2.00
83346523--83346783	80	3.3	80	81	4	278	25	23	26	24	2.00
83346523--83346747	120	1.9	121	82	6	287	25	23	26	24	2.00
83350733--83350851	60	2.0	60	96	0	220	26	15	31	26	1.96
83362039--83362224	79	2.3	82	84	6	247	26	27	22	23	1.99
83362039--83362224	40	4.6	41	84	7	231	26	27	22	23	1.99
83371065--83371107	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
83371503--83371600	27	3.5	28	87	2	126	27	12	28	31	1.93
83371531--83371614	27	3.0	27	84	5	78	30	10	25	33	1.90
83375632--83375738	56	1.9	56	98	0	205	26	21	14	37	1.92
83375977--83376122	73	2.0	73	94	0	256	37	19	10	32	1.86
83376627--83376794	40	4.2	40	80	1	149	25	27	23	23	2.00
83376650--83376793	40	3.6	39	84	4	153	24	27	24	24	2.00
83383744--83383852	43	2.6	43	79	4	123	30	28	16	24	1.97
83392548--83392583	16	2.2	16	90	0	54	50	13	22	13	1.77
83392557--83392591	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
83392804--83392890	28	3.1	29	77	9	99	26	13	29	29	1.94
83407498--83407535	13	2.9	13	92	0	67	26	47	21	5	1.71
83410230--83410381	44	3.5	43	75	7	128	33	25	16	24	1.96
83410225--83410370	43	3.4	43	74	11	140	32	26	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83412016--83412127	30	3.8	30	87	1	145	40	14	24	21	1.90
83412823--83412885	31	2.0	31	87	0	90	25	25	15	33	1.95
83413108--83413174	25	2.7	25	84	6	82	28	23	28	19	1.98
83413095--83413177	25	3.4	24	81	8	78	26	22	24	26	2.00
83413236--83413292	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
83413228--83413294	20	3.3	20	95	0	125	32	19	11	35	1.88
83413228--83413283	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
83420928--83420990	31	2.0	31	90	0	99	23	25	15	34	1.95
83421198--83421279	24	3.4	24	85	9	96	26	23	20	29	1.99
83421318--83421374	9	5.9	9	80	15	69	38	21	5	35	1.76
83421310--83421376	20	3.3	20	95	0	125	35	19	8	35	1.83
83421310--83421374	9	6.5	10	73	18	55	36	20	7	35	1.81
83426448--83426625	48	3.7	47	87	3	230	30	24	17	26	1.97
83431547--83431629	41	2.0	41	100	0	166	48	4	25	21	1.70
83437073--83437148	30	2.6	29	81	6	89	26	23	11	38	1.89
83449680--83449824	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
83451011--83451086	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
83453369--83453466	50	2.0	50	89	0	151	25	12	24	37	1.90
83457930--83458102	93	1.9	93	93	0	301	27	30	22	19	1.98
83457923--83458098	46	3.8	46	79	10	205	28	30	22	19	1.98
83457974--83458117	46	3.1	45	73	11	130	29	29	21	20	1.98
83460489--83460577	30	3.0	30	80	11	103	57	15	16	10	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83460489--83460571	15	5.6	14	79	8	67	56	16	16	9	1.66
83460500--83460577	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83463498--83463670	93	1.9	93	91	2	285	27	29	22	20	1.98
83463491--83463666	46	3.8	46	78	11	189	28	28	22	19	1.98
83465343--83465421	31	2.5	31	91	0	131	26	21	18	32	1.97
83465627--83465769	52	2.8	51	90	5	220	27	23	23	26	2.00
83465640--83465769	26	5.1	26	85	2	183	27	23	24	24	2.00
83466598--83466662	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
83466620--83466671	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
83466720--83466849	27	4.7	27	78	12	106	31	8	17	42	1.79
83466720--83466849	56	2.4	55	81	10	149	31	8	17	42	1.79
83466842--83466969	27	4.8	25	79	8	103	35	7	25	32	1.83
83466814--83466969	54	2.9	52	75	10	152	33	7	23	34	1.84
83466853--83466944	27	3.4	27	87	0	130	39	4	25	31	1.75
83469209--83469279	31	2.3	31	95	0	124	28	25	15	30	1.96
83469498--83469672	26	6.8	26	90	0	264	27	23	21	27	1.99
83470470--83470534	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
83470588--83470721	27	4.9	27	74	12	85	32	8	18	41	1.80
83470593--83470721	56	2.4	54	81	5	134	31	7	19	41	1.79
83470678--83470735	27	2.2	26	87	3	80	27	8	25	37	1.85
83470687--83470816	27	4.9	27	75	5	102	36	8	20	33	1.83
83475637--83475700	34	1.9	33	87	3	92	29	25	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83476294--83476433	60	2.3	60	83	9	178	22	23	12	40	1.89
83476329--83476429	30	3.4	30	97	0	184	18	24	12	43	1.85
83478221--83478270	24	2.1	24	100	0	100	28	4	26	42	1.73
83482810--83482859	18	2.7	18	75	19	50	66	0	0	34	0.92
83483606--83483634	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
83484753--83484912	43	3.8	42	73	7	153	26	14	26	32	1.95
83493466--83493637	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	22	1.98
83493458--83493633	46	3.8	46	78	12	198	29	28	19	22	1.98
83498068--83498235	27	6.2	27	87	0	183	32	23	7	36	1.84
83498068--83498263	54	3.6	54	81	1	214	33	23	7	35	1.82
83498055--83498263	81	2.6	81	82	0	265	33	23	7	35	1.82
83498034--83498354	27	11.9	27	81	4	146	36	22	7	33	1.83
83498196--83498416	54	4.1	54	73	10	146	39	19	7	33	1.80
83498223--83498416	27	7.1	27	79	9	135	41	18	7	32	1.79
83498228--83498476	137	1.8	137	80	5	306	42	18	9	29	1.82
83498470--83498530	27	2.3	27	80	5	70	36	21	24	18	1.95
83499608--83499690	31	2.7	30	90	7	132	30	15	25	28	1.96
83502358--83502386	14	2.0	15	93	6	51	20	0	27	51	1.47
83507011--83507049	20	2.0	20	89	0	60	7	23	25	43	1.80
83509778--83509829	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
83519468--83519523	27	2.1	27	100	0	112	41	7	33	17	1.77
83520374--83520425	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83520441--83520502	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
83528906--83528944	20	2.0	20	85	10	53	48	2	2	46	1.29
83531153--83531195	21	2.0	21	90	0	68	34	27	27	9	1.88
83532766--83532910	73	2.0	73	98	0	281	32	17	12	37	1.87
83540346--83540523	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	27	1.96
83540372--83540522	82	1.9	81	88	4	232	28	27	15	27	1.96
83543598--83543934	169	2.0	168	94	2	579	42	8	23	25	1.82
83545968--83546107	39	3.5	40	89	2	187	19	22	27	30	1.98
83549136--83549233	28	3.5	28	78	2	72	25	26	15	32	1.95
83549248--83549421	40	4.2	40	77	14	181	31	27	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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