Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  269  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93077717--93077828
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4.3
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3
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1.64
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93099034--93099110
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15
3.8
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3
9
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
27
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2.2
197
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1.94
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2.0
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187
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188
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113
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1.32
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93107309--93107349
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0
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2.1
20
86
8
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71
0
16
11
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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21
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1.98
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19
21
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1.98
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3.1
172
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19
21
28
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129
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1.81
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1.9
40
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10
113
37
7
15
38
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93148122--93148156
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17
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37
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0
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1.31
93148318--93148375
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1.9
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1.38
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12
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9
48
1.75
93188189--93188339
72
2.1
73
94
1
268
35
15
19
28
1.93
93190180--93190236
24
2.4
25
82
14
75
47
8
36
7
1.62
93193709--93193757
20
2.4
20
80
10
55
53
2
14
30
1.52
93194033--93194087
12
4.6
12
82
8
58
60
0
3
36
1.15
93194031--93194087
25
2.2
27
81
6
64
59
0
3
36
1.14
93194166--93194194
3
9.7
3
100
0
58
68
0
0
31
0.89
93197759--93197854
48
2.0
48
95
0
174
43
16
4
35
1.67
93198765--93198815
5
10.2
5
89
6
77
58
1
0
39
1.09
93201189--93201331
72
2.0
72
97
0
268
47
11
10
30
1.74
93201579--93201618
20
2.0
20
100
0
80
10
45
5
40
1.60
93203265--93203297
17
1.9
17
93
0
57
36
3
9
51
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93203306--93203344
16
2.5
16
83
4
53
46
0
7
46
1.31
93203276--93203425
61
2.5
61
80
4
178
41
4
8
46
1.52
93203648--93203693
7
6.6
7
78
16
51
60
10
0
28
1.30
93203569--93203832
95
2.8
95
90
1
395
46
15
3
34
1.64
93203648--93203693
15
3.3
15
82
11
62
60
10
0
28
1.30
93203689--93203746
21
2.8
20
80
15
73
43
13
3
39
1.61
93203751--93203787
15
2.7
14
84
15
51
56
13
0
29
1.37
93203751--93203788
7
5.6
7
82
17
53
57
13
0
28
1.36
93203731--93203801
27
2.7
27
70
10
65
49
12
1
36
1.50
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22
2.4
21
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3
68
40
19
1
38
1.63
93209009--93209052
20
2.1
21
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4
63
34
15
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2
1.58
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24
1.9
24
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8
67
41
10
10
36
1.75
93231772--93231814
8
5.2
8
83
10
52
76
2
0
20
0.89
93231754--93231814
17
3.6
17
77
14
56
73
3
0
22
0.97
93235793--93235850
29
2.0
29
93
0
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39
5
12
43
1.64
93236005--93236063
29
2.0
29
83
0
73
38
11
1
47
1.50
93236728--93237137
195
2.1
192
84
4
511
43
8
15
32
1.77
93242132--93242171
16
2.5
16
100
0
80
27
0
27
45
1.54
93242711--93242879
92
1.9
89
87
7
250
33
4
3
59
1.34
93248923--93249038
59
2.0
59
98
0
223
32
26
22
18
1.97
93250276--93250398
40
3.0
40
86
2
174
28
24
24
22
2.00
93251192--93251443
92
2.7
92
90
2
371
39
19
1
40
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
93262605--93262660
26
2.3
24
82
11
69
37
0
10
51
1.37
93263887--93263920
17
2.0
17
88
11
52
32
2
0
64
1.08
93265225--93265569
172
2.0
172
98
0
672
34
17
19
28
1.94
93267774--93268227
226
2.0
225
92
0
746
29
24
20
26
1.99
93269263--93269411
50
2.8
54
86
7
207
24
21
29
24
1.99
93271827--93271902
5
15.0
5
84
13
102
42
0
1
56
1.07
93272961--93273065
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4.3
25
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17
20
20
40
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12
100
0
50
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0
0
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2.0
23
91
0
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41
6
19
32
1.77
93284227--93284294
20
3.2
20
83
6
73
39
5
19
35
1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290