genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42844256--42844595	54	6.3	54	83	5	357	39	20	9	31	1.84
42844256--42844541	27	10.6	27	86	0	358	39	19	8	31	1.83
42844256--42844595	81	4.2	80	79	6	310	39	20	9	31	1.84
42844256--42844596	27	12.7	27	80	7	259	39	20	9	31	1.84
42844632--42844738	27	4.0	27	88	0	142	36	19	20	23	1.95
42844867--42844932	6	10.8	6	73	15	55	21	19	13	45	1.85
42846884--42847169	27	10.6	27	84	1	360	40	19	8	31	1.81
42846884--42847249	27	13.6	27	79	8	273	40	20	7	31	1.81
42846909--42847304	27	14.7	27	77	8	135	39	20	7	31	1.81
42847289--42847600	27	11.6	27	90	0	473	33	21	20	23	1.97
42848045--42848109	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
42848269--42848343	27	2.8	27	84	8	98	18	24	20	37	1.94
42848275--42848369	27	3.5	26	81	8	75	22	24	17	35	1.95
42848506--42848616	31	3.5	31	84	6	127	19	17	12	50	1.77
42848506--42848631	6	20.3	6	71	15	87	20	16	12	50	1.78
42860927--42861095	43	4.0	43	73	11	125	34	26	14	24	1.93
42868290--42868403	48	2.4	48	95	0	201	28	25	21	25	1.99
42868290--42868425	48	2.8	47	82	8	166	27	25	22	25	1.99
42878700--42879110	46	8.7	47	73	14	239	27	18	28	24	1.98
42878884--42879098	48	4.5	46	77	10	144	26	18	29	25	1.98
42890138--42890274	27	5.1	27	90	0	202	19	19	21	38	1.93
42896531--42896562	16	2.0	16	93	0	55	9	9	18	62	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42912187--42912323	49	2.8	48	88	4	202	20	30	21	27	1.98
42914990--42915018	14	2.0	15	93	6	51	48	10	6	34	1.64
42919688--42919730	22	2.0	22	95	0	77	13	41	16	27	1.86
42933543--42933605	33	1.9	33	96	0	117	36	6	1	55	1.35
42937385--42937422	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
42939547--42939590	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
42944502--42945000	47	10.6	47	96	0	890	32	8	29	29	1.87
42947681--42947756	20	3.8	21	73	13	61	25	25	31	18	1.97
42949153--42949185	13	2.4	14	90	5	50	21	6	0	72	1.05
42949710--42949742	17	1.9	17	88	11	50	30	0	3	66	1.06
42950571--42950608	18	2.2	17	86	13	51	23	0	10	65	1.23
42957578--42957752	47	3.7	47	75	8	176	26	18	29	25	1.98
42965134--42965845	49	14.8	49	94	2	1087	29	28	8	33	1.87
42977441--42977493	20	2.7	20	93	0	97	20	33	30	15	1.93
42991288--42991337	10	5.0	10	85	0	64	16	16	2	66	1.35
42991288--42991345	20	2.9	20	84	0	71	18	13	1	65	1.35
42997635--42997761	62	2.0	64	89	3	195	48	5	19	26	1.71
42998095--42998300	110	1.9	110	81	6	256	32	15	16	36	1.89
43000578--43000625	19	2.5	18	77	12	51	4	25	2	68	1.18
43006432--43006575	72	2.0	72	98	0	279	29	11	19	39	1.87
43010898--43010933	17	2.1	17	100	0	72	30	0	11	58	1.33
43011393--43011442	26	2.0	25	88	7	75	40	2	0	58	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43013420--43013452	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
43013641--43013683	18	2.4	18	81	14	54	39	0	2	58	1.11
43022669--43022731	31	2.0	31	100	0	126	46	12	12	28	1.79
43032931--43032970	7	5.6	7	82	5	53	77	5	0	17	0.94
43044173--43044275	52	2.0	52	96	0	188	37	31	15	15	1.89
43047348--43047442	40	2.4	40	96	0	172	29	29	20	21	1.98
43048502--43048565	32	2.0	32	96	0	119	39	7	0	53	1.30
43055041--43055133	47	2.0	47	95	0	168	30	16	18	35	1.92
43055205--43055379	40	4.4	40	93	0	296	28	28	20	23	1.99
43058439--43058566	65	2.0	65	90	0	202	28	24	14	32	1.94
43062157--43062466	67	4.6	67	96	0	541	21	27	15	35	1.93
43062418--43062561	64	2.2	64	88	0	216	26	27	14	31	1.95
43077336--43077370	18	1.9	18	88	11	54	37	11	17	34	1.85
43078123--43078152	15	2.0	15	93	0	51	10	13	3	73	1.21
43079858--43079954	49	2.0	49	93	0	167	24	16	10	48	1.77
43087649--43087745	51	1.9	51	100	0	194	22	41	15	20	1.90
43099907--43099939	14	2.4	14	94	0	57	9	0	3	87	0.63
43102416--43102459	18	2.4	18	96	0	79	43	15	2	38	1.60
43102681--43102865	42	4.5	41	83	6	214	34	24	19	21	1.96
43102681--43102865	83	2.2	83	84	5	232	34	24	19	21	1.96
43111071--43111113	20	2.2	20	86	0	59	53	2	0	44	1.13
43113334--43113358	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43114568--43114602	17	2.0	18	88	5	54	62	2	0	34	1.10
43114957--43115285	42	7.8	42	93	0	543	33	21	21	23	1.97
43114957--43115386	42	10.2	42	88	3	437	32	21	20	26	1.97
43115440--43115473	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
43115697--43115767	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
43121218--43121382	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
43121218--43121382	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
43121232--43121580	19	18.5	19	65	23	77	32	0	20	46	1.53
43121263--43121627	26	14.1	26	91	3	576	32	0	20	47	1.53
43121664--43121813	73	2.1	73	100	0	300	41	6	1	50	1.37
43121695--43121807	35	3.1	35	67	16	104	38	7	1	52	1.41
43123709--43123787	40	2.0	40	84	0	104	34	18	16	30	1.94
43123644--43123960	115	2.8	114	93	0	544	38	18	15	27	1.91
43123824--43123901	40	2.0	39	82	7	95	34	19	16	29	1.94
43126079--43126103	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
43128016--43128040	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
43142800--43142837	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
43145890--43145959	21	3.3	21	83	0	86	41	18	21	18	1.91
43154724--43154750	13	2.1	13	100	0	54	22	7	37	33	1.82
43154838--43154886	25	2.0	25	95	0	89	40	4	24	30	1.74
43157683--43158040	125	2.9	125	84	4	418	28	16	14	40	1.88
43158116--43158229	34	3.4	33	78	4	120	41	17	0	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43158245--43158335	34	2.7	34	86	3	112	45	29	0	25	1.54
43158320--43158357	15	2.4	16	91	4	60	52	36	0	10	1.36
43169142--43169181	19	2.2	18	90	4	62	37	2	17	42	1.63
43169206--43169294	42	2.1	42	93	0	151	31	4	13	50	1.61
43177944--43177968	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
43178495--43178526	5	6.2	5	96	3	55	18	3	0	78	0.89
43180907--43180966	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
43180921--43180992	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
43182687--43182851	83	2.0	83	96	0	303	37	19	11	31	1.87
43186038--43186249	28	7.5	28	74	3	190	29	33	19	17	1.95
43186008--43186251	57	4.2	57	92	1	380	29	34	18	18	1.94
43186008--43186220	29	7.4	29	74	4	189	29	35	17	17	1.93
43188231--43188329	28	3.5	28	75	2	83	28	27	13	31	1.94
43195154--43195207	24	2.2	24	84	12	67	40	22	20	16	1.91
43195189--43195330	73	1.9	77	81	11	179	38	19	21	19	1.93
43195285--43195335	27	1.9	27	92	4	86	37	21	25	15	1.93
43203425--43203479	24	2.2	25	80	6	67	54	14	0	30	1.41
43207801--43207828	13	2.2	13	100	0	56	28	0	28	42	1.56
43207730--43207885	84	1.8	85	91	1	260	27	16	16	39	1.90
43209359--43209410	22	2.4	22	74	6	52	46	3	0	50	1.20
43210543--43210567	10	2.5	10	100	0	50	76	0	0	24	0.80
43211385--43211433	20	2.4	21	86	10	66	48	0	6	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43212811--43212844	6	5.7	6	96	0	59	29	14	17	38	1.90
43221222--43221264	22	2.0	22	100	0	86	20	23	13	41	1.88
43221367--43221407	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
43225704--43225736	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
43225702--43225736	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
43225787--43225823	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
43226617--43226655	19	2.0	20	85	5	53	35	0	20	43	1.52
43226718--43226819	31	3.3	31	98	0	195	22	29	13	34	1.93
43234856--43234893	16	2.2	18	86	13	53	44	0	2	52	1.14
43237970--43238139	46	3.7	45	78	6	180	22	27	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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