genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63015820--63015914	50	1.9	49	91	2	154	27	23	8	41	1.83
63016601--63016734	48	2.8	48	82	1	153	31	20	14	32	1.93
63023675--63023750	38	2.0	37	84	2	98	30	23	15	30	1.96
63023720--63023852	48	2.8	48	83	2	162	33	23	13	30	1.93
63034281--63034452	67	2.6	66	81	7	170	31	16	28	22	1.96
63034230--63034488	68	3.9	64	76	8	211	29	16	29	24	1.96
63034707--63036003	653	2.0	641	90	2	2058	38	9	19	32	1.84
63043744--63043782	18	2.1	19	85	4	53	12	15	0	71	1.14
63045113--63045169	28	2.0	29	82	3	71	29	3	21	45	1.68
63046321--63046390	35	2.0	35	100	0	140	34	0	20	45	1.51
63047090--63047119	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
63055919--63055999	33	2.4	35	77	10	96	29	23	18	28	1.98
63057610--63057715	24	4.4	24	90	1	149	20	38	3	36	1.71
63058372--63058465	40	2.3	40	85	7	120	27	29	18	24	1.98
63074789--63075287	55	9.5	53	73	12	413	23	24	17	35	1.95
63075072--63075348	47	5.6	47	71	17	229	26	23	14	36	1.93
63074801--63075348	101	5.3	101	92	2	672	24	24	16	35	1.95
63077677--63077750	37	2.0	36	97	2	139	24	24	2	48	1.64
63077819--63077905	43	2.0	44	84	8	115	37	3	2	56	1.29
63080222--63080480	68	3.9	64	75	8	202	29	15	29	25	1.96
63081475--63081504	16	1.9	16	93	6	53	43	0	20	36	1.52
63082551--63082595	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63087250--63087328	39	2.0	39	100	0	158	39	12	25	22	1.89
63091980--63092013	10	3.3	10	88	8	50	58	14	20	5	1.57
63095491--63095607	56	2.1	56	95	0	207	22	14	26	36	1.92
63095500--63095586	29	3.1	29	67	12	90	19	16	25	39	1.92
63095524--63095611	27	3.2	27	69	12	79	19	15	26	38	1.92
63095491--63095633	56	2.6	56	87	4	182	20	15	26	37	1.93
63112694--63112751	30	1.9	30	89	0	89	34	13	24	27	1.93
63113091--63113258	47	3.6	47	76	11	175	27	19	29	23	1.98
63113091--63113267	94	1.9	94	90	2	284	27	20	29	23	1.99
63113094--63113286	47	4.1	47	73	16	138	28	19	29	22	1.98
63113476--63113507	15	2.1	15	94	0	55	21	0	0	78	0.76
63113476--63113535	18	3.4	17	82	11	59	13	6	0	80	0.91
63114313--63114343	6	5.2	6	92	0	53	48	16	19	16	1.81
63122225--63122333	55	2.0	55	90	0	173	18	25	29	26	1.98
63122638--63122698	31	2.0	30	86	0	77	32	14	9	40	1.79
63127014--63127057	19	2.3	19	84	11	54	29	0	22	47	1.51
63131501--63131528	13	2.2	13	100	0	56	28	42	0	28	1.56
63134998--63135039	21	2.0	21	100	0	84	23	28	0	47	1.52
63137712--63137759	23	2.1	23	100	0	96	25	16	8	50	1.73
63139278--63139495	114	1.9	115	96	2	404	36	5	16	40	1.73
63142195--63142408	52	4.3	51	74	13	169	32	26	14	26	1.95
63149661--63149735	38	2.0	38	94	0	132	22	8	21	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63150527--63150581	20	2.8	20	86	10	71	36	10	18	34	1.86
63150631--63150714	25	3.4	25	78	6	91	28	21	22	27	1.99
63158342--63158398	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
63158448--63158582	25	5.4	25	87	5	184	27	20	22	29	1.98
63158448--63158582	51	2.7	51	89	4	195	27	20	22	29	1.98
63158652--63158743	46	2.0	46	95	0	166	17	13	45	23	1.83
63160738--63160910	46	3.7	46	77	13	201	21	21	27	28	1.99
63160735--63160905	93	1.8	93	94	0	306	21	22	28	27	1.99
63161788--63161850	31	2.0	31	100	0	126	50	6	9	33	1.60
63165046--63165173	28	4.5	28	87	2	148	28	11	25	33	1.91
63165072--63165173	28	3.6	28	92	2	168	30	11	24	33	1.91
63181501--63181571	32	2.2	32	85	5	90	45	15	2	36	1.61
63181655--63181731	38	2.0	38	94	0	136	36	16	7	38	1.78
63183559--63183616	29	2.0	29	86	6	82	43	17	5	34	1.71
63184309--63184359	1	51.0	1	94	0	75	94	0	3	1	0.38
63187512--63187559	18	2.6	18	90	9	71	45	2	2	50	1.25
63192283--63192344	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
63192340--63192371	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
63194135--63194197	16	4.0	17	78	13	73	22	1	0	76	0.88
63195349--63195377	6	5.0	6	91	8	51	86	0	13	0	0.58
63195349--63195377	11	2.5	12	88	11	51	86	0	13	0	0.58
63197737--63197791	13	4.3	12	84	11	74	30	18	0	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63197735--63197788	26	2.1	26	92	0	90	31	20	0	48	1.50
63210738--63210818	42	1.9	42	94	0	144	32	19	11	37	1.87
63217100--63217125	4	6.5	4	100	0	52	0	73	0	26	0.84
63219253--63219300	19	2.5	19	89	0	69	29	16	0	54	1.43
63220936--63221011	38	2.0	39	92	2	127	17	14	15	52	1.75
63229982--63230119	6	23.5	6	75	4	75	1	26	7	64	1.28
63229960--63230126	78	2.2	78	96	1	309	1	29	6	62	1.27
63229982--63230119	15	9.0	15	71	10	100	1	26	7	64	1.28
63229982--63230110	18	6.8	18	73	10	96	1	27	6	64	1.28
63232638--63232677	20	2.0	20	95	0	71	27	5	22	45	1.73
63240288--63240353	32	2.1	32	94	0	114	46	9	6	37	1.60
63240295--63240371	32	2.3	32	82	4	91	48	11	5	35	1.62
63241212--63241268	23	2.6	21	81	13	53	31	0	1	66	1.02
63244566--63244675	55	2.0	55	96	0	202	33	20	16	29	1.95
63251737--63251926	48	4.0	47	79	4	175	29	20	24	25	1.99
63255172--63255233	32	2.0	32	90	3	99	66	0	8	25	1.19
63255166--63255224	16	3.6	17	73	13	61	67	0	10	22	1.20
63255181--63255235	16	3.4	16	75	9	58	67	0	9	23	1.19
63255199--63255242	19	2.3	20	80	11	56	65	0	9	25	1.21
63255166--63255242	17	4.6	17	71	18	63	66	0	10	23	1.22
63262895--63263147	42	6.0	42	86	1	337	30	23	20	25	1.98
63263134--63263161	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63263093--63263202	56	2.0	55	92	1	184	35	22	20	21	1.96
63263050--63263244	97	2.0	98	89	3	304	33	21	19	25	1.97
63263149--63263272	41	3.0	42	90	2	196	33	22	18	25	1.96
63263008--63263279	139	1.9	141	87	1	404	34	22	18	25	1.96
63269795--63269951	42	3.6	42	77	13	151	28	24	18	28	1.98
63287265--63287359	43	2.2	43	92	3	156	30	13	20	35	1.91
63288077--63288213	26	5.3	26	94	0	229	32	5	25	36	1.78
63291866--63291897	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
63303553--63303805	31	8.1	31	79	2	256	39	14	26	18	1.90
63303566--63303796	62	3.7	62	86	0	300	40	14	25	19	1.90
63306591--63306676	41	2.1	41	86	0	118	32	26	18	22	1.97
63308237--63308324	23	3.9	23	83	4	90	23	26	18	31	1.97
63309207--63309296	43	2.1	43	89	0	135	18	26	27	26	1.98
63311089--63311233	40	3.6	40	87	7	204	24	28	23	23	2.00
63317514--63317720	53	3.8	55	78	1	195	22	22	17	37	1.94
63319396--63319502	27	4.0	27	83	8	76	36	20	14	28	1.92
63319433--63319627	27	7.2	27	85	3	182	37	21	10	30	1.86
63319433--63319627	81	2.4	81	78	6	207	37	21	10	30	1.86
63319606--63320042	27	16.2	27	84	4	533	31	20	5	42	1.74
63320535--63320643	6	17.7	6	68	16	62	19	18	13	48	1.81
63320568--63320617	19	2.6	19	93	0	82	20	24	12	44	1.85
63320559--63320622	19	2.8	25	71	26	77	18	23	12	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63325389--63325416	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
63329130--63329301	43	4.1	40	71	10	119	30	15	25	29	1.96
63329150--63329301	43	3.6	41	71	7	126	32	15	25	27	1.95
63329098--63329305	85	2.4	85	79	10	228	30	16	24	27	1.97
63351061--63351146	43	2.0	43	83	0	109	29	29	19	22	1.98
63357929--63357963	17	2.1	17	94	0	61	28	14	17	40	1.88
63357971--63358125	40	3.9	40	83	3	195	25	13	27	33	1.93
63360402--63360605	94	2.2	94	86	5	279	29	18	22	29	1.97
63360541--63360655	44	2.6	44	79	5	108	32	16	20	30	1.95
63360686--63360816	44	3.0	44	82	4	131	32	19	20	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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