genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87909332--87909368	15	2.5	15	91	8	58	27	0	27	45	1.54
87909360--87909446	41	2.1	42	84	2	113	19	3	32	44	1.67
87909373--87909449	7	11.1	7	74	13	61	15	2	37	44	1.61
87910676--87910730	27	2.1	27	83	6	69	9	41	1	47	1.46
87912306--87912397	42	2.2	42	84	2	112	30	20	19	29	1.97
87912295--87912397	43	2.4	43	81	1	127	29	22	20	28	1.98
87914692--87914720	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
87915499--87915701	43	4.7	43	83	0	136	24	19	26	30	1.98
87915491--87915701	86	2.5	86	83	3	246	23	18	27	30	1.98
87916334--87916679	86	4.0	86	99	0	683	32	24	11	31	1.90
87917607--87917684	38	2.1	38	100	0	156	28	20	8	42	1.82
87930544--87930630	45	1.9	45	95	0	156	34	26	14	24	1.94
87931730--87931780	13	3.9	13	82	10	68	35	27	5	31	1.81
87940685--87940839	54	2.9	53	84	3	204	24	14	27	33	1.94
87940796--87940886	47	1.9	47	88	0	137	25	15	24	35	1.94
87955446--87955521	40	1.9	40	83	0	98	31	15	18	34	1.92
87965207--87965300	26	3.6	26	89	1	134	40	13	20	25	1.89
87965292--87965475	81	2.3	80	86	0	260	28	14	15	41	1.87
87965290--87965481	27	7.1	27	81	1	197	28	14	17	40	1.88
87965854--87965894	18	2.3	18	86	0	55	17	17	12	53	1.72
87969123--87969159	18	2.1	18	94	0	65	35	13	10	40	1.80
87970519--87970543	13	1.9	13	100	0	50	56	16	4	24	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87973015--87973046	13	2.6	12	90	9	55	53	15	0	31	1.43
87975944--87975982	6	6.5	6	93	0	69	82	0	2	15	0.79
87975937--87975978	12	3.5	12	93	0	66	76	0	4	19	0.96
87988329--87988410	26	3.1	26	78	3	83	15	17	26	40	1.89
87994590--87994693	43	2.4	42	76	4	109	30	16	22	30	1.95
88004360--88004441	43	1.9	43	89	0	128	26	13	24	35	1.92
88004371--88004475	43	2.4	43	82	6	115	24	16	24	34	1.95
88006175--88006379	40	5.2	40	82	3	218	32	20	20	25	1.97
88006856--88006888	7	4.7	7	92	0	57	18	0	27	54	1.44
88007806--88007845	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
88007924--88007956	13	2.5	13	95	0	57	33	21	0	45	1.52
88008019--88008048	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
88008116--88008159	14	3.1	14	90	0	70	25	34	0	40	1.56
88010678--88010853	46	3.8	45	80	7	183	23	20	27	28	1.99
88010674--88010845	93	1.8	93	90	2	274	23	20	28	27	1.99
88014819--88015004	42	4.4	43	81	4	216	19	16	28	36	1.93
88014832--88014998	42	4.0	42	83	5	221	20	16	29	32	1.95
88015915--88015962	2	22.5	2	79	12	51	47	2	6	43	1.40
88023389--88023418	11	2.7	11	100	0	60	6	26	16	50	1.70
88035739--88035847	28	3.9	28	85	6	139	24	13	33	27	1.93
88036144--88036390	27	9.2	27	78	7	252	39	17	11	31	1.85
88043983--88044042	27	2.2	27	90	0	75	36	10	10	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88043998--88044086	27	3.3	28	75	10	78	31	8	16	42	1.79
88048792--88048824	16	2.1	15	94	5	57	48	21	0	30	1.50
88053129--88053170	20	2.0	22	86	9	61	54	11	23	9	1.66
88055621--88055674	25	2.1	26	83	10	67	64	1	14	18	1.37
88064133--88064311	41	4.4	40	80	10	150	33	27	14	24	1.94
88064176--88064312	41	3.4	39	82	11	154	32	27	14	25	1.95
88064176--88064316	39	3.5	39	79	12	135	32	26	14	25	1.95
88066243--88066385	44	3.3	42	83	9	164	32	24	18	24	1.97
88066227--88066385	86	1.9	85	84	6	214	31	25	18	23	1.98
88071552--88071644	42	2.2	43	82	5	118	29	25	19	25	1.99
88080019--88080140	47	2.6	47	96	0	217	35	13	25	25	1.93
88082532--88082788	47	5.4	47	86	6	340	33	9	30	27	1.88
88084637--88084780	53	2.7	53	83	4	173	36	18	24	21	1.95
88090619--88090676	28	2.0	29	83	9	75	15	39	22	22	1.91
88091623--88091846	46	4.8	46	77	10	213	22	28	19	29	1.98
88092174--88092249	30	2.5	30	97	0	143	28	22	11	36	1.90
88093412--88093450	19	2.1	19	95	0	69	28	10	12	48	1.74
88096254--88096429	46	3.8	46	78	12	198	21	20	28	29	1.98
88096251--88096422	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
88100695--88100855	81	2.0	83	85	4	220	31	25	14	28	1.95
88100695--88100855	41	3.9	41	83	6	184	31	25	14	28	1.95
88102660--88102699	21	1.9	21	89	0	62	37	32	17	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88102655--88102702	21	2.3	20	75	10	51	37	37	14	10	1.81
88108221--88108263	18	2.6	17	82	13	54	20	0	23	55	1.43
88114979--88115090	40	2.8	39	86	4	152	25	29	21	23	1.99
88119851--88119909	29	2.0	29	96	0	109	25	0	22	52	1.47
88132063--88132132	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
88137915--88137975	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
88156416--88156513	28	3.5	28	88	2	135	27	13	27	31	1.94
88156416--88156526	27	4.0	27	85	4	107	29	12	25	32	1.93
88164323--88164560	28	8.5	28	96	0	415	27	11	26	34	1.91
88169931--88169976	22	2.1	22	87	0	65	23	8	4	63	1.42
88171711--88171763	6	8.8	6	89	8	81	16	0	1	81	0.79
88171730--88171772	18	2.4	18	88	0	59	16	0	6	76	0.99
88185164--88185341	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88185165--88185320	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88185161--88185341	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88190647--88190687	17	2.4	17	95	0	73	24	29	14	31	1.95
88191037--88191249	67	3.1	67	62	17	157	45	5	6	43	1.52
88191223--88191436	71	3.1	69	62	17	154	46	5	8	40	1.56
88190877--88191741	274	3.1	276	92	1	1411	45	5	7	41	1.56
88190877--88191741	412	2.1	413	92	1	1423	45	5	7	41	1.56
88190877--88191741	138	6.3	138	92	1	1398	45	5	7	41	1.56
88192214--88192252	19	2.1	19	100	0	78	43	10	5	41	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88195280--88195319	20	2.0	21	85	5	55	60	0	2	37	1.11
88197429--88197463	18	1.9	18	94	0	61	48	8	5	37	1.58
88197901--88197967	34	2.0	34	93	0	116	44	7	8	38	1.64
88198012--88198073	13	4.8	13	75	11	56	37	20	4	37	1.75
88201053--88201104	27	1.9	27	100	0	104	32	25	7	34	1.84
88201841--88201881	20	2.0	20	100	0	82	34	19	9	36	1.85
88204915--88205040	63	2.0	63	96	0	234	34	19	11	34	1.87
88205101--88205157	28	2.0	28	100	0	114	61	0	7	31	1.23
88208171--88208247	27	2.7	27	84	6	91	33	19	23	23	1.97
88208196--88208257	28	2.3	27	82	2	70	35	25	20	17	1.95
88208673--88208704	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
88216253--88216319	28	2.4	28	89	0	107	31	7	26	34	1.84
88217001--88217043	5	8.8	5	89	5	61	76	0	23	0	0.78
88218130--88218161	13	2.5	13	100	0	64	37	34	21	6	1.79
88228944--88229031	30	2.9	30	86	0	122	34	11	22	31	1.90
88229413--88229673	47	5.6	46	76	10	235	28	18	29	23	1.98
88237095--88237408	46	6.7	47	70	12	189	27	17	29	25	1.98
88237095--88237408	93	3.3	92	80	7	303	27	17	29	25	1.98
88243006--88243131	27	4.7	27	78	1	119	35	15	19	28	1.93
88243122--88243211	27	3.3	27	78	3	83	23	13	17	45	1.84
88249652--88249787	27	5.0	27	74	10	107	37	19	16	25	1.93
88249651--88249781	54	2.4	54	79	6	140	38	19	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88250217--88250254	8	4.8	8	81	12	51	2	26	18	52	1.58
88253192--88253241	18	2.8	18	87	0	73	50	14	16	20	1.78
88253578--88253706	27	4.8	27	77	3	143	36	20	16	27	1.93
88253713--88253784	27	2.7	27	80	0	81	20	12	20	45	1.83
88259998--88260027	15	1.9	16	93	6	53	43	23	0	33	1.54
88266491--88266517	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
88267636--88267742	42	2.5	42	83	4	126	28	18	23	29	1.98
88273508--88273532	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
88274648--88274762	43	2.7	43	81	6	137	24	19	26	30	1.98
88288608--88288633	13	2.0	13	100	0	52	7	30	7	53	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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