genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82907611--82907702	24	3.8	24	89	1	139	34	5	36	22	1.78
82915531--82915604	24	3.0	24	86	2	112	36	4	37	21	1.73
82917201--82917329	46	2.8	46	92	0	204	29	27	21	20	1.98
82919947--82920124	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
82919948--82920103	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
82919944--82920124	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
82920029--82920135	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
82924922--82925304	40	9.6	40	92	2	565	27	27	20	24	1.99
82932972--82933514	40	13.6	40	94	1	885	27	27	20	24	1.99
82936238--82936266	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
82941656--82941734	28	2.8	28	84	0	104	34	11	25	29	1.91
82941844--82941992	80	1.9	81	83	9	198	21	21	28	28	1.99
82950092--82950259	84	2.0	83	82	11	200	25	17	24	32	1.97
82956966--82956998	14	2.4	14	90	10	50	60	0	0	39	0.97
82961769--82961817	8	5.8	8	84	13	62	85	0	4	10	0.71
82961759--82961817	10	6.3	9	79	13	66	84	1	3	10	0.80
82961759--82961817	27	2.1	27	87	9	84	84	1	3	10	0.80
82961767--82961817	17	2.8	17	88	8	66	86	0	3	9	0.70
82963818--82963989	40	4.3	40	90	1	238	27	28	20	23	1.99
82963818--82964042	80	2.8	80	83	3	249	27	28	20	24	1.99
82963818--82964042	40	5.7	40	84	5	181	27	28	20	24	1.99
82971844--82972109	40	6.7	40	88	3	333	26	25	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82974459--82974535	26	2.9	27	84	3	86	35	23	22	19	1.96
82974667--82974720	27	2.0	28	86	13	78	29	18	22	29	1.97
82981506--82981819	47	6.7	47	95	0	520	29	8	32	29	1.87
82981952--82982030	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
82986270--82986346	26	2.9	27	80	3	95	35	22	23	19	1.96
82986479--82986532	27	2.0	28	82	13	69	29	16	22	31	1.96
82991624--82991699	40	1.9	40	86	5	109	32	14	22	30	1.94
82991623--82991711	40	2.2	40	80	13	103	32	14	24	28	1.95
82993324--82993413	18	5.1	18	77	8	94	46	12	17	23	1.82
82993324--82993414	35	2.6	36	84	5	114	47	12	17	23	1.81
82993723--82994054	27	12.4	27	82	3	330	39	21	13	25	1.90
82997247--82997462	40	5.4	39	90	3	276	25	27	21	25	2.00
83011158--83011188	14	2.2	14	100	0	62	25	22	16	35	1.94
83021813--83021988	46	3.8	45	78	11	196	30	28	19	21	1.98
83021821--83021991	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
83033638--83033670	16	2.1	16	100	0	66	18	6	27	48	1.71
83041321--83041448	46	2.8	46	95	0	220	21	21	28	28	1.99
83047710--83047742	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
83061979--83062114	46	2.8	46	83	6	155	30	14	22	32	1.94
83066644--83066865	40	5.6	40	86	1	313	24	22	26	26	2.00
83089407--83089482	24	3.2	24	67	14	75	26	15	13	44	1.83
83089423--83089501	25	3.2	25	68	13	83	32	15	12	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83089407--83089504	48	2.0	48	100	0	196	28	16	12	42	1.84
83091769--83091836	34	2.0	34	94	0	118	17	8	35	38	1.81
83092447--83092631	40	4.7	39	87	5	223	24	23	27	24	2.00
83092444--83092654	79	2.7	80	80	8	279	25	22	26	25	2.00
83096542--83096812	40	6.7	40	88	2	364	24	29	21	24	1.99
83096541--83096812	122	2.2	120	86	3	393	25	29	21	24	1.99
83100313--83100484	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
83100306--83100481	46	3.8	46	79	12	207	28	28	21	21	1.98
83100355--83100493	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
83103887--83104064	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
83103908--83104063	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
83108592--83108659	34	2.0	34	100	0	136	17	11	35	35	1.87
83109272--83109419	40	3.7	39	89	1	224	23	22	28	25	1.99
83109272--83109419	79	1.9	79	90	2	235	23	22	28	25	1.99
83109272--83109439	79	2.1	79	85	4	223	23	22	27	26	1.99
83109269--83109449	40	4.6	40	83	7	165	24	22	27	25	2.00
83114871--83114937	12	5.6	12	87	8	68	16	10	5	67	1.40
83114870--83114927	11	5.1	12	86	14	63	18	8	6	65	1.43
83119721--83119872	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
83119721--83119872	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
83119721--83119872	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
83120952--83121115	82	2.0	82	98	0	319	31	19	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83127915--83128092	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83127916--83128071	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83127912--83128092	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83129881--83130073	41	4.8	41	81	3	212	30	24	19	25	1.98
83129883--83130073	81	2.4	80	82	5	215	30	25	19	25	1.98
83137805--83137910	43	2.5	43	84	0	122	29	13	22	34	1.92
83139490--83139561	25	2.9	25	89	0	117	25	22	25	27	2.00
83139592--83139666	10	7.1	11	71	7	57	34	16	14	34	1.89
83139606--83139666	21	2.9	21	77	0	68	34	18	13	34	1.89
83142666--83142801	46	2.9	47	81	4	150	27	22	29	21	1.99
83142671--83142801	47	2.8	47	81	4	142	27	22	29	21	1.99
83150230--83150381	46	3.3	46	81	5	171	30	19	28	21	1.97
83152454--83152575	43	2.9	43	91	3	196	25	22	27	23	2.00
83152461--83152601	40	3.5	40	89	5	196	24	24	27	22	2.00
83152570--83152750	93	1.9	93	98	0	353	28	17	23	30	1.97
83171035--83171298	40	6.7	40	89	5	369	25	27	21	25	1.99
83185946--83186127	78	2.3	81	83	6	230	25	28	21	24	1.99
83185927--83186129	40	5.1	40	82	7	236	25	27	22	25	2.00
83208165--83208418	55	4.8	53	82	6	266	21	25	18	35	1.95
83208212--83208412	108	1.8	110	87	2	298	22	25	18	33	1.97
83216374--83216405	16	2.0	16	100	0	64	50	18	0	31	1.48
83222239--83222286	24	1.9	26	84	16	66	27	4	6	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83223410--83223455	20	2.3	20	88	0	65	36	19	17	26	1.94
83225430--83225475	11	4.5	11	78	13	53	34	13	19	32	1.90
83225424--83225475	9	5.2	10	77	13	54	34	11	19	34	1.88
83235677--83235813	46	3.0	46	90	0	202	24	31	10	34	1.89
83235787--83236167	47	8.1	47	93	0	602	24	29	12	33	1.92
83235877--83235998	23	5.3	22	62	30	58	24	31	13	30	1.94
83235946--83236070	23	5.2	25	63	27	74	27	28	11	32	1.91
83236018--83236093	22	3.3	22	69	16	64	25	28	11	34	1.91
83242126--83242270	70	2.1	70	97	0	272	44	15	5	33	1.70
83248746--83248858	43	2.6	44	85	4	140	26	16	29	27	1.97
83256446--83256670	40	5.6	40	81	5	240	25	24	26	24	2.00
83256446--83256706	80	3.3	80	81	3	276	26	23	25	24	2.00
83256446--83256670	120	1.9	121	82	6	287	25	24	26	24	2.00
83264527--83264645	62	1.9	62	92	0	202	35	8	25	31	1.86
83264676--83264753	39	2.0	40	87	2	113	24	21	28	25	1.99
83264725--83264911	40	4.7	40	91	2	286	26	24	27	21	1.99
83264849--83264974	65	1.9	65	93	0	216	26	26	27	19	1.99
83264910--83265090	40	4.6	40	89	2	269	23	23	28	24	2.00
83264809--83265014	105	2.0	105	93	0	349	25	25	27	21	1.99
83264768--83265054	145	2.0	145	93	1	486	24	24	27	22	2.00
83280038--83280097	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
83280065--83280206	71	2.1	68	82	5	169	33	21	25	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83282312--83282493	79	2.3	81	82	7	212	25	21	28	25	1.99
83282312--83282493	40	4.6	40	81	6	210	25	21	28	25	1.99
83282362--83282526	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
83285066--83285131	33	2.0	33	100	0	132	39	6	24	30	1.79
83286655--83286749	42	2.2	43	88	5	140	30	25	20	24	1.98
83286648--83286757	43	2.6	43	82	8	136	31	24	19	24	1.98
83292003--83292562	282	2.0	282	90	0	877	30	20	13	34	1.92
83293891--83293964	34	2.2	33	76	7	76	45	31	1	21	1.60
83294601--83294756	43	3.6	43	78	10	167	31	25	18	25	1.98
83295887--83296083	27	7.3	27	86	2	261	27	24	8	39	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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