genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56962419--56962812	39	10.1	39	98	0	752	22	30	25	21	1.99
56969897--56970043	74	2.0	74	90	2	233	18	30	17	34	1.94
56976096--56976194	40	2.5	40	88	3	146	24	29	22	24	1.99
56977554--56977583	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
56981192--56981216	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
56985099--56985276	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
56985100--56985255	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
56985096--56985276	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
56995031--56995187	6	25.8	6	72	19	121	48	12	17	21	1.80
56995010--56995187	30	6.1	29	75	12	150	48	12	17	21	1.80
56995031--56995184	55	2.8	53	86	4	184	48	12	17	21	1.81
56995305--56995370	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
56995305--56995378	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
56995329--56995386	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
56995689--56995771	27	3.1	26	86	5	103	38	20	21	19	1.93
56995970--56996165	27	7.3	27	83	1	205	28	19	16	36	1.93
56995988--56996165	81	2.2	81	84	0	230	27	19	16	36	1.93
56996170--56996713	27	20.2	27	82	3	605	40	9	21	27	1.84
56998729--56999000	6	44.8	6	74	18	226	48	13	17	20	1.80
56998729--56999000	30	9.4	30	79	13	293	48	13	17	20	1.80
56998736--56999000	85	3.1	85	95	1	469	48	13	17	20	1.80
56999118--56999191	27	2.8	27	80	10	80	37	22	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56999142--56999199	27	2.1	27	84	6	73	37	27	18	15	1.92
56999503--56999581	27	3.0	27	87	5	99	35	21	24	18	1.96
56999771--56999912	27	5.3	27	86	0	194	25	21	19	33	1.97
56999951--57000514	27	20.9	27	83	3	629	40	10	21	27	1.85
57002598--57002851	43	5.9	43	80	3	287	43	20	14	20	1.87
57002598--57002850	85	2.9	85	85	2	310	43	20	14	20	1.87
57002607--57002851	128	1.9	128	86	1	348	44	20	14	20	1.87
57008789--57008940	40	3.8	40	88	2	207	25	27	21	25	1.99
57027451--57027660	40	5.3	40	88	0	269	24	29	21	24	1.99
57027451--57027660	80	2.6	79	90	0	321	24	29	21	24	1.99
57027454--57027706	80	3.2	80	85	3	253	25	28	20	25	1.99
57027449--57027706	120	2.2	118	78	4	257	25	28	20	25	1.99
57027645--57027722	40	1.9	41	82	10	97	29	26	20	23	1.99
57032435--57032530	5	18.2	5	72	21	72	18	4	1	76	1.01
57032437--57032530	12	8.3	11	74	12	75	18	4	1	76	1.00
57032438--57032496	30	2.0	30	86	0	82	13	5	1	79	0.97
57032437--57032530	18	5.0	18	74	14	66	18	4	1	76	1.00
57032437--57032485	9	5.1	9	76	13	53	14	4	0	81	0.83
57032447--57032530	6	14.3	6	73	12	59	17	4	1	76	1.03
57032437--57032530	17	5.6	16	72	16	66	18	4	1	76	1.00
57036916--57036955	21	1.9	21	84	0	53	32	0	20	47	1.50
57039943--57040070	49	2.6	49	88	4	179	24	28	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57050375--57050467	42	2.2	42	98	0	177	20	30	27	21	1.98
57057284--57057614	166	2.0	166	98	0	644	35	12	15	36	1.84
57058001--57058178	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
57058002--57058157	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
57057998--57058178	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
57059783--57059815	17	1.9	17	88	11	50	39	30	21	9	1.84
57068574--57068789	79	2.7	78	81	11	244	25	26	21	26	2.00
57068574--57068792	39	5.6	40	86	9	258	24	26	21	26	2.00
57071021--57071165	74	2.0	73	94	2	256	22	26	20	31	1.98
57074543--57075103	281	2.0	281	98	0	1077	26	23	19	30	1.98
57083180--57083258	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
57083392--57084453	49	21.9	49	95	1	1805	30	30	8	31	1.87
57088520--57088695	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
57088517--57088688	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
57107868--57107939	6	12.2	6	73	14	51	16	8	0	75	1.04
57107877--57107940	23	2.7	23	83	13	69	18	7	0	73	1.07
57107872--57107940	11	6.5	10	73	18	59	17	8	0	73	1.07
57107906--57107938	17	1.9	17	88	11	50	21	6	0	72	1.05
57109867--57109905	19	2.1	19	95	0	69	28	15	12	43	1.83
57110837--57111043	27	7.7	27	84	4	229	40	19	8	32	1.81
57110837--57111043	54	3.8	53	87	5	281	40	19	8	32	1.81
57110828--57111043	81	2.7	79	84	5	263	39	19	8	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57110837--57111090	81	3.1	81	81	7	234	40	19	8	31	1.82
57110886--57111086	27	7.4	27	78	9	115	38	18	9	33	1.83
57111142--57111271	27	4.9	27	85	1	156	35	16	23	25	1.95
57111135--57111274	54	2.6	53	81	2	181	35	17	21	25	1.95
57111520--57111571	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
57112785--57112904	48	2.6	46	83	2	132	38	15	20	25	1.92
57114201--57114259	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
57115799--57115931	48	2.8	49	79	6	139	30	24	17	27	1.97
57118010--57118155	72	2.0	72	97	0	274	34	21	6	37	1.80
57119697--57120091	49	7.9	50	78	4	379	25	18	27	28	1.98
57119697--57120077	100	3.8	100	91	2	565	25	18	27	28	1.98
57136177--57136263	44	2.0	44	95	0	156	51	11	11	25	1.71
57136511--57136570	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
57159762--57159946	40	4.6	40	79	7	196	24	24	27	23	2.00
57159764--57159946	80	2.3	80	84	8	221	24	24	27	23	2.00
57163353--57163423	25	2.9	25	91	2	117	30	22	22	23	1.99
57163346--57163462	25	4.7	25	80	4	112	33	20	22	23	1.97
57163346--57163462	50	2.3	50	79	5	130	33	20	22	23	1.97
57175613--57175698	42	2.0	42	97	0	163	41	16	5	36	1.72
57182664--57182794	38	3.2	38	72	17	127	32	24	12	29	1.93
57182709--57182813	47	2.2	48	86	1	149	31	20	16	31	1.95
57191270--57191600	48	7.0	48	85	1	461	32	20	15	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57191270--57191593	95	3.4	95	99	0	630	32	20	15	31	1.94
57196261--57196305	21	2.1	21	95	0	81	24	11	17	46	1.81
57202406--57202473	30	2.3	29	87	5	91	23	38	22	16	1.93
57203601--57203742	48	3.0	48	84	1	178	26	24	21	27	1.99
57207717--57207777	17	3.6	17	70	16	54	45	0	1	52	1.10
57211779--57211848	27	2.6	27	90	0	113	21	21	12	44	1.85
57215441--57215488	25	1.9	25	82	0	60	35	22	22	18	1.96
57217580--57217648	30	2.3	30	94	2	120	31	15	11	40	1.84
57224788--57224891	43	2.5	42	82	6	113	30	15	22	31	1.95
57229464--57229587	27	4.6	27	85	0	158	29	22	8	39	1.84
57229580--57229758	54	3.3	53	84	6	225	42	19	7	30	1.79
57229566--57229760	81	2.4	81	88	2	277	40	21	7	30	1.81
57229580--57229765	27	6.9	26	81	8	187	41	19	8	31	1.80
57229751--57229840	27	3.3	27	79	14	94	41	17	8	32	1.81
57229566--57229786	54	4.1	54	78	11	147	40	20	8	30	1.81
57229763--57229847	29	3.1	26	78	18	84	37	14	10	37	1.80
57229901--57229992	27	3.4	27	87	3	123	33	19	26	20	1.96
57231234--57231290	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57231232--57231302	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
57231243--57231297	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
57231349--57231517	25	7.0	24	85	6	202	28	20	22	28	1.98
57231348--57231517	49	3.5	47	82	8	209	28	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57231711--57231774	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
57231761--57231788	7	4.0	7	100	0	56	57	0	14	28	1.38
57233094--57233249	43	3.6	42	76	6	152	27	17	23	30	1.97
57246018--57246100	41	2.0	41	95	0	148	34	21	19	24	1.96
57253964--57254094	47	2.8	47	82	0	163	23	14	26	35	1.93
57265552--57265746	54	3.6	55	82	4	227	36	18	23	22	1.95
57266792--57266851	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
57267278--57267453	46	3.8	46	76	10	187	22	21	28	28	1.99
57267275--57267446	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
57270620--57270844	40	5.6	40	77	10	149	25	23	26	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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