genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11212096--11212168	22	3.5	21	76	10	71	58	1	1	38	1.15
11212204--11212245	15	2.9	14	89	10	50	28	14	14	42	1.84
11212210--11212245	15	2.3	15	95	4	63	27	13	13	44	1.82
11212808--11212848	15	2.5	17	88	7	59	46	0	0	53	1.00
11217227--11217280	28	1.9	28	88	0	81	29	27	12	29	1.94
11217270--11217405	40	3.3	42	81	6	129	31	22	19	26	1.98
11221232--11221355	23	5.2	23	70	14	83	21	20	18	39	1.92
11221315--11221373	23	2.6	22	76	5	64	23	18	18	38	1.93
11221279--11221366	23	3.9	23	75	8	81	21	18	19	40	1.91
11223999--11224096	20	4.9	20	83	6	110	34	22	28	14	1.93
11225904--11225945	14	2.7	15	85	10	50	4	26	4	64	1.33
11226858--11227017	75	2.2	74	88	3	243	28	15	14	41	1.86
11231713--11231836	49	2.5	49	82	2	151	23	28	19	29	1.98
11231669--11231937	142	1.9	144	83	6	359	24	28	19	27	1.98
11239517--11239631	44	2.5	46	79	5	137	27	28	20	23	1.99
11245921--11245945	9	2.8	9	100	0	50	32	20	0	48	1.50
11248656--11248877	46	4.8	45	71	15	132	25	17	31	24	1.97
11248843--11249024	96	1.9	99	84	3	253	28	18	28	24	1.98
11252852--11253058	46	4.5	46	76	11	142	28	18	29	23	1.98
11254421--11254645	49	4.5	49	85	2	279	30	27	16	25	1.97
11254408--11254653	101	2.5	99	84	2	332	29	27	17	25	1.97
11261297--11261380	41	2.0	41	97	0	159	36	26	5	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11261432--11261457	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
11262217--11262610	196	2.0	196	100	0	788	39	17	8	34	1.80
11263860--11263885	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
11267232--11267338	28	3.8	28	89	0	151	33	10	26	29	1.89
11269199--11269282	41	2.0	41	93	0	141	36	22	4	35	1.76
11269334--11269359	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
11272253--11272401	40	3.7	40	83	5	165	31	24	24	20	1.98
11272268--11272401	40	3.3	40	90	1	205	33	24	23	17	1.96
11272563--11272602	14	2.9	14	88	0	53	30	0	22	47	1.52
11273419--11273450	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
11273437--11273469	10	3.3	10	84	16	50	60	0	0	39	0.97
11275031--11275073	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
11277280--11277324	21	2.1	22	91	4	74	28	8	13	48	1.72
11283462--11283505	21	2.1	21	100	0	88	22	20	56	0	1.42
11283815--11284270	43	10.4	43	82	7	483	27	19	21	32	1.97
11283815--11284213	88	4.5	88	96	0	710	26	19	21	33	1.97
11309343--11309419	39	2.0	38	89	0	109	36	10	23	28	1.88
11315690--11315903	46	4.7	44	75	16	168	26	19	29	24	1.98
11328249--11328309	29	2.1	29	96	0	113	27	27	8	36	1.85
11331430--11331482	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
11332790--11333237	240	1.9	240	98	0	869	31	22	7	38	1.83
11333208--11333263	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11352987--11353043	29	2.0	29	93	3	98	31	26	22	19	1.98
11354196--11354282	42	2.1	42	95	0	156	44	10	5	39	1.62
11358081--11358216	68	2.0	68	91	0	218	18	25	37	18	1.93
11358465--11358559	27	3.5	27	89	0	145	44	21	17	16	1.87
11359024--11359101	34	2.3	35	86	2	104	29	21	23	25	1.99
11359103--11359240	69	2.0	69	98	0	267	21	16	15	45	1.85
11359921--11360087	43	3.9	42	79	8	167	27	16	22	32	1.96
11382350--11383296	40	23.7	40	99	0	1831	24	27	20	27	1.99
11385691--11385836	49	2.9	49	79	9	143	36	17	26	19	1.94
11385905--11385949	23	1.9	24	86	4	65	42	11	22	24	1.86
11391539--11391729	83	2.3	83	83	7	239	32	24	14	27	1.94
11391563--11391722	40	3.9	42	80	11	179	30	23	15	30	1.95
11394135--11394168	15	2.3	15	94	0	59	47	11	5	35	1.65
11399325--11399479	56	2.8	56	82	7	181	29	13	22	34	1.92
11399304--11399506	56	3.6	56	75	9	180	28	14	24	33	1.94
11402605--11402733	40	3.2	40	85	5	163	27	25	17	28	1.98
11417751--11417813	32	2.0	32	96	0	117	39	15	7	36	1.77
11419512--11419630	41	2.9	41	87	0	184	34	24	12	28	1.92
11419776--11420016	122	2.0	122	94	0	419	33	21	7	37	1.82
11421663--11421766	27	3.9	27	87	0	154	29	18	7	44	1.77
11421744--11422152	27	15.2	27	79	7	411	40	22	8	29	1.84
11421650--11421792	54	2.6	54	79	0	169	34	18	7	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11421744--11422263	54	9.6	53	78	7	438	39	21	9	29	1.85
11421758--11422154	81	4.9	81	94	0	645	40	21	8	28	1.83
11421758--11422262	27	18.7	27	76	8	393	40	21	9	29	1.84
11422307--11422397	27	3.4	27	89	3	121	28	16	30	24	1.96
11423174--11423322	26	5.8	26	93	0	230	28	24	21	25	1.99
11423467--11423558	42	2.2	42	90	0	139	28	14	22	34	1.93
11423582--11423660	31	2.5	31	97	0	149	32	18	21	26	1.97
11436618--11436654	16	2.3	16	90	0	56	21	8	8	62	1.49
11438283--11438432	43	3.5	43	84	1	194	26	14	29	30	1.95
11438846--11438917	21	3.4	21	83	7	92	0	47	20	31	1.51
11438893--11438923	15	2.0	16	93	6	55	0	51	16	32	1.44
11439327--11439355	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
11444433--11444539	9	11.7	9	72	9	83	40	1	14	43	1.55
11444732--11444761	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
11444737--11445006	91	2.9	95	89	5	440	56	4	7	32	1.46
11444969--11445252	99	2.9	99	93	4	461	42	5	7	44	1.55
11445915--11445969	8	7.0	8	83	4	67	34	29	1	34	1.68
11447698--11448005	158	2.0	157	83	7	392	31	23	11	34	1.90
11448807--11448910	7	14.4	7	80	6	109	43	38	0	18	1.50
11448807--11448910	29	3.6	29	82	2	120	43	38	0	18	1.50
11448805--11448907	36	2.8	35	87	10	145	42	39	0	17	1.49
11450793--11450941	39	3.8	39	84	7	178	24	25	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11450793--11450930	38	3.5	40	81	10	153	24	26	27	21	1.99
11450793--11450941	78	1.9	78	85	9	205	24	25	28	22	1.99
11452909--11453004	41	2.4	40	84	5	122	23	28	20	27	1.99
11454680--11454727	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
11456534--11456622	44	2.0	44	100	0	178	46	13	13	26	1.80
11457092--11457149	29	2.0	29	96	0	107	39	17	18	24	1.92
11460154--11460261	26	4.2	26	90	0	171	37	24	5	32	1.78
11469375--11469503	28	5.2	28	58	27	74	35	6	29	28	1.82
11469142--11469567	48	8.9	48	93	1	694	36	6	26	30	1.81
11469716--11469818	37	2.8	37	92	0	170	24	20	30	25	1.99
11470675--11471146	26	18.2	26	86	2	662	33	24	7	34	1.84
11470679--11471145	52	9.0	52	95	1	839	33	24	7	34	1.84
11475174--11475244	32	2.2	32	92	2	117	45	16	2	35	1.63
11475340--11475384	14	3.2	14	80	0	54	48	26	0	24	1.51
11475477--11475525	22	2.3	22	89	10	75	44	28	0	26	1.54
11475552--11475581	14	2.1	14	93	0	51	36	43	0	20	1.52
11475583--11475630	25	1.9	25	83	8	62	39	39	0	20	1.53
11475775--11475823	22	2.3	22	89	10	75	44	28	0	26	1.54
11476160--11476252	38	2.3	42	78	16	124	17	18	20	44	1.87
11476373--11476534	80	2.0	80	98	0	315	45	8	8	37	1.64
11477889--11477943	11	5.3	11	78	10	53	29	1	0	69	0.99
11477876--11477953	20	3.9	19	79	11	77	30	1	1	66	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11477881--11477943	10	6.2	10	82	10	65	30	1	1	66	1.10
11477900--11477943	11	4.2	11	85	11	65	27	0	0	72	0.85
11477985--11478037	20	2.7	20	91	2	81	33	0	5	60	1.20
11479755--11479939	40	4.7	40	79	7	182	24	21	28	26	1.99
11479838--11479958	40	3.0	40	84	5	113	24	21	30	23	1.99
11479808--11479972	79	2.1	79	79	6	174	26	20	28	25	1.99
11486773--11486857	42	2.0	42	97	0	161	32	7	18	41	1.78
11488027--11488183	40	3.9	39	83	5	181	25	22	27	24	2.00
11488027--11488183	79	2.0	80	83	6	203	25	22	27	24	2.00
11488030--11488211	79	2.3	80	80	7	192	25	21	28	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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