genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1138088--1138174	38	2.4	37	87	9	126	34	3	17	44	1.65
1138412--1138472	15	4.2	14	75	6	59	47	0	3	49	1.18
1138412--1138472	29	2.1	29	93	0	104	47	0	3	49	1.18
1138237--1138637	195	2.1	194	93	0	687	49	4	10	35	1.59
1138751--1138781	14	2.2	14	94	0	53	32	6	22	38	1.80
1139013--1139059	24	2.0	24	95	0	85	42	0	21	36	1.53
1141618--1141654	17	2.1	19	85	10	51	48	2	8	40	1.47
1141791--1141877	7	12.0	7	78	11	86	32	42	0	25	1.55
1141767--1141872	30	3.6	30	82	3	92	32	46	0	20	1.58
1141795--1141872	22	3.6	21	80	11	86	33	43	0	23	1.54
1141829--1141908	7	11.1	7	81	10	63	37	38	0	23	1.55
1142123--1142161	14	2.7	15	80	11	55	41	38	0	20	1.53
1142528--1142621	40	2.3	40	83	3	109	26	21	20	31	1.98
1142681--1142786	40	2.7	40	80	0	122	29	19	22	28	1.98
1145385--1145435	21	2.4	22	81	18	72	54	0	23	21	1.44
1152542--1152602	19	3.2	19	83	2	77	42	19	26	11	1.85
1153517--1153552	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
1163447--1163584	43	3.2	42	80	6	134	26	27	18	27	1.98
1164945--1165268	43	7.5	43	87	0	450	28	26	18	26	1.98
1167593--1167764	46	3.7	46	75	13	174	22	19	27	30	1.98
1167590--1167759	93	1.8	92	89	3	270	21	19	28	30	1.98
1176733--1176905	46	3.7	46	75	14	167	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1176730--1176899	93	1.8	93	88	2	261	23	18	27	30	1.98
1180101--1180150	26	1.9	26	95	0	91	22	28	22	28	1.99
1183046--1183452	204	2.0	204	100	0	814	33	22	10	32	1.89
1183358--1183524	43	3.9	43	76	6	158	29	27	15	26	1.96
1191062--1191101	18	2.1	20	86	9	57	25	12	17	45	1.83
1193554--1193734	40	4.6	40	90	2	276	25	25	23	24	2.00
1201738--1201922	40	4.7	40	95	0	309	28	27	21	23	1.99
1203731--1203943	40	5.3	40	89	3	281	27	20	25	25	1.99
1207601--1207700	50	2.0	50	100	0	200	20	20	28	32	1.97
1210141--1210220	24	3.3	24	82	0	88	11	31	10	47	1.72
1210187--1210241	18	3.1	18	74	10	58	7	29	14	49	1.70
1214184--1214230	21	2.2	21	88	7	69	27	23	27	21	1.99
1216936--1216968	16	2.0	17	88	5	50	51	3	12	33	1.54
1218474--1218576	46	2.3	45	79	1	116	38	16	19	25	1.92
1218747--1218809	32	2.0	32	84	6	83	34	20	20	23	1.96
1219301--1219375	27	2.8	27	89	0	114	28	14	17	40	1.89
1222173--1222286	25	4.6	25	77	6	115	31	20	25	22	1.98
1224979--1225027	24	2.0	24	84	11	64	40	6	10	42	1.63
1226004--1226030	14	1.9	14	100	0	54	51	25	14	7	1.68
1226085--1226113	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
1227462--1227652	83	2.4	79	79	11	224	18	13	20	47	1.82
1227867--1227911	3	15.0	3	100	0	90	33	33	33	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1232062--1232094	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
1232065--1232116	25	2.1	25	86	10	72	48	3	0	48	1.20
1232635--1232684	26	1.9	26	83	0	64	54	20	16	10	1.70
1234943--1235066	28	4.5	26	83	8	140	28	26	16	29	1.97
1234943--1235067	54	2.3	55	83	10	150	28	26	16	29	1.96
1245533--1245634	51	2.0	51	88	0	150	29	22	22	25	1.99
1249899--1249943	23	2.0	22	82	4	54	17	11	0	71	1.14
1250207--1250248	21	2.0	22	85	4	59	23	7	4	64	1.38
1250323--1250375	3	18.3	3	77	14	58	28	3	1	66	1.20
1250328--1250367	15	2.6	16	88	11	66	30	5	0	65	1.14
1255800--1255890	26	3.4	26	66	20	71	23	15	6	54	1.64
1255791--1255894	53	2.0	53	98	0	199	23	16	7	52	1.69
1256305--1256438	46	2.9	46	89	0	196	32	17	26	24	1.97
1258173--1258215	20	2.2	20	95	0	77	37	32	11	18	1.87
1260053--1260124	35	2.1	34	82	12	85	22	26	9	41	1.84
1263579--1264103	143	3.7	142	84	2	685	29	17	23	29	1.97
1264050--1264235	96	1.9	96	80	4	214	30	21	22	26	1.99
1264149--1264389	44	5.4	45	73	5	202	29	21	18	30	1.97
1264144--1264485	179	1.9	179	84	2	463	31	21	18	28	1.97
1265848--1265881	17	2.0	17	88	0	50	23	5	0	70	1.09
1266156--1266196	21	1.9	22	85	14	59	24	7	4	63	1.40
1266274--1266317	12	3.5	13	84	9	56	27	6	0	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1266273--1266325	24	2.2	24	80	6	63	30	5	0	64	1.17
1266684--1266718	19	1.9	17	88	11	52	45	11	22	20	1.82
1269631--1269718	27	3.3	27	80	3	97	30	23	11	34	1.90
1270951--1271028	39	2.0	39	97	0	147	42	14	12	30	1.83
1271861--1271920	28	2.2	26	77	11	66	28	25	11	35	1.91
1271868--1271937	28	2.5	28	85	0	104	30	22	10	37	1.87
1276864--1276994	57	2.3	57	86	0	181	29	35	16	19	1.93
1277734--1277759	12	2.2	12	100	0	52	19	23	19	38	1.93
1278810--1278931	61	2.0	61	100	0	244	32	22	8	36	1.84
1278963--1279022	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
1278977--1279038	28	2.2	28	91	0	97	29	29	11	30	1.91
1290442--1290546	42	2.5	42	89	6	151	33	15	24	26	1.95
1290452--1290605	42	3.6	42	75	12	111	33	15	24	27	1.95
1292989--1293039	24	2.1	24	85	0	66	41	1	1	54	1.22
1299547--1299747	41	4.9	41	80	1	215	35	16	26	21	1.95
1299547--1299747	82	2.5	82	84	3	253	35	16	26	21	1.95
1302371--1302404	16	2.1	16	94	0	59	20	11	2	64	1.39
1304632--1304680	23	2.1	23	96	0	89	38	16	24	20	1.92
1305719--1305927	104	2.0	104	97	0	391	45	8	17	28	1.77
1306410--1306475	25	2.6	25	90	0	105	33	10	22	33	1.89
1311737--1311854	43	2.7	43	93	0	191	25	34	15	24	1.94
1322178--1322293	58	2.0	58	96	0	214	33	15	20	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1338905--1338982	38	2.1	37	85	2	102	19	21	23	35	1.96
1338954--1339007	24	2.2	24	86	3	72	16	24	22	37	1.94
1338919--1339045	62	2.0	63	87	1	184	18	23	24	33	1.96
1338981--1339068	38	2.3	38	86	7	115	21	22	25	30	1.99
1343747--1343802	24	2.3	24	96	0	103	14	23	39	23	1.91
1344034--1344068	18	1.9	18	88	0	52	51	31	0	17	1.45
1345637--1345769	56	2.4	56	96	0	239	36	25	12	25	1.92
1347959--1347999	22	1.9	21	85	5	55	14	43	24	17	1.86
1360789--1360966	27	6.6	27	83	3	187	27	15	27	29	1.96
1360790--1360945	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
1360786--1360966	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
1366462--1366534	18	4.1	18	81	0	92	42	10	20	26	1.85
1366854--1367057	27	7.5	27	75	14	163	37	17	13	31	1.88
1366877--1367057	54	3.4	54	78	13	187	36	18	13	32	1.89
1366880--1367036	81	1.9	82	90	1	253	37	18	13	30	1.89
1366857--1367057	81	2.5	82	81	9	252	37	17	13	31	1.88
1370381--1370574	27	7.2	27	84	4	230	38	19	12	28	1.89
1370377--1370574	81	2.4	81	89	3	308	38	19	12	28	1.89
1374965--1374994	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1376307--1376405	40	2.5	40	93	0	162	29	16	22	32	1.95
1377399--1377595	27	7.3	27	79	4	191	36	18	16	28	1.93
1377395--1377596	81	2.5	81	82	3	246	36	18	15	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379426--1379607	77	2.4	77	86	1	258	35	26	18	19	1.95
1385684--1385777	42	2.2	42	84	1	116	29	24	18	27	1.98
1385665--1385821	43	3.7	43	75	7	131	29	24	18	26	1.98
1387528--1387557	12	2.5	12	94	0	51	33	40	20	6	1.78
1394711--1394792	29	2.8	29	94	0	137	36	15	24	23	1.94
1405544--1405608	20	3.2	21	74	24	75	40	13	18	27	1.89
1405539--1405618	40	2.0	40	95	0	142	38	15	17	28	1.90
1405556--1405618	20	3.2	20	75	24	78	38	14	19	28	1.90
1408165--1408202	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
1408179--1408203	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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