genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8798097--8798201	54	1.9	54	94	0	183	37	20	21	20	1.95
8798540--8799457	54	17.0	54	99	0	1768	33	22	25	18	1.96
8801571--8801729	27	5.9	27	82	10	191	34	22	24	18	1.96
8801571--8801732	54	3.0	54	90	2	247	34	22	24	17	1.96
8803351--8803406	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
8804834--8804922	44	2.0	44	95	0	160	20	33	12	33	1.90
8809551--8809773	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
8809549--8809773	40	5.7	40	84	6	278	25	28	21	24	1.99
8816434--8816516	42	2.0	42	97	0	157	22	22	4	49	1.69
8817230--8817453	40	5.7	40	84	6	253	25	27	21	25	1.99
8817230--8817451	79	2.8	80	84	7	267	25	27	21	25	1.99
8841135--8841172	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
8841402--8841572	93	1.8	93	92	2	290	28	29	20	21	1.98
8841397--8841569	46	3.7	46	78	14	194	29	28	20	21	1.98
8841447--8841588	46	3.1	44	76	14	137	28	28	19	22	1.98
8841982--8842079	49	2.0	50	93	2	171	34	21	6	37	1.78
8842233--8842340	54	2.0	54	92	0	180	33	19	12	35	1.89
8846657--8846732	39	1.9	39	91	0	125	22	22	23	31	1.98
8848196--8848362	81	2.0	82	95	1	300	42	8	10	38	1.70
8848942--8848979	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
8849209--8849379	93	1.8	93	89	2	272	29	28	19	22	1.98
8849204--8849376	46	3.7	47	76	13	187	30	27	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8849982--8850101	57	2.1	57	92	0	195	33	20	12	33	1.90
8853495--8853560	20	3.3	19	83	10	71	68	4	1	25	1.18
8853510--8853558	20	2.5	20	90	6	73	67	6	0	26	1.14
8853514--8853579	18	3.6	18	74	11	53	63	6	0	30	1.18
8855606--8855678	31	2.4	31	85	0	101	31	9	13	45	1.76
8856350--8856446	49	2.0	48	93	2	167	41	18	16	23	1.90
8860044--8860083	19	2.1	19	100	0	80	42	5	5	47	1.47
8861717--8861794	27	2.9	28	88	7	117	55	1	0	43	1.08
8861717--8861791	18	4.2	18	76	11	82	54	1	0	44	1.08
8861730--8861821	8	10.6	8	68	18	51	51	1	0	47	1.07
8861986--8862027	16	2.5	17	84	3	59	45	4	0	50	1.23
8865501--8865542	22	1.9	22	85	0	57	33	0	9	57	1.31
8865737--8865765	6	4.8	6	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8870217--8870306	27	3.3	27	90	0	135	22	25	40	12	1.88
8874295--8874376	23	3.6	23	96	0	146	18	32	30	18	1.95
8876853--8876918	26	2.5	25	82	7	69	54	13	4	27	1.58
8878683--8878865	67	2.8	63	75	13	167	30	16	28	23	1.97
8881179--8881354	46	3.8	46	76	12	180	21	20	28	29	1.98
8881176--8881347	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
8882509--8882621	56	2.0	56	98	0	217	31	10	21	36	1.87
8884342--8884421	15	5.4	15	77	12	76	11	16	13	58	1.62
8884333--8884420	30	3.0	30	79	11	83	11	15	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8890813--8890927	60	1.9	60	82	7	142	43	5	3	47	1.42
8891780--8891825	16	2.9	16	78	18	51	43	0	2	54	1.12
8895690--8895763	22	3.4	22	63	22	57	28	24	6	40	1.80
8895683--8895767	42	2.0	42	93	4	145	28	24	7	40	1.81
8895968--8896159	101	1.9	101	92	0	321	29	26	15	28	1.96
8902963--8903021	29	2.0	29	90	0	91	37	5	1	55	1.32
8902963--8903028	29	2.2	29	86	2	78	39	4	3	53	1.37
8903055--8903093	18	2.1	19	86	13	55	48	0	0	51	1.00
8903052--8903090	12	3.3	12	82	7	53	51	0	0	48	1.00
8911544--8911629	27	3.2	26	77	4	84	33	29	20	16	1.95
8916298--8916382	42	2.0	42	97	0	161	17	20	31	30	1.95
8921032--8921143	42	2.8	42	83	10	130	16	18	16	49	1.80
8921737--8921780	23	1.9	23	95	0	79	63	2	4	29	1.26
8925962--8925987	11	2.4	11	100	0	52	80	0	7	11	0.89
8925972--8926015	22	2.0	22	83	16	56	72	9	2	15	1.19
8926259--8926293	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
8926462--8926520	17	3.6	17	68	25	54	62	0	23	13	1.31
8926467--8926519	16	3.3	16	76	7	63	64	0	22	13	1.28
8930949--8931281	166	2.0	166	98	0	639	30	24	9	35	1.87
8931371--8931528	68	2.3	68	78	11	169	20	29	15	34	1.94
8940609--8940739	65	2.0	66	85	4	176	25	16	8	48	1.74
8941052--8941103	25	2.0	27	85	11	72	28	19	1	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8951783--8951825	21	2.0	21	100	0	86	41	4	18	34	1.71
8957748--8957888	25	5.6	25	93	0	228	29	29	12	27	1.93
8963311--8963486	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	29	1.98
8963308--8963478	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
8965977--8966077	51	2.0	50	94	0	166	22	17	23	34	1.95
8971809--8971890	41	2.0	40	92	2	137	45	7	18	29	1.76
8976549--8976636	37	2.4	37	90	0	131	30	6	11	51	1.64
8997348--8997577	116	2.0	115	95	2	417	31	19	10	38	1.85
8998766--8998796	6	5.2	6	96	0	53	19	0	12	67	1.22
9004023--9004070	24	2.0	24	83	0	60	22	12	18	45	1.83
9007092--9007160	25	2.8	26	75	14	74	36	23	23	17	1.95
9007092--9007168	25	3.1	24	70	15	68	36	22	24	16	1.94
9010931--9010956	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
9012342--9012495	42	3.6	42	87	1	227	30	16	24	28	1.97
9013300--9013339	10	3.9	10	80	6	53	70	5	0	25	1.08
9013665--9013696	13	2.3	15	89	10	50	25	37	25	12	1.91
9013776--9013855	6	12.0	6	72	25	56	20	3	0	76	0.94
9013777--9013856	8	9.5	8	75	14	54	18	3	0	77	0.92
9013781--9013855	29	2.7	27	80	11	80	20	4	0	76	0.95
9013776--9013856	25	3.3	23	75	16	74	19	3	0	76	0.93
9033934--9034213	138	2.0	138	96	0	515	31	18	22	27	1.97
9042167--9042271	27	3.9	27	75	5	86	25	15	23	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9055118--9055321	40	5.1	40	80	8	166	24	27	22	25	2.00
9055139--9055321	79	2.3	80	83	7	221	24	27	22	24	2.00
9056997--9057093	48	2.0	48	95	0	176	21	30	24	22	1.99
9058557--9058668	58	1.9	58	88	0	170	33	12	20	33	1.90
9060519--9060551	16	2.1	16	88	11	50	30	24	21	24	1.99
9064036--9064139	54	1.9	53	96	1	190	38	21	17	23	1.93
9067294--9067338	22	2.0	22	95	0	81	35	26	11	26	1.90
9075254--9075313	30	2.0	30	93	0	102	33	23	16	26	1.96
9079087--9079130	5	8.8	5	89	0	52	40	31	6	20	1.79
9082994--9083070	37	2.1	36	88	9	113	41	10	32	15	1.81
9085562--9085661	24	4.0	24	86	10	146	38	15	22	25	1.92
9085558--9085673	24	4.4	27	80	15	145	35	12	24	27	1.92
9085558--9085673	52	2.2	52	95	0	205	35	12	24	27	1.92
9094094--9094562	181	2.6	181	90	3	714	27	23	18	30	1.98
9094439--9094625	45	4.2	43	69	18	125	27	21	18	32	1.97
9094549--9094889	133	2.6	133	86	4	463	27	22	16	32	1.96
9094969--9095067	45	2.2	44	83	7	119	31	24	18	26	1.97
9095247--9095441	64	3.0	64	94	0	336	38	13	17	30	1.88
9096570--9096610	19	2.2	19	91	8	66	2	9	0	87	0.62
9103565--9103611	23	2.1	21	85	14	60	6	2	10	80	0.96
9109909--9109938	13	2.4	12	94	5	51	83	3	0	13	0.77
9109909--9109938	6	4.8	6	92	8	51	83	3	0	13	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9116930--9117354	40	10.6	40	93	1	690	27	20	28	24	1.99
9123713--9123747	17	1.9	19	88	11	56	48	8	2	40	1.49
9124543--9124592	21	2.5	19	80	9	55	32	24	22	22	1.98
9124725--9126113	288	4.8	288	99	0	2706	44	19	10	25	1.83
9126494--9126546	24	2.3	22	87	9	79	43	0	5	50	1.25
9126962--9127006	18	2.5	18	92	0	81	44	8	15	31	1.77
9126962--9127012	18	2.8	19	88	8	79	43	11	15	29	1.82
9127748--9128001	132	1.9	132	87	0	373	22	20	26	30	1.98
9128193--9128237	25	1.9	24	86	13	67	35	2	15	46	1.58
9131425--9131608	40	4.6	40	82	4	226	24	22	26	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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