genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51001180--51001248	15	4.6	15	72	13	61	36	13	8	42	1.75
51005451--51005576	52	2.5	51	82	2	155	23	14	29	32	1.94
51005593--51005733	51	2.8	50	78	8	142	28	17	27	26	1.97
51007945--51008000	28	2.0	28	100	0	112	39	21	3	35	1.71
51021463--51021954	246	2.0	246	100	0	984	30	4	24	40	1.76
51026143--51026194	15	3.2	15	73	19	50	42	0	3	53	1.19
51026232--51026262	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
51026271--51026330	22	2.8	22	85	5	70	50	0	0	50	1.00
51026865--51026916	17	3.0	16	78	21	52	65	1	1	30	1.14
51027109--51027169	18	3.2	19	77	11	63	37	3	3	55	1.32
51027629--51027776	70	2.1	70	85	5	192	31	13	13	41	1.83
51032977--51033025	16	3.1	16	79	5	55	42	10	10	36	1.73
51033679--51033752	30	2.4	30	82	6	87	29	13	6	50	1.67
51039356--51039400	18	2.4	18	85	10	56	26	2	4	66	1.22
51040824--51040886	30	2.1	30	88	5	92	25	3	11	60	1.45
51041036--51042928	946	2.0	946	100	0	3786	33	13	15	37	1.86
51045070--51045117	23	2.1	23	100	0	96	45	4	12	37	1.61
51046276--51046397	58	2.1	58	98	0	235	18	22	22	36	1.95
51051543--51051580	20	1.9	20	94	0	67	42	2	5	50	1.39
51053158--51053285	31	4.1	31	83	3	141	17	22	16	42	1.88
51053403--51053985	109	5.2	108	74	12	446	24	27	11	36	1.90
51053517--51053934	58	7.4	57	76	9	295	24	27	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51053516--51053825	58	5.4	56	83	5	318	24	26	11	36	1.90
51053808--51053984	51	3.4	50	69	12	156	22	28	11	37	1.88
51053410--51053993	116	5.3	108	73	12	326	23	27	11	36	1.90
51058081--51058124	22	2.0	22	95	0	79	18	9	29	43	1.80
51060075--51060284	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
51060022--51060284	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
51060023--51060319	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
51064336--51064371	13	2.8	13	91	0	54	38	2	19	38	1.66
51067840--51068061	44	4.8	45	77	11	191	27	18	30	23	1.98
51069682--51070283	301	2.0	301	100	0	1204	21	22	25	29	1.99
51070709--51070791	40	2.1	40	97	0	157	34	10	10	43	1.75
51075504--51075564	31	2.0	31	96	0	113	55	6	1	36	1.36
51075505--51075583	31	2.4	31	87	8	104	56	6	2	34	1.38
51078488--51078550	30	2.1	30	90	0	99	55	12	4	26	1.57
51078917--51078952	10	3.0	13	76	23	51	47	16	0	36	1.47
51079322--51079374	16	3.3	16	81	0	61	37	7	28	26	1.83
51079356--51079448	43	2.1	43	84	6	114	33	4	26	35	1.76
51092751--51092798	23	2.1	23	100	0	96	47	8	4	39	1.53
51094419--51094470	26	2.0	26	88	0	77	19	23	25	32	1.97
51097505--51097766	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
51100331--51100416	45	1.9	45	95	4	156	34	22	13	29	1.93
51106665--51106690	6	4.3	6	100	0	52	15	0	84	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51121479--51121531	26	2.0	26	100	0	106	22	11	18	47	1.81
51127687--51127712	13	2.0	13	100	0	52	23	30	7	38	1.83
51129607--51129750	27	5.3	27	83	0	180	27	24	8	39	1.84
51129782--51130017	27	8.7	27	75	7	165	39	21	8	30	1.84
51129749--51129904	54	2.9	53	80	7	163	40	21	10	28	1.85
51129782--51129931	81	1.9	81	84	8	207	42	22	8	27	1.81
51130036--51130109	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
51130792--51130858	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
51130909--51130981	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
51130908--51131002	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
51131196--51131259	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
51139295--51139500	40	5.2	40	97	0	369	22	22	26	28	1.99
51141887--51141961	37	2.0	37	100	0	150	29	21	16	33	1.95
51144342--51144379	19	2.0	19	85	10	51	34	5	2	57	1.35
51145313--51145398	42	2.0	42	84	0	109	29	24	16	30	1.96
51150284--51150341	29	2.0	29	93	0	98	39	10	17	32	1.83
51159082--51159108	14	1.9	14	100	0	54	37	33	0	29	1.58
51168400--51168561	39	4.2	39	83	5	195	24	19	28	27	1.99
51168401--51168556	76	2.1	76	86	2	215	25	19	28	27	1.98
51176556--51176708	39	3.9	39	92	0	207	23	19	28	28	1.98
51176556--51176736	78	2.3	78	81	3	195	23	20	28	27	1.99
51178319--51178447	47	2.8	48	85	3	156	23	17	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51180196--51180362	43	3.9	42	78	6	165	23	19	23	32	1.97
51183546--51184062	137	3.8	138	88	2	737	45	5	8	40	1.60
51193357--51194181	138	6.1	137	85	7	1013	40	8	6	45	1.59
51193665--51193913	125	2.0	125	94	0	435	36	8	6	48	1.59
51193531--51194181	265	2.4	261	84	6	766	39	7	6	45	1.60
51196824--51196861	19	2.1	19	85	9	53	73	0	15	10	1.09
51197883--51197928	22	2.2	20	84	7	56	43	8	0	47	1.34
51199903--51200039	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
51199902--51200003	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
51202825--51203208	137	2.8	138	89	1	583	44	5	8	41	1.59
51209266--51209361	42	2.3	42	77	1	102	31	23	20	23	1.98
51209252--51209403	43	3.6	42	75	6	126	30	22	22	24	1.99
51212058--51212227	48	3.5	48	84	1	180	24	17	28	29	1.97
51213674--51213723	22	2.3	22	100	0	100	12	34	30	24	1.91
51221692--51221953	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
51235334--51235437	48	2.2	48	80	3	120	29	14	27	27	1.95
51235472--51235591	42	2.9	42	82	2	116	26	15	26	30	1.96
51246559--51246721	39	4.1	39	79	11	147	25	22	27	23	2.00
51246559--51246702	39	3.6	41	81	13	160	25	22	27	24	2.00
51246559--51246708	79	1.9	79	81	8	180	26	22	28	23	1.99
51254758--51254808	19	2.7	18	80	16	59	19	5	3	70	1.24
51259560--51259727	84	2.0	83	97	1	318	30	17	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51260849--51260876	11	2.5	11	100	0	56	28	17	0	53	1.44
51271168--51271275	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
51272759--51272811	26	2.0	26	85	7	72	39	22	13	24	1.90
51276521--51276636	39	3.0	39	94	0	196	26	28	21	23	1.99
51277077--51277183	54	2.0	54	98	0	205	24	29	14	31	1.94
51278647--51278680	17	2.0	17	94	0	59	14	32	35	17	1.91
51281085--51281121	3	12.3	3	100	0	74	35	32	0	32	1.58
51284077--51284230	47	3.3	47	89	0	245	27	27	8	36	1.86
51287967--51287991	7	3.6	7	100	0	50	16	32	0	52	1.44
51291543--51291573	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
51291731--51291769	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
51292511--51292540	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
51295902--51295932	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
51302445--51302475	15	2.1	15	100	0	62	25	25	12	35	1.92
51304968--51305085	40	3.0	40	92	0	191	23	18	27	29	1.98
51311929--51312077	75	2.0	75	94	0	262	31	10	15	42	1.81
51313328--51313405	40	2.0	40	87	5	113	21	17	29	30	1.97
51336669--51337660	40	24.8	40	98	0	1858	24	22	27	25	2.00
51344626--51344930	150	2.0	150	99	0	601	37	9	24	28	1.87
51345329--51345522	47	4.1	47	87	0	262	32	10	28	27	1.90
51345493--51345676	98	1.9	96	91	4	298	36	6	26	30	1.82
51345492--51345676	48	3.8	48	88	5	291	36	6	26	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51347034--51347127	47	2.0	47	97	0	179	36	18	12	32	1.88
51350483--51351412	50	18.6	50	95	1	1618	32	18	28	20	1.96
51354552--51354724	88	2.0	88	94	0	301	26	21	24	28	1.99
51354787--51354998	106	2.0	106	94	0	370	31	27	12	28	1.93
51355446--51355634	99	1.9	99	94	0	333	32	25	21	21	1.98
51355883--51356030	75	2.0	75	93	0	251	43	28	15	12	1.84
51361256--51361865	305	2.0	305	96	0	1121	27	25	18	28	1.98
51361812--51362223	206	2.0	206	99	0	806	31	26	14	27	1.95
51369080--51369387	40	7.7	40	92	0	465	25	28	22	24	1.99
51369441--51369515	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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