genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70542726--70542790	17	3.8	17	78	9	69	72	0	4	23	1.03
70542728--70542787	31	1.9	31	83	12	79	71	0	5	23	1.05
70542722--70542817	31	3.0	29	77	17	77	71	1	6	20	1.13
70552865--70552911	23	2.0	23	95	0	85	44	17	2	36	1.60
70552867--70552909	13	3.5	13	78	18	56	46	16	2	34	1.60
70552872--70552918	23	2.0	23	91	0	76	48	14	0	36	1.44
70553479--70553563	11	7.5	11	71	20	59	38	0	8	52	1.31
70557545--70557769	40	5.6	40	97	0	414	24	24	24	25	2.00
70563245--70563287	21	2.0	20	86	8	59	34	2	0	62	1.08
70563212--70563278	29	2.3	31	79	7	77	34	4	1	59	1.26
70563391--70563454	23	2.8	24	84	15	75	26	6	3	64	1.33
70563437--70563496	13	4.6	14	74	14	56	30	0	3	66	1.07
70567100--70567129	14	2.1	14	93	0	51	43	6	3	46	1.46
70574970--70575025	28	2.0	28	100	0	112	42	17	17	21	1.89
70575061--70575847	210	3.7	210	92	0	1277	28	18	22	30	1.97
70577555--70577591	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
70577544--70577605	12	5.2	12	83	14	60	33	3	0	62	1.11
70577655--70577696	20	2.2	19	86	4	57	30	7	2	59	1.37
70577706--70577748	21	2.0	20	86	8	59	34	2	0	62	1.08
70577852--70577922	23	3.1	23	78	15	67	25	5	4	64	1.33
70580375--70580421	23	2.0	23	95	0	85	44	17	2	36	1.60
70580377--70580419	13	3.5	13	78	18	56	46	16	2	34	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70580382--70580428	23	2.0	23	91	0	76	48	14	0	36	1.44
70580740--70580775	17	2.1	17	100	0	72	66	5	11	16	1.40
70583135--70583256	50	2.5	48	82	5	140	34	14	22	27	1.94
70591618--70591664	17	2.7	18	80	6	51	72	0	6	21	1.07
70591597--70591641	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
70591685--70591727	20	2.4	19	82	17	56	72	0	25	2	0.97
70595290--70595336	17	2.7	18	80	6	51	72	0	6	21	1.07
70595269--70595313	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
70595357--70595399	20	2.4	19	82	17	56	72	0	25	2	0.97
70600471--70600613	48	3.0	48	89	4	225	34	32	15	16	1.91
70621543--70621629	26	3.3	26	90	0	138	33	24	8	34	1.85
70622166--70622204	18	2.1	18	85	9	51	38	23	0	38	1.55
70623126--70623172	5	9.2	5	90	4	76	59	2	0	38	1.09
70627922--70627998	37	2.1	37	82	2	93	36	20	14	28	1.92
70641780--70641812	14	2.4	14	100	0	66	42	15	12	30	1.83
70645519--70645643	48	2.5	50	81	6	137	39	3	4	53	1.36
70645584--70645702	62	2.0	59	83	8	150	40	2	5	52	1.37
70657266--70657449	66	2.8	66	85	0	242	20	28	26	24	1.99
70657427--70657488	31	2.0	31	100	0	124	29	22	22	25	1.99
70658455--70658489	16	2.1	17	94	5	63	28	5	5	60	1.43
70663844--70664827	495	2.0	495	100	0	1968	21	12	20	45	1.84
70665271--70665309	17	2.3	17	86	0	51	23	33	28	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70665616--70665671	18	3.3	18	65	27	50	26	5	17	50	1.68
70665603--70665674	32	2.2	32	95	0	126	25	4	19	51	1.64
70669177--70669687	49	10.6	49	94	2	844	31	9	30	28	1.89
70669177--70669687	192	2.7	192	92	1	882	31	9	30	28	1.89
70683687--70683714	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
70686669--70686728	26	2.3	26	91	0	93	35	30	13	21	1.92
70690169--70690446	96	2.9	94	81	6	319	28	17	28	24	1.98
70690160--70690444	48	6.0	48	80	7	276	28	17	29	24	1.97
70693051--70693149	47	2.1	47	96	0	180	29	4	11	55	1.53
70693063--70693145	26	3.4	25	67	21	68	30	3	12	54	1.54
70693893--70693931	17	2.2	18	86	4	53	38	0	2	58	1.12
70696837--70696870	14	2.4	14	90	0	50	26	0	0	73	0.83
70699731--70699782	22	2.5	20	85	11	77	23	0	1	75	0.91
70699815--70699895	16	5.1	16	78	14	71	20	1	1	76	0.92
70699815--70699892	26	3.1	25	78	14	88	21	1	1	75	0.94
70699815--70699906	8	11.2	8	73	12	55	18	2	1	78	0.92
70699828--70699898	13	5.5	13	75	9	65	18	1	1	78	0.89
70699863--70699906	19	2.3	19	88	0	61	9	2	2	86	0.75
70699955--70700007	18	2.9	18	83	10	56	30	1	7	60	1.35
70699976--70700031	3	18.7	3	92	0	85	28	1	3	66	1.19
70704394--70704474	43	1.9	43	89	2	128	39	19	0	40	1.52
70705671--70705739	31	2.2	31	81	0	84	49	14	5	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70713485--70713668	92	2.0	92	82	7	223	49	11	13	25	1.76
70720964--70721267	152	2.0	152	100	0	608	37	14	14	33	1.87
70727861--70728004	46	3.1	46	71	13	141	24	21	26	27	1.99
70732963--70733145	79	2.3	81	84	7	232	26	28	21	23	1.99
70732942--70733145	40	5.1	40	80	10	231	25	28	21	24	1.99
70747995--70748170	46	3.8	46	78	11	198	21	19	28	30	1.98
70747993--70748163	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
70754718--70755030	46	6.8	46	97	0	563	20	19	28	30	1.97
70760709--70760792	42	2.0	42	95	0	150	29	25	27	17	1.98
70763902--70764127	50	4.5	50	78	8	199	25	18	26	30	1.98
70765804--70765843	12	3.3	12	86	10	55	0	22	2	75	0.93
70765925--70765969	12	3.8	12	81	18	51	55	2	2	40	1.24
70765937--70765973	16	2.3	16	90	0	56	59	2	0	37	1.12
70766092--70766144	21	2.3	23	75	21	58	52	3	0	43	1.19
70772361--70772402	11	3.8	11	81	9	50	45	21	0	33	1.52
70775995--70776030	16	2.2	16	95	0	63	47	19	25	8	1.77
70776240--70776364	29	4.3	29	90	1	180	24	14	33	28	1.94
70777735--70777808	27	2.7	27	89	2	103	20	22	20	36	1.95
70777805--70777970	27	6.1	27	89	0	233	36	16	16	30	1.91
70781207--70781336	43	3.0	42	76	5	118	26	15	26	31	1.96
70791382--70791443	29	2.2	28	82	5	72	33	24	20	20	1.97
70793745--70793782	20	1.9	20	88	0	58	55	13	2	28	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70793820--70793863	20	2.2	20	83	4	52	45	11	9	34	1.72
70799266--70799328	30	2.1	30	100	0	126	28	3	11	57	1.49
70799451--70799482	11	2.8	12	86	13	50	65	0	0	34	0.93
70801922--70802019	49	2.0	50	89	2	153	54	9	7	29	1.59
70808235--70808351	47	2.5	47	91	1	182	19	17	31	31	1.95
70814188--70814412	46	4.8	46	80	10	215	24	31	19	24	1.98
70817807--70817867	27	2.2	28	77	8	72	34	8	27	29	1.86
70823131--70823173	21	2.0	21	90	0	68	16	6	23	53	1.67
70826409--70826584	46	3.8	46	76	10	187	20	19	30	29	1.97
70827373--70827493	61	2.0	61	95	0	215	23	14	23	39	1.90
70829615--70829679	15	4.4	15	77	9	71	10	15	13	60	1.60
70829611--70829679	30	2.3	30	82	7	88	10	14	17	57	1.63
70831977--70832152	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
70831974--70832144	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
70837951--70838138	94	2.0	94	94	0	331	29	13	14	42	1.84
70857508--70857731	40	5.7	40	84	8	257	25	22	26	25	2.00
70857508--70857731	79	2.8	80	82	10	262	25	22	26	25	2.00
70857561--70857763	79	2.6	79	83	8	202	27	21	26	24	1.99
70862961--70863144	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
70862961--70863144	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
70868973--70869100	43	3.0	43	83	8	163	21	16	29	32	1.95
70870867--70870998	48	2.8	48	84	2	167	28	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70872261--70872381	46	2.5	47	84	5	145	26	22	14	36	1.93
70877846--70877966	46	2.6	47	81	9	138	27	22	14	36	1.92
70892636--70892695	30	2.0	30	83	6	77	30	25	8	36	1.85
70902201--70902282	43	1.9	43	89	0	128	36	25	12	25	1.91
70905912--70906040	46	2.8	46	91	2	197	29	27	21	20	1.98
70905917--70906059	46	3.1	45	84	7	139	28	27	21	21	1.99
70906142--70906211	35	2.0	35	94	0	122	21	21	17	40	1.92
70906489--70906636	72	2.1	72	100	0	296	33	20	9	37	1.85
70911474--70911584	43	2.6	43	88	2	161	36	22	14	26	1.92
70918835--70918983	43	3.5	42	77	9	135	24	18	25	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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