genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84868502--84868527	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
84870359--84870486	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
84870359--84870486	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
84870666--84871137	241	2.0	241	97	0	890	33	15	17	34	1.91
84870454--84871822	685	2.0	685	99	0	2720	37	11	14	35	1.83
84871351--84872078	241	3.0	241	97	0	1348	32	14	17	34	1.91
84882230--84882313	28	3.2	27	65	25	72	23	15	29	30	1.95
84882192--84882369	50	3.6	50	81	4	182	25	16	25	32	1.96
84884495--84884607	41	2.7	40	80	15	122	25	30	20	23	1.99
84884792--84884828	14	2.5	15	83	16	51	35	18	2	43	1.65
84885990--84886044	26	2.1	26	100	0	110	10	40	10	38	1.76
84897640--84897800	24	6.6	24	70	7	110	32	30	12	24	1.92
84907176--84907286	43	2.6	43	83	7	129	23	21	27	27	1.99
84913439--84913489	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
84915334--84915368	17	2.1	17	100	0	70	37	0	22	40	1.55
84919903--84920113	40	5.3	40	91	2	329	27	22	27	22	1.99
84923612--84923768	43	3.7	43	82	5	176	31	25	15	27	1.95
84926983--84927187	46	4.7	46	77	15	184	21	25	13	39	1.90
84927080--84927149	34	2.1	34	94	0	122	27	28	15	28	1.96
84927034--84927188	80	1.9	80	90	0	247	23	25	14	35	1.94
84931451--84931598	43	3.4	44	83	3	176	29	15	22	32	1.95
84933108--84933196	44	2.0	44	95	0	160	41	6	8	42	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84933297--84933443	75	2.0	75	87	0	213	30	13	8	46	1.74
84934269--84934328	30	2.0	30	87	6	86	36	6	26	30	1.82
84934983--84935220	49	4.8	49	81	7	309	26	18	26	29	1.98
84935081--84935164	22	3.1	30	59	31	71	25	15	28	30	1.96
84934983--84935220	101	2.4	97	84	6	316	26	18	26	29	1.98
84938856--84939033	27	6.6	27	84	5	180	29	28	15	26	1.96
84938877--84939032	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
84942314--84942386	24	2.9	25	80	10	78	30	17	24	27	1.97
84944894--84944919	10	2.6	10	100	0	52	30	11	7	50	1.67
84949113--84949141	8	3.6	8	100	0	58	86	0	0	13	0.58
84950377--84950401	13	1.9	13	100	0	50	32	16	8	44	1.76
84952535--84952567	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
84961786--84961871	31	2.8	31	89	1	138	25	27	16	30	1.97
84962076--84962161	26	3.4	26	81	10	81	26	22	23	27	1.99
84962089--84962161	26	2.9	25	86	8	103	27	21	26	24	2.00
84962207--84962244	11	3.6	11	79	13	53	31	18	13	36	1.89
84962291--84962338	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
84982838--84982916	31	2.5	31	97	0	149	27	26	17	27	1.98
84982940--84983031	42	2.2	42	94	3	159	40	20	11	27	1.88
84983168--84983298	26	5.2	26	90	2	198	28	22	20	28	1.99
84983348--84983414	20	3.3	20	89	4	100	31	17	10	40	1.84
84983450--84983497	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84984215--84984655	27	16.3	27	80	5	237	33	8	20	36	1.84
84984328--84984533	80	2.6	81	84	2	245	28	9	21	40	1.84
84984499--84984723	54	4.2	54	87	0	261	39	8	20	31	1.83
84984327--84984574	134	1.9	134	81	3	302	31	9	21	37	1.85
84984526--84984734	27	7.7	27	88	0	301	40	8	22	29	1.83
84987085--84987131	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
84987529--84987717	50	3.8	50	78	4	218	24	16	26	31	1.97
84987534--84987718	101	1.8	101	88	0	280	24	17	26	30	1.97
84993683--84993715	15	2.2	16	89	10	52	54	21	0	24	1.45
84995565--84995679	46	2.6	44	84	5	142	26	18	28	26	1.98
84995459--84995728	139	1.9	140	80	8	309	29	17	28	24	1.97
85006217--85006253	18	2.1	18	100	0	74	51	10	10	27	1.70
85008984--85009212	48	4.8	48	87	0	287	26	29	17	26	1.97
85011204--85011238	19	1.9	19	88	11	56	31	28	0	40	1.57
85014200--85014256	26	2.2	26	87	0	78	29	19	19	31	1.96
85031890--85031963	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
85035778--85035838	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
85039331--85039446	27	4.3	27	78	4	126	29	13	18	37	1.90
85039331--85039446	54	2.1	54	87	3	162	29	13	18	37	1.90
85039331--85039483	81	1.9	81	82	2	191	28	16	16	37	1.91
85039833--85039896	18	3.5	18	85	4	83	23	21	14	40	1.90
85043977--85044064	27	3.3	26	88	4	122	18	21	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85046988--85047109	63	1.9	63	98	0	235	26	31	18	23	1.98
85047152--85047329	27	6.6	27	85	3	205	30	28	14	26	1.95
85047173--85047328	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
85058647--85058806	40	4.0	40	91	0	241	20	20	30	28	1.97
85058795--85058937	43	3.3	43	85	0	169	14	21	30	33	1.93
85059056--85059110	25	2.2	25	87	6	76	29	12	32	25	1.93
85059101--85059193	45	2.1	45	95	0	168	22	19	30	27	1.98
85068514--85068604	20	4.6	19	68	14	58	37	17	9	35	1.83
85068521--85068597	40	1.9	41	81	2	93	36	16	11	35	1.86
85068774--85068849	23	3.3	23	78	14	86	34	18	22	25	1.96
85072670--85072788	59	2.0	59	100	0	238	29	23	10	36	1.87
85078279--85078372	44	2.1	44	88	7	136	37	25	5	31	1.78
85078354--85078425	16	4.5	16	89	0	99	27	25	5	41	1.77
85083167--85083232	26	2.6	26	80	2	80	40	25	18	15	1.89
85083252--85083388	20	6.8	20	89	3	159	35	27	24	13	1.93
85083252--85083388	60	2.3	60	84	0	175	35	27	24	13	1.93
85108097--85108134	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
85111442--85111594	77	2.0	76	96	0	270	33	22	17	26	1.96
85112116--85112308	96	2.0	96	98	0	377	20	44	10	24	1.82
85116473--85116510	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
85121713--85121761	23	2.0	25	84	7	66	40	4	22	32	1.73
85122883--85122952	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85123742--85123807	27	2.4	27	82	5	80	21	22	18	37	1.94
85123859--85123944	27	3.1	27	73	17	77	36	8	15	40	1.77
85123856--85123992	56	2.5	54	80	5	141	32	8	17	42	1.78
85123908--85124091	27	6.8	27	80	7	178	28	8	21	41	1.81
85123922--85124072	81	1.9	81	84	8	209	27	7	21	43	1.79
85123922--85124105	54	3.4	53	81	3	197	29	9	20	41	1.83
85123947--85124105	81	2.0	81	82	7	198	30	9	20	40	1.84
85124108--85124382	27	10.2	27	87	0	363	39	8	24	28	1.84
85124108--85124382	81	3.4	81	93	1	444	39	8	24	28	1.84
85124849--85124965	58	2.0	58	98	0	225	33	26	12	27	1.93
85125297--85125418	62	2.0	62	96	0	226	33	26	13	27	1.93
85125886--85125934	22	2.2	20	77	19	53	20	4	26	48	1.67
85129773--85129817	24	1.9	24	90	4	74	8	37	2	51	1.46
85131572--85131692	60	2.0	60	98	0	233	27	19	25	28	1.98
85139414--85139475	30	2.1	30	84	0	79	38	9	22	29	1.86
85139801--85139971	46	3.7	45	78	12	177	28	18	29	23	1.98
85145557--85145614	30	2.0	30	82	3	73	43	12	10	34	1.76
85159841--85160109	46	5.8	46	74	15	223	21	19	28	30	1.98
85159837--85160102	93	2.9	92	92	2	415	21	19	28	29	1.98
85170887--85171185	152	2.0	152	93	0	517	24	17	28	30	1.97
85171669--85171803	68	2.0	68	86	2	191	31	15	26	25	1.96
85175028--85175083	28	2.0	28	89	0	85	46	30	10	12	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85175564--85175667	51	2.0	51	98	0	199	33	27	19	19	1.96
85192013--85192197	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
85191994--85192197	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
85199986--85200168	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
85199965--85200168	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
85201989--85202020	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
85202097--85202164	29	2.4	29	90	2	102	29	32	13	25	1.93
85205438--85205640	109	1.9	109	97	0	388	29	32	20	17	1.96
85211216--85211443	101	2.3	101	88	0	339	28	25	15	30	1.96
85216740--85216804	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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