genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99379004--99379180	91	2.0	89	84	7	232	31	18	20	28	1.97
99379095--99379422	76	4.1	75	69	20	220	29	20	19	30	1.97
99379095--99379259	74	2.1	75	82	8	199	30	18	20	30	1.96
99378768--99379738	165	5.8	166	95	1	1612	30	20	19	29	1.97
99379262--99379403	73	1.9	74	89	2	223	26	22	19	31	1.97
99379262--99379423	73	2.1	74	84	7	211	30	20	19	29	1.97
99379427--99379568	73	1.9	74	91	2	232	26	23	18	31	1.97
99379427--99379588	73	2.1	74	85	7	220	30	21	18	29	1.97
99379502--99379677	92	2.0	89	88	6	266	31	20	19	27	1.97
99379592--99379736	74	1.9	75	91	2	238	26	22	20	30	1.98
99379672--99379793	61	2.0	61	95	0	217	23	24	18	33	1.96
99379596--99379869	137	2.0	136	86	4	381	28	24	17	29	1.98
99395776--99395998	64	3.5	64	95	1	367	44	9	5	39	1.61
99398455--99398502	22	2.2	22	88	0	69	45	10	10	33	1.72
99401166--99401221	23	2.8	19	80	17	60	67	1	3	26	1.16
99404595--99404638	22	2.0	22	82	13	54	70	0	0	29	0.88
99404597--99404629	13	2.4	14	85	5	50	69	0	0	30	0.88
99405971--99406016	20	2.3	19	88	11	65	60	6	0	32	1.22
99406641--99406674	2	17.0	2	93	0	59	47	0	52	0	1.00
99415870--99415906	19	1.9	19	88	0	56	32	10	21	35	1.88
99433901--99433961	24	2.5	24	86	5	79	34	29	16	19	1.94
99453269--99453491	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99453269--99453491	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
99453269--99453524	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
99461257--99461441	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
99461258--99461441	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
99461310--99461474	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
99469922--99469946	13	1.9	13	100	0	50	4	48	24	24	1.68
99479804--99479872	33	2.1	33	88	0	102	26	24	23	26	2.00
99480251--99480422	27	6.4	27	83	4	195	25	22	17	35	1.95
99480252--99480422	54	3.2	54	88	5	247	24	22	17	35	1.95
99480640--99480682	17	2.4	17	84	7	50	23	41	25	9	1.84
99484644--99484799	68	2.2	68	78	11	156	20	27	16	35	1.94
99500187--99500248	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
99500187--99500249	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
99513068--99513797	364	2.0	364	96	0	1343	28	16	22	33	1.95
99519777--99519973	99	2.0	98	92	0	322	36	19	22	20	1.95
99520014--99520199	95	2.0	95	89	0	282	20	32	17	29	1.96
99522799--99522976	40	4.5	40	89	0	259	27	26	22	23	2.00
99535083--99535114	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
99535314--99535809	50	9.9	50	74	6	419	30	24	17	27	1.97
99535317--99535707	151	2.6	150	87	0	530	30	23	17	27	1.97
99535323--99535810	151	3.2	151	84	4	468	30	24	16	27	1.97
99535425--99535808	101	3.8	101	86	3	445	30	25	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99550314--99550338	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
99551183--99551391	104	2.0	104	99	0	409	40	3	13	41	1.63
99551443--99551506	34	2.0	31	88	11	94	21	6	7	64	1.43
99554476--99554509	15	2.3	15	100	0	68	41	0	26	32	1.56
99557388--99557423	18	2.0	18	94	0	63	30	13	38	16	1.88
99564782--99564899	59	2.0	59	98	0	227	29	20	26	23	1.99
99574653--99574680	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
99577549--99577587	21	1.9	21	85	15	55	35	33	7	23	1.83
99582567--99582721	42	3.7	42	82	3	186	29	23	16	30	1.97
99591354--99591473	57	2.1	57	96	0	231	43	34	4	18	1.69
99592713--99592742	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
99593531--99593559	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
99594535--99594691	43	3.7	43	84	1	181	31	25	15	28	1.96
99596532--99596724	42	4.6	42	81	5	219	30	23	15	30	1.95
99596526--99596724	84	2.4	85	83	2	249	31	23	15	30	1.95
99600864--99600922	30	2.0	30	93	0	100	30	3	11	54	1.53
99600865--99600929	30	2.2	30	88	0	94	30	3	13	52	1.56
99607913--99608153	43	5.7	42	72	7	166	28	24	18	28	1.98
99607913--99608153	85	2.8	85	84	3	272	28	24	18	28	1.98
99607952--99608182	85	2.7	85	84	2	275	28	23	18	29	1.98
99610112--99610433	46	6.8	48	77	12	267	25	18	31	24	1.97
99620963--99621016	7	7.6	7	95	4	99	12	0	40	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99624485--99624613	50	2.5	51	90	5	199	35	16	22	25	1.94
99624589--99624768	31	5.8	31	85	5	247	26	19	27	27	1.99
99624788--99624909	47	2.6	46	85	1	154	28	14	26	30	1.95
99624879--99624994	42	2.8	42	86	4	162	30	15	26	27	1.96
99627024--99627054	13	2.3	14	94	5	55	54	29	0	16	1.42
99627024--99627054	7	4.6	7	92	8	55	54	29	0	16	1.42
99633084--99633298	67	3.3	64	76	8	200	31	17	28	23	1.97
99636510--99636941	40	10.8	40	93	0	693	25	21	27	26	1.99
99640975--99641168	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
99641004--99641075	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
99641049--99641124	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
99641139--99641322	98	1.9	96	91	4	298	35	7	26	30	1.83
99641138--99641322	48	3.8	48	87	5	291	35	7	26	30	1.83
99641468--99641539	37	1.9	37	91	5	119	22	18	30	29	1.97
99642928--99643169	50	4.7	50	76	9	213	25	15	27	32	1.95
99642914--99643169	52	5.0	50	75	9	196	26	15	26	31	1.95
99642975--99643166	101	1.9	102	82	6	246	25	16	26	31	1.96
99657602--99657651	24	2.1	24	96	0	91	40	26	18	16	1.90
99659215--99659256	20	2.1	20	91	8	68	14	19	19	47	1.82
99675065--99675143	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
99675262--99675758	47	10.3	47	91	6	771	27	30	10	32	1.90
99675338--99675736	201	2.0	198	98	1	771	27	30	11	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99689473--99689680	28	7.6	27	93	3	326	25	14	28	31	1.95
99689473--99689680	55	3.8	55	93	1	344	25	14	28	31	1.95
99689473--99689680	83	2.5	83	92	2	346	25	14	28	31	1.95
99699053--99699159	40	2.7	40	95	0	196	23	21	24	30	1.99
99699053--99699223	40	4.3	40	85	3	193	22	21	26	29	1.99
99700454--99700545	44	2.1	44	83	4	114	35	25	19	19	1.95
99701330--99701363	13	2.6	13	90	0	50	55	2	0	41	1.15
99701473--99701505	16	2.0	17	88	5	50	54	3	0	42	1.15
99706784--99706862	33	2.4	34	82	2	88	26	26	21	25	1.99
99716717--99716788	30	2.4	30	90	6	110	12	16	15	55	1.69
99723588--99723810	40	5.6	39	82	5	216	27	27	20	24	1.99
99723586--99723810	80	2.8	79	82	6	240	27	28	20	24	1.99
99723588--99723810	120	1.9	119	83	4	288	27	27	20	24	1.99
99726682--99726912	50	4.6	50	94	0	372	25	21	30	22	1.99
99747520--99747580	29	2.1	28	85	8	79	9	11	3	75	1.16
99755862--99755917	20	2.8	20	82	15	71	37	23	30	8	1.85
99762736--99762778	17	2.4	17	88	7	59	65	2	2	30	1.18
99766944--99766989	24	1.9	24	95	0	83	28	21	13	36	1.91
99768112--99768141	15	2.0	15	93	0	51	30	33	0	36	1.58
99781404--99781472	29	2.3	30	92	5	122	39	4	17	39	1.69
99795549--99795893	40	8.6	40	92	3	527	24	21	27	26	1.99
99797439--99797701	128	2.1	128	96	0	490	24	12	16	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99800188--99800261	37	2.0	37	94	0	130	32	31	17	18	1.95
99801170--99801393	40	5.6	39	83	5	229	24	28	22	25	2.00
99801164--99801391	118	1.9	120	82	7	286	23	28	21	25	1.99
99808270--99808424	79	2.0	79	92	0	256	40	24	12	21	1.89
99809405--99809526	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
99809377--99809708	47	7.0	47	91	2	479	27	30	9	32	1.89
99809377--99810044	143	4.5	142	73	18	583	28	29	9	33	1.88
99809684--99809741	24	2.5	24	86	5	84	25	29	13	31	1.94
99809590--99809828	118	2.0	119	95	1	435	28	28	10	32	1.90
99809637--99809788	71	2.2	71	93	2	272	28	29	10	31	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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