genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  36  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12296567--12296744	82	2.2	81	75	4	187	33	20	23	23	1.97
12302499--12302605	43	2.5	43	89	1	160	18	16	31	32	1.94
12303697--12303745	15	3.3	15	85	5	55	61	18	2	18	1.45
12304828--12304909	31	2.6	32	80	7	96	62	19	6	12	1.50
12305585--12305613	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
12312342--12312519	40	4.5	40	88	2	243	25	26	23	25	2.00
12314049--12314094	24	1.9	24	82	8	58	23	15	0	60	1.34
12316989--12317147	39	4.1	39	92	0	264	24	29	24	21	1.99
12319005--12319038	6	5.7	6	85	0	50	47	11	17	23	1.81
12319970--12320006	19	1.9	19	94	0	65	0	29	0	70	0.88
12321107--12321301	9	22.1	9	73	11	118	36	1	17	45	1.56
12321124--12321231	45	2.5	43	86	3	144	36	0	18	44	1.56
12321157--12321301	61	2.4	61	88	2	211	35	1	16	46	1.56
12321486--12321540	15	3.7	15	75	22	62	52	0	0	47	1.00
12321476--12321542	29	2.3	28	90	7	107	53	0	0	46	1.00
12321483--12321532	16	3.3	16	74	25	63	48	0	0	52	1.00
12321508--12321598	39	2.4	39	94	1	157	51	4	0	43	1.21
12321538--12321598	20	3.2	19	71	15	63	50	6	0	42	1.28
12321518--12321583	20	3.3	20	73	12	73	54	3	0	42	1.15
12321535--12321601	19	3.5	19	74	11	73	52	5	0	41	1.26
12321994--12322027	9	3.9	9	92	7	61	70	0	0	29	0.87
12321994--12322028	17	2.1	17	100	0	70	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12322821--12322858	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
12324065--12324457	115	3.4	114	77	6	289	30	19	20	29	1.97
12324511--12324561	7	7.3	7	84	8	59	37	43	0	19	1.51
12324515--12324561	15	3.3	15	82	11	55	38	42	0	19	1.51
12324723--12324921	7	27.9	7	66	13	66	45	33	0	21	1.56
12324723--12324831	49	2.2	50	80	9	127	44	34	0	20	1.51
12324753--12324926	14	12.2	14	67	15	88	47	30	0	21	1.55
12325312--12325403	40	2.2	41	84	3	114	28	18	22	30	1.97
12325376--12325485	40	2.8	39	81	2	121	25	20	20	34	1.96
12334948--12335041	20	4.8	19	72	11	82	38	20	28	12	1.89
12335823--12335865	9	4.7	9	85	5	59	86	0	6	6	0.72
12335823--12335865	19	2.3	19	88	4	61	86	0	6	6	0.72
12339851--12339909	26	2.3	26	83	13	77	44	6	15	33	1.73
12349331--12349369	17	2.2	18	86	13	55	46	17	2	33	1.62
12351072--12351104	16	2.0	17	88	5	50	27	18	12	42	1.85
12351219--12351245	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
12351493--12351569	38	2.0	38	94	0	136	20	35	14	29	1.92
12352405--12352446	22	1.9	22	85	0	57	30	7	0	61	1.22
12355765--12355826	32	1.9	32	83	3	79	61	4	1	32	1.27
12359623--12359678	26	2.1	27	78	15	64	39	21	3	35	1.71
12359638--12359680	13	3.3	13	76	0	50	37	23	2	37	1.68
12359629--12359680	26	2.1	24	85	7	68	36	19	3	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12364370--12364441	14	5.4	14	76	15	64	31	16	1	50	1.54
12364353--12364418	27	2.4	27	75	22	75	36	18	1	43	1.59
12371212--12371302	45	2.0	45	84	0	119	28	10	20	39	1.87
12378536--12378760	46	5.0	44	74	11	186	27	17	28	26	1.97
12378538--12378784	92	2.7	91	79	9	252	27	17	28	25	1.98
12378813--12378863	26	2.0	26	88	0	75	21	21	13	43	1.87
12385059--12385120	31	2.0	31	100	0	124	45	6	12	35	1.68
12385059--12385111	18	3.2	18	65	25	53	37	7	15	39	1.75
12385917--12386101	39	4.8	39	90	2	266	20	19	28	32	1.97
12386244--12386279	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
12387796--12387839	22	2.0	22	100	0	88	22	9	36	31	1.86
12390639--12390663	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
12390917--12390975	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
12390916--12390985	30	2.3	31	80	7	81	31	18	4	45	1.69
12391613--12391702	45	2.0	45	95	0	162	21	16	21	41	1.91
12394027--12394082	26	2.2	26	96	0	103	30	21	16	32	1.95
12394161--12394196	18	2.1	17	90	10	56	36	27	5	30	1.80
12408658--12408885	48	4.9	48	74	9	209	27	23	21	27	1.99
12412563--12412665	41	2.6	41	86	6	131	27	26	22	24	2.00
12419920--12420113	40	4.8	40	91	1	307	26	28	22	22	1.99
12419890--12420114	81	2.8	80	89	2	326	27	27	22	23	1.99
12420914--12420956	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12420914--12420952	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
12422296--12422376	40	2.0	40	97	0	153	41	17	22	18	1.90
12451664--12451789	46	2.8	45	80	8	148	23	27	19	30	1.98
12460991--12461044	26	2.1	26	92	0	90	44	1	20	33	1.62
12462447--12462501	28	1.9	29	88	3	85	20	40	21	18	1.92
12466315--12466364	21	2.4	21	100	0	100	28	14	4	54	1.58
12468594--12468644	26	2.0	26	96	0	93	31	19	17	31	1.95
12477238--12477267	11	2.7	11	94	0	51	20	53	6	20	1.67
12484209--12484317	43	2.5	44	79	8	127	32	21	18	28	1.96
12487835--12487925	42	2.1	44	84	11	118	35	25	16	23	1.95
12492351--12492468	25	4.6	26	79	8	125	33	25	13	27	1.94
12492349--12492496	76	1.9	76	89	2	226	33	25	12	27	1.93
12492352--12492477	51	2.5	51	78	7	114	33	26	13	26	1.93
12506751--12506789	18	2.1	19	90	4	62	38	0	0	61	0.96
12510145--12510207	27	2.2	30	83	8	87	34	0	0	65	0.93
12513527--12513568	6	7.0	6	94	0	66	16	21	0	61	1.34
12513523--12513568	18	2.6	18	89	0	74	15	21	0	63	1.31
12517796--12517927	49	2.7	49	86	5	171	28	20	28	22	1.99
12517796--12517972	97	1.8	97	80	4	214	28	19	27	24	1.98
12521783--12521826	14	2.9	15	86	6	54	11	15	15	56	1.66
12521975--12522027	26	2.0	26	96	0	97	45	9	26	18	1.80
12532699--12532738	10	4.0	10	100	0	80	30	0	50	20	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12534821--12535473	255	2.6	255	95	0	1164	35	9	18	36	1.83
12535629--12535674	23	2.0	23	84	12	60	45	8	8	36	1.66
12535636--12535680	23	2.0	23	82	8	56	40	11	11	37	1.76
12536140--12536179	15	2.7	15	96	0	71	20	15	20	45	1.86
12539624--12539724	51	2.0	51	98	0	193	27	18	19	33	1.96
12543514--12543729	47	4.6	48	75	9	171	27	21	29	21	1.99
12543560--12543729	93	1.8	92	83	8	229	28	20	29	21	1.98
12543514--12543739	49	4.8	48	71	14	166	27	21	28	21	1.99
12545854--12545941	29	3.1	29	91	1	151	28	12	27	31	1.93
12546581--12546612	13	2.5	13	100	0	64	21	0	43	34	1.53
12548166--12548303	27	5.1	27	86	0	204	41	18	8	31	1.81
12548166--12548303	54	2.6	54	97	0	258	41	18	8	31	1.81
12548446--12548524	27	2.9	27	77	3	70	32	17	6	43	1.75
12548526--12548875	27	13.0	27	90	0	522	33	20	21	24	1.97
12549301--12549365	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
12549522--12549594	27	2.7	26	81	6	83	21	23	19	35	1.96
12549761--12549871	31	3.5	31	90	1	150	20	18	11	49	1.78
12549868--12549901	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
12549791--12549880	6	14.7	6	72	13	67	20	18	12	48	1.79
12551825--12552237	27	15.3	27	85	0	547	40	20	8	30	1.82
12551819--12552318	54	9.3	54	84	0	554	39	20	8	30	1.83
12551825--12552301	27	17.7	27	76	9	197	40	20	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12552266--12552354	27	3.3	26	78	4	88	37	25	7	29	1.84
12552339--12552560	27	8.3	27	88	1	304	33	20	22	23	1.97
12553046--12553136	6	14.8	6	69	17	62	19	19	14	46	1.84
12553028--12553128	31	3.3	31	84	0	130	22	19	11	45	1.83
12559699--12559745	24	2.1	24	84	11	64	42	25	0	31	1.55
12562034--12562110	27	2.9	27	92	0	118	25	18	19	36	1.94
12562051--12562602	27	20.7	26	82	3	474	31	10	19	38	1.86
12562077--12562603	53	9.9	53	83	4	605	31	10	18	38	1.85
12562077--12562602	80	6.6	81	82	5	606	31	10	19	38	1.85
12568804--12568928	43	2.9	43	79	9	139	29	15	20	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290