genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579021--2579421	216	1.9	216	87	3	601	18	23	22	35	1.96
2579185--2579558	173	2.2	174	89	1	563	18	23	22	34	1.96
2578749--2579558	43	18.8	42	68	11	404	18	23	22	35	1.96
2579619--2579742	64	1.9	64	86	3	178	36	11	16	35	1.85
2582097--2582154	29	2.0	29	100	0	116	27	17	17	37	1.92
2583574--2583619	19	2.4	19	86	13	60	47	10	19	21	1.80
2586730--2586809	26	3.0	26	80	3	88	57	7	5	30	1.48
2586998--2587037	17	2.4	17	86	0	53	60	5	2	32	1.32
2587219--2587291	36	2.0	36	82	15	89	61	6	6	24	1.46
2588169--2588270	33	3.1	33	91	0	159	13	17	51	16	1.76
2591960--2592010	25	2.0	25	100	0	102	17	27	3	50	1.63
2592179--2592223	21	2.1	21	100	0	90	37	0	15	46	1.46
2595187--2595344	43	3.7	44	79	9	168	30	26	17	25	1.97
2596486--2596514	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
2608169--2608214	12	4.1	12	75	16	53	32	2	23	41	1.67
2608171--2608213	21	2.0	21	90	0	68	32	2	25	39	1.69
2611996--2612068	28	2.6	29	82	10	98	31	16	23	28	1.96
2614635--2614716	41	2.0	41	82	0	101	34	17	15	32	1.91
2626035--2626063	11	2.5	12	94	5	51	51	0	20	27	1.47
2626366--2626426	16	3.6	16	70	12	50	37	0	19	42	1.52
2626859--2626944	9	9.6	9	89	5	129	43	19	10	26	1.84
2627023--2627057	18	2.0	18	94	5	63	8	0	45	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629770--2629944	59	3.0	59	100	0	350	33	25	15	25	1.95
2637083--2637115	17	1.9	17	88	11	50	36	0	3	60	1.12
2638580--2638718	40	3.6	38	74	12	113	27	20	20	30	1.98
2638996--2639094	49	2.0	49	100	0	198	40	2	11	46	1.51
2639173--2639312	28	5.1	29	78	12	127	20	0	36	43	1.52
2639196--2639259	22	2.9	22	86	11	87	18	0	40	40	1.51
2639141--2639257	29	4.1	30	79	8	84	23	0	33	42	1.55
2639197--2639336	7	19.6	7	74	7	84	20	0	37	41	1.57
2646360--2646458	43	2.3	43	92	0	162	22	21	30	26	1.99
2648300--2648647	177	2.0	177	86	1	491	30	24	16	27	1.97
2648594--2648730	44	3.2	42	73	9	116	31	20	19	28	1.97
2654193--2654229	17	2.2	17	100	0	74	16	51	16	16	1.77
2660986--2661100	57	2.0	57	96	0	212	48	13	11	26	1.75
2662000--2662385	201	1.9	201	100	0	772	38	13	26	21	1.90
2663494--2663663	40	4.3	40	83	1	198	24	21	30	24	1.99
2663516--2663698	79	2.3	80	79	3	192	25	21	29	23	1.99
2669795--2669822	12	2.3	12	100	0	56	25	57	7	10	1.58
2677575--2677801	41	5.5	41	89	4	314	19	20	23	36	1.95
2677575--2677801	84	2.7	82	87	4	314	19	20	23	36	1.95
2681209--2681289	31	2.6	31	92	0	126	27	24	16	32	1.96
2681313--2681404	42	2.2	42	88	3	132	35	20	14	29	1.92
2681549--2681748	26	7.8	26	90	1	307	28	23	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681549--2681748	51	3.9	52	92	2	325	28	23	22	26	1.99
2682550--2682614	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
2682645--2683004	27	13.3	27	77	5	280	31	8	20	40	1.82
2682733--2682991	81	3.2	80	87	2	331	28	7	20	42	1.80
2682645--2682991	81	4.3	81	80	2	320	30	8	19	40	1.81
2682982--2683112	27	4.9	27	82	3	156	43	7	18	30	1.78
2682954--2683112	54	2.9	54	80	0	174	40	8	18	32	1.80
2689644--2689863	40	5.6	40	78	5	214	25	26	23	25	2.00
2691721--2691944	50	4.5	50	82	6	256	29	27	17	25	1.98
2691721--2691944	101	2.2	99	84	3	279	29	27	17	25	1.98
2694678--2694787	58	1.9	58	98	0	211	24	9	22	43	1.82
2699167--2699246	37	2.2	37	84	4	99	27	32	17	22	1.96
2699377--2699753	47	8.1	47	90	1	553	25	31	10	32	1.89
2701347--2701371	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2702755--2702873	29	4.2	29	76	6	118	29	10	29	30	1.91
2702759--2702871	58	2.0	57	85	5	156	29	11	30	29	1.92
2711176--2711299	45	2.8	45	82	7	153	25	16	25	33	1.96
2712618--2712679	28	2.2	28	97	2	117	35	17	6	40	1.76
2714393--2714464	37	1.9	37	91	0	117	29	30	18	22	1.97
2714614--2714760	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
2714719--2714910	47	4.1	47	89	1	271	25	29	12	32	1.92
2734587--2734758	45	4.0	45	78	11	150	25	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2734641--2734763	41	3.0	40	78	14	119	26	17	28	26	1.98
2737278--2737384	54	2.0	54	98	0	205	37	5	19	37	1.76
2738243--2738745	47	10.6	47	90	2	772	33	8	29	27	1.87
2738243--2738745	96	5.3	94	94	1	835	33	8	29	27	1.87
2740159--2740630	40	11.8	40	92	0	764	24	21	28	26	1.99
2744658--2745434	47	16.5	47	92	0	1286	33	9	28	28	1.88
2744658--2745434	94	8.3	94	98	0	1448	33	9	28	28	1.88
2745601--2745657	25	2.3	25	87	3	89	33	10	22	33	1.88
2752299--2752410	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
2752299--2752410	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
2753797--2753867	24	3.0	24	91	0	115	25	36	1	36	1.65
2754686--2754737	26	2.1	26	83	16	67	30	21	0	48	1.51
2755462--2755751	48	5.9	48	80	7	255	30	27	14	27	1.95
2755464--2755730	143	1.8	145	81	7	328	29	27	14	28	1.95
2755512--2755751	47	4.9	49	79	8	156	30	27	15	27	1.95
2755607--2755751	53	2.8	53	85	10	162	31	26	14	26	1.95
2758969--2759082	50	2.3	50	84	3	131	28	9	18	42	1.82
2767678--2767722	23	1.9	24	81	4	56	37	8	8	44	1.67
2772713--2772792	36	2.3	35	84	6	108	35	26	11	27	1.90
2777160--2777189	9	3.3	9	100	0	60	66	20	0	13	1.24
2783650--2783822	93	1.9	93	88	0	265	31	28	19	20	1.97
2783643--2783812	46	3.7	46	74	13	159	32	28	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785641--2785704	30	2.1	30	88	0	92	15	29	21	32	1.95
2788111--2788243	45	3.0	45	88	2	196	27	29	19	23	1.98
2797191--2797252	32	1.9	32	100	0	124	35	9	24	30	1.87
2797466--2797569	43	2.4	43	85	1	138	26	18	24	30	1.98
2801775--2801879	42	2.5	43	84	4	133	34	26	16	22	1.95
2801731--2801881	43	3.6	43	77	8	157	33	24	15	27	1.95
2809595--2809640	24	1.9	23	83	16	58	52	10	6	30	1.62
2810165--2810198	17	1.9	18	88	5	52	61	11	5	20	1.50
2815806--2815893	6	14.3	6	71	13	63	48	14	18	18	1.81
2815806--2815915	31	3.5	31	87	3	132	50	14	17	18	1.79
2817364--2817620	40	6.5	40	86	2	315	24	26	24	24	2.00
2825251--2825427	40	4.5	40	85	4	191	24	28	24	22	2.00
2827474--2827848	27	14.3	27	83	6	466	24	21	19	33	1.97
2827737--2827772	18	2.0	18	100	0	72	22	22	11	44	1.84
2827683--2827826	72	2.0	72	91	2	236	23	20	18	37	1.94
2827668--2827848	99	1.8	99	93	2	319	23	20	19	35	1.95
2827755--2827903	54	2.7	55	81	6	153	27	16	18	37	1.92
2827630--2827875	126	2.0	126	86	4	345	25	19	19	35	1.96
2827602--2827902	153	2.0	153	84	5	403	25	19	19	34	1.96
2827830--2827963	27	5.0	27	84	0	142	29	9	20	39	1.85
2827830--2828332	54	9.4	54	76	9	203	34	9	20	35	1.85
2827951--2828149	27	7.4	27	85	2	265	41	7	20	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827951--2828149	81	2.5	80	88	4	301	41	7	20	30	1.80
2828159--2828332	27	6.6	27	75	15	175	31	10	18	40	1.84
2839804--2840028	40	5.6	40	82	3	263	23	21	28	27	1.99
2839808--2840028	83	2.7	80	84	5	259	23	21	28	26	1.99
2842022--2842181	27	6.0	27	87	0	196	19	18	24	38	1.93
2842024--2842186	54	3.0	54	93	0	265	18	17	25	38	1.92
2846814--2846894	27	3.0	27	83	0	90	28	16	14	40	1.88
2850504--2851006	40	12.6	40	94	1	805	27	27	20	25	1.99
2850938--2851015	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
2857391--2857473	27	3.1	27	86	6	114	21	18	19	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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