Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  72  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23733929--23733963
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2.7
13
100
0
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20
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1.93
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12
242
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20
30
1.94
23736900--23737361
96
4.8
96
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1
620
32
15
20
31
1.94
23736900--23737413
192
2.7
189
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5
561
33
15
20
31
1.93
23736903--23737418
147
3.6
147
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10
391
33
15
20
30
1.94
23737334--23737546
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4.8
44
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4
180
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16
19
30
1.95
23737334--23737549
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2.4
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1
272
33
16
19
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1.94
23740398--23740442
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10
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2
0
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1.01
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2.4
18
81
11
52
20
9
2
67
1.30
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1.9
79
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2
208
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2.0
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134
29
17
27
25
1.97
23770694--23770867
89
2.0
89
95
0
312
29
13
12
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1.81
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30
2.1
30
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38
3
9
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1.51
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35
2.0
35
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37
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16
0
0
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18
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6
0
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23805828--23805870
17
2.4
18
84
7
61
65
2
4
27
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.9
210
90
1
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21
19
29
1.98
23811727--23811977
124
2.0
124
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0
475
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24
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2.0
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11
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3.5
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0
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19
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1.29
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17
2.4
18
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65
2
4
27
1.25
23826595--23826658
18
3.5
19
70
18
55
64
6
0
29
1.18
23826724--23826820
19
5.5
19
75
15
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61
2
5
30
1.29
23826999--23827041
17
2.4
18
84
7
61
65
2
4
27
1.25
23833356--23833400
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4.1
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932
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20
13
22
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22
2.1
22
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0
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100
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52
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24
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40
1.9
40
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20
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2.1
12
100
0
50
36
0
32
32
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2.3
40
85
7
127
25
18
30
25
1.98
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14
2.6
14
95
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22
0
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18
0
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40
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35
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21
24
1.95
23860268--23860305
19
2.0
20
84
5
51
52
13
7
26
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23868927--23868954
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2.0
14
100
0
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21
1.72
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2.0
24
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6
46
1.71
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2.2
90
90
4
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21
9
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1.84
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205
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19
10
28
1.84
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3.4
12
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17
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2
0
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1.09
23874273--23874329
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2.1
27
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1
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1.12
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2.0
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71
0
2
25
1.00
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1
4
28
1.19
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2.4
27
85
10
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60
1
3
34
1.22
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0
2
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1.09
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1
1
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2
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1
2
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1.16
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19
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19
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1
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1.20
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5
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1
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11
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1.85
23881911--23881941
14
2.2
14
94
0
53
51
9
0
38
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23893762--23893802
21
2.0
21
81
18
50
31
19
26
21
1.97
23898308--23898354
22
2.2
21
84
3
58
36
4
2
57
1.30
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24
2.0
26
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4
8
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1.49
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12
2.1
12
100
0
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16
1.77
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27
6
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1.38
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1.9
22
90
0
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23
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2
66
1.28
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125
2.1
125
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0
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15
13
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117
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0
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19
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19
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0
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2.0
56
96
0
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14
32
17
1.90
23917406--23917745
44
7.8
44
68
12
209
36
20
22
20
1.95
23917389--23917740
87
4.0
87
87
1
508
36
20
22
20
1.95
23917397--23917743
174
2.0
174
92
0
577
36
19
22
21
1.96
23917755--23917889
69
2.0
69
84
7
177
26
22
22
28
1.99
23919886--23919919
3
11.3
3
100
0
68
32
0
0
67
0.91
23920388--23920430
18
2.3
19
88
4
61
30
4
0
65
1.13
23922267--23922332
33
2.1
32
86
11
91
63
0
3
33
1.10
23923064--23923110
24
2.0
24
83
8
60
38
0
0
61
0.96
23923065--23923134
27
2.5
29
80
13
76
38
0
0
61
0.96
23923071--23923136
28
2.2
30
79
15
75
36
0
0
63
0.95
23925674--23925823
67
2.2
67
81
8
171
32
17
28
21
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23925698--23925881
67
2.8
64
77
8
194
29
17
29
22
1.97
23926456--23926569
57
2.0
57
91
3
185
38
11
10
39
1.76
23927741--23927813
26
2.9
25
82
12
87
56
4
1
38
1.27
23930739--23930782
20
2.3
20
84
7
56
15
27
29
27
1.96
23931792--23931838
2
23.5
2
100
0
94
51
48
0
0
1.00
23941426--23941594
59
2.9
57
84
7
216
33
4
8
53
1.50
23944188--23944323
40
3.4
40
76
8
141
25
24
22
27
1.99
23944153--23944323
80
2.2
78
82
4
207
26
25
22
26
2.00
23952981--23953128
80
1.9
79
85
7
210
25
27
22
25
2.00
23952992--23953128
40
3.4
39
80
6
159
24
27
22
26
2.00
23957022--23957082
27
2.3
27
97
0
113
26
39
16
18
1.91
23959078--23959110
17
1.9
17
93
0
57
30
12
18
39
1.87
23962502--23962541
22
1.9
22
85
10
57
30
20
2
47
1.63
23974689--23974730
16
2.6
16
88
0
57
33
19
11
35
1.88
23975484--23975537
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
23981213--23981256
14
3.4
14
78
15
58
40
11
2
45
1.53
23988340--23988382
15
2.9
15
82
0
50
46
6
2
44
1.43
24001216--24001258
20
2.1
21
91
4
70
32
23
4
39
1.75
24003359--24003542
40
4.6
40
83
6
230
25
23
26
25
2.00
24003359--24003578
80
2.8
80
85
5
279
24
23
26
25
2.00
24004934--24004970
14
2.8
13
88
11
58
21
5
10
62
1.48
24009403--24009486
6
13.5
6
75
12
62
76
1
4
17
1.03
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24019904--24019964
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
24025901--24025947
23
2.0
23
95
0
85
31
12
27
27
1.93
24037760--24038125
47
7.7
47
93
2
554
33
8
29
28
1.87
24037762--24038125
143
2.6
141
90
1
559
33
8
29
28
1.87
24038244--24038400
37
4.2
37
96
0
278
24
20
33
21
1.97
24047203--24047288
28
3.0
28
88
5
111
19
39
18
22
1.92
24048294--24048341
20
2.5
20
86
3
62
62
10
4
22
1.44
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27
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83
9
115
35
21
22
20
1.96
24055778--24055867
28
3.3
28
87
7
123
34
22
23
20
1.97
24062770--24062862
44
2.1
45
93
2
161
11
32
11
44
1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290