genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6129717--6129892	47	3.7	47	96	2	316	29	30	9	30	1.88
6132573--6133130	141	4.0	138	87	4	768	45	5	7	41	1.56
6133106--6133252	75	2.0	75	88	0	222	31	12	8	46	1.72
6138094--6138292	30	6.7	30	78	6	163	19	28	12	39	1.88
6138094--6138160	29	2.3	30	92	2	109	14	32	11	40	1.83
6138079--6138296	119	1.8	120	89	4	343	20	28	13	37	1.90
6138279--6138348	31	2.3	31	80	2	79	24	20	11	44	1.84
6139869--6139899	6	5.2	6	92	0	53	0	64	0	35	0.94
6143004--6143045	19	2.2	20	95	4	77	50	14	9	26	1.73
6143029--6143066	14	2.7	14	91	0	58	39	15	5	39	1.70
6152351--6152392	20	2.1	20	90	0	66	30	19	9	40	1.83
6152694--6152757	28	2.3	26	75	19	67	29	25	20	25	1.99
6153163--6153239	24	3.2	24	94	0	127	33	3	40	22	1.72
6154655--6154755	27	3.8	26	77	6	103	14	23	21	39	1.91
6160837--6160861	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
6184338--6184387	22	2.3	22	82	6	57	38	12	30	20	1.88
6186635--6186691	28	2.1	26	83	6	69	40	24	21	14	1.90
6187106--6187149	16	2.8	16	96	0	79	15	27	15	40	1.88
6188126--6188196	24	3.0	24	97	0	133	26	38	0	35	1.57
6189235--6189396	54	3.0	54	96	0	288	38	10	17	33	1.84
6191441--6191509	33	2.1	33	100	0	138	33	8	20	37	1.83
6199837--6199873	20	1.9	18	89	10	56	43	2	5	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6208510--6208544	18	1.9	18	100	0	70	22	22	17	37	1.94
6209844--6210015	46	3.7	45	75	11	161	22	18	28	30	1.97
6212727--6212801	15	5.0	15	76	0	78	10	14	16	58	1.62
6225126--6225171	22	2.0	24	84	16	62	39	6	0	54	1.26
6228877--6229001	63	2.0	63	100	0	250	31	16	20	32	1.94
6229482--6229537	25	2.3	23	77	14	60	12	26	12	48	1.77
6231297--6231330	18	1.9	17	88	5	50	11	35	5	47	1.65
6243836--6243906	30	2.3	32	78	14	85	32	7	8	52	1.59
6243969--6244002	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
6245872--6245955	41	2.0	41	81	4	98	32	23	19	25	1.97
6249491--6249675	40	4.6	40	93	0	298	32	28	21	17	1.96
6257031--6257236	103	2.0	103	97	0	385	44	12	16	26	1.83
6257583--6257673	46	2.0	46	97	0	173	26	29	17	26	1.98
6257656--6257798	40	3.6	40	85	3	189	30	28	23	18	1.97
6258486--6258580	48	2.0	48	95	0	172	31	16	7	44	1.76
6259177--6259435	131	2.0	131	97	0	491	35	18	13	32	1.90
6262409--6262447	17	2.2	19	86	9	55	30	2	2	64	1.21
6271762--6271812	23	2.2	23	85	0	66	39	15	21	23	1.92
6272876--6272909	17	2.0	17	94	0	59	44	23	14	17	1.86
6287328--6287443	43	2.7	43	85	10	159	29	16	26	27	1.97
6290034--6290078	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
6290273--6290369	47	2.1	47	94	3	169	40	16	10	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6291098--6291231	66	2.0	66	98	0	259	37	23	6	32	1.81
6292614--6292742	39	3.3	39	82	3	170	39	10	13	37	1.78
6292606--6292755	39	3.8	39	81	0	165	38	10	12	38	1.78
6303689--6303873	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
6303670--6303873	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
6311677--6311861	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
6311658--6311861	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
6316487--6316532	23	2.0	23	100	0	92	34	8	17	39	1.80
6328989--6329206	40	5.5	40	88	2	298	25	27	23	22	2.00
6331166--6331230	25	2.6	25	83	9	87	27	20	21	30	1.98
6331167--6331294	50	2.6	49	81	10	145	31	20	22	25	1.98
6331212--6331294	25	3.4	25	72	12	82	33	20	22	22	1.97
6334737--6334818	41	2.0	41	100	0	164	26	12	34	26	1.92
6341647--6341702	25	2.2	25	84	9	69	28	0	0	71	0.86
6341731--6341874	12	12.0	12	72	20	97	32	3	0	63	1.16
6341732--6341801	19	4.0	18	72	20	67	30	1	1	67	1.08
6341731--6341882	23	6.9	22	70	17	95	32	3	0	63	1.16
6341740--6341885	31	4.5	33	72	18	73	31	3	0	64	1.15
6343180--6343217	18	2.1	19	85	5	51	60	0	23	15	1.35
6345117--6345219	39	2.6	39	83	6	120	36	15	20	27	1.93
6348383--6348433	16	3.2	16	82	0	57	50	17	21	9	1.74
6348383--6348428	24	1.9	24	90	0	74	50	19	21	8	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6348649--6348763	29	4.0	29	74	5	108	28	13	31	26	1.93
6356094--6356124	16	1.9	16	93	0	53	41	25	25	6	1.79
6356259--6356295	19	2.0	18	89	5	56	24	16	40	18	1.90
6356376--6356482	29	3.8	27	76	13	99	26	13	33	27	1.93
6371183--6371251	34	2.0	34	100	0	138	34	0	14	50	1.43
6374526--6374732	53	3.8	53	77	4	200	37	17	24	20	1.94
6377478--6377526	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
6384102--6384185	36	2.3	36	91	4	134	15	11	30	41	1.83
6386116--6386210	29	3.2	29	78	1	100	40	17	16	25	1.91
6386885--6386952	33	2.1	33	100	0	136	36	17	8	36	1.81
6396378--6396612	47	5.0	47	100	0	470	48	8	4	38	1.53
6397103--6397158	21	2.5	21	78	21	60	53	0	1	44	1.11
6397622--6397727	45	2.4	44	74	13	108	48	2	0	49	1.16
6400881--6400921	17	2.4	17	87	0	55	21	14	36	26	1.93
6401042--6401088	20	2.3	20	81	0	58	25	25	17	31	1.97
6401327--6401359	15	2.1	16	88	5	50	30	0	6	63	1.18
6406872--6406937	33	2.0	33	100	0	132	27	27	12	33	1.92
6408327--6408367	19	2.1	20	95	4	75	70	4	24	0	1.06
6408353--6408412	30	2.0	31	83	3	77	73	5	13	8	1.23
6410421--6410456	10	3.6	10	88	0	54	22	30	13	33	1.93
6410422--6410468	20	2.3	20	85	0	67	23	25	19	31	1.98
6415920--6416067	43	3.4	43	77	15	153	31	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6420314--6420383	22	3.2	21	67	15	52	40	10	11	38	1.75
6420305--6420392	44	2.0	44	93	0	149	39	12	10	37	1.77
6427923--6427954	5	6.4	5	96	0	55	21	56	0	21	1.43
6431101--6431143	20	2.1	21	95	4	79	39	0	23	37	1.55
6432443--6432559	50	2.3	52	82	10	143	38	11	15	34	1.84
6432579--6432654	39	1.9	39	97	0	143	46	10	9	34	1.70
6435123--6435177	25	2.2	25	81	12	60	49	7	1	41	1.41
6435215--6435350	67	2.0	67	84	2	175	41	7	12	38	1.71
6435442--6435560	60	2.0	60	98	0	229	11	21	34	31	1.90
6435637--6435674	19	2.0	19	94	0	67	26	23	15	34	1.95
6444176--6444205	14	2.1	14	100	0	60	56	13	10	20	1.65
6450102--6450151	25	2.0	25	96	0	91	48	8	10	34	1.66
6450342--6450430	31	2.8	33	86	6	121	50	14	8	25	1.72
6459145--6459386	50	4.8	50	79	4	238	29	26	18	25	1.98
6461164--6461216	26	2.0	26	85	7	72	28	13	22	35	1.92
6462643--6462750	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
6466667--6466754	44	2.0	43	93	2	149	32	7	36	21	1.83
6476959--6477064	40	2.6	40	87	1	158	15	19	29	35	1.92
6479774--6480132	47	7.6	47	91	2	540	32	8	29	29	1.87
6479738--6480130	96	4.1	96	86	6	385	32	7	29	30	1.86
6488669--6488773	54	1.9	54	96	0	192	21	26	27	23	1.99
6492548--6492584	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6492904--6492945	17	2.4	17	80	15	50	23	26	0	50	1.50
6493469--6493494	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
6498772--6498834	20	3.2	20	72	0	63	19	30	15	34	1.93
6498729--6498961	40	5.8	40	77	4	218	18	29	15	36	1.92
6511108--6511190	41	2.0	41	95	0	148	46	14	16	21	1.83
6511104--6511175	20	3.6	20	67	12	58	44	15	15	25	1.85
6513448--6513623	46	3.8	45	78	11	196	21	19	29	29	1.98
6513445--6513615	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
6517567--6517919	46	7.5	48	73	11	182	24	27	19	28	1.99
6526610--6526683	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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