genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18615219--18615335	51	2.3	51	90	0	180	33	14	23	29	1.94
18621092--18621161	32	2.3	30	83	11	88	54	2	4	38	1.35
18625626--18625687	29	2.1	29	100	0	124	50	6	11	32	1.64
18630451--18630501	21	2.4	21	83	0	66	27	23	9	39	1.86
18643192--18643243	19	2.7	19	77	8	61	67	5	1	25	1.23
18647108--18647186	25	3.2	24	69	7	59	36	16	29	17	1.92
18650944--18651115	46	3.7	47	81	9	196	21	30	21	26	1.98
18650987--18651160	94	1.9	92	83	7	226	21	29	21	27	1.99
18654277--18654323	22	2.1	22	96	0	85	44	0	19	36	1.51
18657847--18657914	34	2.0	34	94	0	118	27	20	23	27	1.99
18662606--18662649	19	2.3	19	88	7	63	65	2	2	29	1.16
18662605--18662647	10	4.7	9	81	13	52	65	2	2	30	1.18
18664872--18664908	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
18667619--18667647	14	2.0	15	93	6	51	48	0	3	48	1.18
18670045--18670138	43	2.2	43	84	0	125	22	24	36	17	1.95
18671029--18671070	19	2.3	19	87	4	59	59	0	0	40	0.97
18671029--18671075	19	2.6	18	83	6	58	59	2	0	38	1.09
18671064--18671106	21	2.1	20	83	12	52	69	2	2	25	1.12
18675822--18675990	60	2.9	60	86	3	238	53	7	4	33	1.50
18676338--18676375	18	2.1	18	100	0	76	39	10	26	23	1.87
18676570--18676635	31	2.1	31	91	0	105	34	30	10	24	1.89
18676990--18677021	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18678747--18678774	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
18678880--18678946	33	2.0	33	82	5	80	37	5	4	52	1.46
18679237--18679279	18	2.3	19	88	4	61	30	4	0	65	1.13
18679349--18679405	24	2.5	23	78	13	55	22	15	5	56	1.60
18680881--18681063	40	4.6	40	84	6	230	25	27	22	24	2.00
18680881--18681063	79	2.3	82	84	7	234	25	27	22	24	2.00
18685725--18685895	93	1.8	93	92	0	288	22	22	28	27	1.99
18685729--18685900	46	3.7	46	77	13	190	22	22	27	27	1.99
18686124--18686161	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
18696093--18696618	87	6.0	87	91	0	811	35	20	23	20	1.96
18696633--18696767	69	2.0	69	84	7	177	26	22	22	28	1.99
18698484--18698529	24	2.0	24	83	8	60	30	13	2	54	1.50
18700911--18701035	42	2.9	42	81	10	121	34	24	14	27	1.94
18700898--18701051	43	3.6	42	80	10	161	32	24	17	25	1.97
18700890--18701047	44	3.7	41	75	13	133	31	25	17	25	1.97
18701889--18701953	32	2.1	32	91	2	105	30	10	1	56	1.42
18701948--18701999	26	2.0	25	82	10	61	42	17	0	40	1.49
18702981--18703112	34	3.9	34	84	2	167	27	24	19	28	1.99
18702981--18703113	68	2.0	68	87	3	196	27	24	19	28	1.98
18703111--18703160	18	2.8	18	78	0	64	40	16	16	28	1.89
18703259--18703324	26	2.5	26	87	2	96	37	27	15	19	1.92
18703470--18703586	27	4.4	25	77	10	99	20	17	19	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18703470--18703583	54	2.1	54	80	9	126	20	17	20	42	1.90
18703578--18703786	27	7.8	26	92	2	301	36	16	15	32	1.90
18703578--18703786	54	3.9	54	93	0	355	36	16	15	32	1.90
18703578--18703786	81	2.6	81	95	0	364	36	16	15	32	1.90
18712063--18712261	43	4.7	42	73	10	154	26	15	26	31	1.96
18712063--18712261	42	4.7	42	73	7	161	26	15	26	31	1.96
18716574--18716665	42	2.2	43	84	2	114	30	26	13	30	1.93
18724749--18724926	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
18724750--18724905	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
18724746--18724926	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
18726297--18726381	42	2.0	44	84	9	113	34	23	16	25	1.95
18726810--18726855	17	2.7	17	96	0	83	54	19	0	26	1.44
18739653--18739814	43	3.8	42	79	15	179	32	27	17	22	1.97
18739655--18739814	86	1.9	85	87	8	236	31	27	18	22	1.97
18742976--18743082	41	2.6	41	74	12	105	27	12	29	30	1.92
18749426--18749466	12	3.2	13	80	19	50	29	0	0	70	0.87
18749426--18749466	11	3.4	12	84	15	50	29	0	0	70	0.87
18753145--18753231	28	3.1	28	93	0	138	33	10	27	28	1.90
18753145--18753251	28	3.8	28	88	0	133	33	11	25	29	1.90
18753363--18753491	43	3.0	43	78	10	120	26	19	27	26	1.99
18755028--18755272	49	4.9	49	84	3	328	29	26	17	25	1.97
18762521--18762627	28	3.8	28	88	0	124	33	13	24	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18762739--18762867	43	3.0	43	80	10	129	25	20	28	25	1.99
18762800--18762947	40	3.6	41	72	5	129	27	20	29	23	1.99
18765158--18765197	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
18769373--18769549	43	4.1	43	93	1	284	13	23	31	31	1.93
18769706--18769807	29	3.5	29	66	10	82	25	21	22	30	1.99
18769703--18769868	58	2.9	58	87	2	246	24	19	26	29	1.99
18771718--18771943	40	5.7	40	92	0	362	33	29	19	18	1.95
18779535--18779801	40	6.7	40	87	0	354	34	27	19	19	1.96
18785150--18785190	15	2.9	14	80	20	50	34	2	14	48	1.57
18792291--18792399	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
18792546--18792885	48	7.0	48	92	4	565	31	26	6	36	1.81
18792546--18792885	100	3.5	96	92	4	565	31	26	6	36	1.81
18792546--18792885	148	2.3	146	96	2	619	31	26	6	36	1.81
18795838--18795876	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
18798045--18798084	20	2.1	19	86	9	55	55	15	25	5	1.60
18827811--18827988	28	6.4	28	89	2	234	32	28	13	25	1.94
18829125--18829244	60	2.0	60	100	0	240	28	40	3	28	1.72
18829892--18829949	30	1.9	30	85	0	80	43	3	24	29	1.70
18830286--18830519	55	4.4	52	77	10	201	35	17	24	22	1.95
18833711--18833878	40	4.2	40	82	1	104	24	26	24	25	2.00
18833734--18833878	40	3.6	40	85	0	191	22	25	25	26	2.00
18841740--18841850	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18841763--18841948	41	4.6	41	87	0	223	23	25	24	26	2.00
18845604--18845655	27	1.9	27	84	0	68	32	17	21	28	1.96
18845642--18845883	27	9.0	27	76	9	199	40	17	9	32	1.83
18845649--18845883	54	4.4	54	81	6	235	40	17	10	32	1.83
18845934--18846009	27	2.8	27	79	0	89	35	23	21	19	1.96
18847904--18847968	18	3.9	16	71	13	51	40	15	13	30	1.86
18850362--18850616	55	4.8	54	73	12	183	36	16	23	23	1.94
18850411--18850569	53	2.9	54	76	7	153	36	15	23	24	1.94
18852411--18852582	46	3.7	46	76	13	181	20	18	29	30	1.97
18852404--18852575	93	1.8	93	91	0	281	21	19	29	29	1.98
18861072--18861126	24	2.3	24	100	0	110	23	23	20	32	1.98
18866703--18866990	47	6.1	47	89	0	423	32	11	29	27	1.91
18866730--18866805	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
18866702--18866967	141	1.9	141	97	0	505	31	11	28	27	1.91
18866871--18866946	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
18866725--18867046	94	3.4	90	81	8	304	33	10	28	27	1.90
18867195--18867303	37	2.9	37	87	0	155	22	17	31	28	1.97
18871381--18871513	67	2.0	67	98	0	257	38	6	19	36	1.77
18895941--18896058	62	1.9	62	91	0	191	41	7	15	35	1.75
18921983--18922139	43	3.6	42	78	9	156	25	15	26	31	1.96
18921980--18922152	85	2.0	86	85	3	233	24	16	26	32	1.96
18938270--18938360	27	3.3	26	90	7	137	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18938463--18938578	27	4.3	26	83	11	135	18	23	21	37	1.94
18942811--18942884	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
18948664--18948734	29	2.4	29	86	4	90	28	15	29	26	1.96
18952555--18952703	72	2.1	72	92	1	246	42	15	9	32	1.79
18956081--18956229	40	3.7	40	89	3	228	24	27	22	24	2.00
18958115--18958176	31	2.0	31	93	0	106	27	16	25	30	1.96
18961515--18961602	26	3.3	27	93	3	142	37	29	6	26	1.82
18961709--18961774	28	2.4	27	90	7	98	18	19	22	39	1.92
18962651--18962832	40	4.6	40	81	9	219	25	22	26	25	2.00
18962651--18962832	80	2.3	80	86	5	244	25	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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