genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18003066--18003291	48	4.8	48	77	7	230	29	26	18	25	1.98
18005417--18005486	5	14.4	5	85	12	76	0	11	4	84	0.76
18005410--18005485	29	2.6	29	81	10	75	1	10	3	84	0.82
18005410--18005486	39	2.0	40	89	7	122	1	10	3	84	0.81
18006436--18006494	25	2.4	23	76	23	59	72	3	6	16	1.20
18006436--18006493	6	9.5	6	76	10	55	74	3	5	17	1.15
18007514--18007544	15	2.1	15	93	0	53	70	3	0	25	1.02
18007493--18007558	18	3.3	20	79	14	82	69	4	3	22	1.20
18008465--18008490	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18013370--18013500	27	4.9	27	79	8	133	39	18	9	32	1.83
18013365--18013500	54	2.5	52	84	5	164	38	19	10	31	1.86
18017269--18017467	27	7.3	27	79	9	158	41	17	8	33	1.78
18017348--18017426	30	2.7	30	80	7	83	45	13	5	35	1.66
18017422--18017480	27	2.2	27	90	3	93	40	15	15	28	1.87
18018180--18018247	27	2.6	27	76	2	66	23	17	27	30	1.97
18021566--18021602	15	2.5	15	95	0	65	56	13	16	13	1.67
18025326--18025574	50	5.0	50	77	4	234	29	27	18	24	1.98
18025326--18025576	101	2.5	98	78	3	277	29	27	18	24	1.98
18027465--18027495	13	2.3	14	94	5	55	58	12	0	29	1.35
18034910--18035077	56	3.0	56	84	3	205	33	23	14	28	1.94
18035688--18035718	15	2.1	15	93	0	53	54	16	0	29	1.42
18037759--18038009	125	2.0	125	97	1	477	37	10	18	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18047741--18047904	46	3.6	45	78	15	183	28	28	21	21	1.99
18051345--18051386	21	1.9	21	85	9	57	42	9	4	42	1.58
18052718--18052758	21	1.9	22	90	5	66	26	4	7	60	1.43
18054778--18054856	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
18054975--18055212	96	2.5	94	93	1	386	27	31	9	31	1.89
18054975--18055215	47	5.1	47	91	2	374	27	31	9	31	1.89
18064969--18064997	11	2.5	12	88	11	51	37	0	0	62	0.96
18069301--18069415	30	3.8	30	80	4	151	28	33	23	14	1.94
18071418--18071540	22	5.4	23	72	12	87	38	17	21	22	1.93
18071413--18071488	22	3.4	22	85	7	91	39	17	19	23	1.92
18073343--18073385	12	3.5	12	79	17	52	18	0	2	79	0.85
18073341--18073385	19	2.4	19	82	10	58	20	0	2	77	0.87
18076215--18076239	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
18078482--18078506	6	4.2	6	100	0	50	52	16	0	32	1.44
18081911--18081949	20	2.0	20	84	0	51	23	17	7	51	1.71
18088122--18088184	25	2.4	26	80	17	76	60	1	4	33	1.27
18088733--18088766	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
18088811--18088858	22	2.1	24	85	14	66	58	0	2	39	1.10
18096755--18096854	27	3.7	27	83	10	132	29	6	20	45	1.74
18099782--18099826	23	1.9	24	90	4	74	22	20	11	46	1.81
18099942--18100149	55	3.8	53	80	7	206	22	25	17	35	1.95
18102929--18102962	17	1.9	17	88	5	50	14	44	29	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18107140--18107210	36	2.0	36	91	5	117	26	19	19	33	1.96
18118395--18118545	74	2.0	74	87	0	212	34	23	11	29	1.91
18124370--18124524	45	3.4	44	80	7	166	30	20	14	34	1.93
18124395--18124531	47	2.9	47	78	10	147	29	22	16	30	1.96
18125853--18125907	26	2.1	27	89	3	85	38	16	14	30	1.89
18131251--18131608	93	3.8	93	97	0	662	27	29	20	22	1.98
18131297--18131558	47	5.6	47	76	12	297	27	30	19	22	1.98
18131243--18131604	46	7.8	46	76	12	346	28	29	20	22	1.98
18146279--18146324	18	2.6	18	74	16	51	69	0	8	21	1.15
18155184--18155222	19	2.1	19	85	0	51	71	0	10	17	1.12
18163121--18163359	38	6.3	38	84	2	291	23	20	24	32	1.98
18163352--18163462	43	2.6	43	94	0	195	9	23	34	32	1.88
18163789--18163906	45	2.6	45	80	9	125	25	20	26	27	1.99
18173767--18173873	26	4.4	24	84	6	128	29	23	18	28	1.98
18173767--18173873	51	2.2	46	85	9	133	29	23	18	28	1.98
18173923--18173997	20	3.8	20	86	6	93	33	17	10	38	1.84
18177685--18177714	15	2.0	15	93	0	51	36	23	20	20	1.95
18180197--18180769	27	21.2	27	82	7	628	26	21	10	41	1.85
18180197--18180779	108	5.4	108	90	3	840	26	21	10	41	1.85
18180774--18180969	27	7.3	27	84	0	230	36	18	19	25	1.95
18181168--18181250	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
18181561--18181634	27	2.8	27	87	6	98	18	24	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18181752--18181841	6	14.8	6	72	19	71	18	16	15	48	1.81
18181752--18181841	24	3.7	24	79	7	101	18	16	15	48	1.81
18181775--18181841	30	2.2	30	86	5	91	19	14	14	50	1.77
18183275--18183379	52	2.0	52	100	0	210	30	24	20	23	1.99
18186066--18186353	47	6.1	47	86	1	389	32	10	29	27	1.90
18186065--18186342	141	2.0	141	92	1	468	32	10	29	27	1.90
18192417--18192533	29	4.1	29	94	1	200	29	31	14	24	1.95
18198590--18198765	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
18198587--18198758	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
18202361--18202475	43	2.7	43	82	6	162	30	13	24	32	1.93
18204046--18204176	46	2.8	46	84	3	165	20	19	26	32	1.97
18208777--18208954	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
18208778--18208933	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
18208774--18208954	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
18208859--18208965	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
18210453--18210514	29	2.1	29	85	5	81	45	8	0	46	1.32
18217279--18217349	35	2.0	35	88	0	106	23	23	8	43	1.81
18217737--18217830	49	1.9	49	93	4	163	29	25	2	42	1.67
18231958--18232298	27	12.7	27	78	7	297	38	20	9	31	1.85
18231958--18232327	81	4.6	81	80	7	362	38	20	10	30	1.86
18232250--18232338	27	3.3	27	88	0	124	39	16	14	29	1.89
18235160--18235236	28	2.7	28	80	6	75	29	16	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18235535--18235819	27	10.7	27	80	6	305	36	21	10	30	1.87
18235535--18235818	81	3.6	80	85	2	342	36	21	10	30	1.88
18235798--18235860	27	2.3	27	83	0	72	38	15	17	28	1.91
18236387--18236474	27	3.3	27	88	4	117	23	17	27	31	1.97
18239091--18239404	27	11.7	27	85	4	357	37	20	10	31	1.86
18241026--18241284	42	6.2	42	76	10	210	24	18	17	39	1.91
18241026--18241284	84	3.1	82	77	6	263	24	18	17	39	1.91
18241065--18241294	126	1.8	126	81	7	288	24	17	18	39	1.92
18243097--18243147	27	2.0	25	84	7	66	56	7	11	23	1.61
18245404--18245469	29	2.3	29	81	5	71	31	24	1	42	1.64
18247082--18247117	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
18249281--18249366	37	2.3	37	100	0	172	19	19	34	25	1.96
18254895--18255014	37	3.2	37	83	6	145	30	19	24	25	1.98
18254994--18255126	48	2.8	48	91	0	203	24	20	26	28	1.99
18257054--18257144	27	3.4	27	78	4	85	36	16	18	28	1.93
18278340--18278721	48	7.9	48	80	1	442	28	17	28	25	1.98
18278345--18278720	96	3.9	96	91	1	583	27	17	28	25	1.98
18286043--18286078	18	2.1	18	89	5	56	77	2	5	13	1.05
18286666--18286708	19	2.2	20	88	12	63	46	16	9	27	1.77
18293575--18293615	18	2.2	19	91	4	66	48	17	9	24	1.76
18293575--18293630	19	2.9	19	86	5	69	46	14	10	28	1.78
18297295--18297453	43	3.7	42	72	7	124	32	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18297534--18297567	11	3.1	11	86	0	50	26	20	17	35	1.95
18316625--18316802	27	6.6	27	77	3	142	28	28	16	26	1.97
18316625--18316802	54	3.3	54	79	3	178	28	28	16	26	1.97
18316646--18316801	82	1.9	81	82	3	197	28	28	16	26	1.97
18318951--18319058	26	4.2	26	93	0	189	29	7	25	37	1.83
18322008--18322056	24	2.1	24	85	11	66	38	6	0	55	1.25
18322155--18322257	17	6.0	17	68	19	54	46	1	2	48	1.28
18322166--18322229	26	2.5	25	75	9	58	46	3	4	45	1.39
18324971--18325004	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
18328408--18328762	42	8.4	42	85	5	378	31	20	21	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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