genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  32  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10870081--10870142	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
10870104--10870162	27	2.2	26	82	8	66	23	23	16	35	1.95
10870282--10870375	6	15.3	6	72	24	72	18	17	15	48	1.81
10870282--10870361	31	2.6	32	84	9	112	17	17	16	48	1.81
10871563--10871607	21	2.1	22	83	4	56	26	2	15	55	1.52
10872836--10873113	141	2.0	141	91	0	457	21	20	29	28	1.98
10876150--10876200	18	2.8	18	78	0	57	35	23	19	21	1.96
10884680--10884851	43	4.0	42	75	11	145	34	23	17	24	1.96
10884680--10884839	86	1.9	85	82	8	200	33	24	18	24	1.97
10892746--10892861	39	3.0	39	94	0	196	24	21	27	26	1.99
10897056--10897170	42	2.7	42	82	6	124	36	26	14	22	1.93
10897036--10897184	44	3.5	43	78	6	142	32	25	17	24	1.97
10897075--10897208	44	3.1	44	81	8	125	32	26	16	23	1.96
10898399--10898585	93	2.0	93	98	0	365	24	24	20	31	1.98
10904909--10904949	20	2.0	20	86	9	57	24	4	7	63	1.40
10905254--10905283	14	2.1	14	100	0	60	66	0	0	33	0.92
10906110--10906237	48	2.7	48	90	2	204	27	28	18	25	1.98
10907508--10907619	48	2.3	48	90	0	179	25	31	18	24	1.98
10909233--10909350	41	2.9	41	85	0	155	22	29	13	34	1.92
10918805--10918858	27	2.0	27	96	0	99	46	20	14	18	1.84
10919697--10919750	27	2.0	27	96	0	99	29	14	24	31	1.95
10919866--10919997	54	2.4	54	100	0	264	25	21	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10921531--10921626	40	2.4	39	84	5	138	26	27	17	29	1.98
10924775--10924842	20	3.4	20	71	4	57	16	22	19	42	1.89
10924787--10924887	40	2.5	40	81	0	112	19	27	14	37	1.91
10924840--10924967	65	2.0	66	82	4	161	21	29	10	37	1.88
10929743--10929819	29	2.7	29	85	0	100	28	27	18	25	1.98
10930050--10930095	16	2.9	17	84	9	53	8	15	21	54	1.68
10931992--10932162	50	3.5	50	82	7	174	24	29	19	26	1.98
10931992--10932162	49	3.5	50	80	7	174	24	29	19	26	1.98
10933732--10933778	24	2.0	24	87	8	69	44	6	17	31	1.73
10936925--10936973	24	2.0	24	100	0	98	46	8	24	20	1.77
10939808--10939840	14	2.4	14	94	0	57	33	0	18	48	1.48
10944660--10944756	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
10946434--10946471	12	3.2	12	88	0	58	73	7	5	13	1.22
10947397--10947467	37	1.9	37	86	11	101	76	2	18	2	1.04
10947407--10947456	6	8.2	6	83	14	50	76	2	20	2	0.99
10947517--10947547	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
10949168--10949264	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
10956950--10957022	27	2.9	27	82	9	75	54	4	6	34	1.46
10956966--10957023	23	2.5	23	82	15	75	55	5	5	34	1.45
10957675--10957801	22	6.0	21	69	21	72	57	3	6	32	1.42
10958482--10958522	11	3.9	11	75	12	50	65	0	34	0	0.93
10961737--10961771	17	2.1	17	94	0	61	22	34	34	8	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10981842--10982035	98	2.0	98	100	0	388	40	17	15	27	1.89
10992994--10993064	36	2.0	36	94	0	124	21	21	15	42	1.89
10998164--10998213	24	2.1	24	84	0	64	28	30	16	26	1.96
11013163--11013199	18	2.1	18	100	0	74	35	27	27	10	1.90
11016926--11016984	30	1.9	31	89	3	93	45	15	13	25	1.82
11022453--11022485	17	1.9	17	93	0	57	33	3	0	63	1.10
11023446--11023483	18	2.1	18	90	0	58	26	5	0	68	1.11
11027639--11027807	56	3.0	56	100	0	338	34	24	10	30	1.89
11029562--11029852	29	10.2	29	74	10	224	37	22	16	23	1.93
11042898--11042932	13	2.7	13	100	0	70	54	25	0	20	1.45
11044180--11044244	30	2.2	30	91	0	103	30	30	21	16	1.96
11046070--11046333	40	6.7	40	89	5	360	25	27	21	25	1.99
11054729--11054990	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
11068184--11068250	27	2.5	27	97	0	125	47	8	8	34	1.66
11068546--11068626	33	2.5	34	76	13	89	51	6	1	40	1.35
11068600--11068648	19	2.5	21	77	16	59	53	2	0	44	1.12
11070428--11070532	54	1.9	54	84	3	140	44	14	5	35	1.69
11072023--11072080	28	2.1	28	93	0	98	39	31	1	27	1.67
11074518--11074625	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
11076280--11076404	64	2.0	64	96	0	232	23	17	33	25	1.96
11077941--11077993	23	2.2	24	93	6	99	33	11	30	24	1.90
11079721--11080318	299	2.0	299	96	0	1106	25	22	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11081323--11081582	121	2.1	121	100	0	520	57	10	20	11	1.63
11082508--11082646	43	3.3	43	66	11	124	30	21	20	26	1.98
11082500--11082952	84	5.4	84	90	4	711	30	23	21	23	1.99
11082500--11082952	166	2.7	163	88	6	674	30	23	21	23	1.99
11082498--11082949	250	1.8	250	94	0	807	30	23	21	23	1.99
11082955--11083532	205	2.8	205	95	0	1012	30	18	21	29	1.97
11083499--11083581	44	1.9	44	82	2	105	28	15	28	26	1.96
11083911--11083963	17	2.9	18	86	8	81	37	11	15	35	1.83
11084138--11084301	41	4.0	41	99	0	319	12	32	12	43	1.79
11088244--11088283	20	2.0	20	95	0	71	35	12	0	52	1.39
11090504--11090545	21	2.0	21	95	0	75	28	2	19	50	1.60
11092611--11092745	58	2.3	57	79	9	148	42	0	3	53	1.24
11092630--11092718	15	6.1	15	70	16	55	48	1	3	47	1.26
11092639--11092766	58	2.2	58	81	9	143	46	1	3	49	1.27
11092945--11092997	16	3.3	16	81	5	63	35	24	3	35	1.74
11100399--11100441	21	2.0	21	100	0	86	27	11	9	51	1.69
11102625--11102808	57	3.2	57	67	14	149	43	7	4	44	1.53
11106870--11106923	6	9.0	6	89	0	81	16	35	1	46	1.58
11109256--11109280	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
11116884--11116929	23	2.0	23	86	0	65	28	26	15	30	1.96
11124754--11124944	55	3.5	54	79	8	201	37	16	21	24	1.94
11124901--11125367	45	10.0	44	83	7	369	34	18	25	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11125176--11125297	47	2.6	47	97	0	226	36	13	24	25	1.93
11125276--11125472	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
11127629--11127683	18	2.9	18	84	10	58	49	5	0	45	1.25
11137739--11137779	21	2.0	21	85	0	55	43	2	19	34	1.64
11138222--11138277	27	2.1	26	83	9	69	17	19	19	42	1.89
11138320--11138376	24	2.4	24	75	0	69	19	24	15	40	1.90
11138415--11138469	24	2.3	24	87	3	76	16	29	23	30	1.96
11150432--11150480	18	2.8	18	87	3	64	77	0	4	18	0.92
11150445--11150480	6	6.0	6	86	0	54	80	0	2	16	0.83
11163412--11163514	39	2.7	38	87	4	136	25	34	20	19	1.96
11163413--11163527	39	3.0	39	84	3	117	26	34	20	19	1.96
11165460--11165507	21	2.3	20	85	3	60	56	2	0	41	1.11
11165996--11166103	26	4.2	26	92	0	171	33	8	23	35	1.85
11169201--11169244	20	2.2	20	84	8	54	31	2	2	63	1.19
11169260--11169345	19	4.4	18	67	26	52	31	3	1	63	1.18
11176483--11176627	31	4.7	31	93	1	240	15	33	30	20	1.94
11180636--11180817	27	6.7	27	89	0	265	28	23	9	39	1.86
11180622--11181043	27	15.7	27	79	5	201	35	22	9	33	1.86
11180796--11181126	54	6.1	54	73	8	233	38	21	9	30	1.85
11180810--11180960	80	1.9	80	87	2	223	42	21	7	27	1.81
11181054--11181105	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
11181146--11181223	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11182032--11182101	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
11182031--11182126	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
11182032--11182126	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
11193818--11193871	26	2.1	26	100	0	108	31	7	11	50	1.66
11200222--11200363	67	2.1	67	94	2	250	48	13	12	25	1.77
11204049--11204093	21	2.3	19	88	7	63	44	0	6	48	1.29
11205302--11205386	40	2.1	40	100	0	170	29	14	11	44	1.80
11208517--11208549	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
11208619--11208709	44	2.1	44	85	0	119	31	13	12	42	1.80
11210095--11210120	12	2.2	12	100	0	52	23	15	15	46	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290