genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67437544--67437629	27	3.2	27	78	6	93	44	16	11	27	1.82
67438529--67438576	23	2.1	23	92	0	78	45	8	27	18	1.78
67441038--67441135	27	3.6	27	82	5	110	40	20	13	25	1.88
67441027--67441135	54	2.0	54	82	7	132	39	20	15	24	1.91
67441122--67441152	15	2.1	15	100	0	62	29	19	12	38	1.89
67441740--67441765	12	2.2	12	100	0	52	26	0	23	50	1.50
67449327--67449418	43	2.2	43	82	5	107	27	18	23	30	1.98
67449725--67449762	16	2.4	16	86	4	51	50	2	15	31	1.58
67451457--67451512	27	2.1	27	100	0	112	48	30	3	17	1.65
67452197--67452359	42	3.9	42	80	7	177	30	23	13	31	1.93
67461523--67461629	27	3.9	27	83	1	124	42	18	13	25	1.86
67465051--67465183	27	4.9	27	89	0	167	39	21	13	25	1.90
67465192--67465351	86	1.9	86	82	0	203	28	23	18	28	1.98
67468712--67468817	27	3.9	27	87	0	140	39	20	14	25	1.90
67470727--67470829	44	2.4	44	80	6	113	30	11	21	36	1.89
67473504--67473561	29	2.0	29	100	0	116	41	3	31	24	1.71
67474696--67474849	65	2.3	66	77	3	168	22	21	22	33	1.97
67475591--67475622	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
67477309--67477346	18	2.1	18	100	0	76	50	13	10	26	1.73
67477883--67477932	22	2.4	21	81	18	52	40	16	34	10	1.81
67484248--67484302	28	2.0	28	96	0	101	27	18	7	47	1.74
67490673--67490782	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67491808--67491881	28	2.6	28	87	8	114	36	10	24	28	1.89
67494548--67494608	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67506183--67506331	50	2.9	50	82	3	163	31	26	16	25	1.96
67513986--67514048	27	2.5	24	81	18	83	44	6	1	47	1.38
67513994--67514048	27	2.0	27	96	0	101	43	7	1	47	1.41
67514807--67514857	19	2.9	17	81	13	59	37	9	17	35	1.83
67514817--67514859	19	2.1	21	91	8	72	37	9	18	34	1.83
67517710--67517767	27	2.2	26	85	8	82	18	22	22	36	1.95
67517782--67517876	24	3.9	24	78	8	102	14	27	22	35	1.93
67519500--67519524	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
67526402--67526549	57	2.6	57	73	11	140	33	17	18	29	1.94
67540643--67540731	40	2.2	40	95	0	160	23	19	28	29	1.98
67543693--67543837	32	4.5	33	75	10	102	35	12	22	30	1.91
67543704--67543826	33	3.9	31	73	16	81	33	13	21	31	1.92
67545820--67545847	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
67549075--67549174	24	4.2	23	77	10	78	27	22	16	35	1.94
67549125--67549187	23	2.8	23	79	11	69	28	26	14	30	1.95
67556718--67556793	23	3.3	23	78	10	68	22	18	21	38	1.94
67556742--67556793	22	2.3	22	83	9	61	23	19	21	36	1.95
67557431--67557495	33	2.0	33	100	0	130	27	3	18	50	1.61
67559794--67559904	28	3.9	28	77	6	100	26	30	15	27	1.96
67560120--67560170	16	3.2	16	78	15	61	15	19	15	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67567561--67567667	28	3.8	27	73	9	90	27	31	14	26	1.95
67569472--67569532	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
67570267--67570450	67	2.9	63	78	7	199	30	17	29	22	1.97
67587118--67587177	30	2.0	30	96	0	111	25	0	15	60	1.35
67589814--67589843	15	1.9	16	93	6	53	66	10	3	20	1.35
67589973--67590014	22	2.0	21	90	4	66	14	40	0	45	1.45
67596021--67596065	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
67599737--67599781	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
67604730--67604761	15	2.1	15	94	0	55	53	6	15	25	1.65
67614179--67614252	26	2.8	26	89	2	103	32	10	28	28	1.91
67619217--67619350	43	3.1	44	84	5	159	34	26	14	24	1.94
67627961--67627985	13	1.9	13	100	0	50	24	44	24	8	1.80
67629677--67629715	20	2.0	20	89	0	60	35	10	2	51	1.50
67635802--67635898	20	4.8	20	94	0	167	35	11	19	34	1.88
67635814--67635890	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
67636216--67636279	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
67640116--67640154	20	1.9	21	89	5	62	38	7	7	46	1.61
67643066--67643161	47	2.0	47	91	0	156	25	13	20	40	1.89
67647871--67648105	93	2.5	94	79	10	221	28	17	27	25	1.98
67647975--67648296	50	6.6	48	75	9	205	29	17	27	25	1.97
67647940--67648297	145	2.5	143	82	5	400	28	17	27	26	1.98
67651318--67651425	40	2.7	39	92	2	171	32	25	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67658661--67658808	40	3.7	40	93	1	244	32	25	19	22	1.98
67661646--67661677	15	2.1	15	100	0	64	40	18	25	15	1.90
67669152--67669193	20	2.1	20	100	0	84	40	23	11	23	1.88
67670443--67670526	40	2.1	40	82	4	98	20	16	28	34	1.94
67670562--67670664	28	3.7	28	88	5	163	34	10	24	30	1.89
67672442--67672474	16	2.1	16	100	0	66	42	6	12	39	1.67
67673260--67673309	26	1.9	26	84	15	68	32	12	12	44	1.78
67690596--67690946	46	7.6	46	89	0	490	21	22	13	42	1.88
67692572--67692972	68	5.9	68	100	0	802	17	15	4	62	1.48
67703875--67703935	27	2.3	27	77	2	70	14	26	37	21	1.92
67708925--67708959	14	2.6	14	91	8	56	11	25	34	28	1.91
67716473--67716532	27	2.2	27	96	0	111	18	31	35	15	1.91
67722926--67722980	24	2.3	24	96	0	101	30	3	40	25	1.73
67726614--67726650	17	2.2	17	100	0	74	35	24	5	35	1.78
67729494--67729678	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
67729495--67729678	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
67729495--67729711	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
67737464--67737648	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
67737465--67737648	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
67737517--67737681	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
67740921--67740966	24	1.9	24	95	0	83	41	13	21	23	1.88
67740916--67741003	28	3.3	28	79	10	76	36	11	21	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67741031--67741128	51	1.9	51	91	4	162	31	15	25	27	1.95
67760240--67760315	24	3.2	24	63	10	66	35	15	6	42	1.73
67761042--67761158	24	4.9	24	87	0	153	31	33	14	20	1.93
67761530--67761563	17	2.0	17	94	0	59	38	5	0	55	1.24
67763721--67763896	46	3.8	46	71	12	153	20	18	28	32	1.96
67763718--67763887	93	1.8	93	89	0	268	21	18	28	31	1.97
67766100--67766154	24	2.3	24	75	15	60	25	10	14	49	1.76
67767916--67767947	15	2.1	15	94	0	55	28	6	18	46	1.73
67769677--67769916	43	5.7	43	78	7	258	31	27	17	24	1.97
67769685--67769916	84	2.8	84	89	2	333	31	27	17	24	1.97
67769677--67769931	127	2.0	127	81	6	302	32	27	16	23	1.96
67789018--67789124	29	3.8	28	75	10	101	28	13	31	26	1.93
67793687--67793755	30	2.3	30	89	0	102	11	20	7	60	1.54
67803314--67803373	30	2.0	30	96	0	111	35	10	11	43	1.75
67806249--67806296	18	2.8	17	90	6	71	50	2	2	45	1.25
67811789--67811866	40	1.9	41	84	2	104	47	1	3	47	1.28
67812733--67812811	39	2.0	39	100	0	158	36	17	17	27	1.93
67817544--67817578	10	3.6	10	84	7	54	40	8	2	48	1.49
67822567--67822863	27	11.0	27	91	0	423	35	20	19	24	1.96
67823254--67823315	22	2.8	22	85	7	81	24	22	20	32	1.98
67823474--67823543	27	2.6	27	84	4	79	21	22	21	34	1.97
67823646--67823782	6	22.3	6	65	18	59	21	17	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67823652--67823710	25	2.4	25	88	0	82	23	20	10	45	1.81
67823674--67823737	12	5.2	12	78	10	67	23	17	10	48	1.78
67842999--67843272	46	6.0	46	95	0	451	22	25	14	36	1.93
67844307--67844552	122	2.0	122	99	0	483	32	14	11	41	1.82
67845522--67845558	3	13.0	3	88	11	60	70	0	0	29	0.88
67849453--67849640	56	3.4	56	92	0	324	34	23	15	27	1.95
67884640--67884664	13	1.9	13	100	0	50	16	8	4	72	1.24
67888555--67888631	30	2.6	30	85	0	109	28	24	10	36	1.88
67888613--67888751	30	4.7	30	70	4	120	19	27	12	41	1.87
67888613--67888771	60	2.7	60	87	2	205	19	28	12	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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