genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12932016--12932148	49	2.7	49	87	2	178	24	27	18	29	1.98
12936582--12936612	13	2.4	13	88	0	53	19	32	32	16	1.94
12940724--12940849	55	2.3	55	82	4	148	30	30	25	14	1.95
12950777--12950848	36	2.0	36	100	0	144	27	16	16	38	1.90
12951107--12951376	49	5.7	49	73	8	193	26	27	18	27	1.98
12955370--12955402	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12957945--12958023	40	2.0	40	92	5	133	51	10	18	18	1.74
12958343--12958423	6	13.7	6	75	12	78	77	1	4	16	1.00
12958343--12958425	22	3.9	21	76	14	80	77	1	4	16	1.01
12961812--12961854	19	2.1	21	87	8	63	34	18	6	39	1.78
12962257--12963603	206	6.5	206	91	0	2093	29	22	17	30	1.97
12963565--12964171	88	6.9	88	78	9	395	25	23	18	32	1.97
12963565--12963862	132	2.3	132	90	0	470	26	23	17	32	1.97
12963581--12964176	220	2.7	220	96	1	1088	26	23	18	31	1.97
12963807--12964083	132	2.1	132	91	0	437	26	23	18	31	1.98
12965030--12965064	7	4.7	7	86	13	52	2	14	0	82	0.77
12965030--12965064	15	2.4	14	86	13	52	2	14	0	82	0.77
12965030--12965080	16	3.1	16	80	5	57	3	13	0	82	0.81
12970598--12970638	21	1.9	21	85	5	55	39	17	9	34	1.82
12970595--12970668	17	3.8	19	81	15	89	36	16	10	36	1.83
12970772--12970866	46	2.0	47	93	2	165	13	14	18	52	1.74
12972339--12972369	15	2.1	15	100	0	62	38	0	12	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12974333--12974365	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12975564--12975689	47	2.6	49	83	6	141	23	30	15	30	1.95
12975700--12975833	46	2.9	46	82	10	157	23	30	19	26	1.98
12979703--12979743	20	2.0	20	86	9	57	73	2	0	24	0.96
12979914--12979942	14	2.1	14	100	0	58	65	6	6	20	1.40
12980072--12980111	21	2.0	20	85	14	55	62	0	5	32	1.17
12981139--12981189	26	2.0	26	100	0	102	31	7	11	49	1.68
12984955--12985047	20	4.7	19	74	11	71	32	3	3	61	1.28
12984955--12985030	30	2.5	31	83	8	86	32	3	2	60	1.29
12984953--12985077	10	13.0	9	69	13	63	33	3	2	60	1.25
12985040--12985084	20	2.4	18	82	17	56	28	2	0	68	1.01
12985631--12986156	126	4.2	126	83	1	660	38	15	16	29	1.90
12985629--12986156	253	2.1	255	88	2	769	38	15	16	29	1.90
12989377--12989419	21	2.0	21	91	8	70	0	16	51	32	1.45
12991788--12991861	26	2.9	26	74	4	71	22	18	17	40	1.91
12991880--12991935	26	2.3	25	84	9	71	12	23	21	42	1.86
12991889--12991947	26	2.3	26	85	11	86	13	16	22	47	1.82
13001221--13001276	24	2.3	25	78	9	62	44	14	14	26	1.83
13006509--13006567	25	2.4	25	94	0	100	27	25	22	25	2.00
13007979--13008058	30	2.7	30	88	0	106	18	27	32	21	1.97
13009511--13009548	18	2.1	18	85	9	51	36	5	0	57	1.21
13012438--13012482	24	2.0	24	86	8	67	22	28	0	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13013281--13013345	24	2.7	24	78	0	76	29	30	18	21	1.97
13017299--13017558	29	8.8	30	84	2	233	21	28	10	38	1.87
13017310--13017564	87	2.9	87	82	3	287	21	29	9	40	1.84
13019093--13019289	43	4.6	42	85	3	243	27	16	26	29	1.97
13039186--13039240	27	2.0	27	100	0	110	49	7	10	32	1.65
13048669--13048841	46	3.7	46	78	10	199	21	20	27	30	1.98
13048666--13048836	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
13049066--13049103	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
13059329--13059387	11	5.7	11	76	15	72	37	11	18	32	1.87
13059331--13059387	20	2.8	20	100	0	114	36	10	19	33	1.86
13059435--13059530	25	3.8	25	94	1	165	25	25	23	26	2.00
13059435--13059530	51	1.9	50	93	2	165	25	25	23	26	2.00
13059446--13059555	50	2.2	51	82	8	127	25	24	24	25	2.00
13059750--13059823	30	2.4	31	88	2	105	32	20	25	21	1.97
13067265--13067303	11	3.7	11	80	13	55	38	12	17	30	1.88
13067351--13067407	25	2.3	25	84	6	71	28	21	26	24	1.99
13067625--13067697	31	2.4	31	84	4	96	32	20	24	21	1.97
13067615--13067688	30	2.4	30	84	2	94	33	21	24	20	1.97
13068658--13068706	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
13071288--13071431	46	3.1	46	74	14	143	29	28	19	22	1.98
13075034--13075080	20	2.4	20	85	3	60	55	6	6	31	1.51
13077029--13077112	22	4.0	22	70	9	84	29	14	8	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13077016--13077096	41	2.0	41	100	0	162	28	12	9	49	1.72
13079998--13080335	21	16.2	21	71	6	141	42	17	21	18	1.89
13080014--13080336	42	7.7	42	77	5	312	43	17	21	18	1.88
13080012--13080332	84	3.8	84	91	0	480	42	17	21	18	1.89
13085095--13085119	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
13085344--13085414	18	3.9	18	74	9	63	30	9	15	43	1.79
13085431--13085494	18	3.6	18	78	0	74	39	12	12	35	1.81
13085423--13085503	36	2.2	36	84	0	99	37	9	13	39	1.78
13093227--13093295	32	2.2	32	91	0	120	30	15	13	40	1.86
13097167--13097586	139	3.0	139	100	0	840	28	13	23	34	1.93
13097753--13097792	21	1.9	21	94	0	71	22	7	17	52	1.69
13105011--13105183	46	3.7	45	81	7	186	29	20	28	20	1.98
13106676--13106706	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
13106673--13106712	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
13106823--13106850	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
13106968--13107163	55	3.6	53	77	9	173	22	25	17	34	1.96
13122192--13122410	46	4.7	45	76	15	200	26	20	31	21	1.98
13124795--13124872	40	2.0	40	81	0	93	35	17	17	28	1.94
13131639--13131709	20	3.5	20	88	0	106	19	33	30	15	1.93
13134543--13134678	40	3.4	40	84	3	177	23	20	30	25	1.99
13134905--13134948	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
13137289--13137349	30	2.1	29	84	6	79	26	8	26	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13142942--13143035	46	2.0	46	97	0	179	28	25	11	34	1.91
13150662--13150775	44	2.7	42	79	6	122	36	27	13	22	1.91
13153335--13153387	27	2.0	27	84	0	70	37	7	15	39	1.75
13154201--13154261	30	2.0	30	87	0	86	40	6	22	29	1.79
13157205--13157449	49	4.9	49	82	2	292	26	18	26	28	1.98
13157204--13157482	150	1.9	150	86	3	400	26	18	26	27	1.98
13160948--13161057	27	4.1	27	81	6	125	27	14	16	41	1.87
13161017--13161098	41	2.0	41	90	0	128	28	18	17	36	1.93
13161067--13161141	27	2.8	27	89	0	123	25	20	17	37	1.94
13160990--13161125	68	2.0	68	82	5	168	26	17	16	38	1.91
13160964--13161137	95	1.8	94	81	3	215	25	16	17	40	1.90
13165227--13165256	15	2.0	15	93	0	51	56	20	3	20	1.56
13165524--13165601	34	2.3	33	80	2	93	34	21	19	24	1.96
13172758--13172834	34	2.3	33	86	2	109	32	24	19	23	1.97
13173304--13173344	18	2.3	18	87	8	57	24	39	24	12	1.89
13176455--13176583	46	2.9	44	83	10	140	24	27	23	24	2.00
13176581--13176774	38	5.1	38	91	0	307	31	21	23	23	1.98
13176581--13176774	76	2.6	76	96	0	352	31	21	23	23	1.98
13184183--13184783	27	22.3	27	83	4	701	26	21	9	41	1.84
13184788--13184982	27	7.2	27	79	6	198	36	17	19	26	1.94
13184795--13184983	54	3.5	54	85	1	245	35	17	20	25	1.95
13184796--13184981	81	2.3	81	84	1	230	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13185182--13185236	27	2.1	26	86	3	74	20	21	21	36	1.95
13185202--13185261	27	2.3	26	85	8	77	21	20	18	40	1.92
13185352--13185410	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
13185575--13185648	27	2.8	25	84	10	85	17	24	21	36	1.95
13185789--13185919	6	21.8	6	77	14	137	20	16	14	48	1.80
13185764--13185919	30	5.4	30	84	9	198	21	17	13	48	1.81
13187058--13187293	116	2.0	116	83	4	296	36	16	8	38	1.79
13188662--13188686	13	1.9	13	100	0	50	44	24	0	32	1.54
13189374--13189420	17	2.8	17	93	0	76	36	31	6	25	1.81
13194693--13194736	6	6.7	6	80	19	52	79	4	0	15	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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