genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69886155--69886451	127	2.3	127	82	3	382	35	20	16	28	1.94
69887088--69887143	25	2.2	26	78	15	64	57	5	1	35	1.32
69887089--69887136	23	2.0	24	84	8	62	60	6	2	31	1.33
69888807--69888845	16	2.4	16	95	0	69	12	5	30	51	1.62
69896056--69896119	32	2.0	32	87	0	92	37	12	21	28	1.90
69904956--69905119	81	2.0	82	97	1	312	27	6	10	54	1.60
69906236--69906407	85	2.0	85	98	0	335	31	9	19	40	1.83
69907560--69907659	42	2.3	43	79	1	121	28	18	23	31	1.97
69910377--69910466	29	3.1	29	85	1	119	30	27	13	28	1.94
69916713--69916889	27	6.5	26	81	6	167	25	16	28	28	1.97
69916709--69916868	82	2.0	81	87	3	232	25	16	29	28	1.97
69916713--69916889	82	2.2	81	83	3	212	25	16	28	28	1.97
69919549--69919919	50	7.7	49	75	8	280	24	28	19	28	1.98
69919600--69919924	95	3.4	94	77	10	286	24	28	19	28	1.98
69919599--69919872	145	1.9	144	83	4	356	23	29	18	28	1.98
69921525--69921558	18	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
69922255--69922294	20	2.0	20	85	9	55	62	2	10	25	1.39
69923968--69924021	5	11.0	5	79	18	60	74	0	1	24	0.92
69923972--69924028	30	1.9	30	89	7	89	71	0	1	26	0.95
69930674--69930851	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
69930695--69930850	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69938864--69939041	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69938885--69939040	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
69941151--69941184	17	1.9	18	88	5	52	52	0	11	35	1.38
69943631--69943676	23	2.0	23	91	0	74	50	4	19	26	1.66
69962929--69962971	18	2.4	17	81	11	50	32	0	46	20	1.51
69963704--69963814	43	2.6	42	83	5	143	29	18	26	26	1.98
69984988--69985138	40	3.8	40	89	2	207	25	20	27	25	1.99
69984988--69985158	79	2.2	79	82	4	202	25	19	27	27	1.99
69991244--69991431	47	4.0	47	81	5	177	32	9	29	27	1.89
69991269--69991385	45	2.5	46	91	2	182	32	11	29	26	1.91
69992950--69993155	40	5.0	40	84	8	268	20	22	30	25	1.98
69995302--69995385	37	2.3	37	91	0	132	23	19	30	26	1.98
69995870--69996004	68	2.0	68	89	2	209	28	9	22	38	1.86
70008941--70009023	27	3.3	27	63	27	72	30	4	32	32	1.79
70008818--70009285	47	9.8	49	93	4	776	31	8	31	28	1.86
70008818--70009285	145	3.3	145	96	1	827	31	8	31	28	1.86
70009086--70009168	27	3.3	27	63	27	72	30	4	32	32	1.79
70016760--70017211	225	2.0	225	100	0	904	24	7	28	39	1.82
70019083--70019176	47	2.0	47	95	0	170	46	4	27	21	1.69
70027818--70028018	108	1.8	109	87	6	300	23	25	16	33	1.96
70027769--70028026	55	4.9	54	77	12	239	22	25	16	34	1.95
70041219--70041268	24	2.1	24	96	0	91	48	20	10	22	1.79
70041226--70041277	24	2.2	24	85	0	68	51	17	9	21	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70049779--70049861	43	2.1	41	82	17	104	57	10	2	28	1.45
70051229--70051255	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
70051425--70052122	44	16.0	44	72	9	414	24	27	15	32	1.95
70051442--70051751	132	2.3	131	92	1	494	23	29	15	31	1.95
70051758--70052022	90	3.0	90	89	0	397	27	26	15	31	1.95
70051857--70052005	45	3.3	45	69	10	133	26	26	14	31	1.95
70060073--70060109	16	2.3	16	95	0	65	2	43	0	54	1.14
70063700--70063783	43	2.1	40	80	14	93	55	11	2	29	1.48
70072933--70073013	27	3.0	27	96	0	144	23	33	35	7	1.83
70073101--70073145	25	1.9	22	86	13	63	71	0	26	2	0.98
70079866--70079933	20	3.5	20	80	8	77	0	29	0	70	0.87
70079870--70079941	12	5.8	12	76	12	65	0	29	0	70	0.87
70079874--70079940	26	2.6	27	83	6	77	0	29	0	70	0.88
70079906--70079936	6	5.2	6	92	0	53	0	19	0	80	0.71
70079971--70080010	16	2.4	16	88	12	55	0	37	0	62	0.95
70080107--70080152	22	2.1	22	84	4	58	17	26	41	15	1.88
70081343--70081401	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
70081372--70081431	26	2.4	24	83	8	75	30	0	1	68	0.99
70081375--70081432	25	2.3	26	82	5	75	29	0	1	68	0.99
70082527--70082570	16	2.9	15	76	6	52	38	15	0	45	1.47
70089416--70089567	40	3.8	40	97	0	268	29	20	26	23	1.99
70089411--70089595	80	2.3	80	86	1	257	28	19	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70097443--70097625	40	4.6	40	96	0	321	26	22	28	22	1.99
70099951--70100004	28	1.9	28	96	0	99	37	27	5	29	1.80
70105205--70105303	40	2.5	40	85	8	139	32	15	25	27	1.95
70111686--70111787	37	2.8	37	90	0	150	27	28	17	26	1.98
70111957--70112034	25	3.2	25	64	10	72	32	28	5	34	1.79
70111906--70112369	47	9.7	47	92	2	658	27	31	8	33	1.86
70111917--70112367	239	1.9	238	91	1	742	27	31	8	33	1.86
70116222--70117231	40	25.2	40	97	0	1869	27	27	20	24	1.99
70118523--70118624	37	2.8	37	90	0	150	27	28	17	26	1.98
70118743--70119383	47	13.6	47	76	9	527	29	28	10	31	1.91
70118639--70119383	378	2.0	376	93	2	1262	29	28	12	29	1.93
70123948--70124097	39	3.9	39	79	4	178	29	4	20	46	1.69
70123946--70124097	78	2.0	77	88	3	225	28	3	21	46	1.69
70124940--70124980	20	2.0	20	86	9	57	26	21	19	31	1.97
70125209--70125276	21	3.2	20	75	8	64	41	20	4	33	1.72
70132919--70132967	18	2.7	19	81	9	66	40	14	0	44	1.45
70141174--70141242	25	2.8	25	78	14	63	55	0	2	42	1.15
70141167--70141230	20	3.4	19	80	16	71	56	0	1	42	1.09
70141206--70141265	32	1.9	31	82	3	75	58	0	3	38	1.15
70151474--70151605	61	2.2	61	87	4	189	51	5	3	39	1.43
70152012--70152057	15	3.1	15	73	14	51	30	0	4	65	1.12
70156454--70156499	22	2.1	21	88	4	65	21	6	2	69	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70157740--70157818	24	3.2	24	66	22	63	41	17	10	30	1.83
70157716--70157821	51	2.1	51	96	0	194	42	17	9	30	1.81
70157716--70157799	27	3.2	27	64	16	68	41	16	8	33	1.78
70158596--70158648	27	2.0	27	96	0	97	52	15	5	26	1.64
70159323--70159370	20	2.4	20	79	6	53	43	14	4	37	1.65
70159497--70159544	22	2.0	25	88	11	75	39	6	2	52	1.39
70161098--70161931	131	6.4	131	99	0	1623	37	18	18	24	1.93
70163836--70164362	133	4.0	133	88	1	772	27	24	18	28	1.98
70163836--70164346	263	1.9	263	89	0	790	27	24	18	29	1.98
70170440--70170464	9	2.8	9	100	0	50	80	0	8	12	0.92
70174964--70175085	61	2.0	61	93	3	210	19	31	13	36	1.90
70178610--70178791	40	4.6	40	92	2	296	24	23	25	26	2.00
70179654--70179800	74	2.0	73	100	0	285	28	20	20	29	1.97
70181187--70181577	131	3.0	130	86	3	498	36	18	18	26	1.94
70187720--70187763	16	2.8	16	79	6	54	68	4	2	25	1.20
70191427--70191539	59	1.9	58	80	7	129	50	12	8	28	1.70
70191656--70192183	167	3.1	170	84	5	606	45	11	10	32	1.75
70191500--70192151	251	2.6	253	83	3	776	45	12	10	32	1.75
70191500--70192181	84	8.0	86	79	7	596	45	12	10	32	1.75
70192149--70192312	79	2.1	77	82	7	190	39	12	12	35	1.82
70192241--70192412	89	2.0	88	83	4	222	40	12	12	34	1.81
70198835--70198935	39	2.6	39	90	0	148	39	22	24	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70201743--70201877	70	1.9	70	87	0	198	32	21	20	25	1.98
70203008--70203040	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
70207763--70207890	66	1.9	66	95	0	229	35	10	27	26	1.90
70207935--70208061	46	2.8	46	83	0	164	34	11	31	22	1.89
70213349--70213385	19	2.1	19	90	10	60	54	5	13	27	1.61
70214103--70214152	10	5.0	10	86	13	68	70	0	8	22	1.13
70215122--70215215	25	3.8	25	78	5	84	26	23	19	30	1.98
70218026--70218119	25	3.8	24	85	2	107	24	23	22	29	1.99
70218026--70218121	50	1.9	50	85	8	133	23	22	21	31	1.99
70223886--70223997	25	4.5	24	82	7	120	22	23	22	32	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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