genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3843227--3843384	68	2.3	70	80	5	178	34	15	28	20	1.94
3843287--3843416	66	1.9	68	82	7	165	33	16	30	20	1.94
3846436--3846485	25	2.0	25	100	0	100	24	12	20	44	1.85
3861111--3861527	208	2.0	208	100	0	834	37	9	18	34	1.83
3863001--3863052	25	2.2	25	82	6	63	28	19	21	30	1.97
3863480--3863526	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
3863574--3863642	25	2.8	25	86	2	95	24	24	23	27	2.00
3863574--3863669	25	4.0	23	83	5	75	27	22	22	27	1.99
3863864--3863926	30	2.1	30	85	8	83	41	12	20	25	1.88
3866037--3866068	12	2.4	14	85	15	50	56	25	18	0	1.42
3866965--3867003	16	2.4	17	86	4	53	28	7	2	61	1.37
3866948--3867004	17	3.4	16	82	4	60	28	5	1	64	1.25
3866976--3867032	27	2.2	26	87	3	78	22	3	3	70	1.18
3875486--3875523	15	2.4	17	86	8	53	57	26	10	5	1.53
3880593--3880770	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
3880594--3880749	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
3880590--3880770	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
3880675--3880781	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
3895580--3895620	19	2.2	19	86	0	55	21	34	21	21	1.97
3895605--3895826	46	4.8	46	76	9	202	23	29	19	27	1.98
3895656--3895829	94	1.9	92	87	4	260	24	29	18	27	1.98
3897551--3897591	19	2.2	19	86	0	55	21	34	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3897576--3897797	46	4.8	46	76	9	202	23	29	19	27	1.98
3897627--3897800	94	1.9	92	87	4	260	24	29	18	27	1.98
3905339--3905437	42	2.3	42	89	1	153	22	14	29	34	1.93
3905336--3905480	43	3.4	42	83	1	155	22	15	28	33	1.94
3905407--3905541	43	2.9	45	81	8	139	23	16	28	31	1.96
3905452--3905551	51	2.0	51	87	0	146	24	16	27	33	1.95
3907867--3907915	15	3.3	15	88	0	71	14	10	16	59	1.61
3911021--3911107	43	2.0	43	86	0	120	26	19	27	26	1.99
3912170--3912207	19	2.0	19	89	0	58	15	21	18	44	1.86
3917635--3917717	31	2.7	31	94	3	143	27	25	16	30	1.97
3917937--3918006	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
3918915--3919071	27	5.7	27	77	7	93	29	8	20	42	1.81
3918999--3919097	27	3.7	27	86	0	126	29	8	24	38	1.84
3918998--3919130	54	2.5	54	79	7	146	30	10	21	37	1.87
3918995--3919137	27	5.3	26	75	9	117	30	10	23	36	1.88
3919129--3919277	27	5.5	27	87	1	201	42	6	21	30	1.77
3919129--3919299	54	3.2	54	87	1	236	40	6	22	30	1.79
3919129--3919287	81	2.0	81	87	0	228	40	6	21	31	1.78
3919129--3919299	27	6.3	27	86	0	198	40	6	22	30	1.79
3921563--3921646	31	2.7	31	85	5	109	27	27	14	30	1.95
3921839--3921910	25	2.9	24	83	4	72	27	20	20	30	1.98
3921866--3921935	25	2.8	25	86	0	95	25	21	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3922724--3922801	27	2.9	26	76	14	77	20	19	23	37	1.95
3922832--3922884	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
3922841--3922949	27	4.0	27	76	13	87	30	7	18	44	1.77
3922930--3923056	27	4.7	27	88	1	173	29	7	22	40	1.81
3922932--3923056	55	2.3	53	84	5	169	29	7	22	40	1.80
3922930--3923089	82	2.0	81	82	6	198	30	9	21	39	1.85
3922930--3923089	27	5.9	27	80	6	162	30	9	21	39	1.85
3923088--3923268	27	6.3	27	74	13	121	40	9	22	28	1.85
3923122--3923195	37	2.0	37	86	0	103	43	9	22	24	1.83
3930214--3930385	45	4.0	44	76	8	156	30	28	15	25	1.96
3932810--3932838	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
3952669--3952706	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
3954983--3955326	27	12.7	27	80	1	258	38	20	9	32	1.85
3954971--3955205	81	2.9	81	85	0	290	38	20	8	32	1.83
3955306--3955368	27	2.3	27	86	0	90	34	17	20	26	1.95
3955665--3955728	33	2.0	32	84	3	83	20	23	18	37	1.94
3955868--3955977	6	18.0	6	71	14	82	19	18	14	48	1.82
3955880--3955929	19	2.6	19	93	0	82	20	24	12	44	1.85
3957770--3957831	31	2.0	32	84	9	83	22	24	19	33	1.97
3958031--3958129	6	16.3	6	79	10	112	19	17	15	48	1.81
3957994--3958093	37	2.7	37	92	0	155	20	18	14	48	1.82
3960042--3960364	27	12.0	27	82	2	308	39	19	8	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3960042--3960346	54	5.7	54	84	1	353	39	20	8	31	1.82
3960042--3960364	81	4.0	81	84	6	361	39	19	8	32	1.82
3960042--3960400	81	4.4	81	82	7	286	38	19	8	32	1.82
3960162--3960400	27	8.9	27	77	9	112	39	18	8	33	1.82
3960383--3960444	27	2.3	27	80	5	72	35	16	20	27	1.94
3960423--3960487	26	2.4	27	75	14	71	21	16	23	38	1.93
3961026--3961112	6	14.3	6	79	11	97	18	18	14	48	1.82
3961001--3961103	43	2.4	43	90	0	161	18	20	13	47	1.82
3973311--3973369	28	2.1	28	100	0	118	27	22	6	44	1.78
3974612--3974650	19	2.1	19	100	0	78	30	30	10	28	1.90
3992805--3992847	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
3997855--3997892	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
4004502--4004564	31	2.1	29	85	11	83	30	25	0	44	1.54
4006030--4006105	37	2.1	37	100	0	152	42	23	10	23	1.85
4029371--4029488	45	2.6	45	93	2	193	26	27	24	22	2.00
4031422--4031573	76	2.0	76	98	0	295	26	28	13	31	1.94
4033672--4033731	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
4033925--4034069	24	6.0	24	84	8	170	28	20	20	30	1.97
4033945--4034069	24	5.2	24	93	2	207	29	19	20	31	1.97
4034118--4034164	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
4034561--4035477	458	2.0	458	100	0	1834	31	26	14	28	1.95
4042002--4042061	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4042151--4042223	24	3.0	24	86	7	103	32	16	17	32	1.93
4042272--4042312	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
4042341--4042388	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
4047416--4047445	15	2.0	15	93	0	51	13	10	6	70	1.34
4048587--4048616	16	1.9	15	93	6	51	63	3	0	33	1.11
4059201--4059273	21	3.5	21	84	0	101	16	31	31	20	1.95
4064741--4064842	40	2.6	40	89	4	145	22	26	23	27	2.00
4066873--4067129	39	6.5	39	87	3	356	29	28	22	19	1.98
4070685--4070902	40	5.5	40	88	1	314	25	27	22	24	2.00
4084578--4084619	21	2.0	21	86	9	59	26	7	23	42	1.80
4085717--4085764	25	1.9	25	83	8	62	43	10	6	39	1.64
4090817--4091010	40	4.8	40	87	1	262	25	28	22	23	1.99
4090817--4091011	81	2.4	80	85	5	266	25	28	22	23	1.99
4095196--4095232	19	1.9	19	94	0	65	27	0	10	62	1.28
4108066--4108239	43	4.1	42	80	9	176	32	28	16	23	1.96
4108538--4108566	15	1.9	15	100	0	58	48	13	0	37	1.43
4113013--4113156	27	5.3	27	77	8	132	43	18	17	20	1.89
4113013--4113139	54	2.4	54	81	2	157	43	20	16	19	1.88
4113145--4113272	27	4.8	26	77	8	123	25	15	22	35	1.94
4113145--4113273	54	2.4	55	79	7	147	25	16	22	35	1.94
4115531--4115614	43	2.0	43	100	0	168	26	22	26	25	2.00
4119543--4119652	41	2.6	43	85	4	143	31	27	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4119512--4119665	43	3.6	42	78	6	159	29	27	18	24	1.98
4124397--4124462	24	2.8	24	81	2	80	56	6	3	34	1.40
4130631--4130830	53	3.8	52	81	6	192	37	16	26	20	1.93
4136400--4136593	86	2.3	86	82	6	223	27	14	24	33	1.94
4136401--4136524	43	2.9	43	96	0	230	27	13	25	33	1.93
4136404--4136560	43	3.7	43	88	1	181	27	15	24	33	1.95
4137225--4137266	22	1.9	22	85	9	59	26	7	23	42	1.80
4137225--4137273	22	2.2	22	82	7	55	24	6	26	42	1.78
4137569--4137635	28	2.4	28	92	0	107	20	22	34	22	1.97
4137589--4137650	28	2.2	28	88	5	90	22	25	29	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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