genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26551361--26551402	18	2.3	19	83	4	50	71	4	0	23	1.05
26553288--26553329	6	6.8	6	79	15	50	19	2	0	78	0.86
26554735--26554768	10	3.3	10	91	4	50	0	29	0	70	0.87
26554733--26554782	15	3.1	16	82	8	57	4	28	0	68	1.08
26557437--26557498	25	2.4	26	82	15	76	25	30	6	37	1.81
26560164--26560324	81	2.0	80	87	1	232	40	20	8	31	1.81
26560161--26560323	27	6.1	27	86	6	199	40	21	7	30	1.82
26560306--26560384	27	2.9	27	92	0	122	39	16	11	32	1.84
26560172--26560351	54	3.3	52	80	11	159	40	20	7	31	1.80
26560172--26560378	81	2.6	80	81	5	229	40	19	8	31	1.82
26560774--26560814	22	1.9	21	90	5	64	21	7	24	46	1.77
26563264--26563345	28	3.1	27	80	5	87	21	21	19	36	1.95
26563297--26563368	27	2.7	27	84	4	83	23	22	19	34	1.96
26591228--26591293	33	2.0	33	85	5	89	31	10	15	42	1.81
26594877--26595052	94	1.9	93	82	8	223	23	28	18	28	1.98
26597890--26598074	27	6.9	27	82	6	196	38	18	9	32	1.83
26597883--26598047	54	3.1	54	82	6	217	38	20	9	32	1.85
26597889--26598091	81	2.5	81	85	4	257	38	18	9	33	1.83
26597972--26598099	27	4.8	26	83	3	139	38	19	11	30	1.88
26597890--26598099	54	3.9	53	81	9	169	38	18	10	32	1.85
26597972--26598114	54	2.6	54	81	6	130	39	18	12	30	1.87
26598344--26598442	50	2.0	50	82	4	119	26	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26598871--26598938	27	2.6	27	76	6	68	22	19	27	30	1.97
26600172--26600204	15	2.1	17	88	11	52	60	0	24	15	1.35
26607023--26607100	23	3.4	23	96	0	138	25	15	32	26	1.95
26613454--26613722	46	5.8	46	76	14	284	21	20	28	29	1.98
26613451--26613715	93	2.8	93	95	0	485	21	20	28	28	1.98
26619465--26619541	27	3.0	26	81	11	95	32	22	24	20	1.98
26628916--26628944	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
26631140--26631314	46	3.8	45	76	7	163	29	28	20	22	1.98
26631149--26631319	93	1.8	93	88	0	261	28	29	19	22	1.98
26632843--26632940	50	1.9	51	85	6	137	30	15	12	41	1.83
26632863--26632958	51	1.9	49	83	8	122	34	13	13	38	1.84
26639168--26639199	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
26640126--26640211	44	2.0	43	90	0	127	36	20	22	19	1.95
26643491--26643522	13	2.5	13	100	0	64	31	40	28	0	1.57
26647616--26647642	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
26656228--26656281	27	2.0	27	96	0	99	46	14	5	33	1.68
26657507--26657537	16	1.9	16	93	0	53	67	12	6	12	1.40
26657841--26657951	41	2.6	43	82	4	136	25	17	28	28	1.97
26658048--26658151	51	2.0	51	100	0	208	37	7	22	32	1.82
26660021--26660161	37	3.8	37	89	0	201	26	29	19	24	1.98
26660021--26660160	74	1.9	74	90	0	226	25	30	19	25	1.98
26660311--26660974	48	13.8	48	96	0	1213	31	26	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26663174--26663329	73	2.1	73	90	2	242	42	12	24	20	1.86
26665040--26665077	6	6.5	6	84	6	51	81	0	13	5	0.85
26665041--26665077	17	2.2	17	90	0	56	81	0	13	5	0.86
26666668--26666722	5	11.2	5	79	11	60	76	0	3	20	0.94
26666641--26666723	21	3.5	25	78	18	81	71	0	6	22	1.08
26684150--26684263	56	2.0	56	84	0	147	49	13	15	21	1.79
26684706--26684731	6	4.3	6	100	0	52	34	19	15	30	1.93
26687284--26687310	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26691951--26692029	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26692148--26692527	47	8.1	47	95	0	670	28	30	8	31	1.88
26694027--26694220	98	2.0	97	97	2	372	38	16	7	37	1.76
26699667--26699911	123	2.0	123	97	0	463	38	11	22	27	1.88
26700315--26700715	200	2.0	200	100	0	802	26	12	20	39	1.89
26704341--26704619	40	7.0	40	94	0	477	26	29	21	21	1.99
26705896--26706035	37	3.8	37	92	1	219	25	31	18	24	1.98
26706176--26706849	48	14.0	48	92	1	1091	30	25	6	36	1.81
26709063--26709214	77	2.0	77	88	0	223	37	11	26	23	1.90
26712661--26712698	6	6.5	6	84	6	51	81	0	13	5	0.85
26712662--26712698	17	2.2	17	90	0	56	81	0	13	5	0.86
26714288--26714342	5	11.2	5	79	11	60	76	0	3	20	0.94
26714261--26714344	21	3.6	25	77	19	83	71	0	5	22	1.07
26714510--26714646	69	2.0	68	100	0	265	24	16	42	16	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26716162--26716267	44	2.5	41	80	4	104	25	21	22	30	1.99
26725238--26725349	57	2.0	57	92	0	188	27	8	24	40	1.83
26729746--26729984	119	2.0	119	98	0	460	28	16	22	32	1.95
26731017--26731137	61	2.0	61	98	0	233	25	12	14	47	1.80
26732087--26732200	56	2.0	56	84	0	147	49	13	15	21	1.79
26732643--26732668	6	4.3	6	100	0	52	34	19	15	30	1.93
26735220--26735246	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26737380--26737571	102	1.9	102	98	0	375	29	15	16	38	1.90
26737552--26737592	21	2.0	21	100	0	82	43	19	9	26	1.82
26740284--26740374	46	2.0	46	86	0	128	26	31	6	35	1.82
26740389--26740466	22	3.4	22	67	27	63	23	26	12	37	1.91
26740384--26740695	47	6.6	47	93	0	435	25	27	11	34	1.91
26748708--26748797	45	2.0	45	97	0	171	35	5	22	36	1.78
26751148--26751250	37	2.8	37	92	0	161	24	31	20	24	1.98
26751391--26752304	48	19.0	48	99	0	1783	31	27	6	35	1.81
26760841--26760940	51	2.0	50	94	2	173	28	25	16	31	1.96
26760964--26761058	28	3.5	28	80	11	126	26	23	14	35	1.93
26762650--26762754	53	2.0	53	88	0	156	19	25	19	36	1.95
26780109--26780209	51	2.0	51	94	0	175	29	27	12	29	1.93
26780233--26780351	52	2.3	52	94	0	211	26	23	14	35	1.93
26780233--26780348	24	4.4	27	82	15	154	26	24	13	35	1.93
26783463--26783618	67	2.4	66	79	6	176	28	16	32	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26793397--26793492	48	2.0	48	97	0	183	51	8	15	25	1.71
26796003--26796054	28	1.9	27	84	7	70	28	23	3	44	1.71
26797657--26797759	27	3.8	27	83	5	100	21	23	19	35	1.96
26797658--26797759	54	1.9	53	81	2	123	20	23	19	36	1.95
26797896--26798015	6	19.3	6	66	19	59	20	16	14	49	1.80
26797896--26798007	31	3.6	31	85	1	143	20	16	13	49	1.80
26804015--26804095	28	2.9	28	88	3	110	33	32	6	28	1.82
26804087--26804179	40	2.3	40	84	0	123	33	26	19	20	1.96
26806268--26806309	21	2.0	22	85	4	59	16	30	28	23	1.96
26818102--26818351	40	6.3	40	82	3	224	25	27	22	24	2.00
26818102--26818351	80	3.2	80	80	5	258	25	27	22	24	2.00
26831291--26831573	51	5.8	49	79	10	276	24	29	18	26	1.98
26831291--26831561	95	2.8	99	82	6	293	24	29	19	26	1.98
26831291--26831562	146	1.9	143	84	7	361	25	29	19	26	1.98
26831291--26831575	50	5.8	50	79	7	289	24	29	18	27	1.98
26832961--26833232	46	5.8	48	76	11	235	23	30	19	26	1.98
26833107--26833277	94	1.8	92	82	16	219	22	30	18	28	1.97
26832960--26833274	46	6.7	46	75	15	210	23	30	18	27	1.98
26840099--26840331	47	5.0	47	89	0	340	32	11	29	26	1.91
26840128--26840246	22	5.1	22	66	22	73	32	13	29	24	1.93
26840145--26840233	25	3.7	24	67	18	60	34	11	28	25	1.90
26840310--26840493	98	1.9	96	92	4	307	36	7	26	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26840309--26840493	48	3.8	48	90	5	300	36	7	25	30	1.83
26840628--26840703	37	2.1	37	97	0	143	30	18	26	25	1.98
26842708--26842891	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
26842708--26842888	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
26842789--26842938	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
26850664--26850873	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
26850611--26850873	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
26850612--26850908	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
26856852--26856906	3	18.0	3	77	3	56	32	1	1	63	1.15
26856855--26856906	22	2.4	21	90	3	77	32	1	1	63	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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