genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90122812--90122948	50	2.7	50	90	0	211	26	17	27	29	1.98
90126857--90126901	20	2.2	20	88	0	63	35	13	0	51	1.41
90129869--90130152	40	7.1	40	87	4	405	26	27	21	24	1.99
90133499--90133551	21	2.5	20	84	6	61	35	41	7	15	1.75
90134158--90134183	6	4.3	6	100	0	52	80	0	19	0	0.71
90134122--90134203	36	2.3	36	81	6	96	69	1	24	4	1.15
90134467--90134560	47	2.0	47	87	0	134	29	24	9	36	1.87
90135750--90135809	23	2.6	23	76	12	59	5	23	0	71	1.05
90136182--90136213	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
90136182--90136212	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
90140633--90140664	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
90140633--90140663	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
90153442--90153518	34	2.2	35	90	4	120	38	19	7	33	1.81
90188348--90188495	42	3.5	42	79	1	154	30	24	14	30	1.95
90188329--90188483	84	1.8	84	87	0	220	29	26	15	28	1.96
90192610--90192704	46	2.1	45	84	5	120	26	14	17	41	1.89
90197183--90197282	26	4.0	25	73	13	73	59	3	4	34	1.32
90197197--90197343	27	5.8	25	73	10	95	62	5	4	27	1.37
90197361--90197497	50	2.8	50	73	14	133	56	4	7	32	1.47
90197351--90197532	47	3.7	47	75	11	136	57	4	7	31	1.46
90199105--90199188	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
90199057--90199279	49	4.5	49	88	2	302	25	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90207798--90207940	50	2.9	50	95	0	250	29	26	18	25	1.98
90209061--90209102	18	2.4	18	80	4	50	38	9	14	38	1.78
90216917--90216949	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
90217480--90217693	45	4.9	44	85	6	197	28	28	21	21	1.99
90217518--90217693	45	3.9	45	86	4	239	28	28	22	20	1.98
90233492--90233593	27	3.8	27	74	10	82	25	26	11	36	1.90
90233980--90234042	27	2.3	27	83	5	74	36	22	7	33	1.83
90248380--90248412	17	2.0	17	88	5	50	54	0	9	36	1.32
90251446--90251506	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
90254926--90254966	16	2.4	16	88	8	55	60	2	4	31	1.30
90255688--90255729	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
90262025--90262099	35	2.1	34	97	0	123	40	17	5	37	1.72
90263989--90264206	40	5.5	40	87	2	289	25	28	23	22	1.99
90265993--90266101	54	2.0	54	98	0	209	18	18	22	40	1.91
90268036--90268117	39	2.1	39	95	0	146	56	13	4	25	1.57
90268048--90268110	19	3.3	19	68	27	60	55	11	6	26	1.59
90277384--90277496	27	4.2	27	79	4	95	34	21	24	19	1.96
90277475--90277574	27	3.7	28	80	7	100	34	18	27	21	1.96
90277460--90277593	27	5.0	27	75	1	72	35	19	24	20	1.95
90280144--90280202	24	2.5	24	76	15	61	27	20	15	37	1.92
90281990--90282091	51	2.0	51	96	0	186	27	16	28	27	1.97
90283728--90283876	58	2.6	56	91	3	237	36	8	18	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90283783--90283872	30	3.2	30	64	20	75	36	7	18	36	1.80
90287495--90287670	40	4.4	40	89	3	250	25	22	26	25	2.00
90289610--90289737	67	1.9	67	90	0	202	31	27	21	20	1.98
90290552--90291097	276	2.0	276	91	1	880	31	23	11	33	1.90
90297099--90297240	40	3.5	40	83	4	178	23	24	24	26	2.00
90304792--90304839	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
90304876--90304938	20	3.2	20	88	0	99	38	11	17	33	1.85
90304992--90305121	24	5.4	24	86	7	183	30	20	20	29	1.98
90312681--90312728	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
90312765--90312827	20	3.2	20	93	0	108	34	14	19	31	1.91
90313098--90313147	25	2.0	25	88	0	73	30	24	20	26	1.98
90313186--90313242	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
90312423--90313262	419	2.0	419	96	0	1545	32	15	20	32	1.93
90313184--90313246	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
90313300--90313443	24	6.0	24	87	8	204	28	21	21	28	1.99
90313636--90313699	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
90314352--90314457	53	2.0	53	98	0	203	19	16	34	28	1.94
90319514--90319667	76	2.0	76	93	0	263	24	9	24	42	1.83
90321950--90321975	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
90321963--90322098	40	3.3	40	78	9	132	34	22	22	20	1.97
90321963--90322116	41	3.8	41	80	6	152	36	22	21	19	1.95
90322273--90322324	7	7.4	7	80	0	50	25	0	25	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90322383--90322500	7	16.6	7	72	10	62	23	0	38	38	1.55
90322581--90322644	22	2.9	22	90	0	101	21	3	50	25	1.64
90322584--90322648	7	9.0	7	72	12	51	20	3	52	24	1.61
90322669--90322836	14	11.9	14	66	15	60	24	0	34	40	1.60
90322688--90322757	28	2.5	28	83	6	79	22	0	34	42	1.54
90322705--90322796	36	2.6	36	78	0	103	21	1	38	39	1.61
90322707--90322756	15	3.4	15	75	8	50	20	0	38	42	1.52
90322705--90322836	7	18.6	7	70	9	63	23	0	37	38	1.61
90323019--90323220	75	2.7	73	94	3	359	51	8	10	28	1.66
90325349--90325374	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
90325362--90325497	40	3.3	40	78	9	132	34	22	22	20	1.97
90325362--90325515	41	3.8	41	80	6	152	36	22	21	19	1.95
90325672--90325723	7	7.4	7	80	0	50	25	0	25	50	1.50
90325782--90325899	7	16.6	7	72	10	62	23	0	38	38	1.55
90325980--90326043	22	2.9	22	90	0	101	21	3	50	25	1.64
90325983--90326047	7	9.0	7	72	12	51	20	3	52	24	1.61
90326068--90326235	14	11.9	14	64	17	53	25	0	33	40	1.60
90326087--90326156	28	2.5	28	83	6	79	22	0	34	42	1.54
90326106--90326155	15	3.4	15	75	8	50	20	0	38	42	1.52
90326418--90326619	75	2.7	74	93	1	343	52	8	11	27	1.66
90328071--90328110	15	2.7	15	84	0	62	25	0	42	32	1.55
90328124--90328227	7	14.7	7	69	8	50	23	0	28	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90328184--90328300	36	3.3	36	78	7	105	23	0	36	39	1.55
90328186--90328235	15	3.4	15	75	8	50	20	0	38	42	1.52
90328215--90328306	35	2.6	34	80	8	96	27	0	35	36	1.57
90328184--90328301	7	16.6	7	71	10	62	23	0	37	38	1.55
90331698--90331742	19	2.4	19	88	3	65	22	2	4	71	1.15
90331713--90331761	19	2.5	20	83	6	57	22	2	4	71	1.13
90340866--90340896	16	1.9	16	93	0	53	48	12	22	16	1.80
90341111--90341211	29	3.5	29	90	0	166	26	12	29	30	1.93
90354324--90354377	27	2.0	27	96	0	99	25	20	14	38	1.91
90362573--90363008	29	14.9	29	73	8	283	36	12	26	25	1.92
90362545--90362995	88	5.1	87	81	7	282	36	12	25	25	1.91
90362594--90362820	117	1.9	117	92	1	384	36	13	25	24	1.92
90362545--90362934	205	1.9	206	89	2	606	36	12	25	25	1.90
90362684--90363008	88	3.7	88	86	4	431	36	13	25	24	1.92
90364234--90364265	13	2.5	13	89	0	55	15	43	31	9	1.78
90365758--90365833	39	1.9	39	81	5	91	34	15	25	25	1.95
90371681--90371791	40	2.8	40	78	2	118	37	16	25	20	1.93
90374912--90375031	60	2.0	60	95	0	213	12	30	26	30	1.93
90378156--90378256	49	2.1	49	90	0	157	23	18	26	30	1.98
90378156--90378269	49	2.3	49	87	0	147	24	19	26	29	1.98
90384328--90384377	23	2.3	22	83	13	59	36	18	2	44	1.61
90384702--90384857	68	2.3	67	79	11	163	21	27	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90396212--90396290	13	6.2	13	76	2	70	20	29	31	18	1.97
90397030--90397182	79	1.9	79	89	2	236	30	33	12	23	1.92
90399126--90399167	18	2.3	18	88	8	59	19	42	26	11	1.85
90403301--90403433	56	2.4	56	89	0	203	33	23	14	28	1.94
90403412--90403475	31	2.1	31	90	0	101	28	26	17	28	1.97
90419410--90419440	8	3.9	8	91	0	53	12	16	22	48	1.80
90419405--90419439	16	2.2	16	94	0	61	14	17	20	48	1.81
90443518--90443563	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
90444393--90444442	22	2.2	23	89	3	75	54	4	0	42	1.19
90451192--90451235	21	2.0	22	95	4	81	36	9	29	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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