genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  283  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97615573--97615624	27	2.0	25	85	7	68	13	13	0	73	1.11
97615573--97615620	26	1.9	25	83	8	62	14	12	0	72	1.11
97623508--97623582	38	2.0	38	89	0	114	22	22	25	29	1.99
97623580--97623704	43	2.9	43	90	0	187	14	24	32	29	1.94
97624021--97624128	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
97626097--97626195	27	3.6	27	76	8	90	27	6	0	66	1.15
97626100--97626194	19	5.0	19	78	7	79	27	6	0	66	1.16
97626097--97626183	9	9.4	9	68	18	54	26	5	0	67	1.12
97626197--97626424	91	2.5	87	85	7	298	33	10	19	37	1.85
97626986--97627029	17	2.5	18	85	10	56	22	4	6	65	1.35
97627962--97628023	30	2.1	31	84	6	83	51	4	0	43	1.23
97630012--97630072	32	1.9	31	83	9	79	47	1	11	39	1.50
97631674--97631707	17	2.0	17	88	0	50	47	0	8	44	1.34
97632336--97632427	46	2.0	46	100	0	184	41	26	8	23	1.83
97647332--97647373	21	2.0	21	90	4	68	42	2	2	52	1.27
97650380--97650440	30	2.0	30	93	0	104	13	19	24	42	1.87
97654149--97654211	30	2.1	30	96	0	117	42	17	11	28	1.83
97655291--97655378	42	2.1	42	97	0	167	25	17	12	45	1.83
97656080--97656132	26	2.0	26	100	0	106	35	15	15	33	1.88
97658815--97658865	17	3.1	16	83	8	66	74	1	5	17	1.11
97659387--97659517	8	17.9	7	69	22	58	64	2	3	29	1.24
97659443--97659488	23	2.0	23	87	8	67	63	0	4	32	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97661987--97662157	93	1.8	93	92	0	288	26	29	21	22	1.99
97661979--97662154	46	3.8	46	79	10	196	27	28	21	22	1.99
97664552--97664620	15	4.6	15	85	0	93	56	13	18	11	1.66
97664541--97664629	30	3.0	30	81	1	99	56	15	17	10	1.67
97664552--97664629	15	5.2	15	77	9	70	55	15	17	11	1.69
97667555--97667726	93	1.8	93	91	0	281	27	29	20	22	1.98
97667548--97667717	46	3.7	44	77	10	180	29	30	19	20	1.97
97669935--97669978	18	2.4	18	84	0	61	52	11	15	20	1.74
97670127--97670206	26	3.0	27	82	10	94	38	21	22	17	1.93
97670827--97671075	27	9.3	27	83	4	261	24	19	18	36	1.95
97670861--97671099	81	3.0	81	82	3	214	25	18	18	37	1.93
97671063--97671241	27	6.7	27	80	6	186	31	10	17	40	1.83
97671061--97671200	53	2.6	53	89	0	217	32	10	16	40	1.82
97671059--97671262	80	2.6	78	81	9	232	30	9	20	39	1.85
97671059--97671262	27	7.7	26	78	7	178	30	9	20	39	1.85
97673199--97673232	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
97673223--97673257	18	1.9	18	100	0	70	57	5	14	22	1.59
97673241--97673303	25	2.5	25	89	0	99	47	11	19	22	1.80
97673449--97673504	26	2.1	27	83	3	69	39	25	23	12	1.89
97673663--97673728	22	3.0	22	73	8	71	34	21	22	21	1.96
97674009--97674262	27	9.4	27	82	3	228	24	19	18	37	1.94
97674009--97674258	54	4.6	54	78	3	252	24	19	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97674010--97674258	81	3.1	81	86	0	327	24	19	18	37	1.94
97674244--97674424	27	6.8	27	72	8	129	33	9	17	38	1.83
97674109--97674335	54	4.2	54	74	9	144	26	15	18	39	1.90
97674244--97674371	53	2.4	53	84	0	166	35	10	14	39	1.82
97674242--97674436	80	2.4	79	83	5	223	32	10	18	38	1.85
97674269--97674383	53	2.2	52	79	3	122	37	11	13	37	1.81
97680478--97680568	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
97680582--97680873	47	6.2	47	90	0	440	26	28	11	33	1.91
97680548--97680873	94	3.5	94	90	0	465	25	29	11	33	1.91
97680548--97680873	141	2.3	140	86	2	454	25	29	11	33	1.91
97683816--97683935	43	2.8	42	79	12	127	30	28	16	24	1.96
97689996--97690038	18	2.4	18	81	11	54	34	4	23	37	1.76
97701769--97701847	39	2.0	39	100	0	158	17	22	10	49	1.77
97709669--97709705	16	2.3	16	95	0	65	45	13	24	16	1.83
97709921--97710006	29	3.0	30	85	12	112	25	15	32	26	1.95
97709921--97710006	28	3.0	28	83	12	106	25	15	32	26	1.95
97716604--97716653	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
97716615--97716662	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
97730807--97730832	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
97735521--97735647	64	2.0	64	95	0	227	40	6	7	45	1.58
97736132--97736200	33	2.1	33	86	0	93	23	17	39	20	1.92
97739297--97739370	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97741664--97741948	40	7.2	40	94	2	468	25	28	22	23	1.99
97746017--97746049	3	11.7	3	87	12	52	0	33	0	66	0.92
97746017--97746049	8	3.9	9	88	11	52	0	33	0	66	0.92
97747560--97747817	40	6.5	40	88	2	342	27	27	21	23	1.99
97752926--97752978	27	2.0	27	84	0	70	41	9	9	39	1.70
97759890--97760009	46	2.6	46	85	5	152	27	20	28	23	1.99
97759892--97760157	49	5.6	47	76	10	190	26	20	28	24	1.99
97759892--97760149	142	1.8	138	82	9	326	27	19	29	24	1.99
97770222--97771133	139	6.6	139	99	0	1788	29	28	19	22	1.98
97777765--97777878	39	2.9	39	88	0	165	26	27	21	24	2.00
97780013--97780127	27	4.3	26	75	11	88	34	18	23	23	1.96
97780047--97780126	28	2.9	28	83	3	101	32	17	26	23	1.97
97784280--97784447	40	4.2	39	79	4	131	25	26	23	24	2.00
97784303--97784447	40	3.6	40	84	4	175	24	25	24	26	2.00
97791394--97791509	27	4.3	28	77	9	93	33	22	23	20	1.97
97811901--97811930	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
97814122--97814148	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
97819553--97819622	32	2.2	32	84	2	86	15	28	4	51	1.62
97822001--97822120	29	4.2	29	88	1	170	29	12	28	30	1.93
97823317--97823446	27	4.9	27	82	0	154	24	14	20	40	1.90
97825616--97825655	12	3.3	12	85	0	53	32	0	40	27	1.57
97827124--97827265	27	5.3	27	88	3	216	26	14	19	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97827124--97827265	52	2.7	53	88	2	214	26	14	19	38	1.91
97827136--97827295	79	2.0	79	82	2	196	28	15	18	37	1.92
97827124--97827308	54	3.5	52	85	3	163	27	16	18	37	1.92
97834276--97834312	10	3.7	10	88	0	56	64	21	2	10	1.37
97835452--97835623	45	3.9	44	87	5	206	25	29	20	24	1.99
97836878--97836975	30	3.1	30	68	16	90	46	13	11	28	1.77
97836849--97836975	64	2.0	64	96	0	236	44	13	14	28	1.82
97836849--97836952	34	3.1	35	66	16	103	42	13	16	27	1.86
97842518--97842559	22	1.9	22	95	0	75	35	11	14	38	1.83
97842977--97843148	45	3.9	45	83	5	183	26	26	21	25	1.99
97842977--97843148	90	1.9	89	81	8	208	26	26	21	25	1.99
97843955--97844097	47	3.0	47	96	0	259	41	13	14	29	1.85
97846098--97846180	26	3.2	26	75	10	80	28	21	24	25	1.99
97846098--97846171	26	2.8	26	81	0	94	31	18	25	24	1.98
97846931--97847071	41	3.5	41	84	2	169	36	13	27	22	1.92
97850005--97850098	42	2.2	43	84	5	120	31	22	18	27	1.97
97849986--97850106	43	2.8	43	78	9	131	32	23	18	26	1.97
97851819--97851998	40	4.5	40	92	2	292	24	23	26	25	2.00
97855638--97855735	49	2.0	49	97	0	187	26	17	22	33	1.96
97859528--97859754	40	5.6	40	82	9	246	24	22	27	25	1.99
97881548--97881693	40	3.7	40	84	5	188	26	27	22	23	2.00
97883907--97884107	100	2.0	100	88	1	296	28	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97889216--97889477	40	6.6	40	89	4	370	26	27	21	25	1.99
97889216--97889473	119	2.2	120	87	4	362	26	26	21	25	1.99
97893094--97893130	19	1.9	19	89	10	58	70	2	24	2	1.14
97896917--97897033	56	2.1	56	95	1	209	37	12	18	30	1.89
97899372--97899435	30	2.2	29	94	2	110	34	21	17	26	1.95
97900610--97900711	51	2.0	51	100	0	204	21	25	13	39	1.90
97905162--97905219	28	2.1	28	93	0	98	31	37	18	12	1.88
97909243--97910224	40	24.6	40	94	0	1725	28	26	21	23	1.99
97912949--97912985	19	1.9	19	89	10	58	70	2	24	2	1.14
97925967--97926468	47	10.6	47	92	1	797	29	29	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290