genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  102  of  290  ( 34714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35015367--35015457	41	2.2	41	96	0	164	31	9	25	32	1.89
35017796--35017962	27	6.2	28	82	6	186	38	18	18	24	1.93
35017796--35017962	54	3.1	53	86	3	217	38	18	18	24	1.93
35017796--35017962	81	2.1	81	86	4	230	38	18	18	24	1.93
35026247--35026313	27	2.5	26	78	9	80	35	16	26	20	1.94
35026425--35026458	15	2.2	16	89	5	52	55	17	5	20	1.62
35026469--35026532	27	2.4	27	89	0	92	28	15	20	35	1.93
35031217--35031394	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
35031218--35031373	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
35031214--35031394	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
35039228--35039324	27	3.6	27	92	2	158	25	13	29	30	1.94
35039203--35039324	55	2.2	56	88	1	174	24	13	30	31	1.93
35039228--35039337	27	4.0	27	87	4	114	28	12	27	31	1.93
35042959--35042983	13	1.9	13	100	0	50	40	12	8	40	1.72
35046772--35046985	45	4.9	45	74	8	147	32	24	17	25	1.97
35051094--35051260	43	3.9	43	78	6	178	32	23	14	29	1.94
35060422--35060556	55	2.5	55	86	2	191	22	34	26	16	1.95
35064844--35064917	27	2.7	27	87	0	103	39	18	16	25	1.91
35064848--35064933	27	3.2	27	86	0	100	38	16	17	27	1.91
35065094--35065145	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
35073314--35073428	46	2.5	44	81	6	124	22	29	19	28	1.98
35076146--35076413	140	1.9	140	96	0	500	30	11	17	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35079766--35079892	46	2.8	46	83	8	161	27	22	29	21	1.99
35079911--35080123	93	2.3	93	88	0	300	27	18	26	27	1.98
35079909--35080077	44	3.7	44	77	7	167	26	17	26	29	1.98
35079909--35080172	49	5.6	47	75	7	182	29	18	25	26	1.98
35083686--35083725	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
35084929--35085089	49	3.3	48	88	4	216	27	27	18	26	1.98
35085012--35085179	46	3.6	46	78	9	155	25	29	17	27	1.97
35085521--35085619	26	3.8	26	91	0	162	31	8	24	36	1.84
35095319--35095536	49	4.6	47	81	12	184	25	29	18	26	1.98
35095373--35095536	46	3.5	44	86	9	179	25	31	16	26	1.97
35095416--35095629	46	4.6	46	77	8	195	24	31	17	26	1.97
35104888--35104954	34	2.0	34	90	0	107	37	13	11	37	1.82
35105467--35105629	44	3.6	44	75	8	173	23	19	29	27	1.98
35105324--35105723	49	8.5	47	69	12	207	28	19	28	24	1.98
35105467--35105681	93	2.3	93	90	0	349	25	20	29	25	1.99
35105507--35105771	142	1.8	146	82	7	346	26	20	28	24	1.99
35107663--35107700	19	2.1	19	90	5	60	21	26	34	18	1.96
35111738--35111775	9	4.2	9	96	0	58	26	13	21	39	1.89
35117931--35117980	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
35117929--35117987	31	1.9	31	92	0	100	28	32	0	38	1.57
35117923--35117980	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
35118243--35118319	39	2.0	39	100	0	154	20	31	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35120083--35120468	116	3.3	116	95	0	646	39	3	8	47	1.52
35123486--35124024	126	4.3	126	89	0	810	27	21	17	32	1.96
35124110--35124309	97	2.0	99	84	6	264	42	16	1	40	1.54
35124306--35124347	16	2.6	16	77	11	50	54	23	0	21	1.44
35125486--35125517	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
35125505--35125548	20	2.2	20	84	8	54	38	0	9	52	1.33
35125507--35125874	170	2.2	170	98	0	711	45	4	8	41	1.54
35125668--35125718	20	2.6	20	78	9	52	39	0	7	52	1.30
35126764--35126795	12	2.7	12	95	0	55	50	3	3	43	1.33
35126992--35127038	24	1.9	25	83	12	62	38	0	10	51	1.37
35127013--35127070	15	3.9	15	88	6	91	36	0	13	50	1.42
35127013--35127065	5	10.6	5	76	15	56	35	0	15	49	1.45
35127613--35127653	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
35129006--35129056	25	2.0	26	85	11	70	74	1	19	3	1.07
35135909--35135982	23	3.2	24	71	17	77	50	4	1	44	1.29
35136096--35136141	20	2.3	21	81	7	60	65	0	0	34	0.93
35139131--35139428	48	6.3	47	74	6	221	26	20	27	25	1.99
35139132--35139428	96	3.1	95	80	6	313	26	20	27	24	1.99
35152812--35153200	39	9.9	39	86	2	438	28	27	22	21	1.99
35152851--35153182	119	2.8	119	88	0	477	28	28	21	21	1.99
35152792--35153196	119	3.4	118	82	3	463	28	27	21	22	1.99
35156680--35156737	28	2.1	28	96	0	107	37	27	12	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35159312--35159387	30	2.4	32	86	8	120	34	11	9	44	1.73
35168020--35168060	20	2.0	20	85	0	55	48	0	4	46	1.23
35170305--35170348	13	3.2	13	84	9	61	36	0	0	63	0.95
35171470--35171502	15	2.2	15	89	10	50	15	9	0	75	1.03
35177524--35177634	39	2.8	39	81	0	114	32	6	22	38	1.79
35177901--35177925	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
35180983--35181025	18	2.4	18	88	7	61	58	0	0	41	0.98
35180984--35181037	18	3.1	17	82	12	56	55	3	0	40	1.17
35188803--35188938	56	2.4	56	91	0	218	27	15	24	33	1.95
35188804--35188967	56	2.9	56	85	5	163	26	14	25	32	1.95
35209124--35209308	46	4.1	46	66	10	121	31	22	20	25	1.98
35209307--35210061	132	5.7	132	96	0	1357	29	26	16	27	1.97
35224889--35225063	46	3.6	48	75	11	164	28	16	31	24	1.96
35225120--35225242	46	2.7	44	86	7	149	25	17	30	26	1.97
35225166--35225334	48	3.6	48	80	6	168	26	17	30	24	1.97
35225214--35225385	50	3.5	48	80	7	161	25	19	29	25	1.99
35224896--35225413	269	1.9	271	93	2	900	25	17	30	26	1.98
35225357--35225417	32	1.9	32	93	0	104	24	16	31	27	1.96
35241298--35241343	20	2.4	19	88	3	65	30	19	0	50	1.48
35241295--35241367	19	3.8	19	78	8	69	28	21	0	49	1.50
35241330--35241367	18	2.1	19	90	5	60	23	26	0	50	1.50
35243374--35243413	21	2.0	20	85	5	53	20	27	37	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35244640--35244757	48	2.5	48	87	5	161	22	24	21	31	1.98
35246155--35246382	50	4.5	50	76	4	190	23	16	26	32	1.96
35246151--35246382	101	2.3	100	83	3	277	24	17	26	32	1.97
35246594--35246623	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
35248663--35248881	46	4.7	46	85	9	311	21	21	28	29	1.98
35254479--35254504	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
35257323--35258824	352	4.3	352	85	2	1911	32	17	11	38	1.85
35259896--35259978	43	1.9	44	87	2	123	27	31	10	30	1.91
35267620--35267699	11	8.0	11	68	19	59	28	0	2	68	1.02
35267618--35267660	15	2.7	15	83	16	52	27	0	2	69	1.00
35267617--35267690	17	4.3	17	81	13	80	28	0	2	68	1.03
35272632--35272739	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
35279585--35279769	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
35279586--35279769	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
35279638--35279802	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
35283769--35283805	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
35284363--35285011	267	2.4	271	92	3	1054	30	11	15	42	1.81
35284978--35285052	37	2.0	37	97	0	141	30	5	14	49	1.66
35299096--35299169	36	2.1	36	97	0	139	45	8	21	24	1.78
35301640--35301691	26	2.0	26	100	0	104	34	11	19	34	1.88
35323522--35323554	13	2.5	13	100	0	66	33	39	21	6	1.78
35337993--35338177	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35337994--35338177	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
35338046--35338210	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
35340676--35340700	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
35343245--35343372	47	2.8	44	73	12	123	29	18	27	24	1.98
35345954--35346031	41	1.9	41	84	10	106	29	32	21	16	1.96
35358373--35358398	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
35373471--35373531	30	2.0	30	83	0	77	29	24	3	42	1.70
35380062--35380205	60	2.4	62	78	10	145	28	26	18	27	1.98
35381711--35381765	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
35393033--35393217	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290