genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30251629--30251656	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
30257943--30257989	19	2.5	19	96	0	85	23	10	14	51	1.74
30259585--30259644	29	2.0	29	84	9	77	53	3	1	41	1.27
30259834--30259872	19	2.2	18	86	9	53	46	0	2	51	1.14
30261556--30261704	74	2.0	74	98	0	289	51	3	10	34	1.54
30265385--30265427	22	2.0	22	86	9	61	55	0	2	41	1.12
30265591--30265644	27	2.0	27	82	7	65	42	3	5	48	1.44
30272867--30273668	2	401.0	2	99	0	1586	49	0	49	0	1.02
30273668--30273956	2	144.5	2	97	0	398	6	0	50	42	1.28
30276948--30276983	19	1.9	19	88	5	56	77	2	0	19	0.88
30276994--30277029	17	2.1	17	94	0	63	44	19	11	25	1.83
30277037--30277070	17	2.0	17	100	0	68	23	5	35	35	1.79
30279615--30279742	68	1.9	68	83	0	166	25	23	16	35	1.95
30285731--30285812	42	2.0	42	95	0	146	48	7	2	41	1.44
30288347--30288423	40	1.9	40	91	0	127	36	35	14	14	1.86
30288787--30288821	17	2.0	18	94	5	63	17	45	25	11	1.81
30288813--30289096	144	2.0	145	93	0	489	18	36	25	19	1.94
30288812--30289133	144	2.2	142	86	4	382	18	37	25	18	1.93
30295638--30295732	40	2.4	40	84	3	113	38	37	10	12	1.78
30296165--30296204	21	1.9	21	89	0	62	25	45	15	15	1.84
30304217--30304267	24	2.1	25	89	7	79	56	21	0	21	1.42
30311950--30311987	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30318096--30318217	43	2.9	42	83	7	156	28	23	17	30	1.97
30324561--30324587	12	2.2	12	100	0	54	14	22	25	37	1.93
30326935--30327129	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
30327107--30327205	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
30327162--30327195	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
30327167--30327214	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
30327255--30327289	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
30327259--30327331	28	2.7	27	76	8	76	45	0	2	52	1.15
30327451--30327545	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
30327524--30327556	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
30327537--30327579	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
30332819--30332913	47	2.0	47	97	0	181	25	14	33	26	1.94
30334994--30335077	28	3.0	29	68	23	79	14	28	9	47	1.75
30334965--30335076	56	2.0	56	96	0	206	13	29	8	48	1.73
30337618--30337712	44	2.1	45	94	3	174	33	18	29	17	1.95
30342947--30343047	25	4.2	24	72	11	82	43	0	1	54	1.11
30347086--30347140	27	2.0	27	85	3	74	29	3	0	67	1.08
30347314--30347365	6	8.7	6	97	0	86	38	34	11	15	1.83
30351407--30351462	23	2.5	22	81	18	71	67	3	7	21	1.30
30372375--30372427	24	2.1	26	86	6	74	56	9	20	13	1.64
30372725--30372807	3	27.7	3	85	0	112	28	4	0	66	1.12
30373065--30373123	25	2.4	23	73	15	55	28	8	3	59	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30373154--30373206	25	2.2	24	86	6	72	30	5	0	64	1.17
30373372--30373633	125	2.1	127	85	7	347	33	13	15	37	1.87
30373407--30373675	125	2.2	125	80	9	307	29	15	18	36	1.91
30374568--30374606	13	2.9	13	85	7	51	61	0	0	38	0.96
30376152--30376200	10	5.2	10	72	22	52	44	8	18	28	1.78
30376150--30376204	27	2.0	27	96	0	101	43	7	20	29	1.78
30385390--30385440	23	2.3	23	83	16	63	49	3	1	45	1.32
30389086--30389125	21	1.9	21	94	0	71	22	10	30	37	1.87
30395126--30395173	2	24.0	2	82	0	60	50	43	4	2	1.33
30395139--30395191	18	3.2	18	66	20	51	50	35	7	5	1.54
30395126--30395191	32	2.1	32	97	0	123	50	39	6	4	1.48
30397909--30397937	14	2.0	15	93	6	51	0	10	0	89	0.48
30400844--30400874	9	3.4	9	90	0	53	45	12	9	32	1.75
30400894--30400928	10	3.6	10	92	3	54	60	5	0	34	1.21
30400904--30400953	11	4.6	11	78	9	50	60	4	4	32	1.34
30402989--30403040	26	2.0	25	82	17	63	51	5	0	42	1.25
30403263--30403308	20	2.4	19	82	7	56	58	4	2	34	1.30
30410821--30411007	74	2.5	74	82	0	230	35	20	19	24	1.96
30412909--30412952	20	2.3	20	84	7	56	40	15	2	40	1.60
30415827--30415902	37	2.1	37	83	14	95	26	7	22	43	1.80
30416971--30416995	13	1.9	13	100	0	50	32	36	8	24	1.84
30417364--30417416	25	2.1	25	83	13	65	0	24	5	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30420023--30420051	11	2.6	11	100	0	58	10	51	37	0	1.36
30420187--30420249	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
30439340--30439378	20	2.0	19	85	5	51	48	5	0	46	1.24
30439855--30439881	12	2.2	12	100	0	54	62	14	7	14	1.51
30470898--30470977	13	6.1	13	75	8	63	41	1	18	38	1.59
30479122--30480071	40	23.8	40	97	0	1769	22	22	27	27	1.99
30486090--30486184	47	2.0	47	100	0	190	27	4	21	47	1.69
30487199--30487277	26	3.3	26	66	23	82	31	10	13	44	1.78
30487189--30487277	45	2.0	45	100	0	178	31	11	13	43	1.79
30487741--30488036	40	7.4	40	92	2	431	24	22	26	26	2.00
30491252--30491421	46	3.7	46	80	10	159	22	31	17	28	1.97
30495304--30495328	8	3.1	8	100	0	50	36	12	36	16	1.85
30496818--30496875	29	2.0	29	96	0	107	29	6	32	31	1.84
30499599--30499833	39	6.0	40	79	6	187	24	22	26	26	2.00
30506758--30506850	45	2.0	46	93	6	161	43	11	25	19	1.85
30508765--30509252	47	10.4	47	92	0	778	32	8	29	28	1.87
30527664--30527841	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
30527665--30527820	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
30527661--30527841	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
30531927--30531965	17	2.4	17	86	4	53	43	10	7	38	1.67
30532402--30532455	18	3.0	18	83	0	72	48	14	18	18	1.82
30532781--30532896	27	4.3	27	80	4	119	37	18	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30535994--30536063	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
30536966--30537218	27	9.3	27	76	8	172	31	7	21	39	1.82
30537053--30537203	81	1.9	81	83	5	198	28	5	22	43	1.77
30536967--30537204	54	4.4	54	72	8	194	30	7	21	40	1.81
30537197--30537351	27	5.7	27	82	0	166	40	7	21	30	1.81
30537169--30537351	54	3.4	54	80	1	179	38	7	21	32	1.80
30537142--30537337	81	2.4	81	81	6	227	37	5	21	35	1.77
30537197--30537351	81	1.9	81	89	0	238	40	7	21	30	1.81
30537185--30537365	81	2.2	81	82	0	236	38	7	20	33	1.81
30538562--30538631	23	3.0	24	79	12	99	24	25	4	45	1.71
30544922--30545173	42	6.1	42	88	3	368	33	23	18	25	1.97
30544938--30545173	82	2.9	82	96	1	418	32	22	19	25	1.97
30552740--30552827	42	2.1	42	95	0	158	31	22	20	25	1.98
30556335--30556512	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
30556356--30556511	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
30565632--30566111	27	17.6	27	97	1	474	30	29	14	25	1.95
30565632--30566111	54	8.8	54	96	1	852	30	29	14	25	1.95
30565632--30566111	82	5.9	82	97	1	874	30	29	14	25	1.95
30570749--30570883	24	5.8	24	77	12	147	31	15	23	28	1.95
30570749--30570883	46	2.9	47	83	6	159	31	15	23	28	1.95
30570751--30570884	68	1.9	70	83	5	175	32	14	23	29	1.94
30574289--30574404	42	2.7	43	80	10	148	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30580925--30581033	43	2.5	43	95	0	191	31	31	25	11	1.92
30581031--30581128	38	2.6	38	80	3	90	30	24	19	25	1.98
30592543--30592674	40	3.3	39	79	7	151	25	21	27	26	1.99
30592883--30592971	46	2.0	45	90	4	135	37	4	21	35	1.74
30603448--30603618	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
30603440--30603615	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
30606015--30606094	30	2.7	30	82	7	99	56	15	17	11	1.67
30606015--30606085	15	4.7	15	81	6	90	57	12	18	11	1.64
30606017--30606094	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
30609033--30609203	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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