genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100348136

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23126834--23127242	107	3.8	108	85	4	488	30	8	19	40	1.82
23126828--23127242	161	2.6	161	86	2	532	30	8	19	40	1.82
23130840--23131044	47	4.4	47	89	0	302	33	7	29	29	1.85
23130840--23131044	94	2.2	94	91	0	338	33	7	29	29	1.85
23134024--23134194	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.99
23134016--23134191	46	3.8	46	77	10	178	28	28	20	21	1.98
23134023--23134210	46	4.1	45	70	16	125	28	28	20	22	1.99
23135615--23135681	27	2.5	27	85	4	91	31	16	20	31	1.95
23137999--23138165	40	4.2	40	90	5	243	24	27	23	24	2.00
23137999--23138165	79	2.1	80	87	6	243	24	27	23	24	2.00
23142058--23142218	43	3.7	42	74	14	148	28	26	19	24	1.99
23147050--23147113	31	2.1	31	87	0	92	31	7	34	26	1.85
23148503--23148604	52	2.0	52	96	0	186	25	12	25	36	1.91
23150635--23150708	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
23178170--23178249	41	2.0	41	100	0	160	26	15	22	36	1.93
23179105--23179135	12	2.7	11	90	9	53	80	0	0	19	0.71
23180887--23181008	58	2.1	57	92	1	208	36	15	15	31	1.89
23186971--23187003	14	2.4	14	100	0	66	72	0	0	27	0.85
23206712--23206771	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
23217105--23217180	28	2.7	29	82	10	95	36	11	22	28	1.90
23229233--23229312	41	2.0	41	100	0	160	26	15	22	36	1.93
23230168--23230198	12	2.7	11	90	9	53	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23231893--23231937	18	2.5	18	88	0	63	44	13	24	17	1.85
23237994--23238026	14	2.4	14	100	0	66	72	0	0	27	0.85
23257736--23257795	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
23268129--23268204	28	2.7	29	82	10	95	36	11	22	28	1.90
23286003--23286148	24	6.1	24	92	4	251	29	20	19	30	1.97
23286003--23286148	49	3.0	49	94	3	253	29	20	19	30	1.97
23286003--23286148	73	2.0	70	93	3	247	29	20	19	30	1.97
23286197--23286263	20	3.3	20	87	0	98	32	20	11	34	1.90
23287980--23288058	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
23288177--23288475	47	6.3	47	94	1	490	29	30	8	32	1.86
23291581--23291751	40	4.3	40	91	1	263	29	28	19	22	1.98
23291696--23291820	58	2.1	58	88	1	187	28	26	20	24	1.99
23291752--23291846	40	2.4	40	84	7	113	26	26	24	23	2.00
23291656--23291846	98	1.9	98	85	4	260	28	27	20	23	1.99
23292152--23292230	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
23292212--23292314	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
23292995--23293084	45	2.0	45	93	0	153	32	18	13	35	1.90
23299588--23299733	37	3.9	37	90	0	220	26	30	18	23	1.98
23299942--23301127	47	25.1	47	96	1	2093	25	32	12	28	1.92
23301566--23301718	76	2.0	76	96	0	279	32	13	14	39	1.84
23305101--23305452	40	8.8	40	89	0	497	27	29	20	22	1.98
23306724--23306826	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23306967--23307151	48	3.9	48	98	0	343	30	29	6	34	1.83
23310476--23311180	40	17.6	40	91	0	1095	25	29	20	24	1.99
23320737--23320955	46	4.7	46	71	14	144	23	28	19	28	1.98
23321865--23321953	45	2.0	45	95	0	160	29	22	28	20	1.98
23324080--23324166	40	2.2	40	89	0	129	22	27	24	25	2.00
23324514--23324614	23	4.4	23	74	8	98	33	18	20	26	1.96
23327298--23327439	40	3.6	40	83	2	180	25	27	20	26	1.99
23346511--23346624	56	2.1	52	81	12	124	19	5	5	70	1.26
23346683--23346738	22	2.5	21	88	8	76	25	1	5	67	1.21
23346699--23346746	11	4.6	10	80	16	53	22	4	2	70	1.15
23352704--23352763	30	2.0	29	84	12	77	13	16	16	53	1.73
23352704--23352764	15	4.0	16	79	10	65	13	18	16	52	1.75
23362437--23362510	37	2.0	37	97	0	139	32	12	24	31	1.92
23362637--23362687	20	2.5	20	84	6	68	11	19	23	45	1.83
23362680--23362745	25	2.6	25	85	4	80	13	16	22	46	1.82
23365216--23365250	13	2.7	13	90	0	61	14	28	37	20	1.91
23366434--23366596	25	6.6	24	73	11	107	34	20	25	19	1.96
23366614--23366809	105	1.9	104	84	6	261	33	21	25	19	1.97
23367090--23367140	21	2.4	21	83	6	59	43	17	0	39	1.49
23379842--23379872	15	2.1	15	93	0	53	22	19	16	41	1.89
23393394--23393425	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
23393523--23393587	27	2.3	29	84	7	80	27	1	9	61	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23393591--23393633	23	1.9	24	86	13	65	32	4	2	60	1.30
23394430--23394509	39	2.1	39	83	4	101	38	7	1	52	1.38
23394439--23394522	39	2.2	37	79	12	89	38	5	2	53	1.38
23394607--23394649	17	2.5	17	84	3	50	32	2	6	58	1.38
23401997--23402031	14	2.5	14	95	0	61	25	31	20	22	1.98
23404560--23404611	23	2.3	23	96	0	95	44	42	3	9	1.55
23404869--23404909	10	4.3	10	81	12	50	31	24	0	43	1.54
23405108--23405160	15	3.5	15	81	0	70	49	11	1	37	1.50
23411221--23411258	19	2.1	17	90	9	58	57	0	7	34	1.28
23411277--23411309	5	6.6	5	92	0	57	36	0	0	63	0.95
23411380--23411422	17	2.4	18	88	7	70	72	0	27	0	0.85
23411383--23411422	12	3.4	12	86	6	55	72	0	27	0	0.85
23413841--23413946	22	4.7	22	74	9	97	23	21	19	34	1.96
23417447--23417483	17	2.2	17	95	0	65	51	18	0	29	1.47
23418677--23418760	30	2.8	30	81	5	98	50	2	7	40	1.43
23420146--23420179	17	1.9	18	88	5	52	79	5	0	14	0.91
23421313--23421349	18	2.2	18	85	9	51	56	2	0	40	1.13
23424591--23424637	17	2.8	16	76	20	51	19	8	14	57	1.63
23425552--23425657	32	3.3	32	84	6	124	45	7	7	39	1.61
23426651--23426740	47	1.9	47	100	0	180	38	13	20	27	1.90
23427754--23427858	53	2.0	53	84	0	138	39	18	23	19	1.92
23434165--23434369	40	5.1	40	96	1	349	22	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23437163--23437459	47	6.3	47	93	0	459	32	9	30	27	1.89
23439077--23439134	21	2.9	21	73	17	68	32	17	31	18	1.94
23439061--23439175	40	2.8	41	82	2	133	39	17	26	17	1.91
23439046--23439180	41	3.3	40	82	2	171	36	15	28	19	1.92
23440660--23440708	21	2.3	22	76	20	59	67	8	0	24	1.18
23445568--23445610	18	2.3	18	84	11	52	37	2	2	58	1.24
23450245--23450301	28	2.0	29	89	3	89	66	5	5	22	1.32
23451081--23451140	30	2.0	30	93	0	102	45	11	1	41	1.50
23451127--23451388	9	27.7	9	68	19	99	62	4	2	30	1.28
23451136--23451198	20	3.2	20	86	6	76	73	3	3	20	1.12
23451155--23451209	28	2.0	29	85	7	78	72	1	1	23	1.04
23451128--23451216	29	3.0	28	78	16	92	70	2	3	23	1.13
23451157--23451331	75	2.3	74	79	14	171	61	4	2	32	1.27
23451294--23451346	21	2.5	22	76	17	58	54	7	1	35	1.40
23451315--23451388	38	1.9	38	91	5	123	62	4	4	29	1.32
23451944--23451979	18	1.9	19	88	5	56	25	0	2	72	0.98
23451959--23452038	27	2.9	27	78	14	74	33	1	5	60	1.27
23451959--23452021	29	2.2	29	83	10	78	30	1	4	63	1.24
23451995--23452035	19	2.2	19	86	8	57	36	2	4	56	1.34
23452005--23452045	19	2.2	18	86	4	55	39	0	4	56	1.21
23457048--23457103	9	6.2	9	77	6	60	25	1	1	71	1.05
23459077--23459197	62	2.0	59	81	13	140	40	4	7	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23461729--23461851	49	2.5	49	82	5	158	29	18	29	22	1.98
23469504--23469679	49	3.6	48	81	8	198	27	18	28	25	1.98
23470351--23470401	25	2.0	25	100	0	102	27	0	33	39	1.57
23470885--23470924	21	2.0	21	85	14	57	15	40	25	20	1.90
23471745--23471841	21	4.7	20	72	11	70	32	30	10	25	1.89
23471786--23471836	7	7.3	7	84	0	66	31	33	11	23	1.91
23471745--23471845	14	7.2	14	70	0	67	32	31	9	25	1.89
23471790--23471850	21	3.0	21	78	2	70	32	32	9	24	1.88
23472376--23472460	7	12.1	7	88	0	116	43	50	0	5	1.26
23472450--23472496	14	3.4	14	77	11	51	34	40	8	17	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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